1980년대 대표적 인권유린 사례인 '부산 형제복지원 사건'과 관련해 고(故) 박인근 전 형제복지원 원장의 무죄 판결을 취소해달라며 검찰총장이 제기한 비상상고가 기각됐다. 대법원 형사2부(주심 안철상 대법관)는 특수감금 등의 혐의로 기소돼 무죄 확정 판결을 받은 박씨 사건에 대해 검찰총장이 낸 비상상고를 11일 모두 기각했다(2018오2, 2019오1). 검찰은 이 사건에서 "법원이 위헌·무효인 훈령을 근거로 특수감금 부분에 대해 정당행위를 규정한 형법 제20조를 적용해 무죄로 판단한 것은 법령위반"이라고 주장했다. 그러나 재판부는 "형사소송법이 정한 비상상고 이유인 '그 사건의 심판이 법령에 위반한 때'란 실체법 적용에 관한 위법 또는 그 사건에서의 절차법상의 위배가 있는 경우"라며 "법령을 적용하는 과정에서 '전제가 되는 사실'을 오인해 법령위반의 결과를 초래한 것은 '그 사건의 심판이 법령에 위반한 때'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. 이어 "법원이 박씨의 특수감금 행위의 위법성이 조각된다고 판단하면서 적용한 법령은 내무부훈령이 아니라 정당행위에 관한 형법 제20조나 상급심 재판의 기속력에 관한 법원조직법 제8조"라며 "훈령은 정당행위를 적용하기로 하면서 '전제로 삼은 여러 사실 중 하나'일 뿐"이라고 했다. 그러면서 "원판결이 '훈령이 상위법령에 저촉되어 무효임을 간과했다'는 사정은 형법 적용시 '전제사실'을 오인했다는 것에 불과하다"며 "이는 비상상고의 사유인 '그 사건의 심판이 법령에 위반한 때'에 해당하지 않는다"고 지적했다. 재판부는 또 상급심의 파기 판결로 효력을 상실한 재판은 비상상고의 대상이 될 수 없다고 판단했다. 재판부는 "형사소송법은 '검찰총장은 판결이 확정한 후 그 사건의 심판이 법령에 위반한 것을 발견한 때에는 대법원에 비상상고를 할 수 있다'고 규정한다"며 "상급심의 파기판결에 의해 효력을 상실한 재판의 법령위반 여부를 다시 심사하는 것은 무익할 뿐만 아니라, 법령의 해석·적용의 통일을 도모하려는 비상상고 제도의 주된 목적과도 부합하지 않는다"고 밝혔다. 이어 "따라서 상급심의 파기판결에 의해 효력을 상실한 재판은 비상상고의 대상이 될 수 없다"고 했다. 그러면서 "검찰은 박씨의 주간감금행위를 무죄로 판단한 2심 판결에 대해서 비상상고를 했는데, 해당 판결은 상고심에서 파기돼 효력을 상실했다"며 "이 부분에 대한 비상상고는 '비상상고의 대상이 될 수 없는 재판에 대해 제기된 것'이어서 받아들일 수 없다"고 덧붙였다. 재판부는 다만 "비상상고의 허용 여부는 이 사건의 본질에 대한 인식이나 피해자들에 대한 피해 회복 조치의 필요성과는 별개로 판단되어야 할 문제"라며 "법령위반의 의미와 범위에 관하여는 종래 대법원이 다른 비상상고 사건에서 적용하여 온 것과 동일한 기준으로 판단할 수밖에 없다"고 했다. 형제복지원은 1975년부터 1987년까지 수용시설처럼 운영되며 시민들을 불법 감금하고 시설에서 강제노역과 구타, 성폭행이 자행됐다는 의혹을 받았다. 복지원 자체 기록만으로도 사망자는 513명으로 집계됐고, 일부 시신은 암매장돼 아직도 정확한 위치를 찾지 못한 상태다. 복지원 원장 박씨는 특수감금 등 혐의로 기소됐지만 대법원은 1989년 박씨의 행위가 당시 정부 훈령에 따른 부랑자 수용이었다며 형법상 정당행위로 판단해 무죄를 선고했다. 하지만 29년이 지난 2018년 문무일 당시 검찰총장은 대검찰청 산하 검찰개혁위원회의 권고에 따라 박씨 사건을 비상상고했다.