간이과세자가 일반과세자로 전환하면서 재고품 등의 자산을 직전의 과세기간 확정신고기간에 신고하지 않았더라도 재고매입세액 공제를 해줘야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 재고매입세액 공제란 간이과세자는 물품을 구입할 때 낸 부가가치세 10% 중 일부만 공제를 받기 때문에 일반 과세자로 전환되는 경우에 보유하고 있는 재고품이나 감가상각자산에 대해 기왕에 공제받지 못했던 부분을 추가로 공제해주는 제도다. 대법원 민사3부(주심 민일영 대법관)는 최근 여성용품 판매업자 민모(38)씨가 강서세무서를 상대로 낸 부가가치세 환급거부처분 취소소송 상고심(☞2010두2845)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세법 시행령은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 변경되는 날 현재의 재고품 및 감가상각자산을 변경되는 날의 직전 과세기간 확정신고 기한 내에 관할세무서장에게 신고해야 하고, 관할세무서장은 재고매입세액으로 공제할 수 있는 재고금액을 조사·승인하고 1월 이내에 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지해야 한다고 규정하고 있다"며 "규정의 문언 내용과 형식, 재고매입세액 공제제도의 취지 등을 종합해보면 간이과세자에서 일반과세자로 변경되는 사업자가 부가가치세법 시행령에서 정하는 기한 내에 일반 과세 전환 시의 재고품과 감가상각 자산을 신고하지 않았다고 해서 재고매입세액이 공제되지 않는다고 할 수는 없다"고 밝혔다. 강서구 화곡동에서 일반과세자에 비해 낮은 부가가치세율을 적용받는 간이과세자로 여성용품 판매업을 하던 민씨는 2008년부터 일반과세자로 전환했다. 민씨는 2008년 4월 제1기분 부가가치세 확정신고를 하면서 재고매입세액 1700여만원을 포함한 2300여만원의 부가가치세 환급신청을 했으나, 강서세무서가 "민씨가 부가가치세법 시행령에서 정한 재고품 등을 과세기간 확정 신고기한인 2008년 1월 25일까지 신고를 하지 않았다"며 재고매입세액을 인정하지 않자 소송을 냈다. 1심은 "시행령이 재고매입세액 공제를 위한 필요조건이 아니라 조세액을 조속히 확정하기 위한 절차규정에 불과하다"며 원고승소 판결했으나, 2심은 "사업자의 재고품은 수시로 증감·변동되는 것이어서 간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우에 이를 신속히 조사·확정하지 않으면 그 진실성을 담보할 수 없어 시행령이 이를 방지하기 위한 규정을 둔 것"이라며 원고패소 판결했다.