특허법원은 특허법원 2001. 6. 14. 선고 2000허4114 판결에서 ‘발명의 내용을 구체적으로 한정하는 것이 아니라 발명이 가지는 효과 또는 그 특성을 나타내는 구성요소’ 즉 청구항의 기능적 구성요소는 한정사로 볼 수 없어 이를 가지고 선행기술과 구별하여 신규성을 판단할 수 없다고 판시하였다. 그러나 대법원은 ‘이 사건 출원발명 제1항에서 청구하는 인광체 입자는 구조에 의해서 특정하는 것이 곤란할 뿐 아니라 구조만으로 특정하려 할 때 종래의 인광체 입자와 기술적으로 구별하기 어렵다는 특성이 있고’ ‘이 사건 출원발명 제1항의 제2구성은 발명의 대상인 인광체 입자의 성질 또는 특성을 표현하고 있기는 하지만 제1구성을 한정하면서 발명을 특정하고 있는 사항이라고 봄이 상당하므로, 이 사건 출원발명 제1항의 진보성을 판단함에 있어서 간행물에 실린 발명과 대비하여야 할 구성에 해당한다.’고 판시함으로써 청구항의 기능적 구성요소가 한정사로 작용하는 것을 허용하였다. (대법원 2004. 4. 28. 선고 2001후2207 판결) 이 사건의 쟁점 중의 하나는 청구항에서 발명의 효과 또는 그 물리적 특성을 나타내는 것 즉 청구항의 기능적 구성요소가 발명을 한정하는 한정사로 작용하는가 만약 이러한 구성요소가 한정사로 작용한다면 이는 선행기술과 구별하여 신규성 진보성 등을 판단하는 자료가 되고 그렇지 않다면 이는 한정사로 볼 수 없어 결국 선행기술과 구별하는 자료가 될 수 없다. 1. 기능성이 특허의 대상이 될 수 있느냐 하는 점 기계가 원래 가지고 있는 본질적 기능은 특허대상이 될 수 없다고 보는 것이 특허법상의 원칙이다. 특허대상이 되는 것은 기계의 기능이 아니라 기계의 기능이 수행하는 실용적인 결과나 이러한 결과를 가져오는 물리적 구조를 말한다. 따라서 이러한 기능 자체에 대하여는 특허가 발급되지 않는다. 만약 기계의 기능에 대하여 특허를 부여하면 기계의 발명자는 타인이 가진 모든 기계가 수행하는 동일한 기능에 대하여 독점권을 가진다는 불합리한 결과가 된다. 따라서 기계 자체, 즉 물건특허를 받으려는 경우에는 물건의 물리적 구성요소(Elements)가 청구항의 권리범위가 되고, 기계가 수행하는 방법에 대한 특허를 받으려는 경우에는 그 방법이 가지는 각 단계(Steps)가 청구항의 권리범위가 된다. 다른 재산권과 마찬가지로 특허라는 독점권이 가지는 한계는 반드시 분명하게 결정되어야만 한다. 이러한 명확성이 바로 기술의 발전을 촉진하는 것이다. 그것은 기술혁신에 있어서 효과적인 투자를 할 수 있도록 유도하기 때문이다. 특허권자는 반드시 자신이 무엇을 소유하고 있는지를 알아야 하고 일반대중도 특허권자가 소유하고 있는 것과 소유하고 있지 않는 것을 알아야만 한다. 그러나 이러한 원칙에는 예외가 있다. 다른 유사한 기계에 의하여도 특허를 받은 발명이 만들어 질 수 있을 때에는 예외가 될 수 있다. 따라서 특허를 받은 방법 중의 어느 단계가 다른 유사한 기계나 인간의 손으로 만들어 질 수 있는 경우에는 예외적으로 이 내재적 기능의 원칙이 배제될 수도 있다. 최근에는 이 본래적 기능에 대한 특허 불가원칙을 지키던 견해가 변경되어 방법청구가 여러 가지 단계로 구성되어 있을 경우 발명이 특허를 받을 당시에는 오직 단 하나의 장치에 의해서만 그 방법을 실행할 수 있었을 경우도 특허가 허용된다고 본다. 2. 기능적 청구항 가. 청구항에서 사용된 기능적 용어 청구항에서 사용된 기능적 용어라는 것은 청구항이 발명을 기술함에 있어서 ‘발명이 무엇인가’를 말하는 것이 아니라 ‘발명이 무엇을 수행하는가’를 말하는 것이다. 이러한 기능적 용어는 청구항을 무효로 만드는데 그것은 앞서 말한 바와 같이 발명자가 자신이 발명하거나 명세서에서 공개하였던 것 이상으로 청구항의 권리범위로 주장할 수 있다는 점 이외에도 발명을 모호하고 애매한 방법으로 개념정의하기 때문에 서면명세요건에 위배될 수 있는 것이다. 기능성이라는 것은 청구항을 특정하게 하는 데에 있어 문제점을 보여준다. 왜냐하면 청구항에 들어있는 대상이 무엇인가를 분명하게 지칭하지 못하기 때문이다. 또한 통상의 지식인에 대하여 그 발명을 실시할 수 있도록 하는 능력부여 요건(Enablement)을 충족시키지 못한다는 단점도 있다. 기능적 용어가 사용된 청구항은 그 범위에 있어서 부당하게 넓은 권리범위를 주장할 수도 있고 명세서가 그러한 권리범위에 상응하는 교육요건을 충족시키지 못할 수도 있다. 나 견해의 대립 1) 부정설; 종래에는 청구항이 기능적 용어를 사용하고 있다면 이는 특허를 발급받을 수 없거나 이미 발급받은 특허라도 무효가 된다고 보았다. 이 부정설에 의하면 기능적 용어를 사용한 청구항은 그 모호한 용어로 인하여 권리범위가 불분명하게 한다. 이러한 청구항은 특허권자의 발명을 그가 원하는 효과를 달성하는 것에 의하여만 구별할 수 있기 때문이다. 즉 청구항이 기재하고 있는 특성이나 구조가 가지고 있는 기능에만 의하여만 다른 발명과 구별될 수 있다. 비록 실용적인 새로운 효과를 달성하는 하나의 구체적 수단을 발명한 사람이 이러한 구체적 수단에 대하여는 특허라는 독점권을 부여받을 수 있을지라도 그 구체적 수단이 가져오는 특정한 효과를 달성하는 모든 수단을 자기의 권리범위로 청구할 수 없다. 결국 발명자는 자신이 발명한 기계의 특정한 물리적 구조에 대하여는 특허를 받을 수 있으나 그 구조가 가지는 일반적 기능에 대하여는 특허를 받을 수 없다는 점을 종래의 통설은 그 배경으로 하고 있다. 특허법원은 이 종래의 통설적 입장에서 보아 결국 청구항의 기능적 구성요소는 한정사로서의 기능을 역할을 하지 않는 것으로 보고 이를 제외하고 선행기술과 비교하여 신규성이나 진보성을 판단하여야 한다고 보았다. 이 견해는 발명에 대하여 신규성을 부여하는 본질적인 특성은 그 특허가 종전의 기술적 문제를 해결하는 경향이 있다는 바로 그 이유만이라면 이것만으로서는 선행기술과 구별하여 신규성이 있다고 할 수는 없다. 2) 제한적 인정설: 근래에는 청구항에 사용된 기능적 용어는 그 자체로 특허를 무효로 하는 것은 아니고 만약 이러한 용어가 청구항을 부당하게 넓히거나 모호하게 만들지 않는 한 유효한 것으로 인정한다. 이 견해는 청구항에서 기능적 용어의 사용을 완전하게 배제하지는 않는다. 발명의 특성이나 효과를 나타내는 용어를 제한적으로 사용하여서도 통상의 지식인이 특허대상이 되는 물건이 가지는 본질적 특성을 정확하게 개념정의할 수 있다면 이는 비록 기능적인 용어를 사용한 것이라고 하여도 허용될 수 없는 청구항은 아니라는 것이다. 청구항에서 기능적 용어를 사용하면 이러한 기능적 용어의 사용으로 인하여 청구항의 권리범위를 정하는데 있어서는 불분명함은 물론 이러한 청구항의 용어가 포함하는 권리범위가 너무 넓다는 것이다. 첨단기술의 개발이 신속하게 진행되는 현대 정보화 사회에 있어서 우리가 현재 가지고 있는 정보를 넘어서는 다른 장치를 가지고 있을 수도 있고 우리의 상상력을 넘는 장치도 있을 수 있다. 이러한 장치는 이와 동일한 기능을 수행하면서 특허권자의 권리범위에 들 수도 있는 것이다. 그러나 이러한 청구항은 그 권리 범위가 너무 넓다. 다른 발명자들은 특허권자의 발명과 동일한 목적이나 효과 또는 특성을 가지는 더 새롭고 효율적인 장치를 개발해 낼 수 있는 것이다. 그러나 기능적 용어의 사용을 너무 제한하면 청구항의 명확성의 기준이 너무나 높아지는 문제가 발생한다. 결국 특허권자는 그의 명세서에서 발명의 모든 가능한 모형을 전부 공개하지 않으면 동일한 기능을 하는 발명에 대하여는 보호를 받을 수 없게 될런지도 모른다. 이러한 점은 발명자는 명세서에서 모든 구체적 모형을 반드시 공개할 필요가 없다는 기본원칙에도 반한다. 또한 만약 후일의 개량발명이 먼저 특허를 받은 발명개념을 포함하고 있다면 이러한 개량발명도 먼저 받은 특허의 권리범위에 포함된다는 원칙을 위반하는 것이다. 따라서 위 제한적 인정설에 의하면 구성요소가 발명의 효과에 관한 용어를 한정적으로 사용하더라도 그 발명이 속하는 계통의 통상의 지식인에 대하여 물건의 본질적으로 정확하게 개념을 지는 것이라면 청구항에서 사용될 수도 있다고 본다. 즉 청구항에 사용된 기능적 용어가 위 몇 가지의 문제점 즉 청구항의 불특정 문제, 능력부여 요건의 불충족문제, 선행기술과 구별이 어렵다는 문제 등등 을 해결하기만 한다면 이러한 기능적 용어는 사용이 가능하다는 것이다. 이 제한적 인정설에 의하면 우선 첫째 기능적이라는 말 자체가 아주 모호한 말로서 특허법상 여러 가지로 사용되기 때문에 단지 기능적이라는 이유로 특허가 거절된다는 것은 발명자에게 불리하게 작용하는 결과가 되고 둘째 기능적인 청구항이 단순히 원하는 효과를 얻기 위한 것에 불과하여 그 권리범위를 한정할 수 없기 때문이라는 이유만으로 특허를 거절할 수는 없다는 것이다. 따라서 특허출원인의 발명이 가지는 바람직한 효과가 한정되어 있어서 청구항에서 말하는 특허대상이 모호하지 않고 그 권리범위를 정확하게 할 수 있는 것이라면 청구항이 기능적이라는 이유만으로 특허가 거절될 아무런 이유가 없다는 것이다. 3. 대법원의 입장 원심인 특허법원이 부정설의 입장에 서 있는 것으로 보이는데 비하여 보인다. 대법원은 부정설을 채택하지 아니하고 있는 것은 분명하지만 그렇다고 하여 제한적인정설을 취하였다고 보기도 어렵다. 대법원의 위 판시에서 ‘청구항이 발명의 대상이나 특성을 표현하는 것이라고 하여도 이를 가지고 선행기술과 비교하는 구성요소로 보아야 한다’고 하여 기능적 청구항의 유효성을 인정하면서도 과연 제한적인정설이 우려하는 바 즉 발명의 불특정성, 능력부여 요건의 불충족 문제, 선행기술과의 구별 불가능성 등을 극복하고 있는지에 대하여는 아무런 심리와 판단을 한 바 없다. 즉 대법원은 ‘이 사건 출원발명 제1항의 제2구성은 발명의 대상인 인광체 입자의 성질 또는 특성을 표현하고 있기는 하지만’ ‘제1구성을 한정하면서 발명을 특정하고 있는 사항이라고 봄이 상당하므로’ 라고 설시하여 과연 제2구성요소가 한정사로서 작용함으로서 청구항의 특정이 가능한지, 통상의 지식인에 대하여 충분한 공개를 함으로서 발명을 실시하고 사용할 수 있는 능력을 부여하였는지, 더 나아가 선행기술과의 구별이 가능한지 등에 관하여는 아무런 심리와 판단을 한 바 없이 막바로 선행기술과 구별하는데 있어서 한정사로서 사용될 수 있다는 결론에 도달함으로서 위 2번째의 쟁점에 관한 심리를 한 바가 없다. 더구나 대법원은 구조만으로는 발명을 특정할 수 없는 경우에 특성이나 성질 등에 의하여 기능적 청구항을 허용하는 듯한 설시 즉 ‘이 사건 출원발명 제1항에서 청구하는 인광체 입자는 구조에 의해서 특정하는 것이 곤란할 뿐 아니라 구조만으로 특정하려 할 때 종래의 인광체 입자와 기술적으로 구별하기 어렵다는 특성이 있다’고 하여 기능적 청구항이 가지는 본질적인 문제점을 회피하고 있다. 이에 비하여 특허법원은 제2 쟁점 즉 기능적 청구항이 가지는 문제점을 이해하고 있으면서 특허출원인이 선행기술과의 구조적인 차이점을 제시하지 못하고 오직 기능적 용어를 가지고 선행기술과 구별하려고 시도하는 것을 허용하지는 않는다는 부정설의 입장에 서 있음이 명백하게 보인다. 그러나 대법원은 구성요소가 가지는 성질이나 특성 즉 구성요소의 기능성에 의하여만 선행기술과의 구별이 가능한 경우에 과연 이 기능적 청구항이 유효한가하는 문제 즉 기능적 용어를 사용함으로 인하여 청구항의 권리범위가 불명확하게 되고 통상의 지식인에게 충분한 공개를 하지 못하기 때문에 특허가 무효가 된다는 점에 대한 문제의식이 결여되어 있다. 따라서 부정설의 입장에서든 제한적 인정설의 입장에서든 기능적 청구항이 가지는 본질적인 문제점들에 대한 심리와 판단이 없이 대법원이 기능적 청구항의 유효성을 막바로 인정하였다는 비판을 면하기 어려울 것으로 보인다.