학생들이 낸 기성회비 중에서 일부를 연구보조비로 받았던 국립대 교직원들이 기성회비 논란 사태 이후 연구보조비가 끊기자 "못 받은 연구보조비 58억원을 달라"며 소송을 냈지만 항소심에서도 패소했다. 서울고법 민사32부(재판장 박형남 부장판사)는 전국 국립대 교직원 4159명이 국가와 각 대학 총장들을 상대로 낸 연구보조비 등 청구소송(2014나2040242)에서 최근 1심과 같이 원고패소 판결했다. 재판부는 "대학생 등록금 문제가 사회문제화 되면서 국립대 등록금 중 가장 큰 비율을 차지하고 있던 기성회비 징수 자체는 물론 사용처 등에 관한 문제 제기가 됐고, 감사원 등이 공무원 급여보조성 경비 지급을 폐지할 것을 요청해 2013년 8월 기성회비 관리규정이 개정돼 연구보조비 지급이 중단됐다"며 "기성회가 위임한 예산의 집행권한과 세출 과목으로 편성·의결된 예산을 지출하지 않을 권한을 갖고 있는 국립대 총장이 교직원에게 연구보조비를 지급하지 않은 것은 정당하다"고 밝혔다. 이어 "국가공무원법이나 공무원보수규정, 공무원수당 등에 관한 규정에 연구보조비 명목의 수당 규정은 없다"며 "연구보조비는 교직원 복지와 교육여건 개선이라는 기성회 자체의 정책적 판단에 따라 시혜적으로 지급해온 것에 불과할 뿐 취업규칙이나 법령 등에 따른 보수라고 볼 수 없다"고 설명했다. 1963년 국립대 후원을 위해 발족된 기성회는 교직원들에게 매년 기성회비에서 일부를 책정해 교직원 연구보조비로 지급했다. 그러나 기성회비가 대학생들의 과도한 등록금 부담을 가중시킨다는 지적이 이어지자, 교육부는 2013년 7월 국립대 총장들에게 "직원들에게 급여보조성 경비를 지급하지 말라"고 요청했다. 이에 총장들은 기성회비 관리규정을 개정해 연구보조비를 세출항목에서 제외했고 이에 반발한 교직원들은 소송을 냈다. 국립대 기성회비 제도는 지난해 3월 '국립대학의 회계 설치 및 재정운영에 관한 법률'에 따라 완전히 폐지됐다.