<사진=pixabay, 법률신문DB> 외형상 주택이라고 해도 임차인이 모두 퇴거해 사용 가능성이 없었고 이미 건축물 해체를 신청해 철거를 앞두고 있었다면 종합부동산세를 부과할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 2023년 11월 10일 주택개발업체 A 사가 영등포세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분 취소소송(2022구합87160)에서 "영등포세무서장이 2021년 11월 A 사에 내린 2021년도 귀속 종부세 6억2700여만 원과 농어촌특별세 1억2500여만 원의 부과 처분을 각 취소한다"며 원고승소 판결했다. A 사는 2020년 12월 소유하던 서울 용산구 소재 건물을 해체하기로 하고, 용산구청에 건물 해체허가신청서를 제출했다. 용산구청은 2021년 8월이 돼서야 건축물 해체 허가서를 발급했다. 이후 영등포세무서는 A 사가 과세기준일인 '2021년 6월 1일'을 기준으로 3주택 이상을 소유했다는 이유로 2021년 11월 종부세 6억2700여만 원과 농어촌특별세 1억2500여만 원을 부과했다. A 사는 국세심사위원회 이의신청과 조세심판원 심판청구가 모두 기각되자 소송을 냈다. A 사는 "이 사건 건물이 외형상 주택이라고 해도 과세기준일 당시 기존 임차인이 모두 퇴거했고 단전·단수돼 오직 철거를 앞두고 있어 사실상 주택 기능을 상실해 주택으로 볼 수 없다"며 "종부세 과세기준일 이전에 건물 해체신청을 했음에도 용산구청의 처리 지연으로 철거를 못 한 것일 뿐, 그 책임을 우리가 부담하는 것은 부당하다"고 주장했다. 재판부는 "실제로 철거할 예정으로 취득한 주택의 경우, 부의 편중현상을 완화해 경제적 효율성을 높이고 투기적 목적의 주택 소유를 억제한다는 종합부동산세의 입법 목적과는 그다지 관계가 없다"며 "고액의 부동산 보유자에 대해 과세를 해 부동산 가격 안정 등의 적극적인 목적을 추구한다는 종부세의 유도적·형성적 기능과도 거리가 멀다"고 밝혔다. 이어 "2022년 2월 종합부동산세법 시행령 개정으로 '그 취득일부터 3년 내에 멸실시키는 주택'이 종부세 합산배제 대상에 추가돼 합산배제 대상이 확장됐는데, 그 취지는 '주택 공급을 촉진하기 위해 종부세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 주택의 범위에 공공주택사업자, 주택조합, 주택건설사업자 등이 주택건설 사업을 위해 멸실시킬 목적으로 취득해 3년 이내에 멸실시키는 주택'을 추가한 것"이라고 설명했다. 그러면서 "실제로 A 사는 건물을 양도받은 직후 곧바로 건축물 해체허가 신청을 했는데, 용산구청의 심의를 여러 차례 거치고 재차 신청서를 제출하는 과정을 거쳐 그 허가가 2021년 8월에야 있었다"며 "그 과정에서 건물이 사용되거나 사용될 가능성이 있었다는 사정은 보이지 않는 바, 건물의 외관이 존재하고 있었다는 것만으로 해당 건물이 주택으로 이용되고 있었다고 볼 수 없다. 해당 건물은 종부세 과세 대상에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다"고 판시했다.

종합부동산세를 과세하면서 동일한 주택·토지 등에 부과된 재산세를 얼마만큼 공제할지를 대통령령으로 정할 수 있도록 한 현행법 체계가 합법이라는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관)는 8월 31일 A 사가 마포세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세 취소 소송(2019두39796)에서 원고승소 판결을 파기하고 사건을 서울고법에 돌려보냈다. 종합부동산세는 국세의 일종으로 개인이 가진 부동산의 합계액을 기준으로 과세한다. 반면 재산세는 지방세로 분류되며 가진 재산에 부과된다. 일정 액수 이상의 부동산을 자산으로 가진 경우 하나의 부동산에 종합부동산세와 재산세가 이중으로 부과된다. 종합부동산세법은 이중과세 문제를 조정하기 위해 종합부동산세를 부과할 때 주택·토지에 부과된 재산세를 공제하도록 하는데, 구체적인 계산식은 대통령령으로 정하도록 위임한다. 시행령은 계속해서 바뀌어왔는데 이번 판결의 대상이 된 것은 '공정시장가액비율'을 계산식에 추가해 2015년 11월에 개정된 시행령이다. 이전에는 종합부동산세와 같은 과세 대상에 부과된 재산세액 전부를 공제하도록 했다. 반면 개정된 시행령에 따라 계산해 보면 재산 세액 일부만 공제되는 결과가 나왔다. 마포세무서는 2016년 11월 A 사가 보유 중인 주택과 종합합산토지 및 별도합산토지에 대해 2016년도 귀속 종합부동산세 23억8752만 원과 농어촌특별세 4억7750만 원을 부과했다. 당시 종부세법 시행령에 따라 공제된 재산 세액은 8억8000만 원이었다. A 사는 추가 공제를 요구하며 소송을 냈다. A사 측은 "이 조항의 산식은 종합부동산세와 중복 부과되는 재산 세액 중 일부만을 공제함으로써 모법의 위임 범위를 벗어나 이중과세금지의 원칙 및 비례원칙을 벗어난 것은 물론 납세자의 재산권을 침해하는 위헌적인 것"이라며 처분 취소를 구하는 소송을 냈다. 1심은 A 사의 청구를 기각했다. 하지만 2심은 시행령이 위법해 효력이 없는 것으로 봐야 한다며 A 사 승소로 판결했다. 그러나 대법원은 다시 판단을 뒤집었다. 재판부는 "종합부동산세법의 문언, 취지 등을 통해 볼 때 입법자가 재산 세액을 얼마나 공제할지 정할 수 있도록 시행령에 위임하고 있다"며 "시행령 개정에 따라 공제액 규모가 줄더라도 이는 입법자가 구 종합부동산세법이 조항의 위임 범위 내에서 주택 등의 종합부동산 세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 했기 때문"이라고 설명했다. "이 사건 조항이 동일한 과세 대상에 대해 종합부동산세의 과세 기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산 세액 중 일부만을 공제하도록 했더라도 구 종부세법의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다"고 판시했다. 대법원 관계자는 "구 종합부동산세법이 재산세액 공제와 관련해 시행령에 위임한 범위에 '종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외 부분 사이에 안분해 과세되는지 여부'가 포함된다는 것을 최초로 명시적으로 설시한 판결"이라고 말했다.

과세당국의 종합부동산세 부과 처분은 정당하다는 법원 첫 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 14일 A씨와 B씨가 서울 삼성세무서장과 반포세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 등 부과처분 취소소송(2021구합58707)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 종부세 부과 처분의 근거가 된 법률 조항에 대해 위헌법률심판을 제청해달라는 신청도 기각했다. 재판부는 "주택은 우리나라 국민들이 보유하는 자산 가운데 차지하는 비중이 높은 점, 단순한 투자자산이 아니라 주거의 안정과도 밀접한 관련이 있는 자산인 점 등 특수성이 있다"며 "(따라서) 필연적으로 급변하는 상황의 변화에 따라 다양한 방식으로 행정수요에 적절히 대처할 필요성이 요구되고, 규율대상이나 방법 또한 지극히 다양하거나 수시로 변화될 수 있는 성질을 가지고 있어 명확성의 요건 또한 상당부분 완화해 규정하는 것이 오히려 바람직하다"고 밝혔다. 이어 "종부세는 부동산 보유에 대한 과세를 강화함으로써 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산 가격을 안정시키려는 데에 주된 정책적 목표가 있다"며 "징수하는 세액을 지방자치단체에 교부해 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하고자 하는 것으로서, 이러한 입법목적은 정당하다"고 설명했다. 또 "공시가격을 기준으로 과세기준금액을 초과하는 분에 대해 누진세율에 의해 과세하도록 한 것은 입법재량의 범위 내에서 부동산의 가격안정과 담세능력에 상응한 과세를 도모하기 위한 것"이라며 "납세의무자들을 합리적인 이유 없이 차별대우하는 것이라고 할 수 없고 응능부담의 원칙에 위배된다고 보기 어렵다"고 했다. 그러면서 "토지의 경우 원칙적으로 생산이나 대체가 불가능해 공급이 제한돼 있고, 일반 국민의 토지나 주택에 대한 의존도 또한 다른 재산권의 대상에 비해 현저하게 크다"며 "토지와 주택을 다른 재산권과 달리 취급해 종부세를 부과한다고 해도 합리성이 없다고 할 수 없으므로, 이를 두고 평등원칙에 반한다고 볼 수 없다"고 판시했다. 서울 강남구와 서초구에 아파트를 소유한 A씨와 B씨는 세무서로부터 각각 200여만원과 1000여만원의 종부세를 부과받았다. 이에 조세심판을 청구했으나 기각되자 지난해 3월 소송을 냈다. 이들은 공시가격과 공정시장가액비율에 의해 종부세가 산정되는 것이 국회에서 제정한 법률에 따라 과세 조건을 규정하도록 한 조세법률주의에 어긋난다고 주장했다. 또 재산세·양도소득세와 동일한 대상에 대해 종부세를 부과하는 것은 이중과세이고, 부동산을 보유한 자와 다른 자산을 보유한 자를 이유 없이 차별하는 처분이라고 반발했지만, 재판부는 받아들이지 않았다. 종부세 부과에 불복해 일반 납세자와 시민단체, 법인 등이 소송을 낸 경우는 많지만 법원의 판결이 나온 것은 이번이 처음이다.

세무서가 법령을 잘못 해석해 과세처분을 한 경우라도 처분 당시 해당 법령의 규정에 관한 법리가 명백하게 밝혀지지 않아 해석상 다툼의 여지가 있었다면 그와 같은 과세처분을 당연무효로 볼 수는 없다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 한국투자증권은 2009~2015년 세무서의 과세처분에 따라 종합부동산세를 납부했다. 그러다 대법원이 2015년 6월 23일 종합부동산세의 세액 계산식에 관한 법리를 밝히는 판결을 선고했다. 대법원 판결 법리를 한국투자증권의 종합부동산세에 적용해보자, 한국투자증권은 그동안 종합부동산세를 과다 납부해 온 것이 드러났다. 이에 한국투자증권은 과다납부된 금액에 대한 과세처분은 당연무효라며 국가를 상대로 과납세액인 6억4500여만원을 돌려달라는 소송을 냈다. 판결문 보기 1심은 한국투자증권에 패소 판결을 내렸다. 2심은 2009~2014년 부과처분에는 중대하고 명백한 하자가 없지만 2015년 대법원 판결 선고 이후 이뤄진 2015년 부과처분은 하자가 있다고 판단해 이부분에 대한 청구만 인용해 6500만원을 돌려주라고 판결했다. 대법원도 원심 판결을 지지했다. 대법원 전원합의체(주심 김신 대법관)는 19일 한국투자증권이 국가를 상대로 낸 부당이득금 반환 청구 소송(2017다242409)에서 원고일부승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 "종래 주류적 판례는 과세처분을 당연무효로 보기 위한 요건으로, 과세처분에 있는 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 것으로서 객관적으로 명백해야 한다고 하는 이른바 '중대명백설'의 입장을 취해왔다"며 "이러한 입장에 의할 때 구체적으로 납세의무를 규정하는 법령에 관한 법리가 아직 명백하게 밝혀지지 않아 해석의 다툼의 여지가 있었을 경우에는 과세관청이 그 규정을 잘못 해석해 과세처분을 했더라도 그 과세처분에 있는 하자가 객관적으로 명백하다고 하기 어려워 해당 과세처분이 당연무효로 인정되기 어렵다는 것이 판례의 태도"라고 밝혔다. 이어 "세무서의 2015년 과세처분은 관련 대법원 판결이 선고된 이후이므로 과세법리가 잘못되었다는 명백한 하자가 있지만, 2009~2014년 귀속분까지는 관련 사건의 대법원 판결 선고 이전의 과세처분이므로 하자가 명백하다고 볼 수 없어 당연무효로 보기 어렵다"면서 "원심의 판단에는 과세처분의 당연무효에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다"고 판시했다. 이에 대해 김신·권순일·김재형·박정화 대법관은 "국가는 납세의무에 관한 법령을 충분히 명확하게 규정해야하고 과세법리가 명확할 때에만 과세를 하는 것이 마땅하다"며 "법령에 대한 잘못된 해석으로 인한 불이익을 납세의무자에게 전가해서는 안된다"는 반대의견을 냈다. 대법원 관계자는 "다수의견은 종래 주류적 판례의 입장을 유지하는 것이 타당하다는 취지"라며 "과세처분의 당연무효를 엄격하게 인정하는 주류적 판례의 입장이 다시 공고하게 확인돼 관련 사건을 처리하는 하급심에도 또 하나의 지침이 될 것으로 평가된다"고 설명했다. 이번 전원합의체 판결문은 대법원 홈페이지(http://www.scourt.go.kr/sjudge/1531985500595_163140.pdf)에서도 전문을 확인할 수 있다.

국세청이 기업 등 종합부동산세(종부세) 납부자들에게 재산세를 공제해줄 때 '공정시장가액 비율'을 적용해 환급액을 줄이는 것은 부당하다는 대법원 첫 판결이 나왔다. 공정시장가액 비율은 국세청이 과다한 공제를 줄이겠다며 내놓은 새로운 계산법이다. 이번 판결에 따라 종부세 납주자들의 세금 경정청구 등이 줄을 이을 것으로 전망된다. 대법원 행정1부(주심 고영한 대법관)는 KT와 한국전력, 신세계, 국민은행 등 25개 기업과 단체가 각 관할 세무서장을 상대로 "중복 과세된 200억원의 종부세 부과 처분을 취소해달라"며 낸 종합부동산세부과처분등취소소송의 상고심(2012두2986)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 지난달 23일 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "같은 재산에 재산세와 종부세를 이중으로 부과하지 않기 위해 종부세법과 시행령 등 관련 규정을 만들었는데도, 국세청은 종부세법 시행규칙 별지 제3호 서식상에 공정시장가액 비율을 적용하는 방식의 계산법을 따로 만들어 적용하는 방식으로 시행령 등 관련 법령이 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액 범위를 위법하게 축소했다"고 밝혔다. 이어 "공제되는 재산세액은 초과금액에서 재산세율만 따지면 되지 공정시장가액 비율을 따져 80%만 산정해서는 안 된다"고 판시했다. 재판부는 "종부세법과 시행령 등 관련 규정은 이중과세를 피하기 위해 재산세를 공제하려는 것이지 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 취지가 아닌데도, 국세청이 위법하게 산정해 부과한 세액이 적법하다고 본 원심은 법리를 오해한 것"이라고 설명했다. 현행법에 따르면 일정 금액을 초과(주택 6억원, 종합합산토지 5억원, 별도합산토지 80억원)하는 주택·토지에는 재산세와 종부세가 모두 부과된다. 하지만 중복 과세 논란이 잇따르자 국세청은 2009년 종부세 과세 부분에 대해 이미 낸 재산세를 공제하는 규정을 도입했다. 하지만 재산세를 단순히 공제해 준 것이 아니라 여기에 '공정시장가액 비율'을 적용해 80%만 공제해주면서 문제가 생겼다. 공정시장가액은 해당 재산이 시장 상황에 따라 가격이 달라지는 것을 고려해 공시가격의 80%만 계산에 반영하는 방식이다. 예를 들어 100억원짜리 부동산 소유자에게 종부세 20억원을 부과했다면 나중에 이에 대한 재산세를 공제해 줄 때 20억원에 0.8을 곱한 16억원을 기준으로 공제금액을 계산했다는 뜻이다. 대법원의 이번 판결 취지에 따르면 소송을 낸 25개 기업과 단체는 모두 180억여원을 환급받게 된다. 추가 소송도 예상된다. 이미 종부세 이중과세 관련 소송은 하급심에서만 50여건이 진행중인데 소송가액이 무려 900억원에 달하는 것으로 추산된다. 국세청은 2009년부터 지난해까지 매년 20여만 명에게서 모두 6조7600억원의 종부세를 걷었다.

앞으로 주상복합건물의 면적대비 건설비용이 일반 주거용 아파트보다 더 비싸질 전망이다. 대법원이 '주택법'이 아닌 '도시정비법'상 인가를 받은 주상복합건물 토지에는 종합부동산세를 부과하는 것이 적법하다고 판단했기 때문이다. 대다수의 주상복합건물은 도시정비법상 인가를 받고 있다. 대법원 전원합의체(주심 권순일 대법관)는 A건설사가 천안세무서를 상대로 낸 종합부동산세 부과처분취소 소송(2011두5551)에서 원고패소 판결한 원심을 16일 확정했다. A사는 2004년 서울 마포구 상업지역에 있는 토지를 사 공동주택 112세대가 포함된 20층짜리 주상복합건물을 신축하기로 했다. 당시 지방세법에 따르면 주택건설사업에 쓰이는 토지는 종부세를 부과받지 않고 더 저렴한 분리과세율을 적용받을 수 있었다. 하지만 당시 A사는 건축을 위해 도시주거환경 정비법(도시정비법)상 인가만을 받은 상태였기 때문에 종부세 4억9000여만원과 농어촌 특별세 9800만원을 부과해야 했다. A사는 "주상복합건물에도 주거용 세대가 포함되어 있으므로 종부세 면제 혜택을 달라"고 주장했지만 1심과 2심은 "주택법상 인가대상이 아니어서 종부세를 부과해야 한다"며 이를 받아들이지 않았다. 대법원의 판단도 같았다. 재판부는 "주택법에 의한 사업계획 승인을 받은 건설주가 집을 지어서 공급하기 위해 투기적 목적 없이 일시적으로 보유하는 토지는 (집을 공급한다는) 공익성이 크기 때문에 종부세를 부과하지 않게 하는 것인데 문제의 주상복합건물은 도시 및 주거환경정비법에서 정한 사업시행인가를 받았을 뿐이고 주택법에 의한 사업계획 승인을 받지 못했기 때문에 종부세를 부과해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "A사가 지으려던 주상복합건물에 주거용 세대가 포함돼 있긴 하지만 연면적 대비 주택면적 비율이 90%가 안 되는 등 주택법상 인가 대상이 아니다"고 설명했다. 또 "주택법상 사업계획승인 대상과 그렇지 않은 건설사업은 그 규모나 대지의 용도지역이 다르고 국민의 주거생활에 미치는 영향도 다르다"고 설명했다. 그러나 민일영, 이상훈, 권순일 대법관은 "주택법상 인가를 받지 못했더라도 주택건설 사업이라면 종부세를 부과하지 않아야 한다"고 반대의견을 냈다. 또 "주상복합건물이 주택 공급 촉진이라는 정책 목표 달성이 기여했으니 세금 감면 혜택을 주는 것이 맞다"고 밝혔다. 현재 대부분의 주상복합건물 토지는 주택법이 아닌 도시정비법상 인가 대상이어서 세금 감면 혜택을 받지 못하고 있다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 유사 사건들에 많은 영향을 미칠 것으로 전망된다"고 설명했다.

국가가 민간 소유 토지가 일반인에게 보행공간으로 제공된 것을 알지 못한 채 종합부동산세를 부과했더라도 무효로 해야할 만큼 하자가 명백하지 않으므로 돌려주지 않아도 된다는 판결이 나왔다. 서울시 강남구청은 2006년 도시설계 계획을 수립하면서 삼성동 일대 테헤란로의 차도를 넓히고 인근 토지에 보도와 화단을 새로 설치했다. 테헤란로에 위치한 현대백화점 무역센터점도 백화점 토지 일부를 보행공간과 화단 몫으로 내놓았다. 지방세법에 따르면 대지 소유자가 보행공간으로 제공한 토지는 비과세대상이다. 하지만 강남구청과 국가는 현대백화점이 보행공간으로 제공한 토지에 대해서도 4년여간 재산세와 종합부동산세를 부과했다. 뒤늦게 이를 알게 된 현대백화점은 세금을 돌려받기 위해 "지방자치단체와 국가의 세금부과처분이 무효임을 확인하고 잘못 낸 세금을 돌려달라"며 소송을 제기했다. 하지만 법원은 지자체가 부과한 세금만 돌려받을 수 있다고 판단했다. 서울중앙지법 민사25부(재판장 장준현 부장판사)는 최근 현대백화점이 서울 강남구와 국가를 상대로 낸 부당이득금반환 청구소송(2011가합99196)에서 "국가는 잘못 부과한 종부세를 현대백화점에 돌려주지 않아도 되지만 강남구청은 현대백화점에 잘못 부과한 재산세 1억 8200여만원을 지급하라"고 원고일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "국가는 해당 연도의 재산세 부과자료를 토대로 종합부동산세를 부과하고, 실제 과세 대상인지 여부를 판단하기 위한 조사를 할 의무가 없기 때문에 문제의 토지가 실제로 어떻게 이용되고 있었는지 알 수 없었다"며 "국가가 부과한 종부세에는 명백한 하자가 있었다고 보기 어려워 반환하지 않아도 된다"고 밝혔다. 하지만 재판부는 "강남구는 현대백화점에 세금을 부과하기 전에 인근 토지 소유자와 벌인 행정소송을 통해 보도 부분이 재산세 비과세 대상이 된다는 점을 알고 있었고, 보도를 만들거나 화단을 만드는 설계도 직접 했다"며 "강남구는 현대백화점 앞 보도 부분이 일반 공중에 제공돼 현대백화점이 독점적·배타적으로 사용 수익하는 것이 불가능하다는 것을 파악하면서도 재산세를 부과했으므로 과세처분에 명백한 하자가 있었다고 인정된다"고 판시했다. 법원 관계자는 "지자체가 부과한 재산세나 국가가 부과한 종부세 모두 잘못 부과해 취소 대상에 해당하지만 현대백화점이 제척기간 안에 취소 청구를 하지 않아 전부 돌려받을 수 없게 된 것"이라며 "취소 여부가 아니라 무효 여부를 따지는 요건은 좀 더 엄격해 '명백한 하자'가 인정돼야 하는데 이를 두고 지자체와 국가의 책임이 엇갈렸다"고 설명했다.

2008년 12월 개정된 종합부동산세법 시행규칙에 따른 공제 대상 재산세액 산정기준은 정당하다는 항소심 판결이 나왔다. 그동안 재산세는 종부세의 과세 대상에서 공제돼 왔지만, 개정법은 부과된 재산세액에 공정시장가액비율을 곱해 산출한 세액만을 공제하도록 해 공제받지 못한 재산세 부분에 대해서 이중과세라는 논란이 있었다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 15일 건설공제조합 등 25개 기업이 각 관할지역 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분등취소소송 항소심(2011누21593)에서 1심을 깨고 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "개정된 종부세 시행규칙에 따르더라도 주택 등 과세표준에 대한 재산세액은 모두 공제돼 이중과세의 위험이 없다"며 "설령 종부세 과세 대상에 대한 재산세액이 일부 공제되지 않는 결과가 생긴다고 하더라도 납부한 재산세액을 전액 공제해야 한다는 헌법적 원칙이 있는 것이 아니므로 재량을 벗어났다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "종부세법 시행규칙의 공제재산세액 계산법에 따르면 과세대상 공시지가에 재산세와 종부세의 공정시장가액비율을 각각 곱한 뒤 재산세율을 적용한다"며 "이는 공제대상 재산세액의 기준이 되는 금액이 종전 과세기준 초과금액에서 과세표준(과세기준 초과금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액)으로 변경됨에 따라 계산식을 변경한 것에 불과하다"고 설명했다. 또 "종전 법에 따른 재산세액 과대공제의 불합리를 개선한 것이며, 실질과세 원칙 및 과세형평을 관철하기 위한 규정으로 조세법률주의에 어긋나지 않는다"고 덧붙였다. 2008년 12월 개정된 종합부동산세법과 그 시행령은 공제 대상 재산세액의 기준 금액을 종전 과세기준 초과금액에서 과세표준(과세기준 초과금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액)으로 변경했다. 개정된 법령에 따라 2009년분 종부세를 납부한 건설공제조합 등 25개 기업은 지난해 8월 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다고 소송을 냈다. 1심은 "현행법은 공제 가능한 재산세액의 범위를 축소해 조세법률주의에 위반된다"며 "재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다"고 판단했다.

수분양자들에게 아파트 전유부분에 대한 소유권이전등기가 완료되고 전유부분이 인도됐다면 아파트 신축 시행자가 아파트의 대지부분 소유권을 가지고 있더라도 이에 대해 종합부동산세를 부과해선 안 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 지난 4일 A시행사가 서울 역삼세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세부과처분취소 소송(2010구합33351)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "종합부동산세법이 재산세의 납부의무자로 규정하고 있는 재산의 '사실상 소유자'라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다(대법원 2005두15045)"며 "원고는 아파트 전유부분의 소유권을 취득한 수분양자들에게 그 대지지분의 소유권이전등기를 마쳐줄 지위에 있을 뿐 토지를 사실상 사용·수익·처분할 수 있는 권한을 가지고 있다고 할 수 없다"고 판단했다. 대전 용운동 일대에서 아파트 주택건설사업을 추진하던 A시행사는 지난 2005년12월 자금운용상의 어려움 등으로 도산했다. 이후 A사로부터 아파트 주택건설사업을 이어받은 대한주택보증은 아파트를 완공한 뒤 수분양자들에게 건물 전유부분에 대한 소유권이전등기를 해주고 인도했다. 하지만, 2008년6월 대한주택보증이 A사로부터 아파트 대지부분에 대한 소유권을 이전받아 수분양자들에게 넘겨주는 과정에서 서울 역삼세무서장은 등기부상 소유권자가 A사로 되어 있는 점 등을 근거로 토지의 사실상 소유자가 A사라며 종합부동산세 1억3,000여만원을 부과했다. 이에 A사는 "해당 토지가 신축된 아파트의 부지로 사용되고 있어 자신은 사실상의 소유자가 아니다"며 소송을 냈다.

헌법재판소가 그동안 논란이 됐던 종합부동산세법의 핵심조항이 헌법에 어긋난다고 결정했다. 가장 큰 쟁점인 세대별 합산조항에 대해 위헌을, 거주목적의 1주택 장기보유자 등에게도 예외없이 종부세를 부과하는 것에 대해서는 헌법불합치를 각각 선언했다. 종부세법 자체에 대해서는 합헌이라고 판단했지만, 핵심조항을 위헌이라고 판단함에 따라 종부세법은 뼈대만 남게 됐다. 헌법재판소 전원재판부는 13일 강남구 주민 등이 낸 헌법소원사건과 올 4월 서울행정법원이 세대별 합산조항에 대해 위헌제청한 사건(2006헌바112, 2008헌가12등) 등에 대해 세대별 합산조항은 재판관 7(위헌):2(합헌)로 위헌결정을 내렸다. 주거목적 1주택 장기보유자 등에도 종부세를 부과하는 조항에 대해서는 6(헌법불합치):1(일부 헌법불합치):2(합헌)의 의견으로 헌법불합치 결정을 내렸다. 다만 토지분 종합부동산세의 부과규정과 종부세를 국세로 정한 규정에 대해서는 재판관 전원의 일치된 의견으로 합헌결정을 내렸다. 재판부는 다만 종부세는 미실현 이득에 대한 과세라거나 이중과세로 볼 수 없고, 평등권과 거주이전의 자유도 훼손하지 않는다고 판단했다. 2005년1월1일 국회를 통과한 종부세법과 관련해 헌재에는 2006년12월 접수된 헌법소원과 올해 4월 서울행정법원이 제청한 위헌법률심판 등 모두 7건의 사건이 계류돼 있었다.