국민은행이 자회사인 국민카드를 합병하면서 부과받은 4000억원대의 세금이 취소됐다. 대법원 특별2부(주심 신영철 대법관)는 15일 ㈜국민은행이 중부세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 상고심(2012두4111)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "대손충당금의 설정은 납세자에게 손급산입 여부에 대한 선택권이 부여된 것이기 때문에 국민카드가 대손충당금의 설정 여부를 선택할 수 있다"며 "국민카드가 대손충당금을 설정하지 않은 이상 합병법인인 국민은행은 대손충당금을 설정하지 않은 국민카드의 금전채권을 장부가액으로 승계할 수밖에 없었다"고 밝혔다. 이어 "국민은행이 흡수합병에 따라 국민카드로부터 채권을 장부가액으로 승계했다고 하더라도 이는 합병에 따른 효과일 뿐 비정상적인 거래형식을 택한 것으로 볼 수 없다"며 "국민카드의 회계처리가 기업회계기준에 위배된다고 하더라도 국민은행이 흡수합병함에 따라 취득한 채권의 실질 가치가 달라지는 것도 아니어서, 국민카드가 채권에 관해 대손충당금을 설정하지 않은 상태에서 국민은행이 흡수합병에 따라 장부가액으로 승계한 것이 부당행위계산부인의 대상이 된다거나 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수 없다"고 지적했다. 재판부는 "국민은행의 대손충당금 설정이 소득신고의 오류·탈루로서 과세관청의 경정결정의 대상이 된다거나 실질과세의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다는 과세당국의 주장은 받아들일 수 없다"고 판결했다. 국민은행은 2003년 9월 자회사인 국민카드를 흡수합병하면서 국민카드가 보유한 채권에 대해 대손충당금을 1조2660억여원을 적립해야 했다. 하지만 국민카드가 대손충당금을 모두 회계장부에 계상하지 않은 상태로 합병이 이뤄졌고, 국민은행은 장부가액대로 채권을 승계했다. 국민은행은 합병 후 2003사업연도에 대한 결산을 하면서 대손충당금 9320억여원을 회계장부에 계상했고 이를 손금에 산입해 법인세 신고를 했다. 중부세무서는 이같은 흡수합병이 채권 승계를 특수관계에 있는 자와 거래해 소득에 대한 조세 부담을 감소시킨 것으로 보고 법인세 4121억원을 부과했다. 1,2심도 "국민은행의 회게처리는 납세자의 선택권이 적용돼 위법하다고 볼 수 없다"고 판결했다.

국민카드 합병과 관련해 부과된 4천억원대의 법인세를 취소해달라며 소송을 낸 국민은행이 항소심에서도 승소했다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 12일 국민은행이 "국민카드가 적립한 대손충당금을 합병 후 회계처리해 손금으로 인정받은 것은 부당회계가 아니다"라며 중부세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누13417)에서 1심과 같이 원고승소 판결을 내렸다. 대손충당금이란 외상 매출금이나 대출금 등에서 받지 못할 것으로 예상해 장부상으로 처리하는 추산액을 말한다. 재판부는 판결문에서 "국민카드의 대손충당금 손금불산입은 부적절한 회계관리로 비난받을 여지가 크기는 하지만, 세법상 명시적으로 규정돼 있는 납세자의 선택권을 박탈할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "법인세법 제34조1항은 결산상 대손충당금의 적립여부를 납세자가 선택하도록 규정했다"며 "세법 규정에 저촉되지 않는 이상 납세자가 세무상 유리한 방향으로 세법 규정을 적용해 세무 조정 및 신고를 하는 것은 허용되고, 명시적인 조항이 있는 경우 납세자의 선택은 더욱 존중돼야 한다"고 지적했다. 재판부는 또 "2003년 카드사태로 총체적인 경제위기 문제가 대두되자 정부는 은행들에게 계열 카드사를 재편해 조기정상화를 추진할 것을 요구했다"며 "국민은행은 국민카드의 부실채권을 인수해 카드 사업을 지속했다는 점에서 합병 전 국민카드의 사업에서 발생한 손실에 대해 국민은행이 손금을 인정받는 것을 심히 부당하다고 단정하기도 어렵다"고 설명했다. 국민은행은 지난 2003년 9월 국민카드와의 흡수합병 과정에서 국민카드의 대손충당금 9320억원을 국민은행의 손금으로 회계처리해 법인세 신고를 했다. 이후 세무당국이 '회사 손실을 과장해 조세 부담을 부당하게 감소시켰다'며 법인세 4118억원을 부과하자 2010년 6월 소송을 내 1심에서 승소판결을 받았다.