공사도급계약에 의하여 공사를 진행하다가 완공 전에 중단된 경우에는 그 기성고가 결정되어 그에 상응한 공사대금을 지급받을 수 있게 된 날을 건설용역의 공급시기로 봄이 상당하다(대법원 1997년 6월 27일 선고 96누16193 판결 등 참조).
도급인이 공사대금 137,000,000원을 지급한 상태에서 공사가 중단됐다. 변론 전체의 취지를 종합하면, 도급인은 원고에게, 원고가 공사에 관해 설계도와 다르게 시공했고 도급인에게 추가 공사대금을 요구한다는 이유로 도급계약을 해제한다는 내용의 통보를 한 사실과, 원고는 도급인에게 추가공사금 등을 지급하라면서 이를 이행하지 않으면 도급계약이 해지된다는 통보를 하고 도급인을 사기죄로 고소한 사실 등이 인정된다. 또 원고와 도급인이 이 공사를 포기하고 아무런 법적 책임도 묻지 않으며, 현재 진행 중인 소송을 상호 취하 한다는 내용의 공사포기각서를 작성한 사실, 원고는 이미 수령한 지급금을 보유한 채 도급인에게 공사에서 완성한 부분을 인도한 사실도 인정된다.
원고와 도급인은 도급계약을 장래를 향해 합의해지하면서 서로 상대방이 그때까지 이행한 부분을 보유하고 이행하지 않은 부분에 대한 이행청구는 서로 포기하는 것으로 하여 이 사건 도급계약상 권리·의무를 정산하였고, 원고는 위 기성 부분에 관하여는 도급계약에따라 용역을 제공하였고 그 대가로 지급금을 지급받았는 바, 위 합의해지 시점에 그 용역의 제공이 완료되고 공급가액이 확정되었다고 봄이 타당하므로, 원고는 공사의 기성 부분에 관한 부가가치세 납부 의무가 있다.
한편, 대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 실제로 그 대가를 받았는지의 여부는 부가가치세 납부의무의 성립 여부를 결정하는데 아무런 영향을 미칠 수 없는 바(대법원 2003년 11월 28일 선고 2002두8534 판결 등 참조), 원고가 이 사건 도급인으로부터 지급금과 별도로 부가가치세를 거래징수하지 않았다고 하여 원고에게 부가가치세 납부의무가 없다고 할 수 없다.
원고와 도급인이 도급계약을 합의해지하면서 현상태에 합의하고 이후에 서로 법적 책임을 묻지 않기로 약정하였으므로, 이 사건 도급인이 원고에게 별도로 부가가치세를 지급할 의무가 남아있다고 단정하기 어려운 바, 지급금에서 11분의 1을 공제한 나머지를 과세표준으로 본 것이 위법하다고 할 수 없다.
또 과세청의 계산방식 등에 잘못이 있다 하더라도 부과·고지된 세액이 원래 당해 납세의무자가 부담하여야 할 정당세액의 범위를 넘지 아니하는 결과로 되고 그 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 그 정당 세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 취소할 것은 아닌 바(대법원 1992년 7월 28일 선고 91누10695 판결 등 참조), 가사 도급인이 원고에게 지급금과 별도로 이에 대한 부가가치세를 지급할 의무가 남아있다고 하더라도, 피고가 지급금 137,000,000원 전체를 이 사건 공사의 부가가치세 과세표준으로 산정하지 않고, 위와 같이 11분의 1을 공제한 나머지인 124,545,000원만을 과세표준으로 산정한 것은 결과적으로 부가가치세액 산정에 있어 원고에게 유리한 처분이고, 그 산정 결과는 이 사건 지급금 전체를 과세표준으로 하여 정당하게 산정한 부가가치세액의 범위내에 있다.