여러 단계에 걸쳐 이뤄진 사업이라도 각각의 사업이 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업이라고 보기 어렵다면 과세 대상인 매입세액은 사업 전체를 기준으로 산정해야 한다는 대법원 판결이 나왔다.
대법원 특별3부(주심 박병대 대법관)는 서울시 농수산식품공사가 송파세무서장을 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소소송(2016두51788)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다.
공사는 2010년 7월 송파구 가락시장 현대화 사업을 3단계에 걸쳐 추진하기로 했다. 2011년 6월 사업부지에 판매동 6개동과 관리업무동 1개동의 총 7개 건물을 신축하는 1단계 사업에 착수해 2015년 완료했다. 그런데 1단계 사업 완료 무렵까지도 2,3단계 사업은 자체 계획만 수립된 상태였기 때문에 2,3단계 사업이 예정된 부지에서는 기존과 동일한 방식으로 도매시장 관리사업과 부동산임대업 등을 계속하고 있었다. 그러다 부가가치세를 납부하는 과정에서 세무서와 다툼이 생겼다. 공사는 1단계 사업만 기준으로 매입세액을 계산해야 한다고 주장했지만, 세무서는 1단계 사업만이 아니라 1~3단계 사업 전체를 기준으로 과세처분을 내렸기 때문이다. 공사는 이에 불복해 소송을 냈다.
대법원은 "공사가 추진한 가락시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도소매 시설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행됐다"며 "그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택해 현대화사업이 진행되는 단계에 맞춰 단일사업장인 가락시장 사업장의 부지를 3분해 , 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들이 가락시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 했고 이후 2,3단계가 순차적으로 진행되는 중에도 같은 방식으로 각 해당 부지에서 영업을 하던 상인들로 하여금 이미 공사가 마쳐졌거나 시행되기 전의 부지로 옮겨 영업을 지속할 수 있도록 할 예정이었다"고 밝혔다. 이어 "이처럼 공사는 1단계 사업이 진행되는 중에도 기존의 사업을 계속적으로 영위했고 이 사건 사업은 가락시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업여건을 개선하기 위해 추진된 것일 뿐이므로 1단계 사업만을 기준으로 매입세액을 계산한 원심의 판단은 잘못"이라고 판시했다.
앞서 1,2심은 "가락시장 현대화 사업은 단계별로 시기를 달리해 진행하기로 함으로써 1단계 사업에 대해서만 먼저 실시계획인가를 받아 공사를 진행했고, 1단계 사업이 완료된 후 순차적으로 2,3단계 사업에 대한 실시계획인가를 받아 공사를 진행할 예정이었으므로 각 단계 사업에 투입된 매입세액은 사업단계별로 구분할 수 있다"며 "매입세액과 직접적인 관련성이 없는 2,3단계 사업까지 함께 고려해 계산하는 것은 공통매입세액의 실지귀속원칙에 비춰 봐도 부당하다"며 공사 측의 손을 들어줬다.