부설연구소에 근무하는 연구원을 위해 기업이 지급한 퇴직연금보험료는 법인세 세액공제 대상인 인건비에 해당한다는 대법원 첫 판결이 나왔다. 연구인력개발비를 많이 지출하는 기업에 세제혜택을 주고 있는 조세특례제한법 관련 규정의 취지를 감안한 것이다. 이번 판결로 부설연구소를 두고 있는 기업들은 법인세액을 환급받을 수 있는 길이 열리게 됐다. 대법원 특별3부(재판장 김재형 대법관)는 골프존(소송대리인 법무법인 광장)이 북대전세무서장을 상대로 낸 법인세부과 취소소송(2016두83200)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 스크린 골프 시뮬레이터 개발 및 골프용품 제조·판매업체인 골프존은 2007~2010년 부설연구소에서 근무하는 직원들에 대한 퇴직연금보험료를 지출하고 이를 조세특례제한법상 세액공제 대상인 연구인력개발비로 반영했다. 그러나 2013년 세무서가 "퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니다"라며 법인세를 부과하자 소송을 냈다. 조세특례제한법 제10조는 연구인력개발을 위한 비용 중 기업부설연구소 및 연구개발전담부서에서 근무하는 연구원 및 연구보조원에게 지급하는 인건비를 법인세액에서 일부 공제할 수 있도록 하면서, 같은 법 시행령에서는 퇴직급여 또는 퇴직급여충당금은 세액공제대상에 제외하고 있다. 이 사건에서는 관련 조항의 해석과 관련해 퇴직급여나 퇴직급여충당금이 아니라 퇴직연금보험료도 법인세액 공제대상에서 제외되는지가 쟁점이 됐다. 재판부는 "골프존이 연구원들에게 지급한 퇴직연금보험료는 연구원별로 실제 지출된 비용이므로, 적정한 기간손익의 계산을 위해 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리한다"며 "퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응해 연구원별로 근속 여부에 따라 실제 지출돼 연구원들에게 확정적으로 귀속되고, 그 지출 사업연도에 비용으로 인정되므로, 적정한 기간손익 계산을 위해 추산한 비용에 불과한 퇴직금여충당금과 달리 세액공제 대상 인건비에 해당한다"고 판시했다. 1심은 "퇴직연금보험료 역시 퇴직과 관련해 지급되는 것이므로 퇴직급여충당금과 마찬가지로 세액공제대상이 아니다"라며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 "퇴직연금보험료는 연구소에 근무하는 직원들에게 근로의 대가로 유상으로 지급되는 것이고, 퇴직금 또는 퇴직급여충당금과는 그 회계처리나 운용방식이 다르다"며 "법문상으로도 퇴직연금보험료를 세액공제대상에서 제외하고 있지 않으므로 세액공제대상 인건비에 포함되는 것으로 봐야 한다"며 골프존의 손을 들어줬다. 골프존을 대리한 류성현(43·사법연수원 33기) 광장 변호사는 "이번 사건은 부설연구소나 연구개발전담부서를 두고 있는 전자, 자동차, 제약 분야 등의 많은 기업에 공통적으로 발생할 수 있는 문제"라며 "이번 판결로 연구원 등에게 지급한 퇴직연금보험료에 대해 세액공제를 받지 못한 다른 기업들도 혜택을 볼 수 있을 것"이라고 말했다. 그는 "해당 기업들은 소급해 5년간 경정청구를 할 수 있는데, 환급금 외에 환급가산금은 경정청구일부터 기산되므로 경정청구를 신속히 진행하는 것이 유리하다"고 조언했다.

강남고속버스터미널 쇼핑 아케이드를 개발 운영하고 있는 센트럴시티가 창업주인 신선호 전 이사회 의장에게 80억원의 상여금을 지급했다가 법인세 35억원을 물게 됐다. 미리 정해 놓은 회사 급여지급기준에 따라 임원에게 상여금을 지급했어도 이익을 처분한 것에 해당하면 법인세 부과 대상이라는 것이다. 신 전 의장은 1970년대 중반 재계에 돌풍을 일으켰던 '율산 신화'의 주인공이다. 대법원 특별2부(주심 김창석 대법관)는 센트럴시티가 반포세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 취소소송(2014두6562)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 센트럴시티는 회사 정관에 따라 2006~2010년 당시 이사회 의장이던 신씨에게 상여금 80억원을 지급했다. 서울지방국세청은 2008년 세무조사를 하면서 신씨에게 지급된 상여금에 대해 별다른 조치를 취하지 않았지만, 2011년 다시 세무조사하면서 2006년과 2007년 사업연도에 대한 재조사를 실시했고 이후 법인세를 35억원으로 증액해 부과했다. 이에 반발한 센트럴시티는 소송을 냈다. 센트럴시티는 구 국세기본법이 세무조사의 재조사를 금지하면서 예외적으로 재조사가 허용되는 경우 중 하나로 '2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'를 규정하고 있지만 자신들은 이에 해당하지 않는다고 주장했다. 또 신씨에게 지급한 상여금은 이사회 결의를 통해 정해진 급여지급기준에 따라 지급됐으며, 신씨가 지배주주가 아닌 점 등을 고려해 전액 비용으로 처리해야 한다고 지적했다. 법인세법 시행령에 따르면 이익 발생에 따라 지급하는 임원 상여금은 원칙적으로 회계처리 시 비용으로 포함시킬 수 없어 법인세 부과 대상이 된다. 그러나 '정관 주주총회, 사원총회 또는 이사회 결의에 의해 결정된 급여 지급기준에 의해 지급한 금액'은 비용으로 처리할 수 있다. 이 때문에 일부 기업들은 '대표이사에게 임원 이익 상여금 배당 권한을 모두 일임한다', '주총의 결정에 따른다'는 식으로 정관을 만들고 거액의 임원 상여금을 비용으로 처리하는 경우가 많다. 하지만 대법원은 이에 제동을 걸었다. 재판부는 "센트럴시티가 2006년부터 2010년까지 각 사업연도에 성과상여금을 지급한 것은 창업주이자 이사회 의장인 신씨에게 매년 임대수입의 10% 이내에서 상여금을 지급하기로 한 2005년 11월 8일자 이사회 결의에 기초한 것"이라며 "이러한 이사회 결의는 그 내용 및 전후 경과에 비춰볼 때 별다른 지급기준도 없이 실질적으로 잉여금 처분을 위한 분배금을 매년 지급하면서도 명목상으로만 손금산입대상이 되는 상여금의 형식을 갖추기로 한 것"이라고 밝혔다. 이어 "비록 신씨에게 지급될 구체적인 성과상여금의 액수 등은 해당 사업연도별로 개최됐던 주주총회와 이사회 등에서 확정됐다고 하더라도 이는 신씨와 통일교 관련단체가 센트럴시티 지분의 98% 이상을 차지하고 있는 상황 등을 감안할 때 앞선 이사회 결의에서 성과상여금을 지급하기로 결정한 후 그 당시 예정한 바대로 각 사업연도별로 후속절차로서 이뤄진 것이므로 이 사건 서울지방국세청의 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 2항 3호에서 예외적으로 허용하고 있는 재조사에 해당한다고 볼 여지가 있다"고 판시했다. 앞서 1심은 국세청의 손을 들어줬지만, 2심은 센트럴시티의 주장을 일부 받아들였다. 2심은 "2006년과 2007년 사업연도에 대한 세무조사는 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하지 않는다"며 "9억 3000만원은 취소하라"고 판결했다.

수수료를 받는 조건으로 다른 사람의 이자를 대신 받아준 경우에 해당한다면 대리 수령자에게 세금을 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 진짜 소득자에게 조세를 부과하도록 한 실질과세 원칙에 어긋난다는 것이다. 서울행정법원 행정2부(재판장 윤경아 부장판사)는 윤모씨가 강동세무서장을 상대로 낸 종합소득세 부과처분 취소소송(2016구합70284)에서 최근 원고승소 판결했다. 2012년 9월 서울지방국세청은 A회사에 대한 법인세통합조사를 실시했다. 이 과정에서 대부업체를 운영하는 오모씨가 A사 대표이사인 조모씨에게 162억원을 빌려주고 4억8700만원을 이자로 받은 뒤 윤씨를 비롯한 투자자들에게 분배한 사실을 발견했다. 이에 강동세무서는 윤씨가 수령한 이자소득 7500만원에 대한 종합소득세 2700여만원을 부과했다. 그러자 윤씨는 "예전에 대표이사로 있던 회사의 부도로 신용불량자가 돼 사채를 빌리러 간 곳에서 만난 최모씨로부터 수수료를 지급받기로 하고 이자를 수령했다는 확인서를 작성해준 것일 뿐 실제로 조씨에게 돈을 빌려주거나 오씨를 통해 이자를 받은 적이 없다"며 소송을 냈다. 재판부는 "금융거래내역 등을 보면 윤씨가 오씨에게 원금 25억원 상당을 빌려주거나, 이자 7500만원을 수령했다고 볼 만한 객관적인 자료가 전혀 존재하지 않는다"며 "2008년 부도를 겪은 윤씨는 거액의 채무를 부담하게 됐고, 적은 액수의 근로소득만 얻고 있어 25억원의 거액을 오씨에게 빌려주거나 투자하는 것이 가능했다고 보이지 않는다"고 밝혔다. 이어 "윤씨가 이자와 관련해 부과된 세금에 대한 지급을 최씨에게 요구하자 최씨가 돈을 일부 지급하고, 최싸가 대여금의 투자자 중 한 사람이라는 취지의 진술이 있었던 점 등을 종합하면 이자 수익의 실제 귀속자는 최씨와 그에 대한 투자자"라며 "따라서 윤씨를 실질소득자라고 본 세무서의 처분은 실질과세 원칙에 반해 위법하다"고 판시했다.

르노삼성자동차가 3년 간 감면받았던 법인세 258억원을 도로 내게 됐다. 자동차 엔진 세금과 관련해 르노삼성 측은 대리점에서 정비용으로 판매된 엔진 가격을 기초로 산정해야 한다고 주장했지만, 엔진 대부분이 완성차에 탑재된 만큼 원가비례법으로 산정한 금액을 토대로 세금을 부과해야 한다는 세무서의 주장을 대법원이 받아들였기 때문이다. 대법원 특별1부(주심 이기택 대법관)는 르노삼성차가 북부산세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016두64043)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 르노삼성차는 2003년 12월 정부로부터 전자제어식 엔진에 대한 조세감면 승인을 받았다. 외국인투자 기업의 '고도의 기술을 수반하는 사업'으로 인정되면 조세를 감면해주는 조세특례제한법에 따른 것이었다. 르노삼성차는 이에 따라 2008∼2010년까지 세금을 감면받았지만, 감면 대상인 엔진의 시가를 계산하는 방법에서 문제가 지적됐다. 르노삼성차는 이 기간 대리점에서 정비용으로 판매된 엔진 가격을 시가로 보고 과세 당국에 신고해 조세 감면을 받았지만, 2013년 세무조사를 실시한 국세청은 이런 계산법에 문제가 있다고 판단했다. 해당 기간에 팔린 정비용 엔진은 12대에 불과한 반면 완성차에 탑재돼 판매된 엔진은 43만4996대에 달해 감면액이 부당하게 커질 수 있다는 지적이었다. 감면 대상인 엔진을 대부분 비감면 대상인 완성차에 얹어 팔아놓고 엔진만 따로 떼어내 팔았다는 식의 세금 계산은 성립할 수 없다는 것이다. 이에 따라 세무당국은 완성차에서 엔진 원가가 차지하는 비율에 완성차 판매가격을 곱한 원가비례법 방식으로 구한 엔진 매출을 토대로 감면액을 재산정해 법인세 258억원을 추가로 부과했다. 르노삼성차는 "국세청이 알려준 방식대로 계산한 것"이라며 "뒤늦게 법인세를 추가 부과한 것은 부당하다"며 소송을 냈다. 재판부는 "구 조세특례제한법 제121조의2 1항 1호는 '국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업'을 하기 위한 일정한 외국인투자에 대해서는 법인세를 감면하도록 하면서, 2항에서는 '감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득'에 대해서만 감면하도록 정하고 있다"며 "감면대상 사업이 그렇지 않은 다른 사업과 함께 해당 법인에 대해 전체적으로 하나의 소득을 창출하는 것으로 평가할 수 있는 경우라면 그 전체 소득 중 감면대상 사업으로 인한 부분을 구분해 계산해야 한다"고 밝혔다. 앞서 1,2심은 "원가비례법은 엔진 판매가 자동차 판매와 연동되고 엔진의 합리적인 시장가격을 정할 수 없는 상황에서 불가피한 것"이라며 세무당국의 손을 들어줬다.

횡령·배임 혐의로 기소된 이호진(55) 전 태광그룹 회장에게 파기환송심에서도 실형이 선고됐다. 서울고법 형사4부(재판장 김창보 부장판사)는 21일 이 전 회장의 파기환송심(2016노2750)에서 징역 3년 6개월에 벌금 6억원을 선고했다. 재판부는 이 전 회장의 건강 상태 등을 고려해 법정구속을 하지는 않았다. 2011년 1월 기소된 이 전 회장은 간암과 대동맥류 질환을 이유로 이듬해 6월 보석이 허락돼 불구속 상태로 재판을 받아왔다. 재판부는 "우리 사회에 기업과 기업인을 향한 불신이 팽배한데, 이는 과거 고도성장 과정에서 마땅히 부담할 책임과 윤리를 저버린 채 탈법적 방법을 동원해 기업을 경영한 데서 기인했다고 봐야 할 것"이라고 밝혔다. 이어 "이 전 회장이 피해 금액을 모두 갚기 위해 노력해왔고 파기환송심 재판 중에 모든 금액을 변제한 점 등을 고려한다해도 집행유예를 선택할 수는 없다고 판단했다"고 설명했다. 이 전 회장은 생산품 생산량을 조작하거나 불량품을 폐기한 것처럼 꾸며 빼돌려 거래하는 일명 '무자료 거래'로 421억여원을 횡령한 혐의로 기소됐다. 1,2심은 이중 190억원의 횡령 혐의를 유죄로 판단해 징역 4년 6개월을 선고했다. 1심에서는 벌금 20억원이 선고됐지만, 일부 배임 혐의가 무죄로 판단돼 항소심에서는 벌금이 10억원으로 줄어들었다. 그러나 대법원은 횡령 액수를 다시 정하라며 사건을 파기하고 서울고법으로 돌려보냈다. 무자료 거래로 횡령한 것은 섬유제품이 아니라 그 판매대금인데, 1·2심은 제품을 횡령했다고 간주해 횡령액을 잘못 정했다는 취지다. 파기환송심은 2004년도 법인세 포탈액 9억3000여만원 중 공제받을 수 있었던 액수를 제외한 5억6000여만원만 유죄로 판단했다.

아파트 입주자대표회의가 재활용품 쓰레기를 팔아 거둔 수익도 사업소득에 해당돼 부가가치세 과세 대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원은 아파트 입주자대표회의는 국세기본법상 '법인 아닌 사단'으로서 종합소득세 납세 대상이라고 판단했다. 대법원 특별1부(주심 김용덕 대법관)는 서울 송파구 A아파트 입주자대표회의가 잠실세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2016두47574)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 잠실세무서는 A아파트 입주자대표회의가 2008년부터 2012년까지의 재활용품 판매수익 등에 대한 부가가치세 및 종합소득세 신고를 누락한 사실을 발견하고 2013년 5월 부가가치세 1억8723만여원과 종합소득세 1억6210만여원을 부과했다. 입주자대표회의는 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되자 "아파트 입주자대표회의는 '법인으로 보는 단체'에 해당하므로 법인세 납세의무자일뿐 종합소득세 납세의무자가 아니다"라며 "재활용품 처분으로 인한 수익은 사업소득으로 볼 수 없어 부가가치세 과세대상도 될 수 없다"며 소송을 냈다. 그러나 대법원은 재활용품 판매 및 이로 인한 수익을 부가가치세법상 재화·용역의 공급 및 소득세법상 사업소득에 해당한다고 판단했다. 대법원은 "A아파트 입주자대표회의가 2008년부터 2012년까지 계속적·반복적으로 아파트 단지 내 재활용품을 판매해 수익을 얻었다면 재활용품은 화폐가치로 측정할 수 있는 경제적 교환가치, 즉 재산 가치가 있는 유체물로서 '재화'에 해당한다"며 "재활용품 판매 수익을 소득세법 소정의 사업소득이라고 볼 수 있다"고 밝혔다. 대법원은 또 입주자대표회의가 국세기본법상 법인세 대상인 '법인으로 보는 단체'에 해당하지도 않는다고 판단했다. 대법원은 "국세기본법 제13조 1항 1호는 '주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것'을 '법인으로 보는 단체'라고 규정하고 있다"며 "입주자대표회의는 공동주택을 건설한 사업주체가 입주자에게 입주예정자의 과반수가 입주했음을 알리고 그 공동주택에 대한 관리를 요구했을 때 그로부터 3개월 이내에 동별 세대수에 비례해 동대표를 선출함으로써 구성되는 것일 뿐 관련법령상 대표회의가 주무관청의 허가·인가를 받아 설립돼야 한다거나 법령에 따라 주무관청에 등록하도록 정해져 있지 않으므로 '법인으로 보는 단체'가 아니라 '법인 아닌 사단'으로서 종합소득세 납세대상"이라고 판시했다. 앞서 1,2심도 세무서의 손을 들어줬다.

세무서의 압류 처분이 국세심판소의 재결에 의해 취소됐더라도 세무서가 다른 사유를 들어 다시 압류 처분을 내릴 수 있다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김신 대법관)는 학교법인 수송학원이 경주세무서장을 상대로 낸 압류처분 무효확인소송(2014두40029)에서 원고일부승소 판결한 원심을 파기하고 원고패소 취지로 최근 사건을 대구고법으로 돌려보냈다. 경주정보고와 월성중학교를 운영하는 수송학원은 1983년 12월 경상북도 교육감으로부터 용도변경허가를 받아 소유하고 있던 경주시 천북면 오야리 토지를 교육용 기본재산으로 등재하고 학교 야구부와 축구부 연습장으로 사용해왔다. 1990년 4월 수송학원은 야구부 해체를 이유로 "오야리 토지를 수익용 기본재산으로 용도 변경한 후 처분하고 그 처분대금을 정기예금으로 대체해 관리하겠다"는 취지로 다시 용도변경을 신청해 허가 받았다. 그러나 수송학원은 오야리 토지를 처분하지 못했고 다시 교육용 기본재산으로 변경하는 허가는 받지 않았다. 1996년 수송학원이 법인세를 체납하자 경주세무서는 오야리 토지를 압류처분했고 수송학원은 이에 불복해 국세심판소에 심판을 청구했다. 국세심판소는 "오야리 토지는 교육용 기본재산으로 경매목적물이 될 수 없는 부동산이어서 압류할 수 없다"는 수송학원의 주장을 받아들여 1997년 4월 압류처분을 취소하는 재결을 했다. 이후 2004년 10월 경주세무서는 수송학원이 또 법인세를 체납하자 "오야리 토지는 학교 교육에 직접 사용되지 않고 있어 교육용 기본재산이 아니다"라며 다시 압류처분했다. 그러자 수송학원은 "압류 처분은 무효"라며 소송을 냈다. 법인세 체납으로 압류된 토지 '교육용 재산'으로 압류취소 재판부는 "행정심판법 제49조는 '심판청구를 인용하는 재결은 피청구인과 그 밖의 관계 행정청을 기속한다'고 규정하고 있지만, 재결의 기속력은 재결의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미친다"며 "종전 처분이 재결에 의해 취소되었더라도 종전 처분 때와는 다른 사유를 들어 처분을 하는 것은 기속력에 저촉되지 않고, 여기서 동일한 사유인지 다른 사유인지는 종전 처분에 관해 위법한 것으로 재결에서 판단된 사유와 기본적 사실관계에서 동일성이 인정되는 사유인지 여부에 따라 판단해야 한다"고 밝혔다. 대법원, 학교법인의 압류무효확인소송 일부승소 원심 파기 이어 "이 사건 재결에서 국세심판소는 오야리 토지가 교육용 기본재산으로 등재돼 있다는 사실을 인정한 후 이를 교육용 기본재산으로 판단했을뿐 그 실제 이용현황에 관해서는 아무런 사실인정이나 판단을 하지 않았다"며 "이 사건 압류처분은 종전 압류처분 당시 오야리 토지가 교육용 기본재산으로 등재돼 있어 압류금지재산에 해당한다고 본 이 사건 재결의 사실 인정 및 판단과는 기본적 사실관계가 동일하지 않은 사유를 바탕으로 이뤄진 것이므로 재결의 기속력에 저촉된다고 볼 수 없다"고 설명했다. 앞서 1심은 세무서의 손을 들어줬지만, 2심은 "이 사건 압류 처분은 이전 압류처분에 대한 재결의 기속력에 반한다"며 수송학원의 손을 들어줬다.

미국계 사모펀드 론스타가 서울 강남구 역삼동 '스타타워(현 강남파이낸스센터)' 빌딩을 되팔아 거둔 2450억여원의 양도차익에 법인세를 부과한 것은 정당하다는 대법원 판결이 나왔다. 이로써 양도소득의 실질적인 귀속자가 론스타인지, 론스타가 벨기에에 세운 '스타홀딩스'인지 여부를 두고 벌어졌던 9년간의 소송이 론스타가 648억원의 세금을 물게 되는 것으로 종결됐다. 대법원 특별1부(주심 이기택 대법관)는 15일 미국 론스타펀드Ⅲ 등이 서울 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세 취소소송(2015두2611)에서 "법인세 1040억원 중 가산세 392억원을 제외한 나머지 부분은 모두 정당하다"며 원고일부승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 "론스타가 벨기에에 세운 법인인 스타홀딩스의 설립경위, 투자구조, 투자자금의 제공 주체, 사업활동 내역 등에 비춰보면 스타홀딩스는 국내 조세회피를 위해 설립된 회사에 불과하다"며 "론스타는 투자자들로부터 모집된 자금으로 고유한 사업활동을 하면서 이 사건 주식 매입자금의 실질적인 공급처 역할을 했고, 펀드 설정 이후 다수의 투자거래를 수행해 온 점 등을 볼 때 양도소득의 실질적인 귀속자로서 법인세 납세의무자에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 또 한·미 조세조약에 따라 한국 소재 부동산을 과다보유한 법인 주식의 양도소득에 대해 과세할 수 있다고 판시했다. 재판부는 "한·미 조세조약은 부동산 소득은 부동산 소재국에, 자본적 자산 양도소득은 양도자 거주국에 과세권을 부과하도록 했다"며 "부동산 주식 양도소득은 외형상 주식의 양도소득이지만 실질적으로는 부동산이 양도되며 발생하는 소득"이라고 설명했다. 대법원 관계자는 "한·미 조세조약에 따라 국내 소재 부동산을 과다보유한 법인의 주식 양도소득에 관해 한국에 과세권이 있다고 최초로 판시한 판결"며 "앞으로 유사한 분쟁에서 해석 기준이 될 법리를 제시한 것"이라고 설명했다. 론스타펀드Ⅲ는 2001년 대표적 조세피난처인 벨기에에 설립된 스타홀딩스를 통해 서울 강남구 역삼동 스타타워 빌딩을 산 뒤 2004년에 되팔아 2450억여원 상당의 양도차익을 얻었다. 론스타 측은 "스타홀딩스는 벨기에 거주자로서 '한·벨기에 조세조약'에 따라 과세대상이 되지 않는다"며 역삼세무서에 비과세 신청서를 냈다. 하지만 세무서는 "이익의 실질적 귀속자는 론스타펀드"라며 미국 거주자인 론스타펀드Ⅲ에 한·미 조세조약과 구 소득세법에 따라 1002억여원의 양도소득세 부과처분을 내렸고 이에 반발한 론스타는 소송을 냈다. 이후 법원이 론스타 측의 주장을 받아들여 지난 2012년 양도소득세 부과처분 취소 확정 판결을 내리자 세무당국은 양도소득세가 아닌 법인세를 부과했다. 론스타펀드Ⅲ는 스타타워 매입이 '한·벨기에 조세조약'상 면세대상이라며 법원에 다시 소송을 냈다. 벨기에에 설립된 법인 '스타홀딩스'를 통해 스타타워를 매입했기 때문에 세금을 낼 필요가 없다는 것이었다. 론스타펀드Ⅲ는 "론스타가 양도소득의 실질적인 귀속자이더라도, 한·미 조세조약은 한·벨기에 조세조약과 마찬가지로 주식 양도소득에 대해서는 거주지국에게만 과세권을 부여하고 있다"며 "미국 거주자인 론스타펀드Ⅲ 한국 세무당국이 과세하는 것은 위법하다"고 주장했다. 1심은 "한·벨기에 조세조약은 탈세 방지도 목적으로 하고 있으며 스타홀딩스는 과세 회피를 위해 설립된 회사에 불과해 한·벨기에 조세조약이 적용될 수 없다"며 "여러 사정을 종합하면 론스타펀드Ⅲ는 이익의 실질적인 귀속자"라며 원고패소 판결했다. 2심도 론스타에 대한 법인세 부과처분이 정당하다고 판단했지만 "절차적으로 가산세 부분의 산출근거를 적지 않은 잘못이 있다"면서 법인세 중 가산세 부분에 대해서는 부과처분을 취소해야 한다고 판결했다. 론스타는 양도차익에 법인세를 부과하도록 한 구 법인세법 제93조 7호 중 소득세법 관련 조항이 위헌이라며 헌법소원을 냈지만 헌법재판소는 지난해 11월 합헌 결정을 내렸다. 역삼세무서는 절차적 문제를 보완해 가산세 392억원을 다시 부과했고 이에 관한 소송(2016구합73542)은 서울행정법원에서 진행되고 있다.

법원이 전자송달로 납세고지서를 받을 경우 수신인이 송달문서를 열어 확인한 때가 아니라 국세정보통신망(홈택스)에 고지서가 저장된 때를 송달시점으로 보는 국세기본법이 국민의 재판청구권을 침해한다며 헌법재판소에 위헌법률심판을 제청했다. 대전지법 행정2부(재판장 심준보 부장판사)는 9일 "국세정보통신망을 이용한 전자송달의 방법으로 납세고지서의 송달이 이뤄질 경우 수신인이 실제로 문서를 열어 확인한 때가 아니라 국세정보통신망에 고지서가 저장된 때 송달의 효력이 발생하도록 규정하고 있는 국세기본법 제 12조는 국민의 재판받을 권리를 침해하고 있다"며 위헌법률심판제청을 결정했다(2016아1000316). 국세기본법 제12조는 '송달하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다. 다만, 전자송달의 경우에는 송달받을 자가 지정한 전자우편주소에 입력된 때 (국세정보통신망에 저장하는 경우에는 저장된 때)에 그 송달을 받아야 할 자에게 도달한 것으로 본다'고 규정하고 있다. 재판부는 "국세기본법 제12조 제2항 본문에서는 '서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다'고 도달주의 원칙을 규정하면서, 같은조 단서에서 전자송달의 경우에만 예외를 규정하고 있다"며 "전자송달의 송달시기를 서류송달과 달리 취급해야할 합리적인 이유가 없다면 이는 입법재량의 한계를 일탈한 것으로 봐야한다"고 전제했다. 이어 "국세기본법에 따르면 세법에 대한 처분에 이의가 있을 경우 이의신청이나 심사청구, 심판청구는 처분이 있는 것을 안 날로부터 90일 이내에 제기해야 하는데, 전자송달의 경우 실제로 송달서류가 수신인에게 도달되었는지 여부를 묻지 않고 국세정보통신망에 저장된 때 도달한 것으로 보기때문에 과세처분을 받는 사람의 입장에서는 자기에게 송달된 납세고지서의 존재를 알 수 없는 경우에도 행정소송을 제기하기 위한 청구기간이 그대로 진행되어 버림으로써 재판을 받을 권리를 제한받는 결과가 초래된다"고 설명했다. 재판부는 "과세처분 관련 서류 송달일자는 심사청구 제기기간 같은 불변기간 및 국민의 기본권의 하나인 재판청구권과 직접 연결되기 때문에 국세기본법이 규정한 과세처분에 대한 불복절차를 실질적으로 보장하는 방향으로 규정되어야 한다"고 밝혔다. 재판부는 또 "전자소송을 도달주의의 원칙의 예외로 규정한 것은 납세고지서 송달의 효율성을 높이고 행정낭비요인을 제거하기 위한 것이지만, 국세정보통신망에 저장한 때 곧바로 송달의 효력을 인정하는 것은 송달의 효율성을 지나치게 강조하는 행정편의적인 입법이므로 적절한 수단으로 보기 어렵다"고 덧붙였다. 천안세무서는 지난해 4월 10일 홈택스를 이용해 비철금속업을 하는 A사에 대해 2013년도 법인세와 부가가치세를 경정고지 처분을 했다. 29일에 전자고지를 열람한 A사는 처분에 불복해 같은해 7월 24일에 국세청에 심사청구를 했지만 국세청은 청구기간인 90일이 지났다며 청구를 각하했다. 4월 10일로부터 90일이 되는 7월 9일 이전에 심사청구를 제기했어야 한다는 것이다. A사는 천안세무서장을 상대로 부가가치세 및 법인세 부과처분 취소소송을 내면서 해당 조항에 대해서도 위헌법률심판제청을 신청했다.

다른 사람의 이름을 빌려 사업을 하고 그 사람 이름으로 세금계산서를 발행했다면 세제 혜택을 받을 수 없다는 대법원 첫 판결이 나왔다. 실제 사업자와 명의상 사업자가 다른 경우 명의상 사업자 이름으로 발행된 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당되기 때문에 매입세액(사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액)으로 공제할 수 없다는 것이다. 대법원 특별2부(주심 김창석 대법관)는 A씨가 금천세무서 등 세무서 3곳을 상대로 낸 부가가치세 취소소송(2016두43077)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. A씨는 2009~2012년 친척들의 명의를 빌려 사업자등록을 한 후 인테리어 업체를 운영하면서 자신이 대표이사로 있는 B사가 필요한 인테리어 제품도 그곳에서 공급했다. B사는 이 과정에서 세금계산서를 받았는데 세금계산서의 '상호'란에는 인테리어 업체들의 상호가, '성명'란에는 A씨의 친척들 이름이 적혀 있었다. 금천세무서 등은 이들 인테리어 업체들의 실질운영자는 A씨이기 때문에 '공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서'가 발급됐다며 D사에 매입세액 공제를 해주지 않은 채 부가가치세와 법인세를 부과했다. 이에 A씨는 "세금계산서의 성명란에 등록된 사업자 명의를 썼기 때문에 사실과 다른 계산서가 아니다"라며 소송을 냈다. 구 부가가치세법은 제16조 1항 1호에서 세금계산서의 필요적 기재사항 중 하나로 '공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭'을 규정하면서 제17조 2항 2호에서 발급받은 세금계산서에 법령의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 했다. 다만 시행령 제60조 2항 2호는 '세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우' 등을 공제 허용 사유로 규정했다. 대법원은 "세금계산서 '성명'란에 실제 대표자인 A씨 대신 명의대여자들의 성명을 기재한 것은 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다"며 "이는 예외적으로 매입세액 공제를 허용하는 구 부가가치세법 시행령 제60조 2항 2호가 정한 경우에 해당한다고 볼 수도 없다"고 밝혔다. 이어 "세금계산서의 내용이 사실대로 기재되지 않으면 부가가치세법상 납부세액을 산정하는 계산서로서의 기능 등을 다하지 못하게 돼 부가가치세 제도의 기초가 크게 흔들리게 된다"며 "세금계산서의 정확성과 진실성이 담보되지 않고서는 법인세, 소득세, 지방세 등의 정확한 과세산정이 곤란하고 실질적 담세자인 최종소비자에 대한 조세의 전가가 원활하고 적정하게 이뤄지는 것을 기대하기 힘들어 결국 부가가치세 제도는 물론이고 세제 전반의 부실한 운영을 초래할 우려가 크다"고 설명했다.