기업이 건물을 매입한 후 부동산임대업을 하기위해 그 건물을 지점으로 사업자등록하고 자산관리회사에 독자적으로 관리하도록 맡겼다면 중과세 대상이 아니라는 판결이 나왔다. 지방세법에는 인구와 경제력의 대도시 집중을 막기 위해 대도시 안에서 법인 설립, 지점 또는 분사무소 설치를 위해 부동산을 취득하면 중과세하도록 돼 있다. 서울행정법원 행정13부(재판장 정형식 부장판사)는 10일 광고대행업 및 부동산 임대·관리업을 하는 P회사가 “실제로 영업이나 대외거래를 하지 않아 지점을 설치한 것이 아니므로 중과세는 부당하다”며 서울서초구청장을 상대로 낸 등록세등부과처분취소 청구소송(2006구합47438)에서 원고 승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “지방세법 등록세 중과규정의 ‘지점 또는 분사무소’라 함은 당해 법인의 지휘·감독하에 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 설비를 갖추었으며 실제로 그러한 활동이 행해지고 있는 장소를 말한다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “원고는 빌딩을 취득한 후 빌딩을 지점으로 사업자등록했으나 관리위탁계약을 체결해 빌딩의 유지·관리 등 모든 용역을 자산관리회사인 J회사가 독자적으로 수행할 수 있도록 맡겼다”며 “원고가 자신의 지휘·감독하에 인적·물적 설비를 갖추고 지점업무를 수행한 것이라 볼 수 없어 지점으로서의 실질이 없으므로 중과세는 위법하다”고 설명했다. P회사는 2004년 서울 서초동에 위치한 빌딩(지상 22층, 지하 7층)을 매수해 부동산임대업을 위한 지점으로 사업자등록하고서는 J회사와 지점빌딩에 대한 자산관리위탁계약을 체결했다. P회사는 구청이 지점 설치를 위해 부동산을 취득했다며 등록세 등으로 78억여원을 중과세하자 소송을 냈다.

소형 아파트를 분양받은 1가구 1주택자의 경우 건축주가 보존등기한 후 2월이내에 이전등기를 하면 등록세와 취득세를 감면해 주는 서울시조례에서 '건축주가 보존등기한 날'은 등기신청서를 접수한 때가 아닌 등기가 완료된 때로 봐야 한다는 판결이 잇따라 나왔다. 판결이 이대로 확정될 경우 그 동안 보존등기 접수일을 기산점으로 삼아 등기접수후 2월을 넘겨 이전등기를 한 수분양자들에게 감면된 등록세 등을 추징해오던 지방자치단체의 관행에 제동이 걸릴 것으로 보인다. 서울행정법원 제14부(재판장 成百玹 부장판사)는 13일 김모씨 등 아파트 수분양자 48명이 동대문구청장을 상대로 낸 등록세등부과처분취소 청구소송(2003구합11049)에서 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "등기는 신청서 접수후 조사, 기입 등의 과정을 거쳐 등기부에 등기사항이 기재되고 등기관이 날인을 함으로써 완료되는 것이므로 '등기한 날'은 이런 과정을 거쳐 등기가 완료된 때로 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "행정청이 처분대상자에게 기한을 어겼다는 이유로 이미 취득한 이득을 박탈하는 처분을 할 경우는 그 기한의 시점을 객관적으로 확인할 수 있어야 한다"며 "수분양자들로서는 등기관의 날인을 거치기 전까지는 보존등기신청서가 언제 접수됐는지 확인할 수 없으므로 '건축주가 보존등기한 날'을 등기신청 접수일로 해석할 수는 없다"고 덧붙였다. 이에 앞서 지난달 31일 서울행정법원 제4부(재판장 劉南碩 부장판사)도 정모씨 등 3명이 "등록세 감면을 인정하지 않은 처분은 부당하다"며 관악구청장을 상대로 낸 지방세부과처분취소 청구소송(2003구합17801)에서 "'보존등기한 날'은 등기가 완료된 때"라며 원고승소 판결을 내렸다. 김씨 등은 답십리제11구역주택재개발조합으로부터 답십리 대우아파트를 분양받아 2000년12월까지 분양대금을 완납한 후 서울특별시세감면조례 12조2항에 따라 각각 25%에서 50%가 감면된 취득세와 등록세를 신고, 납부했다. 이후 조합이 지난해 9월26일 동대문등기소에 소유권보존등기를 신청, 같은해 11월13일 등기가 완료된 후 김씨 등은 11월17일부터 12월30일까지 소유권이전등기를 마쳤으나 동대문구청이 "보존등기한 날로부터 2월이 지나 소유권이전등기가 됐다"며 감면됐던 등록세 등을 추징하자 소송을 냈었다.

회사를 합병할 때 피합병회사가 과밀억제권역인 서울시내에 있었다면 합병후 존속회사가 새로 부동산을 취득하더라도 피합병회사의 자산 비율에 대해서는 중과세 할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 제3부(재판장 강영호·姜永虎 부장판사)는 지난달 31일 금호생명보험(주)가 "흡수합병된 동아생명의 자산비율에 해당하는 등록세 및 교육세 93억여원을 돌려달라"며 서울종로구청장을 상대로 낸 등록세등부과처분취소 청구소송(☞2002구합1502)에서 원고승소 판결을 선고했다. 재판부는 판결문에서 "동아생명은 73년 5월경 과밀억제권역인 서울시내에 설립돼 줄곧 같은 곳에서 존속해 왔고 금호생명이 동아생명을 흡수합병해 동아생명의 모든 권리·의무를 승계했으므로 동아생명의 자산비율에 해당하는 부분에 대해서는 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있다고 보기 어려워 등록세 중과 규정을 적용하지 아니함이 상당하다"고 밝혔다. 이어 "역으로 동아생명이 금호생명을 합병해 존속법인이 된 경우 금호생명의 자산비율에 해당하는 만큼 인구유입 또는 경제력 집중을 유발하는 효과가 있음에도 불구하고 이를 중과세 대상으로 볼 수 없는 결과가 돼 존속하는 법인의 명칭에 따라 중과세 규정의 적용여부를 판단하게 되므로 조세정책이나 형평에도 반한다"고 설명했다. 광주에 본점을 두고 있던 금호생명은 2000년 3월 서울에 본점을 두고 있던 동아생명을 합병하기 위해 서울로 본점을 옮긴 후 같은해 12월 금호빌딩을 매수했는데, 서울종로구청이 '대도시 전입후 5년내에 부동산을 매수한 경우 중과세한다'는 지방세법시행령상의 규정에 따라 일반세율의 3배에 달하는 과세를 하자 이 사건 소송을 냈었다.