대법원 전원합의체(주심 朴時煥 대법관)는 16일 이용훈 대법원장과 대법관 12명이 참석한 가운데 이른바'새만금사건'으로 불리는 정부조치계획취소등 소송 상고심(☞2006두330)에 대한 공개변론을 열고 원·피고와 참고인으로 출석한 전문가들의 진술을 들었다. 이번 대법원 공개변론은 2003년 12월 여성의 宗中員지위 인정에 관한 민사사건과 2004년 9월 검사가 작성한 피의자 신문조서의 증거능력 인정 여부가 쟁점이 된 형사사건에 이어 세 번째다. 이날 양측은 원고 적격 여부를 비롯한 행정소송 관련 쟁점 토론과 해양환경 파괴 여부, 수질보전 대책과 새만금 사업의 경제성·사업성에 대한 열띤 공방을 벌였다. 이준구 서울대 경제학부 교수와 김정욱 전 서울대 환경대학원장, 전승수 전남대 해양학과 교수가 원고측 참고인으로 출석했으며, 임재환 충남대 농업경제학과 교수와 윤춘경 건국대 농대 교수, 양재삼 군산대 교수가 피고측 참고인으로 나왔다. 원고측 대리인인 최병모 변호사는 최후변론에서"새만금 사업을 강행할 경우 해양 생태계와 환경이 파괴돼 역사의 재앙으로 남게 될 것"이라며"기존 투자를 발전적으로 활용할 대안도 있는 만큼 새만금 사업계획은 취소돼야 마땅하다"고 주장했다. 이에 대해 피고측 유인의 변호사는"수질문제와 새만금 사업의 경제성, 해양환경 문제 등은 공유수면매립면허 처분 당시 예상됐던 것들이며 이후 사업을 취소해야 할 중대한 사정변경도 없었다"며"원고측이 주장하는 대안은 경제성이 떨어진다"고 반박했다. 이용훈 대법원장은 공개변론을 마친 뒤 "새만금 사업은 국책사업이고 사회에 미치는 영향이 크기 때문에 공개변론을 실시하게 됐다"며"가급적 이른 시일 내에 선고기일을 정하겠다"고 말했다.

복수의 공공사업으로 인한 손실보상의 경우 사업시행주체와 고시일이 달라도 손실을 산정할 때는 각 사업으로 인한 상실률을 모두 합산해야 한다는 판결이 나왔다. 서울지법 민사26부(재판장 沈昌燮 부장판사)는 19일 새만금간척사업 등으로 수산물 위탁판매수수료 수입을 상실한 군산시수산업협동조합이 국가와 한국토지공사를 상대로 낸 손해배상청구 소송(96가합34318)에서 "국가와 한국토지공사는 군산시수협에 총28억1천여만원을 배상하라"는 원고승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "각 사업의 시행주체와 공유수면매립면허의 고시일이 달라도 배후지 상실률을 판단하는 데는 각 사업으로 인한 상실률을 모두 합산해 배후지의 3분의 2 이상을 상실하였는가를 판단해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 또 손실의 기준시점에 대해 "한국토지공사의 군산산업개발사업은 공유수면매립면허가 고시된 88년12월에는 배후지의 3분의2 이상 상실이라는 요건을 충족하지 못했다가 국가의 새만금간척사업 공유수면매립면허의 고시로 인해 비로소 요건을 충족하게 되었으므로 새만금간척사업의 공유수면매립면허 고시일을 기준으로 손실액을 산정해야 한다"고 밝혔다. 군산수협은 군산·익산 일대 조합원들의 수산물을 위탁 판매하며 판매액의 4%를 수수료로 받아 각종 지도·교육 사업의 재원으로 사용해 오다 국가와 한국토지공사가 군산산업개발사업, 새만금 간척사업, 군·장공단개발사업을 시행하며 관할구역내의 어업권을 소멸시킴으로 배후지의 90%가 상실돼 수수료 감소로 일부 공판장이 폐쇄되자 소송을 냈었다.