266억원 상당의 법인세 부과 처분을 취소해달라며 소송을 제기한 SH에 대해 법원은 기각 판결을 내렸다. 2018년 소송을 제기한지 4년 만이다. 서울행정법원 행정5부(재판장 정상규 부장판사)는 서울주택도시공사(SH)가 삼성세무서장을 상대로 제기한 법인세부과처분 취소소송(2018구합55005)에서 최근 원고패소 판결했다. 서울지방국세청은 2013년 1월부터 5월까지 SH에 대해 법인세 정기 통합조사를 실시해 △B시로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행하면서 2006년부터 2012년까지 B시로부터 수취한 사업비를 법인세 과세표준에 포함하고, 해당 사업비를 공급가액으로 보고 부가가치세를 부과하며 △SH와 C사간 용지매매계약에 따른 분납채권의 4회분 분납금액에 대한 2011 사업연도 연부이자 90억여원의 이자수익 채권을 계상 누락한 것으로 보고 이를 익금산입하는 등 6가지 사유로 인한 법인세 및 부가가치세 과세자료를 삼성세무서에 통지했다. 이에 삼성세무서는 통지내용에 따라 2013년 6월 SH에게 2008 내지 2012 사업연도 법인세 479억여원을 경정·고지했다. SH는 2013년 12월 조세심판원에 해당 부가가치세 및 부과처분을 취소해달라는 심판청구를 했는데, 조세심판원에서는 일부만 받아들여졌고 나머지에 대해선 기각 결정하면서 당초 처분세엑에서 212억여원을 제외한 266억여원을 부과 처분했다. 이에 불복한 SH는 소송을 냈다. 재판부는 법인세 부과처분에 대한 적법 여부를 각각 판단했는데, 각 사항에 대한 SH의 청구를 모두 기각했다. 재판부는 "B시장으로부터 승인 받은 시행계획에 따라 수탁업무를 수행하고, 이에 관해 지도·감독을 받도록 정한 관련 규정들은 지방공사인 SH가 위탁받아 수행하는 집단에너지 공급사업의 사업비 지출 및 업무 수행에 대해 B시의 통제를 받도록 한 것에 불과하다"며 "해당 사업비와 용역 공급과의 대가관계 또는 사업비가 SH의 책임과 계산으로 지출된 점을 부정할 만한 사정에 해당하지 않는다"고 설명했다. 이어 "SH는 이 사건 처분이 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰해 10년이 넘는 기간 동안 해당 용역이 부가가치세 면제 대상임을 전제로 매출세액을 거래징수하지 않았고 매입세액을 공제받지도 않았던 SH의 신뢰를 현저히 침해하는 것이라고 주장한다"며 "그러나 SH가 주장하는 사정만으로는 과세관청이 처분의 전제가 되는 과세표준 산정에 있어 SH에게 어떠한 공적인 견해표명을 했거나, 이를 신뢰한 SH에게 귀책사유가 없었던 것이라고 볼 수는 없다"고 밝혔다.

삼성생명이 삼성증권 등 다른 계열사들의 배당금에 대한 69억8800여만원 상당의 법인세 과세 혜택을 받기 위해 소송을 냈지만 패소했다. 서울행정법원 행정3부(재판장 김병수 부장판사)는 최근 삼성생명이 서울 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2013구합59842)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "일반 내국법인인 삼성생명에 대해서는 옛 법인세법 제18조의2 1항 4호 단서가 준용되지 않는다"며 "준용된다고 해도 배당금을 지급한 회사가 금융지주회사의 자회사여야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "삼성생명 주장처럼 기관 투자자에 해당하기만 하면 금융지주회사의 자회사가 아닌 모든 내국법인이 지급한 배당에 대해서도 혜택을 적용하게 돼 법령 해석의 한계를 넘게 된다"고 지적했다. 2008년 개정되기 전 법인세법은 자회사로부터 배당금을 받으면 그 일부를 법인세 과세 대상에서 제외하되 자회사가 다른 계열사에 재출자한 경우 이같은 혜택을 보지 못하도록 했다. 다만 해당 자회사가 기관 투자자인 경우 재출자에 따른 불이익을 모회사가 당하지 않도록 하는 단서(제18조의2 1항 4호 단서)를 붙였다. 삼성증권, 삼성화재, 삼성카드, 삼성자산운용 등의 주식을 각각 보유한 삼성생명은 2007∼2008년 이들 회사로부터 총 1천148억7500여만원에 달하는 배당금을 지급받았다. 삼성생명은 삼성증권 등이 기관 투자자로서 다른 계열사에 재출자한 점을 내세워 법인세 과세 혜택을 보려 했으나 실패하자 소송을 냈다.

사업상 정당한 사유로 매매대금이나 용역대금이 감액됐다면 감액 부분에 대해 법인세를 부과해서는 안 된다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 김용덕 대법관)는 최근 LSF-KDIC사가 역삼세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 상고심(2011두1245)에서 원고패소판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 권리확정주의를 채택하고 있는데, 이러한 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와 시간 간격이 있는 경우에는 권리가 확정적으로 발생한 때 소득이 있는 것으로 보고 해당 사업연도의 소득을 산정하는 방식"이라며 "실질적으로는 불확실한 소득에 대해 장래 그것이 실현될 것을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것을 말한다"고 밝혔다. 재판부는 "소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생해 일단 납세의무가 성립했다고 하더라도 일정한 후발적 사유 때문에 소득이 실현되지 않은 것으로 확정됐다면, 당초 성립했던 납세의무는 그 전제를 상실해 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 봐야 한다"고 덧붙였다. 재판부는 "여기서 말하는 후발적 사유에는 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함되는 것이 타당하므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함해 법인세를 과세할 수는 없다"고 설명했다. LSF-KDIC사는 해밀컨설팅그룹과 부산 사상구에 위치한 종합화물터미널 부지를 매도하는 계약을 체결했다. 계약상에는 'LSF-KDIC사가 2005년 5월 30일까지 용도변경을 추진하되, 용도변경이 안 되는 경우에는 해밀이 계약을 해제하거나 환매를 요청할 수 있다'는 조건이 들어갔다. LSF-KDIC는 3차 매매계약에서 용도변경이 이뤄지는 게 불가능하다고 보고 매매대금을 1100억원에서 1030억원으로 70억원을 감액하는 조건을 제시했고, 해밀은 이를 받아들여 감액분 70억원을 반환받았다. 그러나 이 부분이 반영되지 않은 채 법인세가 과세되자 LSF-KDIC는 "부지매매대금을 감액하기로 한 것은 매매계약 해제 등으로 인한 불이익을 피하기 위한 것으로, 사업상 정당한 사유가 있는데도 이 부분에 대해 법인세가 부과된 것은 위법하다"며 소송을 냈으나, 1·2심은 원고패소판결했다.

대법원이 헌법재판소의 한정위헌 결정의 기속력을 부인하는 기존 입장을 재확인하는 판결을 내려 한정위헌결정의 효력을 둘러싼 대법원과 헌재의 해묵은 갈등이 재연되고 있다. 대법원 행정1부(주심 김창석 대법관)는 지난달 28일 (주)KSS해운이 "헌법재판소가 한정위헌 결정을 내린 구 조세감면규제법 부칙 23조에 근거한 법인세 부과를 취소해 달라"며 서울 종로세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 상고심에 대한 재심청구사건(2012재두299)에서 청구를 기각했다. 재판부는 "헌재가 한정위헌이라는 명목 하에 법원에 법률의 해석 또는 적용기준을 제시하고 이를 따르도록 기속하는 것은 헌법상 권력분립의 원리에 반하고 사법권의 독립을 침해하는 것"이라고 밝혔다. 그 사이 한정위헌 결정을 근거로 법원에 재심을 청구한 당사자들에 대한 구제는 사실상 어려워진 상태다. ◇대법원 '조세정의' vs 헌재 '조세법률주의'=KSS해운은 상장을 전제로 기업에 조세감면 혜택을 주는 구 조세감면규제법 56조에 따라 1989년 사업연도 법인세를 신고납부했다. 그러나 정해진 시한까지 상장하지 못하자 종로세무서는 구 조세감면규제법 부칙 제23조에 따라 감면받은 법인세와 방위세 65억원을 다시 부과했다. 부칙 23조는 정해진 기간 안에 상장하지 않는 경우 감면받은 법인세를 다시 부과하는 내용이다. KSS해운은 "조세감면규제법이 전면 개정되면서 부칙을 따로 입법하지 않았으므로 세금을 물릴 근거가 없다"며 소송을 냈지만 하급심과 대법원에서 모두 패소하자 헌재에 헌법소원을 냈다. 헌재는 KSS해운의 주장을 받아들여 한정위헌 결정(2009헌바35)을 내렸고, KSS해운은 대법원에 재심을 청구했다. 하지만 대법원은 재심 청구를 기각했다. 구법 부칙조항을 유효하다고 보지 않으면 조세정의에 반하는 불합리한 결과가 나온다는 이유에서다. 대법원은 "조세감면규제법 부칙규정에 따라 세제혜택을 누린 기업들은 상장기한 내 주식을 상장하지 않을 경우 혜택 받은 액수만큼의 과세처분을 받는다는 사실을 당연히 예상하고 있었던 점, 부칙규정이 기업들 입장에서 상장기한 연장이라는 유리한 결과도 가져온 점 등을 고려할 때 조세감면규제법 부칙규정은 효력을 유지해야 할 특별한 사정이 있는 경우라고 볼 수 있다"며 "KSS해운에 대한 과세연도는 1989년이므로 전면개정법이 적용되지 않고, 부칙규정이 포함된 이전 법률이 적용된다고 봐야 하므로 이를 근거로 한 과세처분은 정당하다"고 밝혔다. 반면 헌재는 이에 앞서 지난해 구 조세감면규제법 부칙에 대해 한정위헌 결정을 내리면서 "법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서, 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 그에 관한 경과규정을 두거나 이를 계속 적용한다는 등의 규정을 두지 않는 이상 전부개정법률의 시행으로 인해 실효된다"고 밝혔다. 또 "1993년 전문개정된 법에 계속 적용에 관한 규정을 두지 않았고 부칙조항을 대체할 만한 별도의 경과규정을 두지 않았으므로, 1990년 개정 조세감면규제법 부칙조항은 전문개정법이 시행된 1994년 1월 1일자로 실효됐다고 봐야 한다"고 설명했다. ◇재심청구 당사자들, 재판소원 진행해도 구제될 지는 '불확실'= 이번 사건에 적용된 구 조세감면규제법 부칙 23조에 대해 헌법소원을 내 한정위헌 결정을 받은 회사는 GS칼텍스와 AK리테일, KSS해운, 교보생명 등 4개사다. 이 가운데 교보생명은 정해진 시한까지 상장하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정받아 지난달 대법원에서 승소가 확정돼 재심을 청구할 이유가 없어졌다. GS칼텍스와 AK리테일은 서울고법에 재심을 청구했지만, 대법원이 한정위헌의 기속력을 인정하지 않는 기존 입장을 재확인한 만큼 재심이 기각될 확률이 높다. 구 조세감면규제법 부칙 23조 적용여부에 따라 달라지는 세액은 KSS해운의 경우 65억원, GS칼텍스는 707억원, AK리테일은 103억여원으로 총액이 875억원에 이른다. 재심청구가 기각되자 KSS해운의 소송대리인인 법무법인 율촌 관계자는 "헌재에서 법원 재판이나 원행정처분을 취소해준다면 종로세무서가 세금부과처분을 취소할 수도 있기 때문에 재판소원을 내는 것을 검토하고 있다"고 밝혔다. 원칙적으로 법원의 재판은 헌법소원 대상이 될 수 없지만, 헌재는 1997년 양도소득세의 과세기준에 대한 구 소득세법 사건에서 사법사상 처음으로 위헌인 법령을 근거로 재판을 했다는 이유로 대법원 판결을 취소하며 예외를 인정했다(96헌마172). 이 사건은 과세관청이 세금부과를 취소하면서 일단락됐다. 한 대형로펌의 변호사는 "이번 사건은 액수가 워낙 커 과연 과세관청이 예전처럼 헌재 결정에 따라 처분을 취소해 줄지는 의문이지만, 당사자 입장에서는 재판소원을 진행하는 것 외에는 딱히 선택할 구제수단이 없다"고 말했다. 한정위헌이 내려진 형사처벌 규정에 따라 유죄판결을 받은 당사자들도 구제받기 어렵기는 마찬가지다. 2011년 헌재는 소셜네트워크서비스(SNS)를 이용한 사전선거운동을 금지한 공직선거법 조항에 대해 한정위헌 결정을 내렸다. 이후 이 조항으로 유죄 판결을 받은 이들도 서울고법에 재심을 청구한 상태다. 조세감면규제법 부칙과 관련한 사건은 그나마 향후 과세관청이 과세처분을 취소할 가능성을 기대해볼 수 있지만, 형사재판의 당사자들은 재심이 받아들여지지 않으면 이후 재판소원을 통해 재판을 취소받더라도 마땅히 실질적인 구제책이 없다. ◇헌재, "변형결정 명문화해야" VS 대법원, "심급체계 무너지는 것"= 헌재 관계자는 "헌법재판소법을 개정해 한정위헌 등 변형결정도 기속력이 있다는 명문규정을 두면 당사자 구제나 권한범위 문제 등이 해결될 수 있다"고 말했다. 헌재가 단순위헌결정만 내리게 되면 입법공백으로 인한 부작용을 막을 길이 없어지고, 독일 등 다른 나라도 국회 입법권을 존중해 변형결정의 기속력을 인정하고 있다는 점을 논거로 든다. 그러나 대법원 관계자는 "한정위헌결정의 기속력을 인정하게 되면 재판 당사자가 대법원 확정판결 이후에도 헌법소원을 통해 재심을 청구할 수 있게 되고, 사실상 4심제를 인정하는 셈이 돼 심급체계가 흔들리게 된다"며 "헌법재판소법이 법원의 재판을 헌법소원에서 제외하고 있는 것을 감안하면 변형결정의 기속력을 인정하는 입법은 법 체계에도 맞지 않다"고 말했다. 또 "우리나라와 달리 연방헌재의 지위를 최고사법기관으로 정하고 있는 독일이 변형결정의 기속력을 인정하는 사례를 우리와 단순비교하는 것은 곤란하고, 우리와 유사하게 대법원과 헌재가 상호독립적인 지위를 유지하는 오스트리아에서는 변형결정의 기속력을 인정하지 않고 있다"고 덧붙였다.

국가 로펌인 정부법무공단이 기업이 낸 500억원대 세금 환급 소송에서 승소해 주목을 끌고 있다. 정부법무공단(이사장 김필규)은 로또 1기 사업자인 ㈜코리아로터리서비스(KLS)가 천안세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2011두12856)에서 정부 측인 세무서를 대리해 상고심 재판에 나섰다. 서울 서초구에 본사를 두고 있던 KLS는 2003년 회사를 천안시로 이전했는데, 자신들이 구(舊) 조세특례제한법상 지방이전기업에 해당해 법인세 감면 대상에 해당함에도 불구하고 국가가 2003~2007년까지 5년간 503억여원의 법인세를 부과한 것은 부당하다는 소송을 내 1, 2심에서 승소한 상태였다. 구 조세특례제한법은 일정 업종에 해당하는 기업이 수도권 과밀억제권역 외의 지방으로 본사를 이전하면 10년간 법인세 감면 혜택을 주도록 했다. 공단은 상고심에서 KLS가 지방이전을 해도 법인세 감면 혜택을 받을 수 없는 '복권발행업'에 해당한다는 점을 적극 주장했다. KLS는 1심 때부터 "국민은행이 복권발행업자이며, 우리는 국민은행의 복권발행업무를 기술적으로 지원한 것에 불과하다"고 주장해왔다. 하지만 공단은 KLS가 로또 발매시스템 구축에서부터 마케팅 지원까지 전 과정을 전담해 사실상 복권발행업을 대행했다는 주장을 펼쳤다. 특히 KLS가 5년간 국민은행에서 로또 발행 수수료로만 1조 3737억원을 벌어 들였는데 수수료 지급방식이 복권 매출액에 따라 일정 비율을 받는 방식을 취해 사실상 로또 판매업까지 한 것이라고 강조했다. 공단은 또 구 조세특례제한법상 법인세 감면규정이 수도권 집중 완화와 실질적인 지방 경제 활성화를 위해 만들어진 것인데, KLS는 전직원이 10여명에 불과해 이같은 입법 목적에도 맞지 않는다고 지적했다. 공단의 소송 전략은 맞아 떨어졌다. 대법원 행정2부(주심 김용덕 대법관)는 최근 KLS의 손을 들어줬던 원심을 깨고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세 감면 제외 업종인 '복권발행업'에는 복권사업자가 자기의 계정과 책임 하에 복권을 발행하는 산업활동뿐만 아니라 복권사업자와 계약에 의해 복권발행의 전반적인 업무를 대행하는 산업활동도 포함된다"고 밝혔다. 재판부는 "KLS가 단순히 복권 발매시스템의 구축과 유지관리용역 제공에 그친 것이 아니라, 단말기 제작 및 유지보수, 마케팅 지원, 판매유통망 관리 등 온라인 복권 발행사업의 전반적인 운영 용역을 제공했을 뿐만 아니라 용역 대가 역시 복권 매출액에 연동해 받았다"면서 "KLS가 복권 발행의 전반적인 업무를 대행했다고 볼 수 있어 조세감면대상에서 제외되는 '복권발행업'에 해당한다"고 판단했다. 사건을 담당한 손호철(44·사법연수원 35기) 변호사는 "법인세 감면 대상 업종을 판단할 때는 사업 내용의 실질과 근거 조항의 입법취지를 고려해야 한다는 것이 판결의 취지"라며 "이번 대법원 판결이 공평·실질 과세 등 조세 정의를 실현하는 데 크게 기여할 것으로 기대한다"고 말했다. 2008년 2월 출범한 공단은 각종 국가·행정소송과 헌법소송에서 정부측을 대리해 무려 80％에 육박하는 승소율을 보이고 있다. 특히 지난 2011년에는 금지금(金地金) 사건을 맡아 승소해 무려 3조원의 부가가치세 부당 환급을 막아냈다. 공공기관 법률자문과 정부 발주 연구용역 과제도 수행해 법치행정이 뿌리내리는 데도 기여하고 있다.

CJ대한통운(옛 대한통운)이 150억원대의 법인세를 취소해 달라는 행정소송을 냈다. 4일 법조계에 따르면 CJ대한통운은 "2002∼2007년도 법인세 155억8000만원의 부과처분을 취소해달라"며 3일 서울 남대문세무서장을 상대로 법인세부과처분 취소소송(2012구합40681)을 서울행정법원에 냈다. CJ대한통운은 "법정관리가 진행되던 과거 대한통운 시절인 2001∼2007년 영업활동비 등으로 지급하려 부외자금 320억여원을 조성해 사용했는데, 세무당국은 2010년 이를 가공 경비로 보고 155억여원의 세금을 부과했다"고 주장했다. 이어 "해당 기간의 대표이사(법정관리인)였던 곽영욱씨 등의 부외자금 횡령 혐의에 대한 검찰 수사와 1·2심 판결을 통해 자금 대부분이 당초 목적대로 영업활동비나 조직운영비로 쓰인 사실이 확인됐으니 처분을 취소해달라"고 덧붙였다.

동아제약이 보고투자개발 유상증자 참여해 실권주를 고가에 인수했다가 납부하게 된 37억7800여만원의 법인세를 돌려받게 됐다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난달 26일 동아제약(소송대리 소순무 변호사)이 동대문세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 항소심(2012누5451)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 "실권주의 고가 인수에서 경제적 이익의 분여는 실권주 인수자와 실권 주주 사이에 생기고 실권주를 발행한 법인은 당사자가 될 수 없다"며 "실권주 발행법인인 보고투자개발에 이익을 분여한 것으로 보고 구 법인세법 시행령 제88조1항 제1호를 적용한 과세처분은 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 "법인이 실권주를 평가액보다 높게 발행한다고 해서 실권주 인수인인 주주와의 관계에서 이익이 발생하지 않는다"며 "실권주 발행법인으로서는 그 발행시점에 무상으로 인수가액을 출연받았다가 청산 시 남아 있는 자기자본을 지분비율대로 돌려주면 그만이기 때문에, 그 과정에서 법인에 차익이 생길 수가 없다"고 설명했다. 동아제약은 2003년 지분의 53.4%를 보유하고 있던 보고투자개발이 동원상호저축은행으로부터 대출받은 채무에 대해 180억원 한도로 지급보증을 했다. 자본잠식 상태였던 보고투자개발은 2004년에 300만주를 유상증자했고, 동아제약은 다른 주주들이 인수를 포기한 실권주 139만주를 포함해 모든 유상증자 주식을 인수하고 150억원을 납입했다. 유상증자 대금은 1주당 5000원이었지만, 시가는 2317원에 불과했다. 보고투자개발은 150억원을 동아제약이 보증을 선 대출금을 갚는 데 사용했다. 그러자 동대문세무서는 2009년 동아제약이 유상증자라는 형식으로 신주를 고가에 매수해 보고투자개발에 이익을 나누어 준 것으로 보고, 2005~2006년 법인세로 37억 7800여만원을 부과했다. 동아제약은 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각결정을 받았고, 지난해 7월 소송을 냈으나 1심에서 패소했다.

서울 강남구 역삼동의 빌딩 스타타워를 매각해 거액의 양도차익을 남긴 론스타펀드Ⅲ가 16억여원의 세금을 물게 됐다. 대법원 행정3부(주심 신영철 대법관)는 23일 론스타펀드Ⅲ의 버뮤다 법인 허드코 파트너스 코리아가 역삼세무서를 상대로 제기한 법인세부과처분 취소소송 상고심(2011두3951)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 깨로 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "구 법인세법은 외국법인의 국내 원천 양도소득에 관해 거주자의 경우와 같이 양도소득 중 부동산 양도소득이나 그와 같은 성격의 소득으로 차별적으로 높은 세율을 적용할 필요가 있는 부분을 별도로 규정했다"며 "이러한 고유 입법 목적을 반영하기 위해 구 소득세법 시행령 규정에 따르지 않고 독자적으로 자신의 시행령 규정에 과세요건을 위임한 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "원심이 이 사건 양도소득 중 허드코사의 귀속분이 구 소득세법 요건을 모두 충족하지 못해 법인세법상 소득에 해당하지 않는다고 판단한 것은 법인세법과 시행령에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다"고 판단했다. 론스타펀드Ⅲ는 강남구 역삼동의 스타타워 빌딩을 사들인 후 되팔아 2450억원의 양도차익을 얻었고, 역삼세무서는 2005년 허드코가 스타타워 지분 2%를 보유한 것을 근거로 16억7500여만원의 세금을 부과했다. 1심 재판부는 자산 비율 요건만 충족하면 법인세를 부과할 수 있다고 보고 원고패소 판결을 내렸으나, 2심은 주식소유비율 50%와 주식양도비율 50%를 과세요건으로 규정한 구 소득세법 시행령을 근거로 원고승소판결을 내렸다.

(주)진로가 1998년 화의절차가 진행 중인 (주)진로건설의 채권을 주식평가액이 0원인 주식으로 출자전환한 것을 부당행위로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정8부(재판장 심상철 부장판사)는 지난 3일 (주)진로가 서초세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2006누24307)에서 1심 판결을 취소하고 “2003년도 법인세 26억여원 중 6억7,000여만원을 초과하는 부분을 취소한다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “진로의 출자전환은 손해를 조금이나마 줄이기 위해서는 채권을 그대로 보유하는 것보다는 이를 출자전환해 진로건설의 재무구조를 개선함으로써 신규공사수주가 가능하도록 해 계속기업으로서 존속하게 하는 것이 낫다는 판단하에 이뤄진 것으로 봄이 상당하다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “출자전환 당시 진로건설에 대한 채권을 회수할 가능성이 거의 없고 또 진로건설이 파산할 경우 거액의 담보 및 보증제공으로 인해 진로 또한 적지 않은 타격을 입을 것으로 예상되는 상황이었다”고 덧붙였다. 1998년 화의절차가 진행중이던 진로건설은 신주 7,000만주를 액면가인 주당 5,000원으로 발행해 주주간 균등비율에 의해 배정하는 내용으로 유상증자를 했다. 다른 주주들은 인수를 포기했고 진로가 단독으로 진로건설에 대한 3,500억원의 대여금채권을 출자전환하는 방식으로 모두 인수했다. 이후 진로건설은 서울중앙지법에서 파산선고를 받아 발생주식을 무상 소각했고 진로는 투자유가증권으로 계상했던 3,500억원을 손금에 산입해 법인세신고를 했다. 하지만 서초세무서는 구 법인세법 제20조의 부당행위계산부인규정을 적용해 진로가 신고한 이월결손금을 감액하는 결정을 했다. 이에 진로는 2003년 법인세신고에서 다시 이월결손금을 공제하고 신고했으나 서초세무서는 과다공제라며 이를 배제해 법인세를 결정·고지했다. 그러자 진로는 2005년10월 소송을 냈다.

실업대책사업의 일환으로 근로복지공단이 시행하는 여성가장실업자 등에 대한 대부사업도 법인세 과세대상이라는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 한승 부장판사)는 지난 18일 근로복지공단이 “대부이자율 결정에 노동부장관의 승인을 받는 등 수익사업으로 보기 어렵다”며 영등포세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2008구합17318)에서 “대부이자율이 차입금리보다 높다면 수익사업으로 봐야 한다”는 판단을 내렸다. 다만 법인세 산정과정에서 사업수입 등을 통산하지 않아 세액산출에 잘못이 있다며 법인세 67억여원의 부과처분 전부를 취소했다. 재판부는 판결문에서 “비영리 내국법인에 대해 소득이 있더라도 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “근로복지공단은 고용안정채권발행 등으로 조달한 사업자금을 이용해 직접대부사업 및 간접대부사업의 방식으로 실업자에게 금원을 대부하면서 이자를 지급받았다”며 “공단은 1999년부터 2003년을 통틀어 대부이자율이 가중평균차입금리보다 2.93%만큼 더 높은 수준으로 정해졌다”고 지적했다. 재판부는 또 “공단의 사업은 한국표준산업분류상 ‘금융 및 보험 관련 서비스업’에 해당하고 수익성을 가진 것으로 봄이 상당하다”며 “공단의 대부사업에서 생긴 소득은 법인세의 과세대상에 해당한다”고 설명했다. 공단은 고용안정채권 발행 등으로 조달한 자금으로 창업희망 여성가장실업자 등에 제공하고 이자를 받는 사업 등을 해왔다. 영등포세무서는 이를 수익사업으로 봐 2005년 67억여원의 법인세를 부과했다.