헌법재판소 전원재판부(주심 金榮一 재판관)는 11월 30일 농지개량조합과 농지개량조합연합회 및 농어촌진흥공사를 통합해 농업기반공사를 설립토록 한 농업기반공사및농지관리기금법 부칙은 위헌이라며 양평조합과 서산조합조합원 등이 낸 헌법소원사건에서 합헌결정을 내렸다.(99헌마190) 재판부는 결정문에서 "농지개량조합 재산은 조합원 개개인을 위한 재산이 아니므로 농지개량조합 재산이 농업기반공사로 이전되더라도 기존 조합원들의 재산권이 침해되는 것은 아니다"고 밝혔다. 또 청구인중 농지개량조합은 공법인으로서 헌법상 기본권의 주체가 아니라며 청구를 각하했다. 양평농지개량조합 등은 정부가 지난해 2월 농업기반공사및농지관리기금법을 제정(2000년1월1일 시행), 농지개량조합 등을 해산하고 농업기반공사를 출범시키려 하자 결사의자유, 재산권 등을 침해당했다며 헌법소원을 냈었다.