상가를 팔면서 매도금액이 다른 2개의 계약서를 쓰고 상대적으로 낮은 매도금액이 기재된 매매계약서를 기초로 양도소득세를 냈더라도 세금 탈루 목적이 없었고 5년이 지났다면 양도소득세를 추가 납부할 필요가 없다는 판결이 나왔다. 서울 강서구 아파트단지에 상가 2개를 갖고 있던 김씨는 2003년 3월 이모씨 등 2명에게 상가를 팔았다. 이 과정에서 김씨는 이씨 등과 두 차례 계약서를 썼다. 매매계약 체결 당시 양도가액을 4660만원으로 하는 계약서를 썼지만, 이후 당시 상가 임차인이던 조모씨가 이씨로부터 시설비와 영업권리금 등을 받기로 하면서 이들 금액을 포함시켜 상가 매매가를 1억3000만원으로 하는 계약서를 다시 쓴 것이다. 김씨는 처음 계약서를 기초로 양천세무서에 신고하고 양도소득세 14만원을 납부했다. 그런데 이씨가 이 상가를 다른 사람에게 넘기면서 취득가액을 1억3000만원으로 강서세무서에 신고하면서 뒤늦게 문제가 발생했다. 양천세무서가 2014년 2월 양도소득세를 다시 계산해 김씨에게 6200여만원을 추가납부하라고 고지했기 때문이다. 김씨는 이의신청을 했지만 양천세무서가 김씨의 주장 일부만 받아들여 850만원을 내야한다고 하자 소송을 냈다. 서울행정법원 행정3단독 이승윤 판사는 김씨가 "양도소득세 추가 부과처분을 취소해 달라"며 양천세무서장을 상대로 낸 소송(2015구단144)에서 최근 김씨의 손을 들어줬다. 이 판사는 판결문에서 "국세기본법 제26조의2는 조세 법률관계의 신속한 확정을 위해 국세 부과의 제척기간을 원칙적으로 5년으로 규정하면서, 납세자가 과세요건 사실을 발견하기 곤란하게 하거나 허위사실을 제출하는 등 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 사정이 있는 등의 경우에 한해 제척기간을 10년으로 연장하고 있다"고 밝혔다. 이어 "김씨 등이 2개의 매매계약서를 작성한 것은 세금을 탈루하기 위한 것이라기보다 매매 당시 임차인의 시설비와 영업권리금이 포함된 매매계약서를 다시 작성한 것으로 봐야 한다"며 "세금의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 보기 어렵다"고 설명했다. 이 판사는 "이 사건에서는 5년의 제척기간이 적용돼야 한다"며 "따라서 양도소득세 제척기간은 신고기한인 2004년 5월 1일부터 31일까지의 다음날인 6월 1일부터이고, 이 날로부터 5년이 넘은 2014년 2월 추가 납부 통지한 세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.