1. 수산업법은 면허어업에 대하여 그 면허가 시장?군수?구청장의 권한임을 명시하고 있는 점, 시장?군수?구청장은 수산업법 소정의 사유가 있는 경우에 면허한 어업을 제한?정지하거나 어업면허를 취소할 수 있는 점 등을 종합하면 어업면허사무는 지방자치단체의 사무에 해당하므로, 만약 청구인이 이 사건 쟁송해역에 대한 헌법상 및 법률상 자치권한을 가지고 있다고 인정된다면 이 해역에 대하여 이루어진 태안군수의 어업면허처분은 청구인의 자치권한을 침해하게 될 가능성이 있다.
2. 지방자치법 제4조 제1항에 규정된 지방자치단체의 구역은 주민?자치권과 함께 자치단체의 구성요소이고, 자치권이 미치는 관할구역의 범위에는 육지는 물론 바다도 포함되므로, 공유수면에 대해서도 지방자치단체의 자치권한이 존재한다.
3. 지방자치법 제4조 제1항은 지방자치단체의 관할구역 경계를 결정함에 있어서 ‘종전’에 의하도록 하고 있고, 지방자치법의 개정연혁에 비추어 보면 위 ‘종전’이라는 기준은 최초로 제정된 법률조항까지 순차 거슬러 올라가게 되므로 1948. 8. 15. 당시 존재하던 관할구역의 경계가 원천적인 기준이 된다. 그런데 지금까지 우리 법체계에서는 공유수면의 행정구역 경계에 관한 명시적인 법령상의 규정이 존재한 바 없으므로, 공유수면에 대한 행정구역 경계가 불문법상으로 존재한다면 그에 따라야 한다. 그리고 만약 해상경계에 관한 불문법도 존재하지 않으면, 주민, 구역과 자치권을 구성요소로 하는 지방자치단체의 본질에 비추어 지방자치단체의 관할구역에 경계가 없는 부분이 있다는 것을 상정할 수 없으므로, 헌법재판소가 지리상의 자연적 조건, 관련 법령의 현황, 연혁적인 상황, 행정권한 행사 내용, 사무 처리의 실상, 주민의 사회?경제적 편익 등을 종합하여 형평의 원칙에 따라 합리적이고 공평하게 해상경계선을 획정할 수밖에 없다.
4. 이 사건에서는 양 지방자치단체의 이익을 동등하게 다루고자 하는 규범적 관념에 기초한 등거리 중간선 원칙, 안면도와 황도, 죽도와 같이 이 사건 공유수면에 위치한 도서들의 존재, 서산군에 편제되어 있던 죽도리가 홍성군 소속으로 변경되는 것을 내용으로 하는 관련 행정구역의 관할 변경, 행정권한의 행사 연혁이나 사무 처리의 실상, 죽도와 이 사건 쟁송해역이 지리적으로나 생활적으로 긴밀히 연계되어 있는 상황 등을 고려하여 형평의 원칙에 따라서 해상경계선을 획정해야 한다. 이 사건 쟁송해역의 해상경계선은 청구인과 피청구인의 육상지역과 죽도, 안면도, 황도의 각 현행법상 해안선(약최고고조면 기준)만을 고려하여 등거리 중간선 원칙에 따라 획정함이 타당하다.
5. 국가기본도상의 해상경계선은 국토지리정보원이 국가기본도상 도서 등의 소속을 명시할 필요가 있는 경우 해당 행정구역과 관련하여 표시한 선으로서, 여러 도서 사이의 적당한 위치에 각 소속이 인지될 수 있도록 실지측량 없이 표시한 것에 불과하므로, 이 해상경계선을 공유수면에 대한 불문법상 해상경계선으로 인정해 온 종전의 결정은 이 결정의 견해와 저촉되는 범위 내에서 이를 변경하기로 한다.
6. [별지 1] 도면 표시 가, 나 사이의 각 좌표표시 점을 연결한 해상경계선의 우측(남동쪽)은 청구인의 관할구역에, 위 선의 좌측(북서쪽)은 피청구인의 관할구역에 각 속한다. 태안군수가 행한 태안마을 제136호, 제137호의 어업면허처분 중 위에서 본 청구인의 관할권한에 속하는 구역에 대해서 이루어진 부분은 청구인의 지방자치권을 침해하여 권한이 없는 자에 의하여 이루어진 것이므로 그 효력이 없다.
[재판관 2인의 반대의견 요지]
지방자치단체의 경계를 획정하기 위해서는 주민들의 생활권역에 대한 종합적 고려가 있어야 한다. 따라서 해상경계를 확정할 때에는 분쟁 대상 해역의 해저 지형이나 해류 등의 자연조건이 주민들의 생활에 어떤 영향을 미치는지 확인할 필요가 있다. 그러나 법정의견은 등거리 중간선 원칙이라는 획일적인 척도로 공유수면의 해상경계선을 획정하고 있다는 문제가 있다. 이는 경계의 확인이라기보다는 창설에 가깝다.
이 사건에서 청구인이 피청구인과 그 지역 주민들이 관리하고 있는 해역을 자신의 관할구역으로 주장하기 위해서는, 위와 같은 전반적 상황에 기초하여 이 사건 쟁송해역이 청구인 주민들의 생활권역과 밀접한 관련이 있다는 점을 구체적으로 증명하여야 하였지만, 제출한 증거를 모두 살펴보아도 이 사건 쟁송해역이 청구인의 관할에 속한다는 점을 인정하기에는 부족하다. 따라서 이 사건 심판청구는 기각되어야 한다.
[재판관 1인의 반대의견 요지]
공유수면을 지방자치단체의 관할구역으로 인정하려면 법률로 정해야 하는데, 정부 수립 이후 그 동안 법령으로 바다에 대한 지방자치단체의 구역을 확정한 적도 없으며 이에 관한 행정관습도 없다. 또한 국가가 바다에 관하여 지방자치단체의 일반적인 관할구역을 정하여야 하는 것은 아니다. 법정의견은 분쟁 해결의 필요성에만 의존하여 지방자치법의 기준에 따른 정부수립 당시 존재하던 종전의 구역 경계를 확인하지 아니한 채 확인이라는 명목으로 법령상의 근거도 없이 등거리 중간선을 그어 새롭게 지방자치단체의 일반적 관할구역을 창설하고 있다. 그러나 헌법재판소는 근거법령이 없는데도 지방자치단체의 자치권한을 새로 창설하는 방법으로 입법기능이나 행정기능을 수행할 수는 없다. 따라서 이 사건 심판청구는 기각되어야 한다.