미국의 다국적 IT기업 마이크로소프트(MS)가 동수원세무서를 상대로 법인세 약 6300억원을 돌려달라며 낸 소송에서 대법원이 MS 측의 손을 들어준 원심 판결을 파기했다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 10일 MS사와 자회사 MS라이센싱이 동수원세무서를 상대로 낸 경정거부처분 취소소송(2019두50946)에서 세무당국이 경정거부처분한 금액 중 6337억원은 취소하라고 판결한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 삼성전자는 2011년 7월 MS와 안드로이드 기반 스마트폰과 태블릿 사업을 운영하는데 필요한 특허권 사용료(로열티)를 지급하는 내용의 계약을 체결했다. 삼성은 2012년부터 2015년까지 MS라이센싱 명의의 계좌로 로열티를 지급하면서 이 로열티가 국내원천소득에 해당한다고 보아 한·미조세협약 제14조 1항에 따라 제한세율 15%를 적용해 산정한 법인세를 원천징수해 동수원세무서에 납부했다. 4년 동안 삼성전자가 사용한 특허권의 대가는 모두 4조3582억원이었고, 이중 법인세 원천징수액은 15%인 6537억여원이었다. MS 측은 2016년 6월 동수원세무서에 "이 사건 특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용 대가 부분은 국내원천소득이 아니므로, 원천징수된 세액은 MS 측에 환급되어야 한다"며 경정청구를 했다. 경정청구란 과다납부한 세액을 바로잡아달라고 요청하는 것을 말한다. MS 측은 이 사건 특허권 사용에 대한 법인세 원천징수액 6537억원 중 6344억여원을 돌려달라고 요구했다. 그러나 동수원세무서는 경정청구를 거부했고, MS 측은 이에 불복해 2016년 10월 조세심판원에 심판을 청구했지다. 조세심판원이 2017년 6월 MS 측의 청구를 기각하자, MS 측은 소송을 냈다. 1,2심은 동수원세무서가 경정을 거부한 MS 측의 경정청구액 6344억원 중 대부분인 6337억원을 취소하라며 MS측의 손을 들어줬다. 1,2심은 "국내에 등록되지 않은 미국법인의 특허권이 국내에서 제조·판매에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단해야 한다"며 "한·미조세협약 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없기에 미국법인이 특허권을 국내에 등록하지 않은 경우와 관련해 지급받는 소득은 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다"고 판시했다. 다만 MS라이센싱을 제외한 MS의 청구에 대해선 "설령 이 사건 특허권 및 그 사용료를 실질적으로 관리하는 주체가 MS라고 하더라도, MS라이센싱의 경정청구권 행사에 따른 환급 세액의 귀속은 원고들 사이의 내부적인 분배 문제"라며 "MS는 별도의 경정청구권이 인정되지 않는다고 봐야 한다"고 덧붙였다. 그러나 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 "동수원세무서는 원심에서 '이 사건 사용료에는 국내원천소득으로서 원천징수대상인 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 사용대가가 포함되어 있다'고 주장함으로써 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 사유를 추가 또는 변경했다고 볼 수 있기 때문에 원심으로서는 이같은 주장에 관해 심리·판단했어야 한다"고 지적했다. 이어 "이와 다른 전제에서 동수원세무서의 주장이 법원의 심리대상이 아니라고 판단한 원심판결에는 법원의 심리대상 등에 관한 법리를 오해해 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다"며 사건을 파기환송했다. 아울러 MS의 경정청구권이 인정되지 않는다고 판단한 원심에 대해서도 "소득의 실질귀속사는 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다"며 "원심은 MS가 특허권 사용료 소득의 실질귀속자인지 여부에 관해 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다"고 판시했다.