최근 종교인 과세 문제가 논란이 되고 있는 가운데 대법원이 해외 선교회 대표의 국내 사택은 선교 활동과 직접적인 연관이 없으므로 비과세 대상이 아니라는 판결을 내려 주목을 끌고 있다. 지방세법은 '종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자의 종교사업에 사용하기 위한 부동산 취득'을 비과세 대상으로 정하고 있다. 대법원 행정3부(주심 민일영 대법관)는 지난달 24일 (사)한국불어권선교회가 서초구를 상대로 낸 등록세 등 부과처분 취소소송 상고심(2011두15183)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "한국불어권선교회의 임원 중 한 사람인 대표는 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행하는 기관에 불과한 점, 한국불어권선교회의 설립 목적은 불어권 지역에 대한 선교 활동에 관한 것으로 대표에 대한 사택 제공이 종교사업에 반드시 필요하다고 보이지 않는 점 등을 종합하면 선교회 대표는 사업수행에 필요불가결한 중추적 지위에 있다고 보이지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 "선교회의 사업목적을 고려하더라도 한국불어권선교회가 사택으로 구입한 아파트는 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없으므로 지방세법에서 정한 비과세대상에 해당하지 않는다"고 설명했다. 서부아프리카 등 50여개국의 불어권 국가에 대한 기독교 선교를 위해 설립된 한국불어권선교회는 2008년 10월 이사 김모씨로부터 서울 서초구의 아파트를 증여받고 취득세 등을 신고·납부하지 않았다. 서초구는 2009년 4월 선교회가 증여받은 아파트를 종교사업 용도로 직접 사용하고 있는 게 아니라며 취득세 2300만원과 농어촌특별세 2300만원 등을 부과했다. 1·2심은 "대표선교사는 종교사업을 수행함에 있어 필요 불가결한 인적 요소이고, 대표선교사의 사택으로 사용하는 주택은 종교사업을 수행하기 위해 필요한 것으로 사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있다"며 세금부과를 취소하라는 판결을 했다.

종교수행환경을 보호하기 위해 사들인 토지까지 비과세의 종교용 토지로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 춘천지법 행정부(재판장 송경근 부장판사)는 재단법인 A선원이 "종교사업을 위해 산 토지에 취득세 등으로 2,600여만원을 부과한 것은 부당하다"며 인제군을 상대로 낸 취득세등부과처분 취소소송(☞2009구합1141)에서 원고패소 판결했다고 19일 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "원고는 이 임야를 매수한 후 일부만을 선원의 진입로로 이용하고 있을 뿐, 이 사건 계쟁임야는 매수할 당시의 상황 그대로 소유하고 있고, 임야 중 일부는 선원주변에 있지도 않은 임야로서 원고 스스로도 종교목적을 위해 사용되지 않는 토지라는 것을 자인하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 또 "이와 같은 경우까지 '종교사업 자체에 직접 사용되는 토지'로 볼 경우 그 범위가 필요 이상으로 확대되어 오히려 부동산투기 등의 목적으로 악용될 우려도 있다"고 판시했다. A선원은 1998년8월부터 2000년12월까지 강원 인제읍 하추리에 종교용지 5,795㎡를 비롯해 총 1만4,128㎡에 사찰과 승려들의 수행·교육시설을 건축·운영하고 있었다. 2004년4월부터 2004년8월까지는 인접한 임야가 개발될 경우 소음이나 부적절한 행위로 참선수행이 불가능하다며 수행공간활용과 수행환경보호를 목적으로 부근의 126만여㎡의 토지를 '종교사업 자체에 직접 사용되는 토지'로 비과세로 매입했다. 그러나 인제군이 해당 부동산은 종교목적으로 보기 어렵다며 취득세 등으로 2,600여만원의 세금을 부과하자 소송을 냈다.

교회부설주차장이 교회로부터 261m 떨어져 있어도 7,200명의 신도와 신도들의 차량이 600여대가 된다면 종교부설시설에 해당되어 취득세 등이 면제 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 민중기 수석부장판사)는 12일 남서울교회가 서울서초구청장을 상대로 낸 취득세 등 부과처분 취소청구소송(☞2007구합16639)에서 원고 승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "지방세법상 종교 등의 공익사업을 목적으로 비영리사업자가 부동산을 취득할 때는 취득세 등이 면제된다"면서 "종교단체의 사업목적상 다수의 신도들이 교회에 집합하는 것이 불가피한 점에 비춰볼 때, 교회부지 밖에 있는 부설주차장 부지도 경우에 따라서는 종교사업에 직접 사용되는 부동산에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "비록 서초구의 주차장설치 및 관리조례에 의하면 부설주차장은 시설물 부지로부터 직선거리 100m, 도보거리 150m 내에 설치돼야 하나, 교회의 신도수가 7,200명이고 신도들의 차량대수가 총 599대이다"면서 "이용가능한 서울시 소유 임시주차장은 190여대 정도 밖에 주차할 수 없는 점에 미뤄볼 때, 이 부설주차장이 법규에서 정한 기준 밖인 261m에 있더라도 비과세 대상인 교회부설주차장이다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "인근에 아파트가 밀집돼 있어 주차난이 심각했고 다른 자치구에서는 직선거리 300m 이내, 도보거리 600m 이내에 부설주차장을 설치할 수 있도록 하고 있는 점에 비춰볼 때 교회의 종교사업 목적에 직접 사용되는 비과세대상토지에 해당된다"고 판시했다. 남서울교회는 2004년 교회에서 261m 떨어진 곳의 토지를 매입해 부설주차장으로 사용하자 서초구청이 주차장 설치 및 관리조례에서 정한 설치기준에 위배 된다며 취득세 등을 부과하자 소송을 냈다.