1. 서론 무역회사인 원고는 정부로부터 위탁받아 식물 종자를 수입하는 업무를 수행하였다. 정부는 1998년부터 '푸른들가꾸기 운동'을 추진하였는데, 이 운동은 친환경농업육성정책 중의 하나로, 겨울철 벌판에 호밀, 귀리 등의 사료작물이나 자운영 등의 녹비작물을 재배하여 푸른들을 가꾸는 사업이다. 원고는 '푸른들가꾸기 운동'에 사용될 호밀종자를 수입하면서, 관세법에서 정한 관세면제물품인 '사료작물 재배용 종자'에 해당한다는 확인을 농림부장관으로부터 권한을 받은 농협으로부터 받아 관세면제신청을 하였고, 세관은 이를 받아들였다. 현재까지 우리나라에 수입되는 호밀은 사료작물 재배용으로 수입적응성 시험을 받은 품종만 있고, 식용 등 다른 용도로 수입적응성 시험을 받은 품종은 없다. 호밀은 유기질 비료로서의 효과와 토양미생물의 서식처 및 토양 물리성 개선효과가 있고, 작물중에서 이른 봄에 저온생장성이 가장 빠르기 때문에 푸른들의 경관은 물론 분진, 대기오염, 산소공급, 탄산가스 제거 등의 환경정화기능을 가지고 있다. 2006년경부터 정부는 '푸른들가꾸기 사업'의 중점을 녹비작물 재배에 두면서, 기존에는 사료작물로만 분류했던 호밀을 녹비작물에도 추가하였다. 또한 사료작물 재배와 관련하여 '조사료생산기반 확충사업'을 별도로 추진하였다. 그런데 '푸른들가꾸기 사업'에 참여하는 농민들은 1998년이나 2006년 이후 모두 호밀 활용방식이 동일하였다. 가을에 호밀을 파종하여, 겨울철 들판을 푸르게 보이게 한 후, 봄에 호밀이 적당히 자라면 줄기를 잘라 윗 부분은 사료용으로 사용하고, 아랫 부분은 갈아 엎어서 녹비용으로 사용하였다. 세관은 2006년 이후 '푸른들가꾸기 사업'과 '조사료확충기반사업'의 담당부서와 자금조달원, 예산근거가 서로 다르며 '녹비용(綠肥用) 종자'는 관세법이 정한 '사료작물 재배용 종자'가 아니므로 관세면제물품이 아니라는 이유로 수입가격의 108%의 관세율을 적용하여 이 사건 추가관세 및 가산세 부과 처분을 하였다. 2. 판결요지와 쟁점 대법원은, 이 사건 호밀종자가 '사료작물 재배용 종자'에 해당하는지 여부에 대하여는, 사실심인 원심판단을 존중하여 '사료작물 재배용 종자'라고 판단하였다. 원심은 이 사건 호밀종자는 작물적 특성과 활용도를 고려할 때 사료용과 녹비용에 혼용되어 사용되었는데, 이를 '녹비용 종자'에만 해당하고 '사료작물 재배용 종자'에 해당하지 않는다고 할 수 없다고 판단하였다. 또한 대법원은 관세법상 관세면제신청기관의 확인은 면제신청의 절차적 요건일 뿐이고, 그로써 관세가 면제되는 물품인지를 확정하는 효과는 없다고 판단하였다. 이 사건의 쟁점은 3가지이다. 첫째, 관세면제확인의 효력인데, 법령에 의해 권한을 부여받은 기관으로부터 관세면제대상물품이라는 확인을 받은 경우에는 관세면제대상이 되는지 여부이다. 둘째, 정부정책변경과 관세면제물품의 변경여부인데, 정부정책이 변경되는 경우에 동일한 물품의 관세면제여부가 달라지는지 여부가 문제된다. 셋째, 관세면제대상물품인지 여부를 판단하는 기준인데, 수입신고를 하는 때의 물품의 성질과 수량에 따르는 것인지 혹은 수입이후에 실제 사용된 것을 고려하는지 여부이다. 3. 평석 (1) 관세감면제도 관세법은 물품의 수입시에 관세를 부과하는데, 특정한 물품은 관세면제대상으로 규정되어 있다. 이 경우 당해 관세면제대상물품이 정부의 특정 정책 수행 목적으로 수입되다가 정부의 정책이 변경된 경우에 관세면제대상에서 제외될 것인지가 문제될 수 있다. 관세부과의 목적은 국가의 재정수입확보와 국내산업보호를 위하여 해당 물품의 수입을 억제하려는 것이다. 한편 국내사정상 고관세율 적용이 부당한 경우에는 관세율을 조정하는 규정을 두고 있는데 그 중의 하나가 관세법상 감면제도이다. 호밀의 경우를 예를 들어 살펴보면, 식용으로 사용될 경우에는 국내 타 농산물과 경쟁관계에 있으므로 고관세율을 적용하는 것이 필요 하지만 사료용으로 사용하는 경우에는 국내 곡물산업을 보호하는 것과는 무관하고, 고관세부과가 가축사육비의 높은 원가부담이 되어 축산업이 위축되므로 관세를 감면하는 것이다. 이 사건에서 문제된 식물 종자는 호밀인데, 호밀이 식용으로 수입된 적이 없다는 점은 당사자간에 다툼이 없었으나, 당초에는 조사료(粗飼料) 생산확대 등을 목적으로 한 사료용으로 수입되다가 정부정책의 변화로 호밀이 녹비용 작물에 추가됨으로써 녹비용으로 수입되었다. 그런데 관세법에는 녹비용에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않았다. 즉 호밀이 식용으로 수입되지는 않았으나, 관세법이 정한 사료작물 재배용으로 수입된 것도 아니라는 것이 처분청의 주장이고, 원고는 호밀은 일관되게 사료와 녹비로 혼용되어 사용된 것이라는 주장이다. (2) 관련 법령 관세법 제93조는 특정물품의 면세라는 제목 아래 1호로 "동식물의 번식·양식 및 종자개량을 위한 물품중 재정경제부령이 정하는 물품"를 규정하고 있고, 시행규칙 제43조는 위 법에 따라 관세를 면제하는 물품은 "사료작물 재배용 종자(호밀·귀리 및 수수에 한한다)로 한다"고 규정한다. 또한 행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정 제46조는 사료작물 재배용 종자에 대한 관세감면대상물품의 확인업무를 농업협동조합중앙회장에게 위탁한다. 한편 종자산업법 제141조는 수입적응성시험에 대한 규정인데, 국내에 처음으로 수임되는 품종의 종자를 판매하기 위하여 수입하고자 하는 자는 수입적응성시험을 받아야 한다고 규정한다. (3) 쟁점별 검토 1) 관세면제확인의 효력 관세법 시행규칙 제44조에 따라, 주무부처의 장 또는 그 위임을 받은 기관장의 확인은 어떤 효력을 가지는가? 원심은 원고가 농림부장관의 위임을 받은 농업협동조합중앙회장으로부터 이 사건 호밀종자가 '사료작물 재배용 종자'에 해당한다는 확인을 받은 이상 관세법이 정한 '사료작물 재배용 종자'에 해당한다고 판단하였다. 그러나, 대법원은 위 확인은 면제신청의 절차적 요건일 뿐이고, 그로써 관세가 면제되는 물품에 해당하는지 여부를 확정하는 효과는 없다고 판단하였다. 권한있는 기관이 한 확인의 효력을 어떻게 평가할 것인지는 어려운 문제이나, 실무적으로 확인기관이 심사하는 방법이 형식적이라는 점, 확인에 의해 사실관계가 확정되는 것은 아닌 점과 실질과세원칙을 고려하면 대법원 판례의 견해를 수긍할 수 있다. 2) 정부정책변경과 관세면제물품의 변경여부 정부정책이 변경되는 경우에 동일한 물품의 관세면제여부가 달라지는지 여부가 문제된다. 처분청은, 당초에는 푸른들가꾸기 사업으로 호밀이 수입되어 사료작물 재배용으로 주로 사용되었으나, 그 이후 담당부서가 변경되었고 '조사료확충기반사업'이 별도로 생겼고, 호밀은 녹비작물에도 추가되었으므로 호밀은 더 이상 '사료재배용 작물'이 아니라 '녹비용 작물'이 되었다고 주장하였다. 그러나, 관세법에서 관세면제물품을 정하고 있는 입법취지, 수입된 호밀이 실제로 사용되고 있는 실태는 사료와 녹비에 혼용되고 있는 점, 정부 정책이 변화된 이후에도 실제 농민이 호밀종자를 사용하는 방식에는 변경이 없는 점, 정부가 추진하는 '푸른들가꾸기 사업'과 '조사료확충기반사업'은 서로 배제적인 성격이 아니라 보완적 관계에 있는 점 등의 사정을 종합하면 정부의 정책변화가 바로 호밀종자에 대한 법적 평가에 영향을 미친다고 볼 수는 없다. 따라서 이 부분에 대하여는 대법원의 판단이 타당하다. 3) 셋째, 관세면제대상물품인지 판단시점 수입신고를 하는 때의 물품의 성질과 수량에 따르는 것인지 혹은 수입이후에 실제 사용된 것을 고려하는지 여부이다. 처분청은 관세법 제16조는 "관세는 수입신고를 하는 때의 물품의 성질과 수량에 의하여 부과한다"고 규정하고 있고, 제93조도 특정물품이 수입되는 때에는 그 관세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 특정물품의 관세가 면제되는지 여부도 수입신고 당시를 기준으로 판단해야 하므로, 사료작물 재배용 종자인지 여부도 수입신고 당시의 수입목적, 경위, 실질적인 용도등에 따라 판단해야 한다고 주장하였다. 그런데 이 사건 호밀은 수입목적이 '푸른들가꾸기(녹비)용'이었으므로 감면대상이 아니라고 주장하였다. 관세면제대상물품인지 여부를 판단하는 기준시점이 수입신고시라는 처분청의 주장은 타당하다. 다만 특정물품이 다양한 용도로 사용될 가능성이 있는 경우에 그 물품의 용도를 판단하기 위해서는 입법취지, 수입목적, 객관적인 용도, 품종, 형질, 특성, 수입후 실제 사용내역등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 그런데 이 사건에서는 이런 다양한 판단기준을 검토한 결과 이 사건 호밀의 경우에는 사료작물 재배용 종자에 해당한다고 판단한 것이다. 사실심 심리과정에서 당사자간에 서로 다른 주장이 있었으나, 법원은 증거에 의하여 사실인정을 한 것이고, 대법원도 원심의 사실인정에는 자유심증주의의 한계를 벗어나지 않았다고 판단한 것이다. 대법원의 판단이 타당하다. 4.결론 이 사건은 수입된 호밀을 담당하는 정부 부처가 당초 하나에서 2개로 나뉜 이후 동일한 호밀 종자를 일부는 녹비용으로 무상으로 공급하고, 일부는 조사료용으로 유상으로 공급하는 과정에서 유상으로 공급받은 농민이 민원을 제기되자, 세관이 개입함으로써 발생한 사건이다. 수입신고 당시를 기준으로 하면 호밀종자가 사료재배용 종자에 해당한다는 대법원 판례가 타당하다. 취급하는 정부부서가 나뉘어지고 정책목적이 달라졌다고 하여 관세면제물품인지 여부에 대한 판단을 달리 할 것은 아니다. 이 사건은 관세면제대상 판단기준에 대한 판례로 선례적 가치가 있는바, 대법원의 견해에 찬동한다.