같은 잘못이 매 사업연도에 반복되더라도 중복세무조사는 허용되지 않는다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정13부(재판장 정형식 부장판사)는 L유동화전문 유한회사가 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분취소소송(☞2007구합47152)에서 "피고는 59여억원의 법인세 부과처분을 취소하라"며 최근 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "중복세무조사금지원칙의 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자의 영업의 자유를 침해할 뿐만 아니라 과세관청의 자의적인 세무조사의 위험도 있기 때문"이라며 "국세기본법 제81조의4 등에서 규정한 예외적인 사유가 아닌 한 중복세무조사는 허용되지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "예외사유인 '2 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우'를 같은 사안에 대해 같은 잘못이 매 사업연도에 반복되는 것도 포함된다고 해석하면 중복세무조사금지원칙이 형해화될 수 있다"며 "잘못이 불가분의 일체를 이루고 있어 한 사업연도에 대한 세무조정이 다른 사업연도에 대한 세무조정에 영향을 미치는 경우로 제한적으로 해석하는 것이 타당하다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "2차 세무조사로 이자율 산정의 잘못이 발견됐어도 이자율 산정 잘못으로 인한 세무조정이 각 사업연도별로 분리될 수 있는 이상 예외사유에 해당하지 않는다"고 지적했다. 재판부는 2001년 3월과 9월, 2002년 9월 사업연도 법인세에 대해서는 중복세무조사 금지원칙위배 등을 이유로, 2003년 9월과 2004년 9월 사업연도 법인세에 대해서는 정상이자율 산정 잘못을 인정해 역삼세무서가 2005년 10월에 한 법인세 59억여원 부과처분을 모두 취소했다.

세무당국이 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 없이 동일한 과세기간 동안의 동일한 세목에 대해 실시한 중복세무조사는 위법하므로 납세자는 세금을 낼 필요가 없다는 대법원 판결이 나왔다. 현행 국세기본법 제81조의3은 △조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 △거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 △2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 △부동산투기 등 경제질서 교란을 통한 탈세자에 대한 일제조사 등의 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해서는 다시 세무조사를 할 수 없도록 규정하고 있다. 하지만 이 규정이 훈시규정에 불과한 것으로 볼 것인지, 아니면 강행규정으로 볼 것인지에 대해서는 학계나 실무계에서 조차 명확한 입장표명이 없어 그동안 혼선을 빚어왔다. 따라서 이번 대법원 판결은 이 규정을 단순한 훈시규정이 아니라, 과세관청을 실질적으로 구속하는 강행규정이라는 점을 명확히 했다는 점에서 큰 의미가 있다. 이에 따라 과세당국은 앞으로 이 규정을 위반한 중복세무조사에 의해 취득한 과세자료로는 과세처분을 할 수 없게 됐다. 반면 납세자 입장에서는 과세관청의 부당한 중복세무조사에 대해 소송으로 대항할 수 있는 길이 열리게 돼 유사한 소송이 잇따를 전망이다. 대법원 특별3부(주심 박재윤 대법관)는 지난 2일 중복세무조사 등으로 1억5,784만여원의 부가가치세 부과처분을 받은 부동산임대업자 김모(68)씨가 남인천세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소소송 상고심(☞2004두12070)에서 "중복세무조사로 인한 과세처분은 위법하므로 2,700여만원을 제외한 나머지 부분을 취소한다"며 사실상 원고승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "이 사건 과세처분은 피고가 98년 11월께 한 세무조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 중복해 실시한 서울지방국세청장의 위법한 중복조사에 기초해 이뤄진 것이므로 위법하다"고 밝혔다. 원고 대리인인 법무법인 율촌의 소순무 변호사는 "이번 대법원 판결은 과세관청의 무분별한 세무조사 관행에 제동을 건 것"이라며 "대법원이 과세처분의 절차적 통제를 통해 납세자의 권리구제에 앞장서겠다는 확고한 의지를 표명한 것으로 평가된다"고 말했다.