이 사건 법률조항에 의한 예금자우선변제제도는 서민금융기관인 상호신용금고의 예금채권자를 보호하고 상호신용금고의 공신력을 제고하기 위한 것이지만, 다른 일반채권자의 희생을 그 수단으로 하고 있다. 상호신용금고는 지역단위의 소규모 금융기관으로 자산규모가 작고 총부채 중에서 예금채권이 차지하는 비율이 90%가 넘기 때문에 예금채권이 우선변제권을 행사하고 나면 일반 채권자의 몫으로 남는 자산은 없거나 극히 적게 되어 일반 채권자들은 거의 변제를 받지 못하게 된다. 더구나 이 사건 법률조항이 신설된 후에 상호신용금고의 건전한 경영과 부실방지를 위한 제도적 장치가 보완되었고, 1997. 12. 31.부터는 상호신용금고의 예금채권자도 예금자보호법에 의한 보호를 받게 되었으므로 더 이상 일반 금융기관의 예금과 달리 상호신용금고의 예금채권만을 특별히 보호해야 할 필요성이 있다고 보기 어렵다. 한편, 이 사건 예금자우선변제제도는 영세상공인이 주로 거래하는 서민금융기관의 공신력을 보장하고 서민예금채권자를 보호하기 위한 것이라고 할 수 있는데, 설령 상호신용금고의 예금채권을 특별히 보호해야 할 필요성이 있다고 하더라도 입법자는 예금의 종류나 한도를 묻지 않고 무제한적인 우선변제권을 줄 것이 아니라 예금의 종류나 한도를 제한하여 다른 일반채권자의 재산권 침해를 최소화할 헌법상 의무가 있다. 그럼에도 불구하고 상호신용금고의 예금채권만을 우선적으로 보호하는 것은 일반 채권자의 평등권 및 재산권을 침해하는 것이다. 재판관 김종대, 재판관 민형기의 반대의견 이 사건 예금자우선변제 제도가 시행된 이후 제도적 변화로 상호신용금고의 도산의 위험이 감소되었을 뿐만 아니라, 상호신용금고에 예치된 예금도 일정 범위 내에서 예금자보호법에 따라 예금보험으로 보호받게 됨에 따라 상호신용금고 예금자를 보호하기 위한 별도의 제도적 필요성이 상당 부분 감소된 것은 사실이다. 그러나 상호신용금고는 여전히 일반의 금융기관에 비하여 자산규모가 상대적으로 취약하고, 대상고객의 범위 및 업무 내용에도 일정한 한계가 있어 도산의 위험성을 부정할 수 없기 때문에 금융정책적으로 예금채권자를 보호하고 금고자체의 대외적 공신력을 제고할 필요가 있다. 한편, 이 사건 예금자우선변제 제도는 상호신용금고의 예금채권자를 일반채권자에 우선하여 상대적으로 보호하기 위한 것인데 반하여, 예금보험 제도는 전체 금융기관 예금자의 일정 예금액을 절대적으로 보호하기 위한 것으로, 이들 상호간에 보호의 목적과 비교 대상이 차별화되므로, 예금보험 제도가 도입된 이후에도 우선변제 제도를 계속 유지할 것인지, 상호관계를 조정할 것인지, 아니면 폐지할 것인지는 입법자의 판단에 맡겨야 할 사항이다. 그러므로 이 사건 법률조항은 헌법에 위반되지 아니한다.