한국철도공사는 철도산업발전기본법에 따라 국토해양부장관과 사이에 계약을 체결하였다. 위 계약에 따라 한국철도공사는 2008. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 ①운임감면(노인, 장애인, 국가유공자에 대한 운임감면), ②벽지노선 운영(철도이용수요가 적어 수지 균형을 맞추기 어렵지만 공익을 위하여 적자를 감수하고 운영), ③특별동차 운영(국가의 특수목적을 위하여 운영) 서비스를 제공하고(이를 “공익서비스”라 한다), 국토해양부장관은 위 공익서비스 운영과 관련된 비용 중 2,661억 원(억 단위 이하는 버린다)을 보상금으로 지급하였다. 한국철도공사는 2008년 제2기 부가가치세를 신고하면서(부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다), 공통매입세액(사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 말한다)으로 7,165억 원을 계산한 다음, 위 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액(이를 “매입세액 불공제액”이라 한다)의 계산방식과 관련하여, ‘공통매입세액’에서 ‘면세대상 및 과세대상 사업 공급가액’을 분모로, ‘면세대상 사업 공급가액’을 분자로 한 수를 곱한 금액으로 산정하여 이를 매출세액에서 공제하였다. 그런데, 대전지방국세청장은 한국철도공사를 세무조사하고, “한국도로공사에서 철도이용객에게 제공하는 공익서비스에 대한 비용은 국가가 지급하는 것으로 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다. 위 공익서비스와 관련된 사업의 매입세액은 공제될 수 없다. 그럼에도 불구하고, 한국철도공사는 공통매입세액을 안분계산하면서 공익사업과 관련된 보상금을 반영하지 않아 매입세액이 과다하게 공제되었다.”라는 이유로 한국철도공사에 2008년 제2기 부가가치세와 가산세를 합한 57억 원을 경정, 고지하는 처분을 하였다. 이에, 한국철도공사는 위 경정, 고지하는 처분을 다투면서, 첫째, 위 공익서비스 보상금은 재화 또는 용역의 대가로서 거래상대방으로부터 받은 것이 아니기 때문에 부가가치세법에서 정한 공급가액에 해당되지 않고, 위 공익서비스 보상액은 과세표준에서 제외되는 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당한다. 둘째, 위 공익서비스는 과세사업 및 면세사업을 수행하면서 발생한 영업손실 중 일부를 용역제공의 상대방이 아닌 국토해양부장관으로부터 받는 것일 뿐이므로 비과세사업에 해당하지 않는다고 주장하였다. 한국철도공사에서 계산한 방식에 의하면 대전지방국세청에서 계산한 방식에 비하여 공통매입세액 중 매입세액 불공제액이 더 적게 산정되어(매입세액으로 공제되는 금액이 더 많게 된다) 결국 부가가치세 금액이 더 적어진다. 한국철도공사와 대전지방국세청의 견해 차이는 위 공익서비스 보상금의 부가가치세법상의 법적 성질을 어떻게 볼 것인지 여부에 대한 견해대립이다. 이에 대하여, 1심과 2심 재판부는 위 공익서비스는 비과세사업에 해당하고, 위 공익서비스 보상금은 국고보조금 등이 보조금 수혜자를 통하지 않고 사업자에게 재화 또는 용역의 공급의 대가로 지급된 것이므로, 이를 비과세사업의 수입금액으로 보아 공통매입세액을 안분하여 계산한 위 경정, 고지 처분은 적법하다고 판단하였다. 그러나 대법원은 달리 판단하였다. 위 공익서비스 이용자는 감면된 요금을 지급하거나, 실제 비용보다 낮은 대가를 지급하고 이용하고 있으므로 위 공익서비스를 직접 제공받는 자는 국가가 아니라 철도 이용자이다. 국가는 단지 국토해양부장관과 한국철도공사 사이에 체결된 계약에 따라 위 공익서비스에 대한 보상금을 지급할 뿐이다. 위 공익서비스 보상금의 성질을 이렇게 본다면, 위 공익서비스 보상금은 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아니라 한국철도공사의 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설, 운영자금에 해당한다는 것이다. 위와 같이, 위 공익서비스의 보상금을 국고보조금으로 본다면, 종전 대법원 판결(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등, 「사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다.」)에 따라 위 공익서비스 보상금은 부가가치세를 산정할 때 고려될 수 없다고 판단하였다. 임웅찬 변호사 (법무법인 도원)