국가정보원의 기획에 따라 정치적 탄압을 위해 이뤄진 표적 감사로 받아야할 지방교부세가 줄었다며 수원시가 소송을 냈지만 패소했다. 이명박정부 시절 국정원장이 수원시장 등 야권 지자체장에 대한 견제활동을 한 것은 인정되지만, 이는 앞서 실시됐던 수원시에 대한 감사원의 감사와는 무관하다는 것이다. 서울행정법원 행정5부(재판장 박양준 부장판사)는 수원시가 행정자치부장관을 상대로 낸 지방교부세 감액처분 취소소송(2017구합57400)에서 최근 원고패소 판결했다. 수원시는 2013년 9월 한달가량 '생태교통 수원 2013' 사업을 개최했다. 감사원은 1차로 2015년 3월 23일부터 같은해 4월 17일까지, 2차로 2015년 6월 1일부터 같은달 26일까지 해당 사업의 투·융자 심사업무에 대한 감사를 실시했다. 감사원은 '수원시가 행사사업비가 25억원에서 투자심사 후 48억 2400만원으로 50% 이상 늘어났음에도 행정자치부에 재심사를 의뢰하지 않았고, 기반시설 사업비가 114억 2300만원 임에도 경기도에 투자심사를 의뢰하지 않았다'는 감사 결과를 통보했다. 이에 따라 행정자치부는 수원시에 지방교부세를 12억 5000만원을 감액한다고 결정·통보 했고, 수원시는 이에 반발해 2017년 3월 소송을 제기했다. 재판부는 "국정원이 이명박 정부 시절 청와대의 요청으로 야권 소속 지자체장들의 동향을 파악하고 보수단체를 활용해 견제활동을 했다"며 "당시 국정원장이었던 원세훈이 수원시와 수원시장 염태영의 고소로 2018년 국정원법위반죄 등으로 공소제기된 사실은 인정한다"고 밝혔다. 그러나 "이는 모두 '생태교통 수원 2013'에 대한 감사원의 감사기간 및 (그에 따른) 행정자치부의 처분일과 멀리 떨어진 이명박 정부 시절에 이뤄졌다"며 "(원세훈의) 공소사실에 '생태교통 수원 2013'에 대한 감사원의 감사 또는 처분과 관련된 부분이 포함돼 있다고 인정할 아무런 자료가 없다"고 설명했다. 그러면서 "원고가 제출한 증거만으로는 행정자치부의 처분이 위법한 표적감사에 기초한 것이라고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다"고 판시했다.