부동산매매법인이 취득 후 보유만 하고 있던 부동산을 업무사용 유예기간인 5년이 지나 팔았더라도 일반 법인과 달리 5년간의 대출이자는 법인세 부과대상에서 제외하는 과세특례가 적용된다는 판결이 나왔다. 일반 법인이 부동산을 업무에 사용하지 않고 5년이 지난 뒤 부동산을 팔면 부동산을 취득한 날로 소급돼 법인세가 다시 부과되지만, 부동산매매법인은 부동산 매매가 본래 업무이기 때문에 법인세법 시행규칙이 규정하고 있는 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다는 취지다. 법인세법 시행규칙은 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에는 부동산 취득일부터 양도일까지 기간 전부의 대출이자에 대해 과세를 하지만, 유예기간이 지난 뒤 업무용으로 사용한 부동산의 경우는 유예기간이 끝나고 업무용으로 사용하기까지 걸린 기간의 대출이자에 대해서만 과세를 한다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 부동산 개발·공급 등 부동산매매업을 하는 ㈜부영(소송대리인 법무법인 화우·율촌·태평양·양헌)이 서울남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2014두44342)에서 최근 원고패소 판결한 원심을 취소하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "법인세법령은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우 일반 법인과 달리 부동산을 매매하는 것 자체가 법인의 업무에 해당한다는 특성을 고려해 여러 특례규정을 두고 있다"며 "따라서 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "결국 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용 부동산을 취득한 다음 유예기간이 지난 후 물적분할 등을 통해 양도한 경우는 법인세법 시행규칙 제26조 9항 단서의 '업무에 사용하지 않고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다"며 "이 단서에 따라 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 본문에 따라 유예기간이 지난 다음날부터 양도를 통해 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다"고 판시했다. 부영은 1997~2004년 서울 강서구 등촌동의 토지 193만여㎡를 보유하다 2009년 지주회사 전환을 하면서 설립한 부영주택에 이 토지를 이전했다. 부영은 이 과정에서 부동산 취득일로부터 5년이 경과하기 전에는 과세특례가 적용되고, 유예기간 5년 이후부터 부영주택에 이전하기 전까지는 비업무용 부동산으로 과세특례가 적용되지 않는 것으로 2009년 사업연도 법인세를 계산해 남대문세무서에 신고했다. 법인세법령은 비업무용 부동산 등 자산을 취득·관리하면서 생기는 차입금 지급이자 등의 비용은 당해 사업연도의 소득금액 계산에서 손금에 산입하지 않도록 해 법인세 부과대상에 포함시키고 있다. 다만 업무에 사용하려고 하는 준비기간 등을 고려해 비업무용 부동산이라고 하더라도 추후 업무용으로 사용하는 부동산은 5년의 유예기간 내에는 세제 혜택을 주고 있다. 그러나 유예기간 중이나 후에 업무용 부동산으로 사용하지 않으면서 처분하는 경우에는 부동산을 취득한 때부터 세제혜택을 소급해 적용하지 않는 조항을 두고 있다. 반면 유예기간이 지난 후 업무용으로 사용할 경우에는 5년의 세제혜택을 인정하고, 이후 기간은 세제혜택은 주지 않는 방식을 취하고 있다. 남대문세무서는 2012년 "부영이 토지를 고유업무에 사용하지 않고 보유하다가 유예기간이 지나 양도했다"며 "유예기간을 적용하지 않고 토지 취득일부터 양도일까지의 기간 전체를 과세대상으로 봐야 한다"며 법인세 173억여원을 부과했다. 이에 부영은 "일반법인과 달리 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이라 재고자산인 부동산을 양도하는 것은 업무에 직접 사용한 것"이라며 소송을 냈다. 1심은 부영의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "법인세법 시행규칙 단서에서 양도의 개념에 '부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 양도하는 경우'를 명시적으로 제외하고 있지 않다"며 "부영이 토지를 취득한 때로부터 물적분할일까지의 기간을 업무와 관련이 없는 보유 기간으로 본 세무서의 처분은 적법하다"며 부영에 패소 판결을 내렸다. 김용택(41·사법연수원 36기) 화우 변호사는 "부동산매매법인의 5년 과세특례의 인정범위를 명확하게 정리함으로써 법인이 주택공급을 위한 주택 매입에 적극적으로 나설 수 있는 토대를 마련해 준 판결"이라고 말했다.