- 대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결 - 1. 사실관계 A공사는 면세사업인 도매시장관리사업과 과세사업인 부동산임대업 등을 겸영하면서 B시장의 시설현대화 사업을 3단계로 나누어 순차적으로 시행하는 계획을 입안하였다. A공사는 2011년에 1단계 사업에 착수하여 2015년경 건물 신축을 완료하였는데, 1단계 사업이 진행되는 중에는 1단계 사업부지에서 영업하던 상인들이 B시장의 2, 3단계 사업부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 함으로써 도매시장관리사업 및 부동산임대업 등을 계속 영위하였다. A공사는 2010년 제2기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세를 신고하면서 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 1단계 사업과 관련한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’)에 대하여 B시장의 사업장에서 발생한 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율(약 43~47%)로 안분하여 불공제대상인 면세사업 관련 매입세액을 계산하였다. 2. 거부처분의 경위 A공사는 이 사건 매입세액에 대하여 1단계 사업만을 기준으로 총예정사용면적 중 면세사업과 관련된 예정사용면적의 비율(약 7%)로 안분하여 불공제대상인 면세사업 관련 매입세액을 계산해야 한다는 이유로 감액경정을 청구하였다. 이에 대하여 과세관청은, 이 사건 매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산하여야 하고 A공사 주장처럼 예정사용사용면적의 비율을 적용하더라도 1~3단계 사업 전체를 기준으로 정해야 한다는 이유로 A공사의 감액경정청구를 거부하였다. 3. 소송의 경과 1심과 원심 모두 “A공사의 2010년 제2기부터 2013년 제1기까지의 매출은 종전 건물에서 발생된 것으로서 이 사건 매입세액과 관련이 없고, 이 사건 매입세액은 모두 1단계 사업에 따른 건물 신축과 관련하여 지출된 것으로서 해당 과세기준 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 이 사건 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어서 1단계 사업에 따른 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율만을 기준으로 산정함이 타당하다”고 판단하였다. 4. 대상판결의 요지 대상판결은 “① A공사가 추진한 B시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도?소매 시설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행된 점, ② A공사는 그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택하여, 위 현대화 사업이 진행되는 단계에 맞추어 단일사업장인 B시장 사업장의 부지를 3분하여, 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들이 B시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 한 점, ③ 이 사건 사업은 B시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업여건을 개선하기 위해 추진된 것인 점 등에 비추어 이 사건 과세기간 동안의 1단계 사업은 A공사가 같은 기간에 B시장 사업장 내에서 운영한 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 보기 어려우므로, 이 사건 매입세액은 B시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다”는 이유로 원심판결을 파기환송하였다. 5. 평석 가. 공통매입세액의 계산에 관한 법리 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 과세사업에 관련된 매입세액만 공제되고 면세사업에 관련된 매입세액은 공제 받을 수 없다(부가가치세법 제38조, 제39조 제1항 제7호). 이 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액 중 어느 매입세액이 과세사업에 관련되고 어느 매입세액이 면세사업에 관련되는지가 구분되면 실지 귀속에 따라 각각의 매입세액을 계산하나, 이와 달리 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대하여는 별도로 계산하여야 한다. 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여 계산하는데(부가가치세법 제40조), 원칙적으로 면세사업에 관련된 매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산한다(부가가치세법 시행령 제81조 제1항). 다만, 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공한 경우에 그 예정면적을 구분할 수 있을 때에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다(부가가치세법 시행령 제81조 제4항). 나.대상판결의 검토 및 의미 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 건물을 신축하거나 취득하여 과세사업 및 면세사업에 제공하는 경우에 건물 신축 등 사업과 관련하여 공급 받은 재화?용역의 가액에 대한 매입세액 계산방법을 둘러싸고 견해 대립이 있었다. 즉, 첫 번째 견해는 건물 신축 등 사업이 기존 다른 사업과 관련이 있으므로 전체를 하나의 사업으로 파악하여 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있는 경우에 해당하는 것으로 보고 부가가치세법 시행령 제81조 제1항을 적용하여 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 계산하여야 한다는 것이고, 두 번째 견해는 건물 신축 등 사업이 기존 다른 사업과 관련이 없으므로 양자를 별개의 사업으로 파악하여 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하는 것으로 보고 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 제3호를 적용하여 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하여야 한다는 것인데, 이러한 견해 대립은 건물 신축 등 사업과 기존 다른 사업 사이의 관계를 어떤 기준으로 설정해야 하는지가 명확하게 확립되지 않은 데서 비롯된 것이다. 종전 판례는 “공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에 그 부분이 사업 장소와 운영 실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면, 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다”고 판시함으로써 ‘공통매입세액이 발생한 사업 부분과 기존 다른 사업 부분 상호 간의 독립성 존재 여부’를 공통매입세액 안분계산 방법의 적용기준, 즉 부가가치세법 시행령 제81조 제1항과 같은 조 제4항 제3호의 적용기준으로 제시하였으나(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두10714 판결 참조), 두 사업 부분 상호 간의 관계로서 독립성 존재 여부에 대한 판단기준을 구체적으로 제시하지 않아 올바른 공통매입세액 안분계산 방법을 선택하여 적용하는 데에는 한계가 있었다. 이에 대하여 대상판결은 “부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 근거하여 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성 있는 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다”고 판시함으로써 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 기존 다른 사업 부분 상호 간의 관련성에 대한 구체적인 판단기준을 명확히 제시하였다. 대상판결은 위와 같은 법리를 토대로 A공사의 B시장 시설현대화 1단계 건물 신축 사업에 대하여는 B시장의 시설현대화 사업의 추진 경위와 목적, B시장의 시설현대화 사업과 기존 사업과의 관계, 과세기간 동안의 1, 2, 3단계 사업부지의 사용현황 및 상호관계 등을 종합적으로 고려하여, “A공사의 1단계 사업은 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업이 아니므로 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하지 않고, 따라서 이 사건 매입세액은 B시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다”고 판단하였다. 대상판결은 매입세액 불공제 대상에 해당하는 면세사업에 관련된 매입세액은 해당 사업의 실질 및 기존 다른 사업과의 관련성에 중점을 두고 부가가치세법 시행령 제18조 제1항, 제4항이 규정하고 있는 공통매입세액 안분 계산방식을 적용해야 한다는 것으로서 세법의 해석 및 적용상의 공평 원칙에 부합하는 타당한 결론인데, 공통매입세액 안분 계산에 관한 부가가치세법 시행령 제81조 제1항, 제4항의 적용기준을 명확히 제시하였다는 점에서 의미가 있다.