국내 법인이 중국 법인에 지급보증을 제공하고 받은 수수료는 한국과 중국 간 조세조약에 따른 '이자 소득'으로 볼 수 없어 세액공제 대상에서 제외된다는 대법원 판결이 나왔다. 3일 법원에 따르면 대법원 행정3부(주심 이흥구 대법관)는 한화솔루션이 남대문세무서를 상대로 제기한 경정거부처분 취소소송에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 지난달 8일 사건을 서울고법으로 돌려보냈다(2021두32248). 한화솔루션은 2014년 중국법인인 한화케미칼 유한공사가 대출을 받을 때 지급보증을 제공한 대가로 10억6710만 원의 수수료를 받았다. 한화케미칼은 이 수수료가 '대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정(한·중 조세조약)'상 '이자 소득'에 해당한다고 보고, 10%의 제한세율을 적용해 중국 과세당국에 세액 1억671만 원을 원천징수해 납부했다. 한화솔루션은 중국 정부에 이미 세금 일부를 납부했으므로 외국납부세액공제 제도에 따라 이미 낸 법인세에서 그만큼을 환급해달라고 한국 과세 당국에 경정청구를 했다. 외국납부세액공제란 외국 법인이 한국에 법인세를 낼 때는 외국에 납부한 만큼을 공제하고 납부할 수 있도록 하는 제도로, 이중과세를 방지하기 위해 마련됐다. 1심 법원은 원고(한화솔루션)의 청구를 기각했으나 2심은 원고 승소로 판결했다. 쟁점은 이 사건의 지급보증 수수료가 한·중 조세조약상 이자 소득에 해당하는지였다. 이자 소득에 해당한다면 한중 조세조약에 따라 중국 정부도 10%를 과세할 수 있고 외국납부세액공제가 가능하다. 반면 이자 소득이 아닌 '기타 소득'에 해당한다면 한국 정부에만 과세권이 있어 공제가 불가능하다. 대법원은 지급보증수수료를 기타 소득으로 본 과세 당국 측 주장이 맞다고 판단했다. 대법원은 "어떤 소득을 한·중 조세 조약에서 정한 이자라고 보기 위해서는 그 소득은 수취인이 자금을 제공한 것에 대한 대가에 해당해야 한다"며 "지급보증 수수료는 지급보증의 대가일 뿐이므로 이자에 해당하지 않는다"고 판시했다. 그러면서 "이 사건 지급보증 수수료가 그 외 다른 조항에서 취급하는 소득 항목에도 속하지 않는 한 결국 한·중 조세조약에 따라 거주지국인 우리나라에만 과세권이 있으므로 중국에 납부한 원천징수세액은 외국납부세액 공제 대상에 해당하지 않는다"고 판결했다.

영화 제작에 들어간 특수효과, 의상·미술디자인 등 개발비용은 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 '연구·인력개발비'에 해당하지 않는다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 지난 4월 22일 리얼라이즈픽쳐스가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세경정 거부처분 취소소송(2021구합57940)에서 원고패소 판결했다. 영화 '신과 함께' 시리즈 등을 제작한 리얼라이즈픽쳐스는 2019년 4월 중부세무서에 "2015 내지 2017 사업연도의 법인세가 공제돼야 한다"고 주장하면서 해당 사업연도 법인세 이월공제액의 증액을 청구하고, 이월공제액 증가에 따른 2018 사업연도 법인세 7억2700여만원의 감액 및 환급을 요구하는 경정 청구를 했다. '신과 함께' 시리즈 등 영화 제작 과정에서 사용한 특수효과, 의상디자인, 미술디자인 등 위탁개발비용 162억8300만원이 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 연구·인력개발비에 해당한다는 주장이었다. 하지만 중부세무서는 "영화들을 제작하는 과정에서 지출된 디자인 비용은 조세특례제한법 및 시행령에서 정한 고유디자인의 개발을 위한 비용에 해당하지 않으므로, 세액공제 대상인 연구·인력개발비에 해당하지 않는다"며 거부했다. 리얼라이즈픽쳐스는 조세심판원에 중부세무서의 경정거분처분을 취소해달라는 심판을 청구했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "경정청구 당시 법인세 과세표준이나 세액의 감액경정을 청구한 것이 아니라 이월공제액의 증액을 청구했다"며 "해당 경정청구 중 법인세 이월공제액의 증액을 구하는 부분은 법인세 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이나 결손금액 또는 환급세액의 경정을 구하는 것에 해당하지 않아 경정청구 사유가 있다고 보기 어렵다"고 밝혔다. 또 "조세특례제한법에서 연구개발비에 대한 세액공제를 인정하는 취지는 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 비효율 내지 위험에 대해 세액 감면이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위한 것"이라며 "기존 영화에서 사용하지 않았던 특수효과나 디자인을 사용했더라도 통상적인 영화 제작활동을 수행한 것에 불과해 세액공제 대상인 연구개발비에 해당한다고 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "영화 제작에 사용된 특수효과 및 디자인 비용의 세액공제 산입 여부를 제한해 해석하지 않는다면, 영화 제작에 사용된 특수효과 비용과 디자인 비용은 대부분 세액공제 대상에 해당하게 되는 결과가 된다"며 "이는 연구개발비 세액공제 규정의 취지와 전혀 부합하지 않는다"고 판시했다.

부설연구소에 근무하는 연구원을 위해 기업이 지급한 퇴직연금보험료는 법인세 세액공제 대상인 인건비에 해당한다는 대법원 첫 판결이 나왔다. 연구인력개발비를 많이 지출하는 기업에 세제혜택을 주고 있는 조세특례제한법 관련 규정의 취지를 감안한 것이다. 이번 판결로 부설연구소를 두고 있는 기업들은 법인세액을 환급받을 수 있는 길이 열리게 됐다. 대법원 특별3부(재판장 김재형 대법관)는 골프존(소송대리인 법무법인 광장)이 북대전세무서장을 상대로 낸 법인세부과 취소소송(2016두83200)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 스크린 골프 시뮬레이터 개발 및 골프용품 제조·판매업체인 골프존은 2007~2010년 부설연구소에서 근무하는 직원들에 대한 퇴직연금보험료를 지출하고 이를 조세특례제한법상 세액공제 대상인 연구인력개발비로 반영했다. 그러나 2013년 세무서가 "퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니다"라며 법인세를 부과하자 소송을 냈다. 조세특례제한법 제10조는 연구인력개발을 위한 비용 중 기업부설연구소 및 연구개발전담부서에서 근무하는 연구원 및 연구보조원에게 지급하는 인건비를 법인세액에서 일부 공제할 수 있도록 하면서, 같은 법 시행령에서는 퇴직급여 또는 퇴직급여충당금은 세액공제대상에 제외하고 있다. 이 사건에서는 관련 조항의 해석과 관련해 퇴직급여나 퇴직급여충당금이 아니라 퇴직연금보험료도 법인세액 공제대상에서 제외되는지가 쟁점이 됐다. 재판부는 "골프존이 연구원들에게 지급한 퇴직연금보험료는 연구원별로 실제 지출된 비용이므로, 적정한 기간손익의 계산을 위해 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리한다"며 "퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응해 연구원별로 근속 여부에 따라 실제 지출돼 연구원들에게 확정적으로 귀속되고, 그 지출 사업연도에 비용으로 인정되므로, 적정한 기간손익 계산을 위해 추산한 비용에 불과한 퇴직금여충당금과 달리 세액공제 대상 인건비에 해당한다"고 판시했다. 1심은 "퇴직연금보험료 역시 퇴직과 관련해 지급되는 것이므로 퇴직급여충당금과 마찬가지로 세액공제대상이 아니다"라며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 "퇴직연금보험료는 연구소에 근무하는 직원들에게 근로의 대가로 유상으로 지급되는 것이고, 퇴직금 또는 퇴직급여충당금과는 그 회계처리나 운용방식이 다르다"며 "법문상으로도 퇴직연금보험료를 세액공제대상에서 제외하고 있지 않으므로 세액공제대상 인건비에 포함되는 것으로 봐야 한다"며 골프존의 손을 들어줬다. 골프존을 대리한 류성현(43·사법연수원 33기) 광장 변호사는 "이번 사건은 부설연구소나 연구개발전담부서를 두고 있는 전자, 자동차, 제약 분야 등의 많은 기업에 공통적으로 발생할 수 있는 문제"라며 "이번 판결로 연구원 등에게 지급한 퇴직연금보험료에 대해 세액공제를 받지 못한 다른 기업들도 혜택을 볼 수 있을 것"이라고 말했다. 그는 "해당 기업들은 소급해 5년간 경정청구를 할 수 있는데, 환급금 외에 환급가산금은 경정청구일부터 기산되므로 경정청구를 신속히 진행하는 것이 유리하다"고 조언했다.

회사가 직원들의 퇴직에 대비해 적립하는 퇴직급여충당금은 세액공제 대상 인건비가 아니라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 고영한 대법관)는 지난 13일 ㈜현대자동차가 "연구개발 전담부서 직원들에 대한 퇴직급여충당금 111억여원을 세액공제 대상에 포함해달라"며 서초세무서장을 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송 상고심(2013두24310)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 조세특례제한법과 시행령은 연구 및 인력개발 비용 중 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기재부령이 정하는 자의 인건비에 대해서는 세액을 공제 해주도록 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 "연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있기 때문에 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다"고 밝혔다. 또 "퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려해 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없다"고 덧붙였다. 반면 1심과 항소심은 "인건비는 그 명칭을 불문하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것"이라며 "퇴직급여충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대해 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법 취지에 반하지 않는다"고 판단했다. 현대차는 2008∼2010 사업연도의 연구개발 전담부서 직원들에 대한 퇴직급여 충당금이 '연구·인력개발비'와 관련이 있는 만큼 세액공제 대상이라고 주장했지만 세무서는 인정하지 않자 2012년 12월 소송을 냈다.

공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성한 세금계산서에 의해 매입세액을 공제받기 위해서는 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 이번 판결은 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 경과된 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성된 세금계산서에 의한 매입세액의 공제는 허용되지 않는다는 것이어서 무자료 매입을 통한 탈세방지에는 크게 기여할 것으로 보이나 납세자들은 매입세액을 제대로 공제받지 못할 수도 있는 만큼 부가세 납부와 관련해 각별한 주의가 요망된다. 대법원 전원합의체(주심 裵淇源 대법관)는 서울 강남구에서 주유소를 경영하는 승모씨(66)가 삼성세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소청구소송 상고심(☞2002두5771)에서 이같이 판시, 18일 원고승소판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세법 관련 조항의 해석상 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다르더라도 그 세금계산서의 기재대로 거래사실이 확인된다면 그 거래사실에 대한 매입세액은 공제돼야 하지만, 부가가치세의 특성과 세금계산서의 기능에 비춰 그 매입세액의 공제는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급해 작성했다 하더라도 부가가치세법 제17조2항 제1호의2 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제돼서는 안된다"며 "이와 달리 세금계산서가 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급해 작성교부됐다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의해 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세액의 매입세액은 공제돼야 한다고 판시한 대법원 ☞85누398, ☞87누964, 2000두581, ☞2000두8097 판결은 변경하기로 한다"고 덧붙였다. 이에 대해 姜信旭, 李康國, 朴在允 대법관은 별개의견을 통해 "다른 기재사항에 의해 거래사실이 확인되고 그 거래에 다른 부가가치세의 거래징수도 정상적으로 이뤄졌으나 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인해 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액의 공제는 허용돼야 한다"고 밝혔다. 승씨는 지난 98년 세금계산서를 발행하지 않고 다른 주유소들과 석유류에 대한 소비대차거래를 하며 부가세 신고 때에도 이를 누락했다가 99년4월 실시된 세무조사 과정에서 98년 제1~2기에 10억8천여만원의 매출액을 누락한 사실이 드러나자 비로소 다른 주유소들로부터 작성일을 거래일자로 해 소급작성된 매입세금계산서를 교부받아 삼성세무서에 부가가치세 경정청구를 했으나 삼성세무서가 매입세액을 공제하지 않고 매출누락분에 대한 매출세액에다 가산세를 더해 1억2천3백여만원의 부가세를 부과하자 소송을 내 1,2심에서 승소했었다.