수정수입세금계산서의 발급 요건을 제한하고 있는 부가가치세법은 헌법에 위반되지 않는다는 헌법재판소의 결정이 나왔다. 관세청은 수입업자가 당초 신고·납부한 관세 및 부가세의 부족분이 발생할 경우 이를 추징·고지하면서 관할지 세관장을 통해 수정수입세금계산서를 발급해 왔으나, 지난 2013년 7월 부가가치세법 및 시행령이 개정되면서 발급 제한 사유가 신설됐다. 수정수입세금계산서가 발급되지 않으면 매입세액을 공제받지 못하고 납부한 부가세도 환급받지 못한다. 헌재는 A씨 등 2명이 부가가치세법 제35조 2항 2호 등이 헌법에 위반된다며 낸 헌법소원사건(2014헌바372 등)에서 최근 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정을 내렸다. 해당 조항은 세관의 과세표준 또는 세액결정 고지서를 받거나, 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위, 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위해 현지출장이나 확인 업무에 착수하는 행위 등이 있을 경우 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 규정하고 있다. A씨 등은 의류를 수입하면서 수입가격을 저가로 신고했다는 이유로 조사를 받고 인천세관장에게 부가가치세 수정신고를 한 다음 추가로 부가가치세 등을 납부했다. A씨는 추가로 납부한 부가가치세에 대해 인천세관장에게 수정수입세금계산서 발급을 신청했지만 인천세관장은 발급을 거부했다. 이에 A씨는 인천세관장을 상대로 수정수입세금계산서 발급 거부처분 취소소송을 제기했고, 재판 도중 법원에 관련 조항에 대한 위헌법률심판제정을 신청했다가 기각되자 2014년 8월 헌법소원을 냈다. 헌재는 "해당 조항은 납세의무자의 성실한 과세표준 신고를 유도하기 위한 것으로서 그 입법목적의 정당성이 인정된다"며 "수입자에게 수정수입세금계산서를 발급하지 않음으로써 매입세액 불공제라는 세제상의 불이익을 주는 것은 이러한 입법목적 달성을 위한 실효성 있는 제도적 장치라고 할 것이므로 수단의 적절성도 인정된다"고 밝혔다. 이어 "부가가치세법은 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우 등에는 여전히 수정수입세금계산서 발급이 가능하도록 규정하고 있어 수입자의 재산권 침해를 최소화하기 위한 합리적인 장치도 두고 있다"면서 "수정수입세금계산서를 일정한 요건 하에 발급하도록 함으로써 성실한 납세의무자와의 과세형평을 제고하고 성실한 납세신고를 유도하는 등 건전한 과세문화를 정착시키고자 하는 것이므로 해당 조항으로 달성하고자 하는 공익이 중대하다"고 설명했다.