수도권 전철·지하철 운임수입의 배분과 관련해 협의가 이뤄지지 않는 경우 도시철도운영자 등 당사자의 신청을 받아 국토교통부장관이 결정하도록 한 도시철도법은 헌법에 어긋나지 않는다는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 서울도시철도공사와 서울메트로가 도시철도법 제34조 2항이 행정작용에서의 적법절차원칙 등에 어긋난다며 낸 헌법소원 사건(2017헌바135)에서 최근 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정했다. 서울도시철도공사와 서울메트로 등 도시철도운영자들은 수도권 연락운송 운임 수입의 배분에 대해 협의했지만 합의 도출에 실패했다. 서울도시철도공사와 서울메트로는 2015년 3월 국토부장관에게 심판대상조항에 따른 연락운송 수입배분에 관한 결정신청을 했고, 국토부장관은 2015년 11월 연락운송의 운임수입 배분은 운송기관들이 공동으로 추진한 정산용역 결과에 따른다는 내용으로 수도권 연락운송 운임수입 배분 결정을 했다. 서울도시철도공사와 서울메트로는 이에 불복해 2016년 11월 행정소송을 냈다. 서울도시철도공사 등은 재판과정에서 도시철도법 제34조 2항에 대해 위헌법률심판제청을 해줄 것을 신청했지만 기각되자 헌법소원을 냈다. 도시철도법 제34조 2항은 '제1항에 따른 협의가 성립되지 아니하거나 협의 결과를 해석하는 데 분쟁이 있을 때에는 당사자의 신청을 받아 국토교통부장관이 결정한다'고 규정하고 있다. 같은 조 1항은 '도시철도운영자가 다른 도시철도운영자 또는 철도사업법 제2조 8호에 따른 철도사업자와 연계하여 운송을 하는 경우 노선의 연결, 도시철도시설 운영의 부담, 운임수입의 배분, 승객의 갈아타기 등에 관한 사항은 당사자 간의 협의로 정한다'는 내용이다. 헌재는 "해당 조항이 국토교통부장관이 운임수입 배분에 관한 결정을 하기 전에 거쳐야 하는 일반적인 절차에 대해 따로 규정하고 있지는 않지만 행정절차법은 처분의 사전통지, 의견제출의 기회, 처분의 이유 제시 등을 규정하고 있고 이는 국토부장관의 결정에 적용되므로 도시철도법이 이를 별도로 규정하고 있지 않더라도 절차적 보장이 이루어지기 때문에 적법절차원칙 위반이 아니다"라고 밝혔다. 이어 "국토부장관은 당사자의 신청을 요건으로 결정하게 되므로 원칙적으로는 분쟁 해결 과정에서 당사자의 자율성이 존중되고, 국토부장관의 결정에 대해서는 취소소송을 통한 불복도 가능하다"며 "이 조항으로 제한되는 직업수행의 자유는 도시철도운영자 등이 연락운송 운임수입 배분을 자율적으로 정하지 못한다는 정도에 그치지만, 달성되는 공익은 도시교통 이용자의 편의 증진이라는 중대한 공익이기 때문에 과잉금지원칙을 위반해 도시철도운영자 등의 직업수행의 자유를 침해한다고 볼 수도 없다"고 설명했다.

지하철 요금 인상으로 갈등을 빚었던 메트로9호선과 서울시의 법정 타툼에서 서울시가 이겼다. 서울행정법원 행정2부(재판장 윤인성 부장판사)는 30일 서울시메트로9호선이 서울시를 상대로 낸 운임신고 반려처분 취소소송(2012구합15029)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 "도시철도법은 운영자가 운임을 변경할 경우에는 시·도지사가 정하는 범위에서 운임을 정해 신고하게 돼 있어 시·도지사는 운임신고가 도시철도법 조항의 요건을 갖췄는지 심사할 실질적인 권한이 있다"고 밝혔다. 또 "서울시와 메트로9호선 간에 운임을 조정하기 위한 협의절차가 진행 중이었는데도 협의절차와 관계없이 인상된 운임을 신고했다"고 덧붙였다. 2009년 7월 개통한 메트로9호선은 기본운임을 1582원으로 신고했지만, 서울시가 운임수준을 다른 도시철도 요금수준에서 정하라고 요구하자 기본운임을 900원에 책정했다. 1년 뒤 메트로9호선은 서울시에 요금조정을 요구해 협상이 시작했지만 진통을 겪다 결국 결렬됐다. 메트로는 지난해 1월과 2월 두 차례에 걸쳐 기본운임을 1550원으로 인상할 것이라고 서울시에 신고했고, 서울시가 받아들이지 않자 지난해 5월 소송을 냈다.