주식매수선택권 비과세한도 초과액을 손금산입 처리한 것을 부당행위로 간주할 수 없다는 판결이 나왔다.
구 조세특례제한법 제15조, 시행령 제13조는 주권상장법인의 종업원이 2003년12월까지 부여받은 주식매수선택권을 행사해 얻은 이익은 1인당 5,000만원의 한도에서는 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용하지 않는다고 규정해 비과세특례를 부여하고 있다.
서울행정법원 행정3부(재판장 김종필 부장판사)는 지난달 29일 A사가 “특례한도액 초과액에 대한 손금산입처리를 무조건 부당행위로 간주하는 것은 부당하다”며 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세경정거부처분 취소소송(2009구합7134)에서 “법령에 따른 주식매수선택권 행사는 부당행위라고 하기 어렵다”며 원고승소 판결을 내렸다.
재판부는 판결문에서 “구 조세특례제한법 제15조의 규정은 비과세특례한도에 해당하는 부분을 실효성있게 보장하기 위해 부당행위계산 부인규정을 적용하지 않는다는 뜻을 소극적으로 명시한 것에 불과하다”고 밝혔다.
재판부는 이어 “특례한도액을 넘는 이득액에 대해 부당행위계산 부인규정 자체의 요건을 완화하는 것으로 해석할 수는 없다”며 “한도액인 5,000만원을 초과하는 부분은 원칙으로 돌아가 법인세법 제52조의 적용대상이 되는지를 따져봐야 한다”고 덧붙였다. 재판부는 또 “A사의 주식매수선택권 행사는 계약체결 전 주주총회의 특별결의를 거치는 등 증권거래법을 비롯한 관계법령에 정한 요건과 절차에 따른 것임이 명백해 부당행위라고 하기 어렵다”며 “주식매수선택권 행사에 따라 A사가 자기주식을 그 행사가에 매각함으로 입은 손실은 당연히 손금에 산입돼야 한다”고 설명했다.
A사는 주식매수선택권행사시 특례한도액을 초과하는 금액에 대해 착오로 손금불산입 처리를 했다며 2008년4월 법인세 6,000여만원을 감액해달라는 경정청구를 했다. 역삼세무서가 이를 거부하자 A사는 지난 2월 소송을 냈다.