삼양식품 등에 라면박스와 스프를 공급하는 자회사들이 허위 세금계산서를 작성했다는 이유로 법인세 부과 처분을 받았으나, 법원에선 일부 세금계산서에 대해 허위가 아니라고 판단했다. 서울고법 행정1-1부(심준보·김종호·이승한 부장판사)는 4일 삼양식품과 삼양내츄럴스, 삼양프루웰, 알이알이 성북세무서장, 원주세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송(2021누33601)에서 원고일부승소 판결했다. 삼양내츄럴스와 삼양프루웰, 알이알은 삼양식품 라면박스 등을 공급하는 삼양의 자회사다. 재판부는 알이알 등이 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없다는 내츄럴스와 프루웰 측의 주장을 받아들였다. 재판부는 "구 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급이 있기는 했으나 세금계산서에 기재한 '공급하는 자' 또는 '공급받는 자'가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 '공급하는 자'나 '공급받는 자'를 수범자로 규정한다고 볼 수 없다"며 "자회사들이 실제 자신이 공급하거나 공급받는 재화에 대해 각 자회사 명의를 이용해 세금계산서를 발급·수취했을 뿐, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취했다고 볼 수 없어 구 부가가치세법상 가공 세금계산서에 해당하지 않는다"고 판단했다. 내츄럴스의 2011~2012사업연도와 프루웰의 2008~2012사업연도 각 법인세 등에 대한 부과제척기간 경과 주장에 대해 재판부는 "일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 구 국세기본법(2014.12.23 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호의2 나목 소정의 구법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세에는 해당하지 않으므로, 이에 대해선 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없어 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효"라고 했다. 다만 "증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함해 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다"며 "납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대해서도 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로 당초 처분에 의해 이미 확정했던 부분에 대해 다시 위법 여부를 다툴 수 없다"고 밝혔다. 앞서 서울지방국세청은 2018년 10월부터 2019년 2월까지 삼양식품과 내츄럴스, 프루웰, 알이알에 대한 법인제세통합조사를 실시했다. 그 결과 △삼양식품이 2011년~2017년 내츄럴스로부터 388억여 원 상당의 라면스프 원료를 공급받았음에도 페이퍼컴퍼니 명의로 발급된 세금계산서를 수수했고, 프루웰로부터는 115억여 원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 알이알 명의로 발급된 세금계산서를 수수했으며 △내츄럴스와 프루웰이 그 전 거래 단계에서 다른 거래처로부터 라면스프와 포장박스를 공급받았음에도 알이알 등으로부터 받은 것처럼 세금계산서를 꾸며 수수한 것으로 조사됐다. 이러한 세금계산서를 확인한 서울지방국세청은 관련 과세자료를 관할세무서인 성북세무서와 원주세무서에 통보했다. 성북세무서는 삼양식품이 내츄럴스 등으로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 합계 47억여 원을 증액경정·고지했다. 원주세무서는 알이알 등의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 내츄럴스, 프루웰이 부담해야 한다는 전제로 해당 세금계산서와 관련된 매출세액을 내츄럴스와 프루웰의 매출세액에 가산하는 등으로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 내츄럴스에게는 26억여 원을, 프루웰에는 5억여 원을, 각 증액경정·고지했다. 알이알에 대해선 2억4000여만 원을 고지했다. 이에 불복한 삼양식품 등은 2019년 4월 심판청구를 제기했고, 그 결정이 있기 전인 같은해 5월 소송을 제기했다. 조세심판원은 2020년 6월 이들의 심판청구를 모두 기각했다. 1심은 내츄럴스와 프루웰의 부과제척기간 관련 주장은 받아들이지 않았지만, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 등 일부를 받아들여 원고일부승소 판결했다.

회사가 배임 등 임직원의 예상치 못한 부정행위로 법인세를 과소신고한 경우까지 40%의 가산세를 물리는 것은 부당하다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 대법원은 다만 이 경우 해당 회사에 10년간 장기 부과제척기간을 적용하는 것은 가능하다고 판단했다. 대법원 전원합의체(주심 이동원 대법관)는 18일 A사가 서울마포세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송(2017두38959)에서 원고패소 판결한 원심을 일부 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. A사 임직원인 B씨 등은 가맹점에 지원금 등을 지급한다는 명목으로 회사로부터 약 20억원을 받았다. 그런데 B씨 등은 이 돈을 가맹점에 지급하고 돌려받는 수법으로 회삿돈을 편취했으며, 사기와 배임 혐의 등으로 기소돼 유죄 확정 판결을 받았다. 이들의 범행으로 A사의 사업연도 소득은 20억원 누락된 채 법인세 신고·납부가 이뤄졌다. 세무당국은 임직원의 부정행위를 법인(회사)의 부정한 행위로 보고, 10년의 장기 부과제척기간을 적용한 법인세 본세에다 40%의 부당과소신고가산세 등을 더해 법인세를 증액경정했다. [ 판결문 다운로드 ] 국세기본법은 '국세는 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없다'고 정하면서, 다만 납세자가 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에는 그 기간을 10년으로 늘려 '장기 부과제척기간'을 적용하도록 했다. 또 납세자가 과세표준과세액을 과소신고한 경우 과소신고액의 10%에 해당하는 일반과소신고가산세를 부과하면서, 부정한 행위로 과소신고를 하면 40%로 가중해 '부당과소신고가산세'를 부과하도록 하고 있다. 이에 반발한 A사는 소송을 냈다. 재판에서는 임직원의 부정한 행위를 이유로 피해자 지위에 있는 회사에 △장기 부과제척기간과 △부당과소신고가산세를 적용할 수 있는지가 쟁점이 됐다. 재판부는 이 경우 △10년의 장기 부과제척기간은 적용할 수 있지만 △40%에 달하는 부당과소신고가산세를 부과할 수는 없다고 판단했다. 재판부는 우선 '40% 부당과소신고가산세'에 대해 "임직원의 부정한 행위가 납세자(회사)를 피해자로 하는 사기, 배임 등의 범행의 일환으로 행해지고, 거래 상대방이 이에 가담하는 등 납세자가 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 특별한 사정이 있는 경우라면, 이들의 배임적 부정행위를 부당과소신고가산세에서 말하는 부정한 행위에 포함된다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 이어 "이런 경우까지 납세자에게 부정한 행위를 이유로 중과세율(40%)을 적용하는 부당과소신고가산세를 부과할 수는 없다"고 설명했다. 재판부는 다만 '10년의 장기 부과제척기간' 적용에 대해서는 "이런 경우에도 임직원의 부정한 행위로 포탈된 국세에 관해 과세관청의 부과권 행사가 어렵게 된 것은 분명하다"며 "납세자가 임직원 등의 부정한 행위를 방지하기 위해 상당한 주의 또는 관리·감독을 게을리하지 않았다는 특별한 사정이 없는 한, 임직원의 배임적 부정행위는 장기 부과제척기간에서 말하는 부정한 행위에 포함된다"고 판시했다. 이에 대해 이기택·김재형·박정화·안철상·노정희 대법관은 "납세자가 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 임직원 등의 배임적 부정행위를 이유로 회사에게 부당과소신고가산세를 부과할 수 없을 뿐만 아니라 장기 부과제척기간도 적용될 수 없다"는 별개 및 반대의견을 냈다. 이들 대법관들은 "국세기본법의 의도 등을 고려하면 납세자에 대한 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세에 관한 해석·적용을 통일적으로 하는 것이 타당하다"며 "동일한 문언을 요건으로 하는 두 제도에 대해 부당과소신고가산세에서는 납세자의 부정한 행위로 보지 않으면서, 장기 부과제척기간에서는 납세자의 부정한 행위로 보는 것은 국세기본법 전체의 체계와 통일성을 무시하는 해석"이라고 지적했다. 앞서 1,2심은 "세무당국이 임직원의 부정행위를 법인의 부정행위로 보아 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세를 적용하는 것은 타당하다"며 원고패소 판결했다. 이번 전원합의체 판결문은 대법원 홈페이지(https://www.scourt.go.kr/sjudge/1613634904991_165504.pdf)에서도 전문을 확인할 수 있다.

회사 대표자의 인정 상여에 대한 소득세 부과 제척기간 기산일을 법인에 대한 소득금액변동통지서 송달일로 봐서는 안 된다는 항소심 첫 판결이 나왔다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 2일 S사 전 대표 이모씨가 안산세무서를 상대로 낸 종합소득세부과처분 취소소송 항소심(☞2011누17808)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "소득세 부과제척기간이 지난 2001년, 2002년 종합소득세 7억3500만원의 부과처분을 취소한다"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "과세관청이 사외 유출된 익금(益金)액을 대표자에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 원천징수 소득세의 납부의무자인 법인에 대해서는 소득금액변동통지서가 송달된 날에 소득세 원천징수의무가 성립하지만, 소득 귀속자의 종합소득세(근로소득세) 납세의무는 국세기본법에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "소득금액변동통지를 할 때에 비로소 원천납세의무자의 소득세에 대한 부과제척기간이 기산된다고 한다면, 과세관청은 법인세 부과제척기간 범위 내에서 소득금액변동통지를 할 수 있고, 다시 그때부터 소득세에 대한 부과제척기간이 기산돼 납세자의 지위를 장기간 불안정하게 해 부당하다"며 "과세관청의 징수 편의를 위해 탄생한 원천징수제도로 말미암아 원천납세의무자의 실체적 지위가 더 불리해져서는 안 된다"고 밝혔다. 재판부는 "인정상여처분에 따른 이씨의 2001년도와 2002년도 인정상여소득에 대한 종합소득세 납세의무는 당해 과세기간이 종료하는 때에 성립하고, 부과제척기간의 기산일은 종합소득세 신고기한의 다음 날인 2002년 6월 1일 및 2003년 6월 1일"이라며 "2008년 12월에 부과된 2001년, 2002년 귀속 종합소득세는 5년의 부과제척기간이 지나 위법하다"고 설명했다. 안산세무서는 세무조사 결과에 따라 2005년 1월 S사에 대해 소득금액변동통지를 하고 원천징수 소득세 7억여원의 징수처분을 했다. 그러나 S사는 폐업신고를 했고, 세무서는 2008년 12월 1일 이씨에게 2001, 2002, 2003년 귀속 종합소득세 10억여원을 부과했다. 이씨는 2010년 6월 소송을 냈으나 1심은 원고패소 판결을 내렸다.