불가피하게 계약일자보다 잔금을 일찍 치러 일시적으로 1세대 3주택자가 된 경우에는 3주택자 중과세를 내지 않아도 된다는 대법원판결이 나왔다. 지난 87년부터 서울 강남구 삼성동에서 살아온 이모(64)씨와 처 윤모씨는 이사를 위해 삼성동 집을 내놓고, 2006년 12월20일 중랑구 망우동에 위치한 2층 주택을 구입했다. 이후 이씨는 2007년 1월19일 삼성동 집을 10억원에 양도했다. 하지만 망우동 집이 마음에 들지 않은 이씨부부는 망우동 집을 놔둔 채 면목동의 2층 주택을 구입해 2007년 1월8일 잔금을 치르고 소유권이전등기를 마쳤다. 이후 1월19일 삼성동 집의 양도를 마친 이씨는 삼성동 집과 망우동 집에 대한 2주택 양도소득세로 3,600여만원을 납부했지만 동대문세무서는 이씨가 삼성동 집 양도 당시 면목동 집도 소유하고 있어 1세대 3주택자에 해당한다고 판단, 이미 납부한 양도소득세를 제외한 3억4,000여만원을 납부하라고 고지했다. 그러자 이씨는 "면목동 집의 원래 잔금지급일자가 2007년 1월22일이었고, 면목동 집 양도인이 급전이 필요하다고 해서 불가피하게 미리 잔금을 지급했다"며 "계약일자대로 잔금을 지급했을 경우 망우동 주택 외에는 소유주택이 없었다"며 처분취소소송을 냈지만 1·2심서 모두 패소했다. 그러나 대법원의 판단은 달랐다. 부동산투기 목적이 아닌 주거의 목적으로 집을 산 뒤 계약상 일시적으로 3주택이 됐다면 중과세 부과대상자가 아니라는 것이다. 대법원 특별1부(주심 김영란 대법관)는 이씨가 동대문세무서장을 상대로 낸 양도소득세등부과처분취소소송 상고심(2009두13788)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "이씨가 2006년 11월20일 A주택의 매매계약을 체결한 직후 잔금지급일 이전인 2006년12월께 또다른 B주택에 대한 매매계약을 체결하고 잔금지급기일을 2007년 1월22일로 정했고, 이씨가 기존에 살고 있던 집은 A주택의 매매계약전에 이미 판 상태에서 2007년 1월19일께 소유권을 이전해줬다"며 "만약 B주택을 매매계약에 따라 정해진 기일에 잔금을 지급했다면 2주택자로 비과세규정이 적용된다"고 설명했다. 재판부는 이어 "그러나 이씨는 B주택 양도인이 급전을 요청해 선의에서 잔금을 예정보다 보름 앞당겨 줘 부득이하게 3주택자가 됐지만 이씨가 1세대 3주택자가 된 기간도 11일에 불과했고, 투기목적으로 B주택을 취득한 것도 아니다"라고 덧붙였다. 재판부는 따라서 "구 소득세법 제104조 제1항2의3이 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 중과세율을 메기는 것은 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수해 과세형평을 도모하고 부동산투기를 차단하기 위한 것"이라며 "이씨와 같이 주택을 양도하고 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 3주택을 보유하게 된 것일 뿐 실질적으로 3주택을 보유한 것으로 볼 수 없다"고 판단했다.

종교수행환경을 보호하기 위해 사들인 토지까지 비과세의 종교용 토지로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 춘천지법 행정부(재판장 송경근 부장판사)는 재단법인 A선원이 "종교사업을 위해 산 토지에 취득세 등으로 2,600여만원을 부과한 것은 부당하다"며 인제군을 상대로 낸 취득세등부과처분 취소소송(☞2009구합1141)에서 원고패소 판결했다고 19일 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "원고는 이 임야를 매수한 후 일부만을 선원의 진입로로 이용하고 있을 뿐, 이 사건 계쟁임야는 매수할 당시의 상황 그대로 소유하고 있고, 임야 중 일부는 선원주변에 있지도 않은 임야로서 원고 스스로도 종교목적을 위해 사용되지 않는 토지라는 것을 자인하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 또 "이와 같은 경우까지 '종교사업 자체에 직접 사용되는 토지'로 볼 경우 그 범위가 필요 이상으로 확대되어 오히려 부동산투기 등의 목적으로 악용될 우려도 있다"고 판시했다. A선원은 1998년8월부터 2000년12월까지 강원 인제읍 하추리에 종교용지 5,795㎡를 비롯해 총 1만4,128㎡에 사찰과 승려들의 수행·교육시설을 건축·운영하고 있었다. 2004년4월부터 2004년8월까지는 인접한 임야가 개발될 경우 소음이나 부적절한 행위로 참선수행이 불가능하다며 수행공간활용과 수행환경보호를 목적으로 부근의 126만여㎡의 토지를 '종교사업 자체에 직접 사용되는 토지'로 비과세로 매입했다. 그러나 인제군이 해당 부동산은 종교목적으로 보기 어렵다며 취득세 등으로 2,600여만원의 세금을 부과하자 소송을 냈다.

세무당국이 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 없이 동일한 과세기간 동안의 동일한 세목에 대해 실시한 중복세무조사는 위법하므로 납세자는 세금을 낼 필요가 없다는 대법원 판결이 나왔다. 현행 국세기본법 제81조의3은 △조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 △거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 △2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 △부동산투기 등 경제질서 교란을 통한 탈세자에 대한 일제조사 등의 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해서는 다시 세무조사를 할 수 없도록 규정하고 있다. 하지만 이 규정이 훈시규정에 불과한 것으로 볼 것인지, 아니면 강행규정으로 볼 것인지에 대해서는 학계나 실무계에서 조차 명확한 입장표명이 없어 그동안 혼선을 빚어왔다. 따라서 이번 대법원 판결은 이 규정을 단순한 훈시규정이 아니라, 과세관청을 실질적으로 구속하는 강행규정이라는 점을 명확히 했다는 점에서 큰 의미가 있다. 이에 따라 과세당국은 앞으로 이 규정을 위반한 중복세무조사에 의해 취득한 과세자료로는 과세처분을 할 수 없게 됐다. 반면 납세자 입장에서는 과세관청의 부당한 중복세무조사에 대해 소송으로 대항할 수 있는 길이 열리게 돼 유사한 소송이 잇따를 전망이다. 대법원 특별3부(주심 박재윤 대법관)는 지난 2일 중복세무조사 등으로 1억5,784만여원의 부가가치세 부과처분을 받은 부동산임대업자 김모(68)씨가 남인천세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소소송 상고심(☞2004두12070)에서 "중복세무조사로 인한 과세처분은 위법하므로 2,700여만원을 제외한 나머지 부분을 취소한다"며 사실상 원고승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "이 사건 과세처분은 피고가 98년 11월께 한 세무조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 중복해 실시한 서울지방국세청장의 위법한 중복조사에 기초해 이뤄진 것이므로 위법하다"고 밝혔다. 원고 대리인인 법무법인 율촌의 소순무 변호사는 "이번 대법원 판결은 과세관청의 무분별한 세무조사 관행에 제동을 건 것"이라며 "대법원이 과세처분의 절차적 통제를 통해 납세자의 권리구제에 앞장서겠다는 확고한 의지를 표명한 것으로 평가된다"고 말했다.