[1] 서울대학교 조사위원회의 조사절차는 원고에 대한 징계절차가 아니라 징계의결을 요구하기에 앞서 피고(서울대학교 총장)의 필요에 의하여 마련된 임의적인 절차에 불과하므로, 조사위원회의 조사에 어떠한 하자가 있다고 하여 곧바로 원고에 대한 징계절차가 위법하다거나 그로 인한 징계처분이 위법하게 되는 것은 아니라고 할 것이고, 또한 조사위원회의 구성이나 조사기간, 조사방법 등에 징계의 효력에 영향을 미칠 만한 어떠한 하자가 있다고도 볼 수 없다.
[2] 원고가 NT-1번 줄기세포에 관한 유전자지문분석검사의 조작을 직접 지시하였다거나 2004년 논문의 작성 및 발표 당시에 이러한 사실을 알고 있었던 것으로는 보이지 아니하나, 제1징계사유는 기본적으로 원고가 유전자지문분석검사의 조작에 가담하였음을 문제 삼는 것이 아니고 원고가 2004년 논문의 제1저자이자 연구 프로젝트 전체를 책임지는 공동교신저자로서 논문 작성을 제대로 감독하지 못한 책임을 묻는 것이어서 원고가 데이터 조작에 관하여 전혀 몰랐다거나 공동연구의 업무분장상 병원 연구소측에 1차적인 책임이 있다고 하더라도 그와 같은 사유는 징계양정에 고려할 사항에 불과하다.
[3] 2005년 논문에 관한 제2징계사유는 원고가 2005. 3.경 NT-2, 3번(실체는 Miz-4, 8번)만 줄기세포주로 수립되어 배양 중이라고 생각하였을 뿐이고, NT-4 내지 7번(실체는 Miz-4, 6번)은 오염사고로 사멸한 사실, NT-8, 10, 11번(실체는 Miz-7, 10, 2번)은 2005. 3. 9.에야 비로소 콜로니가 형성된 사실, NT-9, 12번은 아직 콜로니가 형성되지 아니한 사실을 모두 알고 있었음에도 이들이 모두 실제로 존재하는 것처럼 하기 위하여 2005년 논문에 허위의 내용을 기재하고, 각종 검사결과를 조작하였다는 것이다. 결국, 원고가 ‘섞어심기’ 범행에 관여한 바 없다거나 속은 부분이 있다는 사정이 인정된다고 하더라도 제2징계사유가 존재한다는 판단을 하는 데에 아무런 장애가 되지 아니한다.
[4] 생명윤리 및 안전에 관한 법률의 시행에도 불구하고 원고가 난자 기증자 중 불임치료를 받기 위하여 내원한 환자들에게 과배란 주사비 명목으로 금전적인 이익을 제공한 사실이 인정되고 위 법의 입법목적 등에 비추어 재산상 이익과 결부하여 난자를 제공받아 이용하는 것은 윤리적인 문제를 수반한다고 할 것이어서 이 부분 징계사유 역시 충분히 인정된다.
[5] 원고는 이 사건 논문의 총괄 연구책임자이자 위 논문의 진실성을 보증하는 공동교신저자임에도 위 논문의 데이터를 고의로 조작하여 과학에 대한 신뢰기반을 훼손하는 중대한 부정행위를 저질렀고, 서울대학교 및 우리나라의 과학 수준에 대한 세계인의 평가에도 씻을 수 없이 커다란 타격을 주었다. 이와 같이 원고의 책임이 무거움에도 불구하고, 공동연구의 업무분장 등을 내세우면서 책임을 회피하려는 태도를 보이고 있을 뿐만 아니라 이 사건 징계사유와 같은 비위행위로 인한 업적을 통하여 1등급 훈장 및 석좌교수나 최고과학자와 같은 명성을 얻고 국민의 기대를 한 몸에 받는 등 특별한 혜택을 누렸던 사실 또한 간과할 수 없다. 이러한 사정을 종합하면, 종전의 학문적 공적 등 원고가 주장하는 모든 유리한 사정을 감안하더라도 이 사건 처분이 징계재량권의 범위를 일탈하거나 이를 남용하였다고 볼 수 없고, 원고의 주장대로 이 사건 논문과 관련하여 상당한 연구실체가 존재한다거나 일부 조작행위(특히 2004년 논문 조작 부분)에는 적극적으로 개입하지 아니하였다고 하더라도 달리 볼 바 아니다.