현행 중소기업창업지원법은 농지에 제조업을 위한 공장을 지으면 농지보전부담금(농지를 다른 용도로 사용하는 경우 부과하는 세금)을 면제시켜 준다. 제조업 설립을 장려해 중소기업 발전을 도모한다는 취지다. 그러나 단순히 포장육을 잘라서 판매하는 사업은 '제조업'으로 볼 수 없어 이 같은 혜택을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 부산고법 행정2부(재판장 손지호 부장판사)는 축산물 가공·유통업체인 H사가 부산 강서구청장을 상대로 낸 농지보전부담금처분 취소소송(2016누21886)에서 최근 원고승소한 1심 판결을 취소하고 원고패소 판결했다. 재판부는 "사업장의 성격은 업주의 주관적 의사와 영업형태 뿐 아니라 사업장의 객관적 용도, 법규의 제한사항 등을 종합해 판단해야 한다"면서 "투입된 원재료를 성질이 다른 새로운 제품으로 전환시키는 산업활동은 제조업으로 볼 수 있지만 그 상품의 본질적 성질을 변화시키지 않고 상품을 선별, 정리, 분할, 재포장하는 경우에는 그렇지 않다"고 설명했다. 이어 "H사는 냉동과정을 거친 삼겹살, 갈비 등 포장육을 구입한 다음 절단기를 이용해 다시 작게 나누고 재포장하는 과정을 거쳐 판매한다"며 "이는 개념표지상 단순한 '식육판매업'으로서 농지보전부담금을 면제받을 수 있는 제조업에 해당하지 않는다"고 판시했다. 축산물 유통과 가공을 목적으로 설립된 H사는 사세가 확장되자 2015년 6월 부산 강서구에 농지 1405㎡를 매수해 2층 건물을 신축했다. H사는 자신들의 사업이 식료품 제조업의 일종인 '기타 육류 가공 및 저장처리업'에 해당한다며 관할청에 농지보전부담금을 면제해 달라고 했다. 하지만 부산 강서구청은 2016년 8월 H사의 업태를 제조업으로 보기 힘들다며 농지보전부담금 7000만원을 부과했다. 이에 H사는 같은해 10월 "농지보전부담금 처분을 취소하라"며 소송을 냈고, 1심은 관할청의 처분이 잘못됐다며 H사의 손을 들어줬다.

지방자치단체가 공익사업 시행에 따른 이주대책대상자들에게 특별공급주택을 분양하면서 농지보전부담금이나 폐기물처리시설 설치부담금 등을 포함시킨 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 지자체가 부담해야 할 생활기본시설에 해당하지 않는다는 취지다. 옛 공익사업법 제78조 4항은 이주대책의 내용에는 이주정착지에 대한 도로·급수시설·배수시설 그 밖의 공공시설 등 당해 지역조건에 따른 생활기본시설이 포함돼야 하며 이에 필요한 비용은 사업시행자가 부담한다고 규정했다. 서울중앙지법 민사25부(재판장 이흥권 부장판사)는 이주대책대상자 A씨 등 20명이 서울시와 강북구 등 9개 구청을 상대로 낸 부당이득금 청구소송(2015가합510554)에서 "서울시와 강북구 등 7개 구는 A씨 등 13명에게 2500여만원을 지급하라"며 원고일부승소 판결했다. 서울시 등은 도로개설, 공원조성 등 공익사업을 위해 A씨 등의 부동산을 협의취득 또는 수용재결을 통해 취득한 다음 이를 철거했다. 그리고 2011년 A씨 등에 대한 이주대책의 일환으로 서울주택도시공사(SH)가 공급하는 구로구 천왕동 아파트를 특별공급주택으로 분양했다. 분양가에는 도로 용지비와 하수도시설원인자부담금, 기타 기반시설 설치비 등이 포함됐다. 분양대금을 완납한 A씨 등은 지난해 2월 "서울시 등이 특별공급주택을 분양하면서 일반 수분양자들과 동일하게 생활기본시설 설치비용을 포함해 분양대금을 산정했다"며 "서울시 등은 5억4900여만원을 반환하라"며 소송을 냈다. 하지만 재판부는 분양가에 포함된 하수도시설원인자부담금 등 일부에 대해서만 반환을 인정하고 농지보전부담금이나 폐기물처리시설 설치부담금 등에 대해서는 반환할 필요가 없다고 판단했다. 재판부는 "사업시행자는 이주대책의 일부로서 생활기본시설을 설치해 이주대책대상자들에게 제공할 의무가 있다"며 "옛 공익사업법 제78조 4항에 규정된 '생활기본시설'은 주택건설사업이나 대지조성사업을 시행하는 사업주체가 설치하도록 돼 있는 도로 및 상하수도시설, 전기·통신·가스시설 또는 지역난방시설 등 간선시설을 의미한다"고 밝혔다. 이어 "A씨 등에게 분양된 특별공급주택의 분양가에 도로용지비 및 대지조성비가 분양대금에 포함돼 있다고 단정할 증거가 없고 농지보전부담금(주택이나 공장 등을 짓기 위해 농지를 사용할 때 부과되는 비용), 폐기물처리시설 설치부담금(공동주택단지를 개발할 때 발생하는 음식물 등 생활계폐기물을 처리하기 위한 처리시설 설치 비용) 등은 서울시 등이 설치할 의무가 있는 간선시설의 설치비용으로 보기 어렵다"고 설명했다. 재판부는 그러나 "하수도시설원인자부담금(공공하수도로 배출될 하수의 처리를 위한 비용) 등은 생활기본시설 설치비용에 해당한다"며 "서울시 등이 분양대금에 하수도시설원인자부담금 등을 포함시킨 것은 강행법규에 위배돼 무효이므로 A씨 등에게 부당이득으로 반환할 의무가 있다"고 판시했다.

이전 주인이 농지를 다른 부지로 쓰기 위해 전용(轉用) 신청을 하면서 농지보전부담금을 내지 않아 등기부에 여전히 농지로 기재돼있더라도 오랫동안 농지로 사용하지 않았다면 땅을 매입한 사람이 새로 건축허가를 신청할 때 농지보전부담금을 내지 않아도 된다는 판결이 나왔다. 2000년 A씨는 창고를 짓기 위해 구청에 건축허가 신청을 했다. 그런데 구청이 허가를 내주면서 A씨로부터 전용을 하면 받아야 할 농지보전부담금을 받지 않았고 지목 수정도 하지 않아 땅 일부분이 등기부등본에 계속 농지인 '답(畓)'으로 남아있었다. 2013년 이모씨는 유치원을 신축하기 위해 A씨로부터 이 땅을 매입해 구청에 건축허가를 신청했다. 구청은 땅의 지목이 '답'인걸 확인하고 이씨에게 "농지보전부담금 3400만원을 착공 전까지 납부한다면 허가해주겠다"며 조건부 건축허가를 했다. 이씨는 "종전 소유자인 A씨가 창고를 신축할 당시 농지전용허가를 받았으므로 더 이상 농지가 아니다"라고 주장하며 소송을 냈다. 대구지법 행정1부(재판장 권순형 부장판사)는 최근 이씨가 대구 달서구청을 상대로 낸 농지보전부담금 부과처분취소소송(2013구합1227)에서 "구청은 이씨에게 부과한 농지보전부담금 3400만원 부과처분을 취소하라"며 원고 승소 판결을 했다. 재판부는 판결문에서 "이씨에게 땅을 판 A씨가 2000년 구청에 건축허가 신청을 통해 적법하게 농지에서 대지로 형질 변경을 해 오랫동안 토지를 창고와 주차장, 자재보관 장소 등으로 사용했다"며 "토지의 공부상에는 지목이 농지인 '답'이라고 명시돼 있더라도 이씨가 산 땅은 오랜 기간 농지로 사용되지 않았으므로 농지보전부담금을 부과할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 "농지법에서 정한 농지에 해당하는지는 공부상 지목이 아닌 사실상 어떤 상태로 사용하고 있는지, 상태 변경이 일시적인지를 보고 판단해야 한다"며 "A씨가 창고를 신축해 건축물대장을 작성하고 자신의 명의로 소유권보존등기까지 마쳤고 이씨가 토지와 창고를 매수할 당시 이미 창고로 오랜 기간 사용해 농지로서 기능을 잃었다"고 설명했다.