현행 중소기업창업지원법은 농지에 제조업을 위한 공장을 지으면 농지보전부담금(농지를 다른 용도로 사용하는 경우 부과하는 세금)을 면제시켜 준다. 제조업 설립을 장려해 중소기업 발전을 도모한다는 취지다. 그러나 단순히 포장육을 잘라서 판매하는 사업은 '제조업'으로 볼 수 없어 이 같은 혜택을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 부산고법 행정2부(재판장 손지호 부장판사)는 축산물 가공·유통업체인 H사가 부산 강서구청장을 상대로 낸 농지보전부담금처분 취소소송(2016누21886)에서 최근 원고승소한 1심 판결을 취소하고 원고패소 판결했다. 재판부는 "사업장의 성격은 업주의 주관적 의사와 영업형태 뿐 아니라 사업장의 객관적 용도, 법규의 제한사항 등을 종합해 판단해야 한다"면서 "투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동은 제조업으로 볼 수 있지만 그 상품의 본질적 성질을 변화시키지 않고 상품을 선별, 정리, 분할, 재포장하는 경우에는 그렇지 않다"고 설명했다. 이어 "H사는 냉동과정을 거친 삼겹살, 갈비 등 포장육을 구입한 다음 절단기를 이용해 다시 작게 나누고 재포장하는 과정을 거쳐 판매한다"며 "이는 개념표지상 단순한 '식육판매업'으로서 농지보전부담금을 면제받을 수 있는 제조업에 해당하지 않는다"고 판시했다. 축산물 유통과 가공을 목적으로 설립된 H사는 사세가 확장되자 2015년 6월 부산 강서구에 농지 1405㎡를 매수해 2층 건물을 신축했다. H사는 자신들의 사업이 식료품 제조업의 일종인 '기타 육류 가공 및 저장처리업'에 해당한다며 관할청에 농지보전부담금을 면제해 달라고 했다. 하지만 부산 강서구청은 2016년 8월 H사의 업태를 제조업으로 보기 힘들다며 농지보전부담금 7000만원을 부과했다. 이에 H사는 같은해 10월 "농지보전부담금 처분을 취소하라"며 소송을 냈고, 1심은 관할청의 처분이 잘못됐다며 H사의 손을 들어줬다.

결손법인 주주에게 이익이 나지 않는 경우에도 불구하고 '재산을 증여받거나 채무를 면제해 얻은 이익'을 증여로 의제해 과세하던 관행에 대법원이 제동을 걸었다. 주주 등이 실제로 이익을 얻었는지 여부를 묻지 않고 특정법인에 재산을 무상제공하면 그 자체로 주주 등이 이익을 얻은 것으로 간주해 증여세를 부담하게 해서는 안 된다는 취지의 첫 대법원 판결이다. 대법원 전원합의체(주심 박보영 대법관)는 20일 A씨와 B씨가 서대문세무서장과 용산세무서장을 상대로 낸 증여세 부과처분 취소소송(2015두45700)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. A씨 등은 강주물주조업체인 H사의 주주였는데, 2011년 4월 A씨의 형이자, B씨의 아버지인 C씨가 H사에 주식 122만주(35억원 상당)의 주식을 무상 증여했다. 그런데 당시 H사의 결손금은 92억원이었다. 세무서는 C씨와 특수관계에 있는 A씨 등이 이를 통해 이익을 얻은 것으로 보고, 이들의 지분비율에 상응하는 금액을 증여재산가액으로 산정해 증여세 9300만원을 부과했다. 이에 A씨 등은 "H사는 결손법인이고, 증여를 받았다 하더라도 주식의 가액이 부수(-)이므로, 증여세를 부과할 수 없다"며 소송을 냈다. 구 상속세 및 증여세법 제41조 1항은 결손법인에 증여해서 결손법인 주주가 시행령이 정하는 이익을 얻으면 과세한다고 규정했다. 그러나 시행령 제31조 6항은 결손법인 등 특정법인이 얻은 이익을 계산하는데 있어 실제로 이익이 있는지를 따지지 않고 바로 '주주 등이 얻은 이익'으로 규정돼 있어 문제가 됐다. 재판부는 "주주와 특수관계에 있는 자가 재산을 증여하는 거래를 했더라도 그 거래를 전후해 주주 등이 보유한 주식 등의 가액이 증가하지 않은 때에는 얻은 이익이 없으므로, 개정법에 근거해 증여세를 부과할 수는 없다"며 "이 사건 시행령 조항은 특정법인에 재산의 무상제공 등이 있으면 그 자체로 주주 등이 이익을 얻은 것으로 간주함으로써, 주주 등이 실제로 얻은 이익의 유무나 다과와 무관하게 증여세 납세의무를 부담하도록 정하고 있으므로, 결국 이 사건 시행령 조항은 모법인 개정 법률 조항의 규정취지에 반할 뿐만 아니라 그 위임범위를 벗어난 것"이라고 밝혔다. 대법원 관계자는 "납세의무자가 증여로 아무런 이익을 얻지 못했다면 원칙적으로 증여세를 부과할 수 없다는 점을 밝히면서, 법률의 위임 없이 행정입법으로 과세요건에 관한 사항을 규정하거나 법률내용을 함부로 유추·확장하는 것을 불허하는 조세법률주의 원칙이 규범통제의 기준이 된다는 점을 재차 확인한 판결"이라고 설명했다. 이번 전원합의체 판결문들은 대법원 홈페이지(http://www.scourt.go.kr/sjudge/1492673349843_162909.pdf)에서도 전문을 확인할 수 있다.

경제력 세습과 무관하게 순수히 기부를 목적으로 재단에 증여한 주식에까지 증여세를 부과하는 것은 부당하다는 대법원 첫 판결이 나왔다. 대법원 전원합의체(주심 김창석 대법관)는 20일 구원장학재단(소송대리인 법무법인 충정·율촌)이 수원세무서장을 상대로 낸 증여세 부과처분 취소소송(2011두21447)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 생활정보 소식지 '수원교차로'를 창업한 황필상(70)씨는 6촌 동생과 함께 자신의 전재산에 가까운 수원교차로 보유주식 90%를 사회에 환원해 장학사업에 사용하도록 모교인 아주대학교에 기증하기로 했다. 그러나 아주대에서 주식을 직접 증여받는 것은 곤란하다고 하자, 대안으로 2005년 구원장학재단을 설립해 이 재단에 주식을 기부하는 방식을 택했다. 그런데 2008년 수원세무서는 "황씨가 최대주주인 수원교차로의 주식 5%를 초과해 기부했다"며 황씨가 재단에 낸 주식(시가 218억원 상당)에 대해 가산세를 포함해 140억원의 증여세를 부과했다. 이에 재단 측은 소송을 냈다. 판결문 보기 이 사실이 알려지면서 선의의 기부에 '세금 폭탄'을 매길 수 있는지를 둘러싸고 사회적 논란이 일기도 했다. 1,2심도 엇갈렸다. 1심은 "황씨의 주식 출연은 경제력 세습 차원이 아닌 순수한 장학사업을 위한 것이므로 거액의 세금 부과는 잘못"이라며 재단 측 손을 들어줬지만, 2심은 "황씨와 재단의 주식을 합하면 수원교차로의 주식 전부가 되는 점 등에 비춰 보면 양자는 상속세 및 증여세법상 특수관계로 과세 대상이 된다"며 증여세 부과가 적법하다고 판단했다. 대법원은 지난해 9월 이 사건을 대법관 전원이 참여하는 전원합의체에 회부해 사건을 심리해왔다. 최대 쟁점은 주식 기부자가 그 주식을 발행한 회사의 최대주주(특수관계)인지 여부였다. 상증세법은 장학재단과 같은 공익법인이 출연받은 재산이 내국법인이 발행하는 주식 총수의 5% 이상인 경우 그 초과부분에 증여세를 부과하도록 하면서도, 출연자와 내국법인이 특수관계에 있지 않다면 비과세 하도록 규정하고 있기 때문이다. 대법원은 최대주주 여부를 판단하기 위해 △출연자가 주식을 출연하기 이전에 최대주주였어야 하는지, 아니면 주식을 출연한 결과 출연자에게 남은 주식과 특수관계로 묶인 공익재단의 보유주식을 모두 합해 최대주주가 되는 경우를 의미하는지 △만약 후자로 볼 경우 출연자가 공익재단의 설립 과정에서 출연만 하면 특수관계인이 되는지, 아니면 나아가 정관작성, 이사선임 등 실질적인 영향력까지 행사해야 하는지 여부를 집중 심리했다. 대법원은 이번 전합 판결에서 "주식을 기부한 후 기부자와 공익재단의 지분을 합쳐서 최대주주여야만 하고, 이 때 공익재단의 지분을 합치려면 단순히 주식을 출연한 것만으로는 부족하고 재단의 정관작성, 이사선임 등 설립과정에 지배적인 영향력까지 행사했을 때 비로소 과세할 수 있다"고 결론을 내렸다. 재판부는 "기부자 등이 최대주주에 해당한다면 공익법인에 대해 주식을 기부한 뒤 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용할 우려가 있다고 보아 증여세를 과세하도록 정한 것"이라며 "주식의 기부 전에 '내국법인의 최대주주였던 자'의 기부를 규제하고자 하는 것이 아니라, 주식의 기부 후에 '내국법인의 최대주주가 되는 자'의 기부를 규제하려는 것이므로 주식이 기부된 후의 시점을 기준으로 판단해야 한다"고 밝혔다. 이어 "황씨가 재단에 주식을 기부한 사실이 인정된다고 하더라도, 원심으로서는 황씨가 재단의 정관작성, 이사선임 등의 설립과정에서 실질적으로 지배적인 영향력을 행사함으로써 재단을 설립한 것으로 볼 수 있는지를 더 면밀하게 심리할 필요가 있다"며 "원심은 비영리법인의 설립과정에서 영향력을 행사하지 않더라도 재산을 기부한 것만으로 충분하다는 전제에서, 황씨가 공익 법인인 이 재단의 특수관계인에 해당해 최대주주 요건이 충족된다고 판단했다"고 설명했다. 이에 대해 김용덕·김소영·박상옥 대법관은 "주식의 기부 직전을 기준으로 기부자 등이 최대주주였다면 증여세 과세대상으로 봐야 한다"며 "기부자가 공익법인의 설립과정에 구체적으로 관여하지 않더라도 사후에 임원진을 장악할 가능성이 있다"는 반대의견을 냈다. 대법원 관계자는 "공익법인에 대한 선의의 기부를 장려하면서도 편법적인 제도의 남용은 견제할 수 있도록 하는 명확한 기준과 운용방식을 제시한 판결로서 중요한 의미가 있다"고 말했다. 이번 전원합의체 판결문들은 대법원 홈페이지(http://www.scourt.go.kr/sjudge/1492673381309_162941.pdf)에서도 전문을 확인할 수 있다.

세무공무원이 수일동안 사업장을 방문해 사업주 등을 상대로 매출누락 등에 대한 조사를 벌였다면 이 역시 세무조사에 해당하므로 이후 추가로 다시 세무조사를 할 수는 없다는 대법원 판결이 나왔다. 조사행위의 절차보다는 그 내용의 실질에 따라 현지조사인지 세무조사인지 성격이 정해진다는 취지다. 대법원 특별2부(주심 박상옥 대법관)는 옥제품 도매업체 대표 A씨가 춘천세무서장을 상대로 낸 부가가치세 및 종합소득세부과처분 취소소송(2014두8360)에서 원고일부승소 판결한 원심을 파기하고 전부승소 취지로 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정하기 위한 것으로 납세자의 사업장 등에서 납세자를 직접 접촉해 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정 기간의 장부나 서류 등을 검사·조사하면 특별한 사정이 없는 한 세무조사로 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "세무공무원이 '현지조사' 절차에 따랐더라도, 매출누락 금액을 확인하기 위해 A씨의 사업장에서 A씨나 직원들과 직접 접촉해 9일간에 걸쳐 매출사실에 대해 포괄적인 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득한 것은 구 국세기본법상 '재조사가 금지되는 세무조사'에 해당한다"고 판시했다. 춘천세무서는 2008년 12월A씨가 운영하는 업체의 사업장에서 장부 등을 확인하는 방식으로 현장 조사를 한 뒤 일부매출이 누락된 사실을 확인했다. 세무서는 이듬해 2월 A씨 업체에 대한 본격적인 세무조사에 착수해 13억9400만원의 매출누락을 확인하고 2억여원의 부가가치세를 부과했다. 이에 A씨는 2011년 5월 "현장 조사 후 진행된 세무조사는 위법한 재조사"라며 "2억여원의 과세처분을 취소해달라"며 소송을 냈다. 1심은 춘천세무서 측이 2008년 12월에 현장조사를 한 것은 세무조사가 아니라 현지확인 행위라고 판단해 원고패소 판결했다. 2심도 1심과 같은 판단을 내렸지만 부과한 부가가치세에 포함된 가산세 부분은 고지서에 종류와 산출근거 등을 밝히지 않은 잘못이 있다고 판결했다.

과세관청이 납세자의 이의신청을 받아들여 과세처분을 스스로 취소를 했다면 이를 번복할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 행정1부(주심 김신 대법관)는 A씨가 김포시를 상대로 낸 재산세 부과처분 취소소송(2016두56790)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "국세기본법이 세금에 대한 불복제도와 그 시정방법을 따로 규정하고 있는 이상 과세관청이 동일한 사항에 대해 특별한 사유 없이 번복할 수 없다"며 "과세관청이 과세처분에 대한 이의신청절차에서 납세자의 이의신청 사유가 옳다고 인정해 과세처분을 직권으로 취소한 경우, 납세자가 허위의 자료를 제출하는 등 부정한 방법에 기초해 직권취소됐다는 등의 특별한 사유가 없는데도 이를 번복하고 종전과 동일한 과세처분을 하는 것은 위법하다"고 밝혔다. 이어 "A씨는 자신이 보유하고 있던 관련 서류를 그대로 제출하면서 이의신청을 했고, 김포시는 이의신청 사유가 옳다고 인정해 스스로 직권 취소했다"며 "달리 A씨가 허위의 자료를 제출하는 등 부정한 방법에 기초해 직권취소가 되었다고 볼 만한 사정도 찾아보기 어렵다"고 설명했다. 2010년 8월 김포시는 풍무동 일대 토지를 환지예정지로 지정하면서 A씨가 토지의 사실상 소유자라는 이유로 재산세와 지방교육세 1600만원을 부과했다. A씨는 이 토지가 이미 수용(收用)돼 자신에게 소유권이 없다며 이의를 제기하면서 '수용재결로 인식되는 자료 목록'을 증거로 제출했다. 김포시는 A씨의 이의를 받아들여 2014년 9월 과세처분을 직권으로 취소했다. 그런데 두달 뒤 김포시는 같은 사유로 또다시 A씨에게 재산세 등을 부과했고, 이에 반발한 A씨는 소송을 냈다. 1심은 "김포시가 종전 처분을 직권취소하고 난 후 이를 뒤집을 만한 특별한 사유 없이 동일한 처분을 되풀이 했다"며 "A씨에 대한 과세처분을 취소하라"고 판결했다. 하지만 2심은 "A씨가 토지가 수용됐다며 증거로 제출한 '수용재결로 인식되는 자료 목록'에 표기된 '수용'이란 표현은 '손실보상'의 오기로 이후 중앙토지위원회에 의해 경정된 바 있다"면서 "김포시가 이를 오인해 수용되지 않은 토지를 수용된 토지로 보고 과세처분을 직권취소한 것으로 보이므로 이를 번복할 특별한 사유가 있다"며 김포시의 손을 들어줬다.

아파트 입주자대표회의가 재활용품 쓰레기를 팔아 거둔 수익도 사업소득에 해당돼 부가가치세 과세 대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원은 아파트 입주자대표회의는 국세기본법상 '법인 아닌 사단'으로서 종합소득세 납세 대상이라고 판단했다. 대법원 특별1부(주심 김용덕 대법관)는 서울 송파구 A아파트 입주자대표회의가 잠실세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2016두47574)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 잠실세무서는 A아파트 입주자대표회의가 2008년부터 2012년까지의 재활용품 판매수익 등에 대한 부가가치세 및 종합소득세 신고를 누락한 사실을 발견하고 2013년 5월 부가가치세 1억8723만여원과 종합소득세 1억6210만여원을 부과했다. 입주자대표회의는 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되자 "아파트 입주자대표회의는 '법인으로 보는 단체'에 해당하므로 법인세 납세의무자일뿐 종합소득세 납세의무자가 아니다"라며 "재활용품 처분으로 인한 수익은 사업소득으로 볼 수 없어 부가가치세 과세대상도 될 수 없다"며 소송을 냈다. 그러나 대법원은 재활용품 판매 및 이로 인한 수익을 부가가치세법상 재화·용역의 공급 및 소득세법상 사업소득에 해당한다고 판단했다. 대법원은 "A아파트 입주자대표회의가 2008년부터 2012년까지 계속적·반복적으로 아파트 단지 내 재활용품을 판매해 수익을 얻었다면 재활용품은 화폐가치로 측정할 수 있는 경제적 교환가치, 즉 재산 가치가 있는 유체물로서 '재화'에 해당한다"며 "재활용품 판매 수익을 소득세법 소정의 사업소득이라고 볼 수 있다"고 밝혔다. 대법원은 또 입주자대표회의가 국세기본법상 법인세 대상인 '법인으로 보는 단체'에 해당하지도 않는다고 판단했다. 대법원은 "국세기본법 제13조 1항 1호는 '주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것'을 '법인으로 보는 단체'라고 규정하고 있다"며 "입주자대표회의는 공동주택을 건설한 사업주체가 입주자에게 입주예정자의 과반수가 입주했음을 알리고 그 공동주택에 대한 관리를 요구했을 때 그로부터 3개월 이내에 동별 세대수에 비례해 동대표를 선출함으로써 구성되는 것일 뿐 관련법령상 대표회의가 주무관청의 허가·인가를 받아 설립돼야 한다거나 법령에 따라 주무관청에 등록하도록 정해져 있지 않으므로 '법인으로 보는 단체'가 아니라 '법인 아닌 사단'으로서 종합소득세 납세대상"이라고 판시했다. 앞서 1,2심도 세무서의 손을 들어줬다.

같은 회사 대주주 2명이 주식을 자녀 등 직계후손에게 증여하면서 같은 양의 주식을 서로 상대방 후손에게 교차 증여했다면 이는 합산과세로 인한 증여세 누진세율 등을 회피하기 위한 행위로 봐야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 박병대 대법관)은 이모씨 등 9명이 성북세무서 등 세무서 4곳을 상대로 낸 증여세 부과처분 취소소송(2015두46963)에서 최근 이같이 판결했다. 다만 재판부는 가산세 부분은 산정을 잘못했다며 원고전부패소 판결한 원심을 원고승소 취지로 파기해 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 2010년 모 회사 대주주인 A씨와 B씨는 자녀와 손주 등 각자의 직계후손들에게 이 회사 주식을 증여하면서 그 중 일부인 1만6000주씩을 상대방의 직계후손들에게 교차증여했다. 성북세무서 등은 이들이 누진세율을 피하기 위해 탈법행위를 했다며 두 사람으로부터 주식을 증여받은 이씨 등 9명에게 증여세 18억원을 부과했다. 이에 불복한 이씨 등은 소송을 냈다. 1심은 원고 9명 중 2명에게 부과한 가산세 1200만원은 취소하라고 판결했지만, 항소심은 가산세도 정당하다고 판단해 원고전부패소 판결을 내렸다. 대법원은 "상속세 및 증여세법 제2조 4항이 제3자를 개입시키거나 여러 단계의 거래를 거치는 등의 방법으로 증여세를 부당하게 감소시키는 조세회피행위에 대해 그 경제적 실질에 따라 증여세를 부과하도록 한 것은, 증여세의 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형해 여러 단계의 거래를 거침으로써 증여의 효과를 달성하면서도 부당하게 증여세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위해 그 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 증여세의 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로 실질과세 원칙의 적용 태양 중 하나를 증여세 차원에서 규정해 조세공평을 도모하고자 한 것"이라고 밝혔다. 이어 "당사자가 거친 여러 단계의 거래 등 법적 형식이나 법률관계를 재구성하여 직접적인 하나의 거래에 의한 증여로 보고 증여세 과세대상에 해당한다고 하려면, 납세의무자가 선택한 거래의 법적 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 재산이전의 실질이 직접적인 증여를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다"며 "이는 당사자가 그와 같은 거래형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 거래 과정을 거친 경위, 그와 같은 거래방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 거래 또는 행위 사이의 시간적 간격, 그러한 거래형식을 취한 데 따른 손실 및 위험부담의 가능성 등 관련 사정을 종합해 판단해야 한다"고 설명했다. 그러면서 "이 사건 증여자들은 자신의 직계후손들에게 직접 증여하는 것과 동일한 효과를 얻으면서도 합산과세로 인한 증여세 누진세율 등을 회피해 증여세 부담을 줄이려는 목적으로 교차증여를 의도적으로 그 수단으로 이용한 것"이라며 "증여세를 과세할 수 있다"고 판시했다. 다만 가산세 부분에 관해서는 "원심은 구 국세기본법 제47조의3에 따른 과소신고 가산세의 산정방법 등에 관한 법리를 오해했다"며 파기했다.

수입 주류 판매회사의 판촉 업무를 대행하는 업체가 지배인과 마담 등 유흥업소에서 소비자의 술 선택에 영향을 미칠 수 있는 일명 '키맨'에게 특정 주류 판매 촉진을 부탁하고 인센티브를 지급했다면 이는 '사례금'에 해당한다는 대법원 판결이 나왔다. 인센티브가 기타소득의 종류를 규정하고 있는 소득세법 제21조 1항 17호의 '사례금'에 해당하면 사업자는 이를 공제받기 위해 별도로 필요경비에 해당한다는 사실을 입증해야 한다. 반면 인센티브를 같은 조항 19호의 '일시적 인적용역의 대가'로 보게 되면 납세자는 입증 없이도 필요경비로 80%를 공제받을 수 있다. 대법원 특별1부(주심 김용덕 대법관)는 주류 영업사원 인력공급업체인 A사가 서울 서초세무서장을 상대로 낸 기타소득세 원천분 부과처분 취소소송(2016두55247)에서 최근 원고패소 판결한 원심을 확정했다. A사는 2010~2012년 한 수입 주류 판매사와 판촉 업무 대행 계약을 체결했다. A사는 계약에 따라 키맨들에게 소속 유흥업소의 특정 주류 판매량에 따라 사전약정한 인센티브 245억6531만원을 지급했다. A사는 키맨들에게 지급한 인센티브를 소득세법 제21조 1항 19호가 규정하고 있는 '고용관계 없이 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받고 제공하는 용역을 일시적으로 제공하고 지급받는 대가'로 판단해 필요경비 80%를 공제한 소득에 대해서만 소득세를 원천징수해 납부했다. 그러나 2013년 A사를 세무조사한 서초세무서는 인센티브가 '사례금'에 해당한다며 필요경비 공제를 인정하지 않고 인센티브 지급액 전체에 대해 기타소득세 34억6480만원을 부과했다. A사는 이에 불복해 조세심판원에 심판을 청구했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "소득세법 제21조 1항 17호가 기타소득의 하나로 규정한 '사례금'은 사무처리 또는 역무의 제공 등과 관련해 사례의 뜻으로 지급되는 금품을 의미하고, 여기에 해당하는지는 금품 수수의 동기와 목적, 상대방과의 관계, 금액 등을 종합적으로 고려해 판단해야 한다"며 "인센티브 지급액은 주류 수입 판매사의 주류를 구매한 것에 대한 사례금의 성격을 가지고 있다고 보는 것이 타당하므로 이 사건 과세처분은 적법하다"고 밝혔다. 이어 "일시적 인적용역의 대가로 보기 위해서는 자신의 지식이나 기능 등을 활용해 인적용역을 제공하고 그에 대한 대가로서 지급받는 금품이어야 하고, 소득금액의 80%에 해당하는 필요경비가 인정될 정도의 용역제공이 있어야 한다"면서 "통상 유흥업소에서는 여러 종류의 주류가 동시에 판매되고 있고 해당 주류가 판촉활동의 대상이 되는 것일 수도 있고 아닐 수도 있다. 유흥업소 종사자들은 손님들에게 특정 주류의 판매를 위해서라기보다 해당 유흥업소의 매출 전반을 위한 용역을 제공한다고 볼 여지가 크다"고 설명했다. 앞서 1,2심도 세무서의 손을 들어줬다.

세무서의 압류 처분이 국세심판소의 재결에 의해 취소됐더라도 세무서가 다른 사유를 들어 다시 압류 처분을 내릴 수 있다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김신 대법관)는 학교법인 수송학원이 경주세무서장을 상대로 낸 압류처분 무효확인소송(2014두40029)에서 원고일부승소 판결한 원심을 파기하고 원고패소 취지로 최근 사건을 대구고법으로 돌려보냈다. 경주정보고와 월성중학교를 운영하는 수송학원은 1983년 12월 경상북도 교육감으로부터 용도변경허가를 받아 소유하고 있던 경주시 천북면 오야리 토지를 교육용 기본재산으로 등재하고 학교 야구부와 축구부 연습장으로 사용해왔다. 1990년 4월 수송학원은 야구부 해체를 이유로 "오야리 토지를 수익용 기본재산으로 용도 변경한 후 처분하고 그 처분대금을 정기예금으로 대체해 관리하겠다"는 취지로 다시 용도변경을 신청해 허가 받았다. 그러나 수송학원은 오야리 토지를 처분하지 못했고 다시 교육용 기본재산으로 변경하는 허가는 받지 않았다. 1996년 수송학원이 법인세를 체납하자 경주세무서는 오야리 토지를 압류처분했고 수송학원은 이에 불복해 국세심판소에 심판을 청구했다. 국세심판소는 "오야리 토지는 교육용 기본재산으로 경매목적물이 될 수 없는 부동산이어서 압류할 수 없다"는 수송학원의 주장을 받아들여 1997년 4월 압류처분을 취소하는 재결을 했다. 이후 2004년 10월 경주세무서는 수송학원이 또 법인세를 체납하자 "오야리 토지는 학교 교육에 직접 사용되지 않고 있어 교육용 기본재산이 아니다"라며 다시 압류처분했다. 그러자 수송학원은 "압류 처분은 무효"라며 소송을 냈다. 법인세 체납으로 압류된 토지 '교육용 재산'으로 압류취소 재판부는 "행정심판법 제49조는 '심판청구를 인용하는 재결은 피청구인과 그 밖의 관계 행정청을 기속한다'고 규정하고 있지만, 재결의 기속력은 재결의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미친다"며 "종전 처분이 재결에 의해 취소되었더라도 종전 처분 때와는 다른 사유를 들어 처분을 하는 것은 기속력에 저촉되지 않고, 여기서 동일한 사유인지 다른 사유인지는 종전 처분에 관해 위법한 것으로 재결에서 판단된 사유와 기본적 사실관계에서 동일성이 인정되는 사유인지 여부에 따라 판단해야 한다"고 밝혔다. 대법원, 학교법인의 압류무효확인소송 일부승소 원심 파기 이어 "이 사건 재결에서 국세심판소는 오야리 토지가 교육용 기본재산으로 등재돼 있다는 사실을 인정한 후 이를 교육용 기본재산으로 판단했을뿐 그 실제 이용현황에 관해서는 아무런 사실인정이나 판단을 하지 않았다"며 "이 사건 압류처분은 종전 압류처분 당시 오야리 토지가 교육용 기본재산으로 등재돼 있어 압류금지재산에 해당한다고 본 이 사건 재결의 사실 인정 및 판단과는 기본적 사실관계가 동일하지 않은 사유를 바탕으로 이뤄진 것이므로 재결의 기속력에 저촉된다고 볼 수 없다"고 설명했다. 앞서 1심은 세무서의 손을 들어줬지만, 2심은 "이 사건 압류 처분은 이전 압류처분에 대한 재결의 기속력에 반한다"며 수송학원의 손을 들어줬다.

여러 단계에 걸쳐 이뤄진 사업이라도 각각의 사업이 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업이라고 보기 어렵다면 과세 대상인 매입세액은 사업 전체를 기준으로 산정해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 박병대 대법관)는 서울시 농수산식품공사가 송파세무서장을 상대로 낸 부가가치세 경정거부처분 취소소송(2016두51788)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 공사는 2010년 7월 송파구 가락시장 현대화 사업을 3단계에 걸쳐 추진하기로 했다. 2011년 6월 사업부지에 판매동 6개동과 관리업무동 1개동의 총 7개 건물을 신축하는 1단계 사업에 착수해 2015년 완료했다. 그런데 1단계 사업 완료 무렵까지도 2,3단계 사업은 자체 계획만 수립된 상태였기 때문에 2,3단계 사업이 예정된 부지에서는 기존과 동일한 방식으로 도매시장 관리사업과 부동산임대업 등을 계속하고 있었다. 그러다 부가가치세를 납부하는 과정에서 세무서와 다툼이 생겼다. 공사는 1단계 사업만 기준으로 매입세액을 계산해야 한다고 주장했지만, 세무서는 1단계 사업만이 아니라 1~3단계 사업 전체를 기준으로 과세처분을 내렸기 때문이다. 공사는 이에 불복해 소송을 냈다. 대법원은 "공사가 추진한 가락시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도소매 시설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행됐다"며 "그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택해 현대화사업이 진행되는 단계에 맞춰 단일사업장인 가락시장 사업장의 부지를 3분해 , 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들이 가락시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 했고 이후 2,3단계가 순차적으로 진행되는 중에도 같은 방식으로 각 해당 부지에서 영업을 하던 상인들로 하여금 이미 공사가 마쳐졌거나 시행되기 전의 부지로 옮겨 영업을 지속할 수 있도록 할 예정이었다"고 밝혔다. 이어 "이처럼 공사는 1단계 사업이 진행되는 중에도 기존의 사업을 계속적으로 영위했고 이 사건 사업은 가락시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업여건을 개선하기 위해 추진된 것일 뿐이므로 1단계 사업만을 기준으로 매입세액을 계산한 원심의 판단은 잘못"이라고 판시했다. 앞서 1,2심은 "가락시장 현대화 사업은 단계별로 시기를 달리해 진행하기로 함으로써 1단계 사업에 대해서만 먼저 실시계획인가를 받아 공사를 진행했고, 1단계 사업이 완료된 후 순차적으로 2,3단계 사업에 대한 실시계획인가를 받아 공사를 진행할 예정이었으므로 각 단계 사업에 투입된 매입세액은 사업단계별로 구분할 수 있다"며 "매입세액과 직접적인 관련성이 없는 2,3단계 사업까지 함께 고려해 계산하는 것은 공통매입세액의 실지귀속원칙에 비춰 봐도 부당하다"며 공사 측의 손을 들어줬다.