사업시행인가전에 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에도 과세특례규정을 적용해 기준시가로 양도소득세를 산정해야 한다는 판결이 나왔다. 사업시행인가전 양도시 과세특례규정 적용여부에 대해 항소심에서 나온 첫 판결로 동일한 쟁점으로 법원에 계류중인 재판들에 영향을 미칠 것으로 보인다. A씨는 지난 2006년12월 마포구 서교동 소재의 토지를 B사에 매도했다. 서교동 일대는 그 이전인 3월에 도시환경정비구역으로 지정·고시됐고 B사는 정비사업을 시행하기 위해 토지를 매입하는 중이었다. A씨는 이어 2007년2월 ‘실지거래가액’을 기준으로 양도소득세 4억6,000여만원을 신고·납부했다. 한편 마포구는 5월 B사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가 통지 및 고시를 했다. 그러자 A씨는 사업시행자에게 양도한 경우에 해당해 구 조세특례제한법의 과세특례가 적용된다며 ‘기준시가’를 기준으로 양도소득세를 계산해 차액인 3억7,000여만원을 돌려달라며 마포세무서에 경정청구를 했다. 2006년1월부터 시행된 개정 소득세법 제96조1항은 ‘기준시가’가 아니라 ‘실지거래가액’에 따라 양도소득세를 부과하도록 했다. 다만 구 조세특례제한법 제85조는 정비구역을 지정한 날 이전에 취득한 토지를 2006년 12월31일 이전에 사업시행자에게 양도하는 경우에는 ‘기준시가’에 의해 양도가액을 산정할 수 있도록 했다. 하지만 마포세무서는 A씨가 토지를 양도할 당시 B사가 공익사업시행자로 지정되지 않았다며 2007년8월 경정청구를 거부하는 처분을 했다. 그러자 A씨는 “실제 사업시행을 하면서 토지의 양도·양수 이후 사업시행인가를 받은 사업시행자도 포함해 해석해야 한다”며 지난해 4월 소송을 내 1심에서 승소했다. 서울고법 행정4부(재판장 윤재윤 부장판사)는 지난 21일 A씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도소득세과세표준과세액의경정 청구소송(2009누2056)에서 “사업시행인가전 사업시행자에게 양도한 경우에도 과세특례규정이 적용된다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “조특법은 사업시행자에 관해 인가받은 사업시행자라고 명백히 규정하고 있지 않다”며 “도시 및 주거환경정비법도 사업시행자를 정비사업을 시행하는 자를 말한다고 규정하고 있을 뿐 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 받아야 된다는 규정을 두고 있지 않다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “납세자의 세부담 완화와 공익사업의 원활한 시행을 도모하려는 입법취지에 비춰 사업시행인가 이전의 사업시행에 협조해 토지를 양도한 자를 사업시행인가 이후에 양도한 자에 비해 더 불리하게 과세특례규정을 특별히 배제해야 할 합리적인 이유가 있다고 보이지 않는다”고 덧붙였다.

사업시행인가 전에 취득한 토지가 이후 정비기반시설로 편입돼도 비과세 대상이 안 된다는 판결이 나왔다. 지방세법은 국가 등에 귀속을 전제로 취득한 토지에 취득세 및 등록세를 부과하지 않고 있는데 사업시행인가 전에는 귀속여부가 확정적으로 예정돼 있다고 볼 수 없다는 것이다. 이번 판결은 최종승인 전에 취득한 토지라도 행정관청과 기부채납에 대한 협의가 진행 중이었다면 비과세 대상으로 보는 ‘기부채납’에 대한 법리가 ‘귀속’에는 적용되지 않는다는 것을 밝힌 점에서 의미가 있다. 서울행정법원 행정13부(재판장 정형식 부장판사)는 지난 12일 A사가 “도시환경정비구역으로 지정된 토지가 귀속대상이 됐다면 비과세해야 한다”며 중구청장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 소송(2008구합13910)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “지방세법 제106조2항, 제126조2항은 국가 등에 귀속될 것을 조건으로 취득하는 부동산 및 등기에 대해 궁극적으로는 국가 등이 취득하는 부동산을 잠정적으로 일시 취득하는 것으로 봐 취득세, 등록세를 부과하지 않겠다는 것”이라며 “부동산 및 등기는 적어도 취득 당시에는 확정적으로 국가 등에 귀속이 예정돼 있어야 하며 당해 부동산의 취득자가 귀속의 부담을 지는 자로 확정돼 있어야 한다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “도시환경정비구역으로 지정될 당시 정비기반시설로 계획된 토지가 사업시행인가시에 확정된 정비기반시설의 위치 및 면적과 상당부분 일치한다 해도 정비구역 지정은 잠정적, 유동적인 것”이라며 “적어도 관할 구청장의 사업시행인가시에 확정된다고 봐야 하므로 A사가 토지를 취득할 당시에 국가 등에 귀속이 확정적으로 예정돼 있었다고 볼 수 없다”고 덧붙였다. 한편 A사는 최종승인 이전이라도 행정관청과 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있으면 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세대상에 해당하는 것으로 보는 법리가 귀속에도 적용된다고 주장했다. 재판부는 이에 대해 “기부채납은 기부자가 증여의 의사표시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약”이라며 “이와 달리 귀속의 경우는 관할청이 토지소유자에게 정비계획수립 등 과정에서 의견제출 등 관여 기회를 부여한 바 있다 할지라도 이를 기부채납에 있어서의 협의와 마찬가지로 볼 것은 아니다”라며 받아들이지 않았다. 서울시 중구청은 2008년3월 다동 제7지구에 대해 A사를 사업시행자로 한 도시환경정비사업 사업시행인가를 고시했다. A사는 인가전에 토지를 취득했는데 그 중 일부가 정비기반시설로 편입됐다. 그러자 A사는 지난해 3월 “1980년 도시환경정비구역 지정 당시 이미 정비기반시설의 위치와 면적이 특정된 상태에서 토지를 취득했으므로 편입된 토지는 무상귀속이 예정돼 있었으므로 비과세 규정이 적용돼야 한다”고 주장하며 소송을 냈다.