한국철도공사가 벽지노선 운영 등 공익 목적의 철도 운영에 따라 정부에서 받은 보상금은 과세 대상이 아니라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 박정화 대법관)는 철도공사가 영등포세무서 등 15개 세무서를 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2017두55329)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "벽지에 철도노선을 운영한데 따른 공익서비스 보상액은 철도공사가 국토해양부 장관과 체결한 계약에 따라 국가로부터 받은 것"이라며 "이는 용역의 대가가 아니기 때문에 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분해 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령 제61조 1항을 유추적용할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "원심은 공익서비스 보상액을 비과세 사업의 수입금액으로 봐 구 부가가치세법 제61조 1항을 유추적용해 공통매입세액을 안분해야 한다고 판시했는데, 이는 공익서비스 보상액의 성격에 관한 법리를 오해해 필요한 심리를 다하지 않은 것"이라고 판시했다. 철도공사는 2008년 국토해양부와 공익서비스 보상계약을 체결했다. 공사가 운임감면, 벽지노선 운영, 특별동차 운영 등 공익서비스를 제공하고 국토부가 이에 소요되는 비용을 보상해주는 내용이었다. 공사는 이에 따라 2661억원의 보상금을 받았는데, 이 돈을 비과세 대상인 국고보조금으로 보고 이 부분을 빼고 계산한 부가가치세를 신고했다. 그러나 영등포세무서 등은 공익서비스 보상액도 철도공사의 사업에 대한 대가이므로 과세대상이라며 가산세를 포함해 57억여원을 경정고지했다. 공사는 이에 불복해 소송을 냈다. 1,2심은 "정부 보상액은 철도공사 사업의 수입금액으로 봐야 하므로 매입세액에 포함해 부가가치세를 계산해야 한다"며 세무서의 손을 들어줬다.