원유 정제과정에서 부수적으로 나오는 연료가스나 수소를 생산하는데 사용한 원유도 석유수입부과금 환급 대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 정유사들은 이 판결을 통해 수백억원을 돌려받게 됐다. 대법원 특별1부(주심 김소영 대법관)는 27일 S-오일이 한국석유공사를 상대로 낸 석유수입부과금환급금 환수처분 취소소송(2015두1250)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 한국석유공사는 구 석유 및 석유대체연료 사업법에 따라 정유사들이 원유를 수입할 때 석유부과금을 부과하는 대신, 이들이 수입한 원유를 이용해 생산한 제품을 수출하거나 공업원료용으로 사용하는 등 일정한 사유가 있을 때에는 해당 수출제품이나 공업원료용으로 사용된 석유제품을 생산하는데 소요된 원유량에 해당하는 금액은 환급해줬다. S-오일은 원유정제공정에서 원유량의 1.5%에 해당하는 폐가스가 발생하는데 과거에는 이를 대기중에 방출했지만 기술발달에 따라 연료로 활용했다. 또 석유제품 중 하나인 나프타를 이용해 에틸렌 등 화학제품을 생산하는 과정에서 수소가 발생하는데 이를 탈황용으로 사용했다. 이에 S-오일은 2003년 2월부터 2007년 12월까지 석유공사에 석유제품 등의 생산에 소요된 원유량을 산정할 때 연료가스나 수소를 반영하지 않은 채 환급을 신청했고, 석유공사도 신청내용대로 환급했다. 하지만 감사원은 "연료가스 및 수소 생산에 소요된 원유량은 환급대상에서 제외해야 한다"는 감사결과를 발표했다. 그러자 석유공사는 2008년 3월 감사원 감사결과에 따라 2003년 2월~2007년 12월 S오일에 환급한 석유부과금 환급금 중 328억원여원을 다시 환수했다. 이에 반발한 S-오일은 소송을 냈다. 대법원은 S-오일의 손을 들어줬다. 대법원은 "석유환급금 환급 대상과 규모, 방법 등 산정기준에 관한 규정을 해석할 때는 조세나 부담금 관련 법률해석의 법리가 적용돼야 한다"며 "따라서 환급금 산정기준을 정한 당시 규정도 원칙적으로 문언대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석해서는 안 된다"고 밝혔다. 이어 "환급결정이 이뤄진 시기에 적용되던 관련 규정의 해석상 환급대상인 수출 석유제품이나 나프타 생산 과정에서 발생한 연료가스나 수소가 환급 대상에서 제외된다고 볼 수 없다"며 "석유부과금 환급결정에 아무런 하자가 없기 때문에 환급결정을 취소한 것은 위법하다"고 밝혔다. 앞서 1,2심도 S-오일의 손을 들어줬다. 대법원은 이날 SK이노베이션(31억원, 2014두12017), GS칼텍스(307억원, 2014두12413), SK에너지(51억원, 2015두39453)가 낸 석유부과금환급금 환수처분 취소 소송에서도 같은 취지의 판결을 내렸다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 종래 석유부과금 환급금을 산정함에 있어 원유정제공정 등에서 부수적으로 발생하는 연료가스를 어떻게 처리해야 하는지에 관한 하급심의 혼선을 정리한 것"이라며 "환급대상인 수출 석유제품이나 공업원료용으로 사용된 석유제품 생산에 사용된 원유량을 산정할 때 명확한 근거 없이 연료가스나 수소를 제외할 수 없음을 분명히 했다"고 설명했다.

SK에너지가 거액의 석유수입부과금환급금 환수처분을 취소해달라며 낸 소송에서 사실상 패소판결을 받았다. 1심은 환수대상인 188억여원 가운데 환급사유가 인정된 금액을 뺀 40억여원에 대해서만 환수가 정당하다고 본 반면, 2심은 시효가 완성된 부분을 뺀 142억여원의 환수가 정당하다고 판단한 것이다. 한국석유공사는 (주)SK가 2001년부터 2004년에 걸쳐 수입한 중유 16억리터를 울산석유화학단지에서 사용한 것과 관련해 188억여원의 석유수입부과금을 환급했다. 구 석유사업법시행령 제27조1항 제3호의 발전사업용으로 공급한 것으로 본 것이다. 하지만 감사원은 2004년 산업자원부에 대한 감사를 하면서 “발전사업허가를 받지 않았다”는 이유로 환급처분이 부당하다고 지적했고, 공사는 2006년10월 환수처분을 했다. 이에 SK는 “환급처분취소는 부당하고 또 저유황 벙커시유 공급을 이유로 한 환급사유도 있다”며 12월 소송을 냈다. SK의 에너지 사업부는 2007년 (주)SK에너지로 인수됐다. 1심은 “SK에너지는 생산된 전기를 전량 자가소비한 이상 구 집단에너지사업법 제48조1항 등에서 규정한 발전사업허가를 받은 것으로 의제되는 사업자에 해당되지 않는다”며 “환급처분을 성립상의 하자를 이유로 소급해 상실시키는 이상 소멸시효의 적용대상도 아니다”라고 지적했다. 그러나 재판부는 “대기환경보전법 제26조 등에 의해 저유황 벙커시유를 공급했으므로 구 석유사업법 제27조1항 제5호에 의해 148억여원을 환급받을 수 있다”며 188억여원의 환수처분 가운데 40억여원만 정당하다고 봤다. 하지만 2심 판단은 달랐다. 서울고법 행정5부(재판장 조용구 부장판사)는 SK에너지가 한국석유공사를 상대로 낸 석유수입부과금환급금환수처분 취소소송(2008누2073)에서 “188억여원의 환수처분 가운데 소멸시효가 완성된 45억여원을 뺀 142억여원의 환수가 정당하다”며 원고 일부패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “저유황 벙커시유 공급을 이유로 한 환급처분은 별개의 소로 다퉈야 하는 것은 물론 환급사유가 존재하기 위해서는 중유가 국내에서 생산(원유를 수입해 정제)된 것이어야 하는데 이를 인정할 만한 증거도 없다”며 받아들이지 않았다. 하지만 재판부는 “석유수입부과금 환급금 환수처분은 부과처분과 동일한 성질을 가지므로 국세징수법 제27조의 국세징수권 소멸시효 5년의 적용을 받는다”며 “환수처분이 있었던 2006년10월부터 소급해 5년이 경과한 45억여원은 소멸시효가 완성됐다”고 밝혔다.