99년 4월 지하철 노조파업과 관련, 지하철 노조는 파업에 따른 운행수입 손해를 배상하라는 판결이 나왔다. 서울지법 민사합의15부(재판장 김선중·金善中 부장판사)는 14일 서울지하철 공사가 서울지하철노조와 조합원 68명을 상대로 낸 손해배상 청구소송(99가합42563)에서 "노조는 15억1천여만원을 배상하라" 원고일부 승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "노동쟁의 조정신청기간 중 노조 측이 파업을 단행한 것이 꼭 불법행위에 해당한다고 단정할 수는 없지만 파업으로 인해 시민들이 예기치 않은 불편을 겪은 점, 지하철 공사측의 손해 정도가 큰 점 등을 고려할 때 손해배상책임이 있다"고 밝혔다. 재판부는 그러나 "그러나 공사 측도 노사단체협약 중 일부를 이행하지 않아 파업의 빌미를 제공한 이상 책임이 있다"며 노조 측의 책임을 70%로 제한했다. 이번 판결에 대해 노조 측 소송을 대리한 이경우(李慶雨) 변호사는 "지하철 노조와 같은 공익기관 노사분규는 즉시조정 후 강제중재의 절차를 받게 돼 사실상 노조의 파업자체가 지나치게 제한되고 있다"며 "헌법이 보장하는 노동3권의 취지에 견주어 보며 손해배상까지 인정하는 것은 부당하다"고 밝혔다. 李 변호사는 또 "노조 자체나 일부 간부를 상대로 하는 손해배상은 있을 수 있다고 하지만 노조원을 상대로 하는 것은 곤란하다"고 밝혔다. 서울지하철공사는 99년5월 "노조가 IMF로 운영이 어려워진 99년 4월, 구조조정안에 불응 노동쟁의조정신청 기간에 파업을 강행, 운행수입 감소 등 손해를 입었다"며 소송을 냈다.