실제 용역을 공급받은 사업장이 아닌 다른 사업장을 '공급받는 자'로 작성한 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하므로, 이 세금계산서로 매입세액을 공제해 부가가치세 확정신고 및 환급신고를 한 사업장에 과세관청이 세금계산서불성실가산세 등을 부과한 것은 적법하다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 오경미 대법관)는 이베이코리아가 서울 용인세무서를 상대로 낸 가산세 부과처분 취소소송(2021두39447)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 2000년 4월 주소지를 역삼 본점 사업장으로 해서 사업자등록을 한 이베이코리아는 2014년 5월 CJ대한통운과 2014년 6월부터 2016년 5월까지 2년간 물류처리업무를 위탁하는 계약을 체결했다. 이후 이베이코리아는 2015년 8월 물류대행 수수료율을 인상해 2015년 6월 1일부터 소급적용하기로 하는 물류대행추가약정을 체결했다. 이에 따라 이베이코리아는 소급적용이 시작되는 2015년 6월 1일부터 2015년 11월 30일까지 발생하는 물류대행 수수료의 정산차액(정산수수료) 12여억원을 2015년 12월까지 CJ대한통운에 청구하기로 했다. 한편 이베이코리아는 2015년 12월 7일 용인세무서에 사업장 소재지를 용인시 소재 물류센터로 삼아 사업자등록을 한 뒤 같은 달 14일 본점 관할인 역삼세무서에 사업자 단위 과세 사업자등록을 신청해 사업자등록을 마쳤다. 이에 따라 용인사업장에 관한 사업자등록은 2015년 12월 31일 폐업을 이유로 말소됐다. 이후 이베이코리아는 2015년 12월 CJ대한통운으로부터 정산수수료와 관련해 '공급받는 자'를 용인사업장으로 하고 12여억원의 전자세금계산서를 수령했다. 또 용인세무서에 2015년 2기(2015년 7월~12월)에 대한 부가가치세 확정신고를 하면서 이 세금계산서에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제한 뒤 매입세액이 매출세액을 초과한다는 이유로 환급세액 1억7050여만원을 신고했다. 하지만 용인세무서는 정산수수료가 용인사업장이 아닌 역삼 본점 사업장의 매입에 해당하므로 본점이 아닌 용인사업장이 수취한 세금계산서는 '공급받는 자'가 달라 사실과 다른 세금계산서라고 판단했다. 그러면서 환급세액을 4650여만원으로 감액 경정했다. 또 세금계산서의 매입새액 1억2400여만원에 대한 가산세(세금계산서불성실 가산세 및 초과환급신고 가산세) 3720여만원을 부과 결정했다. 이후 용인세무서는 2016년 3월 "이베이코리아가 신고한 환급세액 1억7050여만원에서 1억6100여만원(이사건 세금계산서의 매입세액 + 가산세)을 차감한 900여만원을 환급세액으로 결정한다"고 통지했다. 이베이코리아는 환급처분에 불복해 가산세 부과처분 취소소송을 냈고 절차상 하자를 이유로 원고승소 판결을 받아 확정됐다. 그러나 용인세무서는 이후 절차상 하자를 해결한 뒤 2018년 7월 다시 가산세 3720여만원을 부과했다. 한편 이베이코리아는 2016년 10월 역삼세무서장에게 본점 사업장에 관한 2015년 제2기 부가가치세 신고와 관련해 이 사건 세금계산서상 부가가치세를 매입세액으로 하는 과세표준 및 세액경정을 청구해 2017년 4월 역삼세무서장으로부터 세금계산서의 매입세액에 해당하는 1억2400여만원 전액을 환급받았다. 이베이코리아는 또한 용인세무서장을 상대로 "2018년 7월 11일 이베이코리아에게 한 2015년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 3700여만원에 대한 부과처분을 취소해달라"며 소송을 냈다. 1,2심은 세무서 측의 손을 들어줬다. 대법원도 "역삼 본점과 용인 소재 물류센터의 각 사업장을 보유한 이베이코리아가 CJ대한통운과 물류대행서비스 계약을 체결하고 용역을 공급받은 사업장은 역삼 본점이지 용인사업장이 아니므로, '공급받는 자'를 용인사업장으로 해서 작성된 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다"며 "이베이코리아가 이 세금계산서로 매입세액을 공제해서 부가가치세 확정신고 및 환급신고를 한 것에 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵기 때문에 용인세무서가 이베이코리아에 한 세금계산서불성실가산세 및 초과환급신고가산세 부과처분은 적법하다"고 판시했다.

부가가치세 환급세액의 지급을 구하는 소송은 민사소송이 아닌 행정소송으로 제기해야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 과다책정된 부가가치세와 실제 납입해야 할 세액의 차액을 돌려달라는 청구권의 성질은 민법상 부당이득 반환청구권이 아니라 공법상 권리이므로 행정소송법상 법률관계를 확정하는 '당사자 소송'에 의해야 한다는 취지다. 대법원 전원합의체(주심 신영철 대법관)는 21일 세금을 환급받을 수 있는 채권을 양수한 (주)아시아신탁이 "부가가치세 환급금 13억 9100여만원을 지급하라"며 국가를 상대로 낸 양수금 청구소송 상고심(☞ 2011다95564)에서 사건을 의정부지법 행정부로 이송한 원심을 확정했다. 이번 판결로 개별 세법에서 정한 환급세액의 반환도 일률적으로 부당이득반환이라고 본 기존의 대법원 판결(87누479)은 변경됐다. 재판부는 판결문에서 "납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계 없이 부가가치세법령의 규정에 의해 직접 발생하는 것으로, 그 법적 성질은 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의해 그 존재여부와 범위가 구체적으로 확정되고 조세정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다"고 덧붙였다. 그러나 박보영 대법관은 "소송실무의 관점에서 민사소송과 당사자소송의 구별실익이 그다지 크지 않다"며 "수십년 동안 축적된 대법원 판례를 통해 일반 국민에게 부가가치세 환급세액의 지급청구는 민사소송의 대상이라는 인식이라는 확고하고 실무관행도 확립된 상황이므로 구태여 부가가치세 환급세액지급청구에 관해서만 판례를 변경하면서까지 이를 당사자소송의 대상으로 보는 것은 소송실무만 혼란만 일으킬 우려가 있다는 측면에서 바람직하지 않다"는 반대의견을 냈다. 아시아신탁은 2009년 3월 A건설회사로부터 13억 9100여만원의 부가가치세 환급금채권을 양수받았다. 아시아신탁은 A사를 대리해 파주세무서에 채권양도 통지한 뒤 양수금 지급을 청구했으나 세무서가 지급을 거부하자 소송을 냈다. 1심을 맡은 의정부지법 민사부는 원고일부승소 판결했으나, 2심인 서울고법은 "부가가치세법상의 환급세액은 조세법적인 원리가 그대로 적용되므로 환급세액 반환청구소송은 전문법원인 행정법원에서 공법상 당사자 소송을 통해 심리·판단해야 한다"며 1심판결을 취소하고 의정부지법 행정부로 사건을 이송하는 판결을 내렸다. 소순무 법무법인 율촌 변호사는 "이번 판결로 부가가치세 환급세액을 지급하라는 소송의 당사자들은 행정법원이 설치된 지방법원 본원을 찾아가야 하는 불편을 감수해야 하지만, 전문적인 행정법원에서 재판을 받게 됐다"고 말했다.

내야할 액수보다 더 많은 법인세를 냈다가 환급받는 경우 국세환급가산금은 '환급세액 경정청구일로부터 30일이 경과한 날'이 아닌 '세금을 납부한 날'을 기준으로 계산해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사3부(재판장 卞東杰 부장판사)는 지난달 14일 국민은행이 "잘못 신고해 발생한 국세환급금 차액에 대한 가산금을 돌려달라"며 국가를 상대로 낸 부당이득금반환 청구소송 항소심(2003나32140)에서 국가는 "원고에게 32억4천4백70여만원을 지급하라"며 원고승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 법인세 신고시 세금이 이미 원천징수된 것을 모르고 납부한 세금에 대해 "피고는 국세기본법 제52조제6호를 적용, 개별세법이 정하는 신고에 해당돼 세무서장이 개별세법의 환급요건에 해당하는 지를 결정하고 이에 따라 경정결정일로부터 30일이 경과한 날부터 가산금을 계산해야 한다고 주장하나 원고가 납부한 법인세는 국세기본법 제52조1호의 착오납부·이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 해당된다"며 "환급가산금의 기산일을 '납부일 다음날'로 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "국세환급가산금에 대해 이와 같이 해석하지 않을 경우 법인세확정신고시 초과납부한 경우와 원천징수에 의해 상대적으로 더 많이 초과납부된 경우의 국세환급가산금의 기산일이 달라져 납세자 간 형평에 어긋나기 때문"이라고 설명했다. 국민은행은 지난 2000년3월과 2001년3월 각각 처음 계산해 납부한 법인세가 이미 원천징수된 사실을 뒤늦게 알고 그 초과분에 대해 중부세무서에 환급신고를 했지만 중부세무서는 추가환급금이 국민은행이 신고를 잘못해 발생한 환급금임을 이유로 그 환급가산금의 지급을 거절했었다.