원유 정제과정에서 부수적으로 나오는 연료가스나 수소를 생산하는데 사용한 원유도 석유수입부과금 환급 대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 정유사들은 이 판결을 통해 수백억원을 돌려받게 됐다. 대법원 특별1부(주심 김소영 대법관)는 27일 S-오일이 한국석유공사를 상대로 낸 석유수입부과금환급금 환수처분 취소소송(2015두1250)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 한국석유공사는 구 석유 및 석유대체연료 사업법에 따라 정유사들이 원유를 수입할 때 석유부과금을 부과하는 대신, 이들이 수입한 원유를 이용해 생산한 제품을 수출하거나 공업원료용으로 사용하는 등 일정한 사유가 있을 때에는 해당 수출제품이나 공업원료용으로 사용된 석유제품을 생산하는데 소요된 원유량에 해당하는 금액은 환급해줬다. S-오일은 원유정제공정에서 원유량의 1.5%에 해당하는 폐가스가 발생하는데 과거에는 이를 대기중에 방출했지만 기술발달에 따라 연료로 활용했다. 또 석유제품 중 하나인 나프타를 이용해 에틸렌 등 화학제품을 생산하는 과정에서 수소가 발생하는데 이를 탈황용으로 사용했다. 이에 S-오일은 2003년 2월부터 2007년 12월까지 석유공사에 석유제품 등의 생산에 소요된 원유량을 산정할 때 연료가스나 수소를 반영하지 않은 채 환급을 신청했고, 석유공사도 신청내용대로 환급했다. 하지만 감사원은 "연료가스 및 수소 생산에 소요된 원유량은 환급대상에서 제외해야 한다"는 감사결과를 발표했다. 그러자 석유공사는 2008년 3월 감사원 감사결과에 따라 2003년 2월~2007년 12월 S오일에 환급한 석유부과금 환급금 중 328억원여원을 다시 환수했다. 이에 반발한 S-오일은 소송을 냈다. 대법원은 S-오일의 손을 들어줬다. 대법원은 "석유환급금 환급 대상과 규모, 방법 등 산정기준에 관한 규정을 해석할 때는 조세나 부담금 관련 법률해석의 법리가 적용돼야 한다"며 "따라서 환급금 산정기준을 정한 당시 규정도 원칙적으로 문언대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석해서는 안 된다"고 밝혔다. 이어 "환급결정이 이뤄진 시기에 적용되던 관련 규정의 해석상 환급대상인 수출 석유제품이나 나프타 생산 과정에서 발생한 연료가스나 수소가 환급 대상에서 제외된다고 볼 수 없다"며 "석유부과금 환급결정에 아무런 하자가 없기 때문에 환급결정을 취소한 것은 위법하다"고 밝혔다. 앞서 1,2심도 S-오일의 손을 들어줬다. 대법원은 이날 SK이노베이션(31억원, 2014두12017), GS칼텍스(307억원, 2014두12413), SK에너지(51억원, 2015두39453)가 낸 석유부과금환급금 환수처분 취소 소송에서도 같은 취지의 판결을 내렸다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 종래 석유부과금 환급금을 산정함에 있어 원유정제공정 등에서 부수적으로 발생하는 연료가스를 어떻게 처리해야 하는지에 관한 하급심의 혼선을 정리한 것"이라며 "환급대상인 수출 석유제품이나 공업원료용으로 사용된 석유제품 생산에 사용된 원유량을 산정할 때 명확한 근거 없이 연료가스나 수소를 제외할 수 없음을 분명히 했다"고 설명했다.

과세 당국의 할당관세 적용 기준에 대해 정유사들이 줄소송 움직임을 보이고 있다. 28일 법조계에 따르면 GS칼텍스는 서울세관장을 상대로 "25억여 원의 관세 부과를 취소해 달라"며 관세부과처분 취소소송(2012구합28575)을 서울행정법원에 냈다. 앞서 23일에는 S-Oil이, 24일에는 SK이노베이션 등 SK계열사 4곳이 같은 취지로 40억원대의 관세를 취소해달라고 소송을 제기했다. GS칼텍스도 앞서 소송을 제기한 정유사와 마찬가지로 "원유 정제 과정에서 발생하는 '폐가스(Fuel Gas)'가 경제적 가치가 있는 부산물이 아닌 '손모(損耗, 써서 없어진 부분)'이기 때문에 정유사가 과다한 물량에 과세를 감면받고 있는 것은 아니다"라고 주장했다.

SK와 S-Oil 등 국내 대형 정유사들이 과세 당국의 할당 관세 적용 기준에 반발해 40억 원대의 소송을 제기했다. 27일 법조계에 따르면 SK이노베이션 등 SK계열사 4곳은 서울세관장을 상대로 "세금 32억여 원을 취소해 달라"며 서울행정법원에 관세 등 부과처분 취소소송(2012구합28360)을 냈다. S-Oil도 지난 23일 "14억여 원을 취소해 달라"며 관세 등 경정고지 처분 취소소송(2012구합28223)을 냈다. 할당 관세란 특정 물품의 국내 수급을 조절하기 위해 정부가 정한 일정 수량이 수입될 때까지는 관세를 부과하지 않고, 일정 수량을 초과해 수입될 때는 높은 관세를 적용하는 제도다. 이번 소송은 원유를 정제하는 과정에서 발생하는 1.5% 가량의 '폐가스'의 성격을 손모(損耗, 써서 없어진 부분)로 봐야 하는지 부산물로 봐야 하는지에서 비롯됐다. 폐가스를 경제적 가치가 있는 부산물로 보면 감면 감세율을 적용하는 부분이 줄어들기 때문이다. 정유사는 폐가스가 원유 정제 과정에서 발생하는 손모이기 때문에 폐가스를 제외한 제품 총량을 기준으로 관세를 부과해야 한다는 입장이다. 전에는 대기로 방출돼 소실되던 폐가스를 현재는 재활용 과정을 통해 연료로 사용하고 있긴 하지만 원유 정제 공정에서 생산하고자 한 물품이 아니기 때문에 경제적 가치를 지닌 부산물로 볼 수 없다는 것이다. 하지만 과세 당국은 폐가스는 재활용 가능한 경제적 가치를 지닌 부산물이기 때문에 정유사에 적용된 할당관세를 다시 정해 그동안 적게 징수한 세금을 더 걷어야 한다는 입장이다. SK 계열사가 낸 소송은 행정11부(재판장 문준필 부장판사)에 배당됐다. 법무법인 화우의 이선애, 정종화 변호사 등이 대리하고 있다. S-Oil 사건은 행정5부(재판장 조일영 부장판사)가 맡았다. 법무법인 율촌의 김동수, 김근재, 이선호 변호사 등이 대리하고 있다.