취득세 납부시한을 단 하루만 넘기더라도 무조건 20%의 가산세를 부과하도록 한 지방세법 제12조는 헌법에 합치하지 않으며 따라서 적용을 중지하라는 헌법재판소의 결정이 나왔다. 이에 따라 지방세법이 개정될 때까지 미납 취득세에 대해 가산세를 물릴수 없게 됐으며, 이미 부과된 가산세에 대한 집행도 사실상 중지됐다. 또 이 규정과 비슷하게 규정된 각종 조세의 가산세 부과규정도 개정이 불가피할 것으로 보인다. 헌법재판소 전원재판부(주심 權誠 재판관)는 25일 취득세 납부기한을 단 하루라도 넘길 경우 일률적으로 20%의 가산세를 부과할 수 있도록 한 지방세법 제121조 제1항에 대해 헌법불합치 및 적용중지 결정을 내렸다(2003헌바16). 재판부는 결정문에서 “이 사건 법률조항은 납세협력 의무와 자진신고 의무를 어긴 사람을 세금의 형태로 제재하기 위해 가산세를 부과하는 것으로 입법목적은 정당하다”고 전제한 뒤 “하지만 취득세의 자진납부 의무의 위반정도는 미납기간의 장단과 미납세액의 다과라는 두 가지 요소에 의해 결정되어야 함에도 이 사건 법률조항중 산출세액의 100분의 20을 가산세로 획일 규정한 것은 의무위반의 정도를 결정하는 두 가지 요소 중 미납기간의 장단은 전혀 고려하지 않은 것으로 헌법상의 비례의 원칙에 위반된다”고 밝혔다. 재판부는 또 “소득세, 법인세 등 국세의 경우 자진신고 불이행과 납부의무 불이행을 별개로 구분하고 미납일수에 비례해 가산세를 부과하도록 규정하고 있는데 비해 지방세법은 가산세를 일률적으로 정하고 있어 헌법상 평등의 원칙에도 위배된다”고 밝혔다. 재판부는 하지만 “이 사건 법률조항은 헌법에 위반되므로 원칙적으로 위헌결정을 선고해야 하지만 단순위헌을 선고하면 지방자치단체에서 취득세의 가산세를 부과할 수 없게 되고 법적 공백이 생겨 재정에 상당한 영향을 주게 되는 등의 문제가 발생할 것으로 여겨 헌법불합치 및 적용중지를 명령한다”며 헌법불합치 결정이유를 밝혔다. 이에 반해 尹永哲·權誠·金曉鍾·金京一·全孝淑 재판관 등은 “단순위헌을 선고해야 한다”는 의견을 냈다.

납세자가 자신의 착오로 정당한 세금보다 과다한 등록세·취득세 등을 신고, 납부한 행위는 무효이므로, 지방자치단체가 납세자로부터 받은 세금을 돌려주라는 판결이 나왔다. 납세의무자가 부당이득반환 청구를 통해 세금을 돌려받기 위해서는 그 신고행위가 중대·명백한 하자로 당연무효가 되어야 하는데 지금까지의 판례는 당연무효 요건을 엄격하게 인정, 납세의무자가 착오로 과다한 세금을 신고·납부한 경우 상식적으로는 이를 받환받아야 하는 데도 "행정청의 처분"이 없고, "중대·명백한 하자"가 없다는 이유로 반환받지 못하는 경우가 많았다. 서울지법 민사 항소2부(재판장 權五坤 부장판사)는 7일 착오로 너무 많이 낸 세금을 돌려달라며 박모씨(서울 성동구 송정동)가 경기도를 상대로 낸 부당이득금 반환청구소송(99나59862)에서 원심을 깨고 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "(신고납부방식의 조세의 경우) 이의신청이나 심사청구 또는 행정소송을 통한 구제수단이 전혀 없는 점에 비추어 볼 때, 원고가 아무리 자신의 착오로 과다하게 세금을 자진신고하고 납부했다 하더라도 그 납부세액이 정당하게 납부하였을 세금보다 4배 내지 55배에 달하고 토지의 취득가액 자체보다도 더 많게 되었다고 한다면 그러한 신고납부행위는 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 보는 것이 정의·공평의 이념과 국민의 재산권 보호 측면에서 타당하다"고 밝혔다. 박씨는 일괄 매수한 수필지의 토지 중 일부 필지만 등기하는 과정에서 착오에 의하여 토지 전체의 가격을 기준으로 등록세와 취득세를 납부, 제대로 납부하였을 경우보다 등록세는 4배, 취득세는 55배를 납부하고 결과적으로 토지의 취득가격 자체보다도 더 많은 세금을 납부한 후 이 사건 소송을 냈었다. 1997년 지방세법이 개정되기 이전까지는 취득세, 등록세와 같이 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 신고납부방식의 조세의 경우, 과세관청의 부과처분이 따로 없기 때문에 이의신청이나 행정소송을 통해서는 납세자가 구제받을 길이 없었다. 1997년도에 개정된 지방세법 제72조 제1항은 신고시에 처분이 있었던 것으로 본다고 규정함으로써 권리구제의 길을 열었다. 이번 판결은 그러한 납세자에게 법적 구제수단을 인정하였다는 점에서 주목된다. 원심에서는 "원고가 착오에 의하여 자진신고하였다는 사정만으로는 신고행위에 중대하고 명백한 하자가 없다"는 취지로 원고 패소판결을 내렸었다.