헌재 2016. 5. 26. 2015헌라1 국회법(2012. 5. 25. 법률 제11453호로 개정된 것) 제85조 제1항은 국회의장의 심사기간 지정 및 직권상정 권한을, 천재지변, 전시·사변 등 국가비상사태 및 "의장이 각 교섭단체대표의원과 합의하는 경우"로 한정하여, 과거 국회의장이 쉽게, 위원회에서 공전될 법안의 심사기간을 정한 뒤, 그 도과 시 직권상정하여 물리적 충돌이 발생하고 교착상태에 빠지는 것을 예방하고자 하였다. 그 대안으로 마련된 제85조의2는, 재적의원 과반수가 서명하면 위원회 회부 안건을 의장 및 위원장(위원회의 경우)에게 신속처리대상안건 지정을 요구하고, 의장 또는 위원장은 이를 무기명투표로 표결하되 각 재적의원 5분의 3 이상의 찬성으로 의결하도록 하였다. 이러한 입법(소위 '국회선진화법')은 결국 직권상정의 요건을 가중다수결로 한 것이다. 헌법재판소는 2016. 5. 26. 새누리당 소속 국회의원들이 국회의장 등을 상대로 한 권한쟁의에서, ①국회가 2012. 5. 25. 국회법 제85조 제1항 및 제85조의2 제1항을 개정한 행위에 대해서는, '국회'를 상대로 하지 않고 '국회의장 및 기획재정위원회 위원장'을 상대로 하였으므로,피청구인 적격 흠결로 각하, ② 국회의장이 북한인권법안 등에 대한 심사기간 지정 요청을 거부한 행위는, 청구인들의 법률안 심의·표결권을 침해할 위험성이 없어 각하, ③ 기재위 위원장이 서비스산업발전 기본법안에 대한 신속처리대상안건 지정 요청에 대해 표결실시를 거부한 행위는 재적위원 과반수의 서명요건을 갖추지 못하여, 표결권이 침해될 위험성이 없어 각하, ④ 국회의장이 2012. 5. 2. 국회법 제85조의2를 가결선포한 행위는 180일 청구기간이 도과하여 각하하였다. 위 ①③④는 이견이 없고, 위 ②는 재판관 이진성, 김창종의 기각의견과, 재판관 서기석, 조용호의 인용의견이 있을 정도로 비중있게 취급되었으므로 이를 살펴본다. 다수의견과 달리, 소수의견이 국회의원의 심의·표결권을 제도적 측면에서 넓게 보아 직권상정 제한으로 인해서도 침해될 위험성이 있다고 본 것은 설득력이 높다. 심의·표결을 할 기회 자체가 봉쇄되는 것은 대의민주주의에서 중요하게 취급하여야 한다. 헌법재판소가 국회 외부의 관계에서 심의·표결권 주장을 배척하면서(헌재 2015. 11. 26. 2013헌라3), 내부관계에서도 심의·표결권 침해가능성을 기계적, 소극적으로 본 것은 타당하지 않다. 그런데 본안에 들어가도, '직권상정' 문제에서 가중다수결을 요한 국회법 규정 자체는, 국회의 자율성 영역이며, 헌법위반이라고 보기 어렵다고 생각한다. 만일 그러한 가중다수결이 통상적 입법안에 대한 의결정족수였다면, 다수결원칙 위반으로서 헌법위반이 될 것이다. 특히 이는 국민의 선거권 행사의 결과를 왜곡하는 것이 될 수 있다. 그러나 '직권상정'을 어떻게 할 것인가의 문제는 그 보다 비중이 떨어지며, 이에 대해서까지 헌법재판소가 개입하여 위헌이라고 판단하기에는 헌법적 근거가 부족하다. 한편 소수의견(반대의견)은 '본회의 결정주의'를 강조하면서 국회선진화법의 문제점을 지적하나, 그것이 '위원회 중심주의'보다 '우선되는' 원칙이라고 단정하기 어렵고, 위원회 교착상태를 타개할 직권상정의 요건 문제에 이를 대입시키기가 어렵다. 과반수로 위원회 교착상태를 타개하지 못하면서, 과반수로 직권상정을 허용하여야 한다는 논거라면, 이는 정합성이 약하다. 어쨌든, 헌법재판소가 이 사건에서 심의·의결권의 침해가능성이 없다며, 국회선진화법의 위헌 여부를 판단하지 않은 것은, 정치권에서 심각하게 문제되어 온 중요 쟁점에 대하여 최종적 헌법판단의 기회를 놓친 것이어서 아쉽다.

오늘날 정당제 민주주의 하에서는 정당을 통한 권력의 통합현상이 나타난다. 대통령을 중심으로 하는 정부와 여당이 다수를 차지하는 국회는 권력분립의 원칙에 따른 견제와 균형의 원리가 작용하는 것이 아니라 통합된 하나의 일체로서의 작용한다. 실제로 작동하는 권력분립의 관계인 야당 등 새로운 주체들에 의한 국회와 정부에 대한 권력견제가 전통적 권력분립의 원리를 대체하고 있으며, 이를 기능적 권력통제라고 한다. 헌법 제60조 제1항은 헌법 제60조 제1항은 "국회는…입법사항에 관한 조약의 체결·비준에 대한 동의권을 가진다."고 규정하고 있다. 그런데 조약이 입법사항에 속하는지 여부에 관하여 국회와 행정부의 의견이 다른 경우, 그 다툼은 어떻게 해결해야 할까? 정부가 어떤 조약이 입법사항에 해당하지 않는다고 판단하여 국회에 동의 여부를 묻지 않았는데, 국회는 해당 조약이 입법사항에 해당된다고 판단하는 경우가 그러한 사례가 될 수 있다. 국회와 정부의 이와 같은 다툼은 국회가 제기하는 권한쟁의심판청구로서 통제될 수 있다. 정부가 국회의 비준동의절차를 거치지 않은 것은 국회의 권한을 침해한다는 주장이 적법하게 성립할 수 있기 때문이다. 여당이 다수당인 국회가 그와 같은 주장을 하지 않는다면, 그 주장을 제기할 수 있는 주체로 남는 것은 야당이다. 야당의 의원들이 연합하여 권한쟁의심판을 청구하여 다수당이 지배하고 있는 국회가 주장하지 않는 국회의 권한, 즉 조약의 체결비준에 대한 동의권의 침해를 다툴 수 있을까? 이와 같은 정당제 민주주의에서의 권력분립의 원칙의 실현에 관한 문제는 헌법소송법상 전혀 다른 모습으로 다투어진다. 야당의 국회의원들이 국회를 대신하여 제3자 소송담당의 형태로 국회의 권한침해를 다투는 권한쟁의 심판청구를 할 수 있을 것인가의 문제로 다투어지는 것이다. 해설대상인 판례는 바로 그 쟁점을 다루고 있으며, 그 쟁점에 대하여 법정의견과 반대의견이 대립하고 있다. 헌법재판소는 26일 야당 의원 121명이 "2013년 WTO정부조달협정이 개정되는 과정에서 정부가 국회 비준동의절차를 거치지 않은 것은 국회의 동의권과 심의·표결권을 침해한 것"이라며 대통령을 상대로 낸 권한쟁의심판사건(2013헌라3)에서 "국회의원 일부가 국회를 대신해 권한쟁의심판을 청구하는 '제3자 소송담당'을 허용할 수 없다"며 재판관 6대 3의 의견으로 각하했다. 법정의견은 제3자 소송담당에 근거한 청구인들의 심판청구에 대하여 부적법 각하 판단을 하였다. 법정의견은 헌법소송법 및 준용 법률의 해석을 통하여 볼 때 권한쟁의심판에서 제3자 소송담당'을 허용된다고 해석될 수 없다는 점을 가장 중요한 근거로 삼았다. 만일 명문의 규정이 없음에도 소수의 국회의원이 국회를 대신해 권한쟁의심판을 청구할 수 있게 한다면 이는 다수결의 원리와 의회주의의 본질에 어긋날 뿐 아니라, 야당이 토론과 대화에 의하여 국회의 의사를 결정하려고 노력을 기울이는 대신 모든 문제를 사법적으로 다투는 수단으로 남용될 우려가 있다고 판시하였다. 이에 대해 김이수·이진성·강일원 재판관은 교섭단체 내지 그에 준하는 실체를 갖춘 의원 집단에게는 국회를 대신하여 제3자 소송담당 방식으로 권한쟁의심판을 제기할 수 있는 지위를 인정하여야 한다는 반대의견을 냈다. 반대의견은 권한쟁의 심판의 기능이 일차적으로는 각 국가기관이 헌법에 의하여 배분받은 권한의 질서와 권력분립의 원리를 보호하기 위한 것이지만, 권력분립의 원리가 명목상의 것으로 전락한 경우에는 정치적 소수파의 역할을 통하여 권력분립의 원리가 작동하도록 하고, 그것을 통하여 헌법을 보호하도록 하는 것도 권한쟁의 심판의 중요한 기능이라고 주장하였다.