형사처벌 조항이 헌재에서 합헌결정을 받은 적이 있더라도 이후 위헌결정이 나면 법제정시로 소급해 효력을 상실하므로 합헌결정 당시 범죄를 저질렀다고 하더라도 위헌선고 이후에는 처벌할 수 없다는 법원 해석이 나왔다. 법원은 이같은 이유로 최근 검찰이 위헌결정이 난 법률로 기소한 사건들에 대해 잇따라 면소판결을 내렸다. 서울고법 형사1부(재판장 조해현 부장판사)는 최근 2004년 1월 대출알선을 대가로 3억6,000만원을 받은 혐의(특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률 위반)로 기소된 A씨에게 면소판결을 내렸다(2010노116). 재판부는 판결문에서 "헌법재판소가 위헌을 선언한 법률조항이 효력을 잃게 되는 시기를 특별히 제한하지 않는 이상, 이번 사건에 적용된 가중처벌 벌칙규정인 구 특경법 제5조4항 제1호는 법률 제정시부터 소급적으로 효력을 상실하게 된다"며 "따라서 이 법조항에 대해 합헌결정이 내려졌던 2005년 6월 30일까지는 조항이 유효하므로 그 이후부터 소급적으로 효력을 잃게 된다는 검사의 주장은 이유없다"고 밝혔다. 또 같은 재판부는 최근 2004년 5월과 6월 대출알선 대가로 5,000만원을 받은 혐의로 기소된 B씨에게도 면소판결을 내렸다(2010노114). 재판부는 판결문에서 "검찰이 적용한 구 특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률 제5조4항의 경우 헌법재판소의 위헌결정에 따라 소급적으로 효력을 상실해 적용할 수 없고 대신 제5조1항에 따라 공소시효 5년이 적용돼야 한다"며 "하지만 공소시효 5년이 이미 경과됐다"고 밝혔다. 헌법재판소는 2006년 4월 수수액이 5,000만원 이상인 경우 범인의 성행, 전과 유무, 범행의 동기, 범행 후의 정황 등 죄질과 상관없이 무기 또는 10년 이상의 징역에 처하도록 규정한 구 특경법 제5조4항 제1호의 가중처벌 벌칙규정에 대해 위헌결정을 내렸다(2006헌가5).

14일 김용준(金容俊) 헌법재판소장 등 헌법재판관 5명이 퇴임함에 따라 헌법재판소 제2기 재판부가 막을 내렸다. 제1기 재판부가 헌법재판의 기초를 다졌다면 제2기 재판부는 헌법을 수호하고 국민의 기본권을 보장하는 최고헌법기관으로서의 내실을 다졌다는 것이 중평이다. 제2기 재판부가 심리한 주요사건은 △과외교습을 원칙적으로 금지하는 학원의설립및운영에관한법률에 대한 위헌결정(98헌가16등) △제대군인이 공무원채용시험에서 가산점을 받는 것은 여성, 장애인 등의 평등권, 공무담임권을 침해한다는 결정(98헌마363) △미결수가 수사 또는 재판을 받기 위해 수용시설 밖으로 나올 때에도 수의를 입게 하는 것은 무죄추정의 원칙에 반한다는 결정(97헌마137등) 등이다. 특히 △개인에 대해서는 택지소유의 상한을 정하고 법인에 대해서는 택지소유를 금지한 택지소유상한에관한법률 전체에 대한 위헌결정(94헌바37 등) △일정기간내에 상속재산에 대해 한정승인하거나 포기하지 않으면 단순승인으로 간주하는 민법 제1026조제2호에 대한 헌법불합치 결정(96헌가22등) △동성동본 간의 혼인을 금지한 민법 제809조제1항에 대한 헌법불합치 결정(95헌가6등) △헌정질서파괴 행위에 대해서는 국가의 소추권행사에 장애사유가 존재한 기간은 공소시효의 진행이 정지된 것으로 본다는 이른바 5·18특별법에 대한 합헌 결정(96헌가2등) 등은 사회적으로 큰 파장을 일으켰다. 88년 9월 헌재가 창설된 이래 모두 6천31건의 사건이 접수돼 이중 5천5백64건이 처리됐는데 이중 제2기 재판부 때 3천9백30건이 접수되고 3천8백80건이 처리됐다. 창설 초기에는 접수건수가 연평균 3백건 정도였으나 95년 이후에는 연평균 5백건 이상으로 폭증했다. 특히 최근에는 사건수가 더욱 폭발적으로 늘어 98년 6백57건, 99년 9백24건, 올해는 8월말 현재 6백43건이 접수됐다. 이는 헌법상 기본권에 대한 국민들의 인식이 확대됐으며 기본권을 침해당했을때 헌재에 권리구제를 청구할 수 있다는 이해가 보편화되고 있음을 의미한다. 내용면에서는 제1기, 제2기 재판부를 통틀어 법령에 대한 위헌선고(헌법불합치, 한정위헌, 한정합헌 포함)가 내려진 건수는 3백11건(법령수는 1백86건)인데 이중 78%가 넘는 2백43건(법령수는 1백22건)이 제2기 재판부에서 이뤄졌다. 또 헌법소원 사건에서도 청구가 인용된 1백13건중 77%에 달하는 87건이 제2기 재판부에 의해 내려진 것이다. 하지만 제2기 재판부가 정치적으로 민감한 사안에 대해서는 정치권과 여론의 눈치를 본다거나 늑장결정을 내려 결과적으로 헌재가 헌법 수호 기관으로서의 역할을 제대로 못했다는 지적도 있다. 택지소유상한제 등을 비롯한 일부 조세사건에서 보듯 몇년씩 사건을 끄는 바람에 성실납세자들만 손해를 보게 된 경우는 대표적인 예로 꼽힌다. 이 부분에 대해 金 소장은 퇴임기자간담회에서 "한시법적인 성격이 있는 조세분야 특별조치법의 경우 위헌여부에 대해 늑장처리하는 것은 문제"라며 "재판제도의 내재적 한계이기도 하다"고 말했다. 또 헌재의 한정위헌 결정에 따르지 않은 대법원 판결을 취소, 대법원과의 갈등설을 불러일으킨 구 소득세법 제23조제4항제1호단서 조항과 관련한 사건 3건을 제2기 재판부가 말끔히 마무리하지 못하고 제3기 재판부로 넘긴 것도 문제점으로 지적되고 있다.