회사에 명의만 빌려준 '바지사장'에게 1억 원대 소득세 부과한 과세관청의 처분은 무효가 아니라는 1심 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 2023년 10월 26일 A 씨가 성남세무서장을 상대로 낸 종합소득세 등 부과처분 무효확인 소송(2023구합55061)에서 원고패소 판결했다. A 씨는 2018년부터 2019년 폐업일까지 주식회사 B 사의 대표자로 과세관청에 등록돼 있었다. 성남세무서는 2021년 9월 A 씨에게 2018년 귀속 종합소득세 1억2300여만 원, 2019년 귀속 종합소득세 4400여만 원 총 1억6700여만 원을 부과했다. 이에 A 씨는 "나는 B 사의 실제 운영자인 C 씨의 부탁을 받고 명의를 대여한 바지사장일 뿐이고, C 씨에게 고용된 일용직 근로자에 불과하다"며 "해당 처분은 실질과세원칙에 반해 위법하고, 그 하자가 중대해 무효"라며 소송을 냈다. 하지만 재판부는 "실질과세의 원칙상 납세의무자의 확정은 외관이 아닌 법적 실질에 따라야 하므로 과세 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 해 세법을 적용해야 한지만, 명의대여는 실사업자와 합의 하에 탈세를 조장하는 행위로서 외부에서는 그 실체를 파악하기 어려워 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 사업명의자를 실사업자로 봐 과세를 하면 되는 것"이라며 "이것이 실체관계와 다르다는 이유로 사업명의자가 아닌 별개의 실사업자에게 실질과세가 가능하다는 점에 대한 주장·증명책임은 명의자 과세를 다투는 자에게 있다"고 밝혔다. 이어 "과세대상이 되지 않는 어떤 법률관계나 사실관계에 대해 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지 여부가 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연 무효라고 볼 수는 없다"고 설명했다. 재판부는 "이 사건 각 처분은 B 사가 법인세를 신고하지 않음에 따라 성남세무서장이 추계결정한 뒤 대표자 인정상여로 소득처분한 뒤에 내려진 것으로 B 사의 대표자에 대해 부과될 것이 예정돼 있었다"며 "A 씨는 2018년부터 폐업일인 2019년까지 B 사의 대표자로 등록돼 있었던 점, B 사의 실질 운영자라는 C 씨에게 명의를 대여한 사실을 인정하고 있으므로 A 씨에게는 그러한 명의사용으로 인한 결과, 즉 그로 인한 조세법적 책임 관계에 대해서도 감수하겠다는 의사가 있었다고 보이는 점 등을 종합해 보면, 'A 씨가 B 사의 대표자가 아니라는 사정'은 그 사실관계를 정확히 조사해야 비로소 밝혀질 수 있는 것으로서 외관상 객관적으로 명백하지 않으므로 각 처분의 당연무효 사유에 해당한다고 할 수 없다"고 판시했다.

2016년 유행했던 '지카바이러스' 신속 진단키트를 개발해 브라질 업체와 수출 계약을 체결했던 국내 기업이 수출 대금을 부풀려 받고 766억 원 상당의 수출 가격을 조작했다는 등의 혐의로 기소됐지만, 무죄가 선고됐다. 이들의 공급 계약상 특수한 계약 조건은 거래 당사자 간 자유롭고 정상적인 교섭의 결과라는 취지다. 인천지법 형사15부(당시 재판장 이규훈 부장판사)는 지난 2월 16일 관세법 위반(가격 조작), 특정경제범죄가중처벌등에관한법률 위반(사기) 등 혐의로 기소된 A 사와 창업자이자 전 대표이사인 B 씨(변호인 김앤장법률사무소 조성권, 김상동, 류창범, 이종은 변호사)에 대해 무죄를 선고했다(2021고합924). 지카바이러스(Zika virus: ZIKV)는 1947년 우간다의 지카 숲에서 최초로 발견되어 붙여진 이름으로, 최근 태아의 소두증을 유발하는 것으로 밝혀졌다. 2015년경 브라질에서는 지카, 뎅기, 치쿤구니아 바이러스가 유행했다. 그 중 지카바이러스는 치료제가 없었고 신생아 소두증의 원인으로 전세계에 전파될 우려가 커 세계보건기구(WHO)에서는 국제 보건 비상사태를 선포하기도 했다. A 사는 2016년 1월 세계 최초로 지카바이러스 신속진단키트를 개발했다. 이 진단키트는 소량의 혈액을 이용해 약 10~15분 이내에 지카 바이러스 감염 여부를 확인할 수 있도록 설계됐다. A 사는 같은 해 10월 경 지카바이러스 신속진단키트 등 수천만 개를 브라질 주립 제약회사인 C 사에 독점 판매하는 내용으로 대규모 진단키트 공급계약을 체결했다. C 사는 브라질 보건복지부를 통해 브라질 국민에게 공급할 키트를 A 사로부터 납품받았다. A 사가 제조할 진단키트의 교차반응을 제거하면 효능을 더욱 상승시킬 수 있었는데, 공급계약서에는 이 과정에서 필요한 특수한 바이러스 단백질 재조합 원료물질(특수블로커)을 C 사가 지정하는 업체로부터 구입해 투입해야 한다는 취지의 내용이 담겨 있었다. C 사와의 대규모 진단키트 공급 계약 체결 후 A 사의 주가는 급등했고, 국내 투자전문회사들로부터 투자를 유치하기도 했다. 그런데 검찰은 A 사가 C 사로 하여금 브라질 선거자금 등 비자금을 조성하게 할 목적으로, 수출가격을 진단키트의 거래가격을 부풀려 수출했고, 수출가격을 조작해 신고했다고 봤다. 또 부풀려진 매출실적을 홍보해 투자자를 유치하고 코스닥 상장 등에 유리한 상황을 만들었다고 봤다. 검찰은 A 사가 제조한 진단키트에 투입된 특수 블로커는 아무런 효능이 없는데도 불구하고, 이를 지속적으로 수입해 물품대금을 송금했다고 주장했다. 이에 A 사와 전 대표이사인 B 씨를 관세법 위반(가격조작, 부정수입, 허위신고), 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기) 등 혐의로 기소했다. 재판부는 "A 사와 C 사간 공급 계약상 원재료 조달에 관한 특수한 계약 조건은 거래 당사자 사이의 자유롭고 정상적인 교섭의 결과로, 이와 같이 거래 당사자의 고유한 거래상 필요를 반영해 체결된 계약의 내용은 존중돼야 한다"고 판시했다. 이어 "2016년 무렵 지카 바이러스 등이 동시 유행하던 브라질의 상황, 범용 블로커와 특수 블로커의 차이점 등을 종합해보면 (양 사의 공급계약에 등장하는) 이 사건 블로커는 특수 블로커로서의 효능 내지 가치가 있어 A 사의 진단키트 제조에 사용됐던 것으로 보인다"며 "단순히 기존 물질에 비해 가격이 고가라는 이유만으로 그 수입가격의 책정이 부당하거나 조작됐다고 단정하기는 어렵다"고 밝혔다. 변호인으로 참여한 조성권(56·사법연수원 23기) 변호사는 "최근 검찰에서는 국내기업의 해외수출과 관련해 수출입 가격조작 등 관세법 위반 외에도 조세법 위반, 국외재산도피, 사기 등 다수 범죄를 통합적으로 기소하는 경향이 있다"며 "이번 사건에서는 관세팀과 조세팀을 비롯해 형사송무팀, 헬스케어팀이 합심해 A 사의 신속진단키트 구조 등을 재판부에 설명하고 과학적 검증, 전문가 증언 등을 통해 입증하고자 했다"고 말했다. 아울러 "최근 중소·중견기업에 대해서도 대기업만큼 큰 규모의 형사 사건이 발생하고 있고, 이 사건처럼 신산업의 국제 거래관계에 있어 발생하는 법률 이슈에 대해 통합 기소되는 경우가 많아 잘 대응할 필요가 있다"고 했다.

해고 처분에 반발해 회사를 상대로 소송을 낸 근로자가 법원의 화해 권고 결정을 받아들여 회사로부터 받은 화해금에는 세금을 물릴 수 없다는 판결이 확정됐다. 대법원 민사3부(주심 노정희 대법관)는 한국퀄컴이 A씨를 상대로 "화해금 5억원 중 3억9000만원은 이미 지급했고, 나머지 1억1000만원은 원천징수대상으로 공제했으므로, 이에 대한 강제집행은 불허돼야 한다"며 낸 청구이의소송(2018다237237)에서 사실상 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 1,2심은 "해고무효확인소송 중 화해가 이뤄졌다면 화해금은 근로자가 해고무효확인 청구를 포기하는 대신 받기로 한 '분쟁해결금'으로 봐야 한다"면서 "조세법의 엄격한 해석상 이를 소득세법상 위약금과 배상금으로 보기 어렵고, 과세대상이 되는 근로소득, 퇴직소득, 기타소득 중 어느 것에도 해당되지 않는다"고 밝혔다. 이어 "위약금이나 배상금, 부당이득 반환 시 지급받는 이자 등 분쟁과 관련해 지급된 화해금이나 재산권과 관련된 분쟁에서 지급된 화해금은 소득세법상 과세대상이 되는 기타소득인 '사례금'으로 볼 수도 있지만, 현대 자본주의 사회에서 근로계약 관계가 가지는 중요성과 특수성, 해고무효확인소송이 가지는 사안의 중대성 등을 고려할 때 근로자가 해고무효확인소송의 청구를 포기하는 대가로 받은 화해금은 (비과세대상인) '분쟁해결금'으로 봐야 한다"면서 화해금은 비과세 대상으로, 퀄컴은 1억1000만원과 지연손해금을 지급할 의무가 있다며 원고일부승소 판결했다. 대법원도 이 같은 원심을 확정했다. 재판부도 "어느 개인에게 소득이 발생했더라도 해당 소득이 소득세법에 열거된 소득에 해당하지 않으면 소득세 납세의무가 성립하지 않고, 어느 소득이 과세대상인지는 과세를 주장하는 자가 해당 소득이 소득세법에 열거된 특성 과세대상 소득에 해당하는지 증명해야 한다"며 "따라서 기타소득의 하나로 규정된 사례금에 대항하는지는 금품 수수의 동기·목적, 상대방과의 관계, 금액 등을 종합적으로 고려해 판단해야 하므로 화해금을 과세대상인 사례금에 해당하지 않는다고 판단한 원심은 정당하다"고 판시했다. A씨는 퀄컴에서 대관업무 담당 이사로 재직하다 2015년 12월 해고되자 이듬해 3월 회사를 상대로 해고무효확인소송을 냈다. 법원은 같은 해 10월 화해권고결정을 내리며 퀄컴에 "화해금으로 A씨에게 5억원을 지급하라"고 했다. 양측이 이를 받아들이면서 소송은 종료됐다. 그런데 퀄컴이 A씨에게 화해금을 지급하는 과정에서 문제가 불거졌다. 퀄컴이 "화해금은 소득세법상 '필요경비 없는 기타소득'에 해당한다"며 5억원 중 소득세 1억원과 지방소득세 1000만원을 원천징수한 다음 3억9000만원만 A씨에게 지급한 것이다. 이에 A씨는 "화해금은 비과세소득이므로, 원천징수는 부당하다"며 법원에 화해권고결정을 집행권원으로 삼아 퀄컴의 예금채권 중 1억1140여만원에 대한 채권압류 및 추심명령 신청했다. 법원도 이를 받아들였다. 그러자 퀄컴은 "화해금은 소득세법상 과세대상인 '사례금'에 해당한다"며 "이에 따라 당연히 공제돼야 할 1억1000만원을 제외한 나머지 돈을 모두 지급했으므로 우리는 잘못이 없다"며 소송을 냈다.

법률상 근거 규정 없이 국가가 과세관청 내부 행정규칙만을 근거로 기납부세액을 공제할 수는 없다는 판결이 나왔다. 서울중앙지법 민사21부(재판장 강민성 부장판사)는 A씨와 B씨가 국가를 상대로 낸 부당이득금소송(2020가합599858)에서 최근 "국가는 A씨에게 3억4700여만원을, B씨에게 8100여만원을 지급하라"며 원고승소 판결했다. A씨는 2014년부터 무역도매업체를 운영하며 2016~2017년 귀속 종합소득세와 부가가치세로 총 3억4700여만원을 신고·납부했다. 다른 도매업체를 운영하는 B씨도 2017~2018년 총 8100여만원의 부가가치세를 신고·납부했다. 중부지방국세청은 2018년 A씨와 B씨가 운영하는 사업체를 포함한 4개 업체에 대해 통합 세무조사를 실시했는데, 그 중 C업체가 A씨와 B씨가 운영하는 업체의 사업자등록 명의를 이용해 사업하는 명의 위장 사업자로 판명났다. 이에 중부지방국세청은 같은 해 6월 A씨 등이 신고·납부한 종합소득세와 부가가치세에 관해 과세표준과 산출세액을 '0원'으로 경정하고, 이들의 납부세액을 C업체의 법인세 및 부가가치세 기납부세액으로 공제했다. 이에 A씨 등은 소송을 냈다. 조세법규에 별도 근거 없어 조세법률주의 위반 국가는 "C업체가 명의 위장 사업자로 확인돼 '국세기본법 기본통칙'에 근거해 A씨 등의 납부세액을 C업체의 기납부세액으로 공제한 것"이라며 "A씨 등에게 환급할 세액은 없다"고 반박했다. 재판부는 "중부지방국세청이 A씨 등의 납부세액에 관해 당해 과세표준과 산출세액을 0원으로 경정했으므로 국가는 이들의 납부세액을 부당이득으로 환급해야 한다"며 "국가가 A씨 등의 납부세액을 C업체의 기납부세액으로 공제하는 것은 조세법률주의상 '국세기본법 기본통칙'이라는 과세관청 내부 행정규칙에 근거가 있다는 것만으로 허용될 수 없고, 조세법규에 별도 근거가 있어야만 허용된다"고 밝혔다. 납부세액 0원으로 경정 부당이득으로 환급해야 이어 "(2019년 12월 31일 개정된) 국세기본법 제51조 11항에 '과세의 대상이 되는 소득, 수익 등의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있어 명의대여자에 대한 과세를 취소하고 실질귀속자를 납세의무자로 과세하는 경우 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 이를 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있을 경우 실질귀속자에게 환급한다'는 규정이 신설되기 전까지는 조세법상 국가의 공제처리의 근거 규정은 존재하지 않았다"고 설명했다. 그러면서 "개정법 부칙 9조는 이 신설 규정이 법 시행 이후 국세를 환급하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다"며 "개정법이 2020년 1월 1일 시행되기 전에 이미 A씨 등의 환급청구권이 발생한 이들의 납부세액에 관해서는 국가가 이를 C업체의 기납부세액으로 공제하는 것이 허용될 수 없다"고 판시했다.

고(故) 유병언 세모그룹 회장의 장남 유대균씨가 재판과정에서 반환한 횡령금에 세무당국이 11억원의 세금을 부과한 것은 부당하다는 고등법원 판결이 나왔다. 재판부는 세금을 범죄제재 수단으로 사용해서는 안 된다고 지적했다. 서울고법 행정9부(재판장 김시철 부장판사)는 28일 유씨가 서울서초세무서장을 상대로 낸 종합소득세 부과처분 취소소송(2020누38258)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 유씨는 실제 가치가 없는 상표권 사용료 명목으로 세모그룹 계열사 천해지로부터 13억여원을, 청해진해운으로부터 35억여원을, 다판다로부터 20억여원을 횡령한 혐의로 기소돼 2015년 9월 징역 2년 판결을 확정 받고 복역했다. 이후 서초세무서는 세무조사 결과 세모그룹 계열사들이 유씨에게 지급한 상표권 사용료를 포함해 유씨의 소득을 다시 산정했다면서 2017년 9월 총 11억3000여만원의 종합소득세를 부과했다. 유씨는 2015년 형사재판을 받는 동안 천해지에 13억여원, 청해진해운에 35억여원을 반환했는데, 과세당국이 이를 고려하지 않고 세금을 부과해 부당하다며 소송을 냈다. 재판부는 "천해지 및 청해진해운에 대한 이 사건 반환금은 후발적 경정청구 사유에 해당한다"며 "헌법상 실질적 조세법률주의의 정신에 비춰볼 때, 후발적 사유의 발생으로 과세의 기초가 해소됐다면 결과적으로 조세채무가 실체적으로 존재하지 않게 된다"고 밝혔다. 이어 "대법원은 뇌물 등으로 인한 위법소득에 대해 몰수·추징이 이뤄진 경우 특별한 사정이 없는 한 납세자가 후발적 경정청구를 하여 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있다고 판시했다"며 "'위법소득에 내재된 경제적 이익의 상실가능성이 현실화됨으로써 일단 성립했던 납세의무가 그 전제를 상실하게 된다는 측면'에 관해 '뇌물 등으로 인한 위법소득에 대해 몰수·추징이 이루어지는 경우'와 '횡령 등으로 인한 위법소득 상당의 이익이 정당한 권리자에게 반환되는 경우' 양자 사이에 본질적인 차이가 없다"고 설명했다. 재판부는 또 "범죄행위에 대한 제재의 목적은 원칙적으로 형벌로써 달성하는 것이 타당하고, 세금을 부과하는 방법으로 이같은 목적을 달성하고자 하는 것은 바람직하지 않다"며 "세금의 부과를 벌금의 선고와 동일시할 수 없다"고 강조했다. 그러면서 "원칙적으로 형사처벌과 관계가 없는 조세법을 해석하면서 해당 범죄에 대한 실질적인 제재 효과 감소 등을 이유로 원고가 반환한 이득에 대해서까지 후발적 경정청구를 허용할 수 없다고 해석하는 것은 헌법상 과잉금지원칙, 실질적 조세법률주의에 위배될 위험성이 있다"며 "이 사건 반환금으로 후발적 경정청구 사유가 발생했음에도 세무서는 이를 고려하지 않은 채 이 사건 처분을 해 해당 부분은 위법하다. 또한 정당세액을 산출할 자료가 부족하므로 이 사건 처분을 모두 취소한다"고 판시했다.

해고 처분에 반발해 회사를 상대로 소송을 낸 근로자가 법원의 화해권고결정을 받아들여 회사로부터 받은 화해금에는 세금을 물릴 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사29부(재판장 강민구 부장판사)는 한국퀄컴㈜이 해고 근로자 류모씨(소송대리인 법무법인 공존)를 상대로 "화해금 5억원 중 3억9000만원은 이미 지급했고, 나머지 1억1000만원은 원천징수대상으로 공제했으므로 이에 대한 강제집행은 불허돼야 한다"며 낸 청구이의소송(2017나2073137)에서 1심과 같이 사실상 원고패소판결했다. 재판부는 "해고무효확인소송 중 화해가 이뤄졌다면 화해금은 근로자가 해고무효확인 청구를 포기하는 대신 받기로 한 '분쟁해결금'으로 봐야 한다"며 "조세법의 엄격한 해석상 이를 소득세법상 위약금과 배상금으로 보기 어렵고, 과세대상이 되는 근로소득, 퇴직소득, 기타소득 중 어느 것에도 해당되지 않는다"고 밝혔다. 이어 "위약금이나 배상금, 부당이득 반환시 지급받는 이자 등 분쟁과 관련해 지급된 화해금이나 재산권과 관련된 분쟁에서 지급된 화해금은 소득세법상 과세대상이 되는 기타소득인 '사례금'으로 볼 수도 있지만, 현대 자본주의사회에서 근로계약 관계가 가지는 중요성과 특수성, 해고무효확인소송이 가지는 사안의 중대성 등을 고려할 때 근로자가 해고무효확인소송의 청구를 포기하는 대가로 받은 화해금은 (비과세대상인) '분쟁해결금'으로 봐야 한다"고 설명했다. 그러면서 "퀄컴은 류씨에 화해금 5억원 중 이미 지급한 3억9000만원을 제외한 1억1000만원과 지연손해금을 지급할 의무가 있다"고 판시했다. 류씨는 퀄컴에서 대관업무 담당 이사로 재직하다 2015년 12월 해고되자 2016년 3월 회사를 상대로 해고무효확인소송을 냈다. 법원은 같은 해 10월 화해권고결정을 내리며 퀄컴에 "화해금으로 류씨에게 5억원을 지급하라"고 했다. 양측이 이를 받아들이면서 소송은 종료됐다. 그런데 퀄컴이 류씨에게 화해금을 지급하면서 문제가 다시 불거졌다. 퀄컴이 "화해금은 소득세법상 '필요경비 없는 기타소득'에 해당한다"며 5억원 중 소득세 1억과 지방소득세 1000만원을 원천징수한 다음 3억9000만원만 류씨에게 지급한 것이다. 이에 류씨는 "화해금은 비과세소득이므로, 원천징수는 부당하다"며 법원에 화해권고결정을 집행권원으로 삼아 퀄컴의 예금채권 중 1억1140여만원에 대한 채권압류 및 추심명령 신청했다. 법원도 이를 받아들였다. 그러자 퀄컴은 "화해금은 소득세법상 과세대상인 '사례금'에 해당한다"며 "이에 따라 당연히 공제돼야 할 1억1000만원을 제외한 나머지 돈을 모두 지급했으므로 우리는 잘못이 없다"며 소송을 냈다. 한편, 2심부터 원고보조참가인으로 참여한 국가(대한민국)도 "화해금이 사인간 분쟁해결금이라는 이유로 (과세대상인) 사례금에 해당하지 않는다고 한 것은 소득이 있는 곳에 세금이 있다는 '응능과세'의 원칙에 반해 조세정의에 위반된다"며 퀄컴 측과 같은 주장을 펼쳤지만, 재판부는 받아들이지 않았다.

서울중앙지법 형사28부(재판장 김종호 부장판사)는 10일 전두환 전 대통령의 차남 재용씨와 경기도 오산 일대 땅을 거래하며 양도소득세를 탈루한 혐의(조세법 위반)로 기소된 처남 이창석(62)씨가 낸 보석 신청을 기각했다(2013고합938). 재판부는 "사형, 무기 또는 장기 10년 이상의 징역에 해당하는 죄를 범한 때에 해당하고 증거를 인멸할 염려가 있다"며 "임의적 보석을 허용할 상당한 이유도 없다"고 밝혔다. 이씨는 2006년 12월 경기도 오산시 양산동 필지 등을 재용씨에게 585억원에 팔면서 445억원에 넘긴 것처럼 허위계약서를 작성해 양도소득세 60억여원을 빼돌린 혐의로 지난달 6일 구속기소됐다. 이씨는 전 전 대통령 일가의 재산을 관리한 것으로 알려졌다. 이씨의 변호인은 지난달 26일 보석신청을 했다. 이씨는 지난 2일 열린 첫 공판준비기일에서 혐의를 모두 부인했다. 오는 29일 오전 11시에 다음 재판이 열린다.

부가가치세 환급세액의 지급을 구하는 소송은 민사소송이 아닌 행정소송으로 제기해야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 과다책정된 부가가치세와 실제 납입해야 할 세액의 차액을 돌려달라는 청구권의 성질은 민법상 부당이득 반환청구권이 아니라 공법상 권리이므로 행정소송법상 법률관계를 확정하는 '당사자 소송'에 의해야 한다는 취지다. 대법원 전원합의체(주심 신영철 대법관)는 21일 세금을 환급받을 수 있는 채권을 양수한 (주)아시아신탁이 "부가가치세 환급금 13억 9100여만원을 지급하라"며 국가를 상대로 낸 양수금 청구소송 상고심(☞ 2011다95564)에서 사건을 의정부지법 행정부로 이송한 원심을 확정했다. 이번 판결로 개별 세법에서 정한 환급세액의 반환도 일률적으로 부당이득반환이라고 본 기존의 대법원 판결(87누479)은 변경됐다. 재판부는 판결문에서 "납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지 여부와 관계 없이 부가가치세법령의 규정에 의해 직접 발생하는 것으로, 그 법적 성질은 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의해 그 존재여부와 범위가 구체적으로 확정되고 조세정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다"고 덧붙였다. 그러나 박보영 대법관은 "소송실무의 관점에서 민사소송과 당사자소송의 구별실익이 그다지 크지 않다"며 "수십년 동안 축적된 대법원 판례를 통해 일반 국민에게 부가가치세 환급세액의 지급청구는 민사소송의 대상이라는 인식이라는 확고하고 실무관행도 확립된 상황이므로 구태여 부가가치세 환급세액지급청구에 관해서만 판례를 변경하면서까지 이를 당사자소송의 대상으로 보는 것은 소송실무만 혼란만 일으킬 우려가 있다는 측면에서 바람직하지 않다"는 반대의견을 냈다. 아시아신탁은 2009년 3월 A건설회사로부터 13억 9100여만원의 부가가치세 환급금채권을 양수받았다. 아시아신탁은 A사를 대리해 파주세무서에 채권양도 통지한 뒤 양수금 지급을 청구했으나 세무서가 지급을 거부하자 소송을 냈다. 1심을 맡은 의정부지법 민사부는 원고일부승소 판결했으나, 2심인 서울고법은 "부가가치세법상의 환급세액은 조세법적인 원리가 그대로 적용되므로 환급세액 반환청구소송은 전문법원인 행정법원에서 공법상 당사자 소송을 통해 심리·판단해야 한다"며 1심판결을 취소하고 의정부지법 행정부로 사건을 이송하는 판결을 내렸다. 소순무 법무법인 율촌 변호사는 "이번 판결로 부가가치세 환급세액을 지급하라는 소송의 당사자들은 행정법원이 설치된 지방법원 본원을 찾아가야 하는 불편을 감수해야 하지만, 전문적인 행정법원에서 재판을 받게 됐다"고 말했다.

서울고법 행정8부와 행정5부는 모두 '위법 상태', '사회적 해악'이라는 표현을 통해 리베이트의 위법성을 인정하면서도 손금산입 인정여부에 대해서는 다른 판단을 내놨다. 위법성이 있는 비용의 손금 산입에 대해 대법원은 지난 2009년 6월 "위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대해서도 손금 산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다"고 판시했다(2008두7779). 행정8부는 "리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로 사회질서에 심히 반한다"며 "리베이트 경비 지출이 법인 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수는 없다"고 판단했다. 리베이트 자금 조성과정의 불법성을 이유로 리베이트 관행을 '사회질서에 심히 반하는 특별한 사정'으로 해석한 것이다. 행정8부는 또 "조세법이 리베이트 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법한 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 반면 행정5부는 "사회적 해악이 작지 않다"며 위법성을 인정했지만 "사회질서에 심히 반하는 것은 아니다"라는 입장이다. 재판부는 "리베이트는 실질에 있어서 다량 거래를 계속한 거래처에게 사전 약정에 따라 판매대금 중 일부를 환급해 준 것으로, 기업회계상 매출금에서 감액하도록 돼 있고 세무회계에서도 동일하게 취급되고 있다"고 지적했다. 이런 맥락에서 행정5부는 리베이트의 손금산입이 허용돼야 한다고 본 것이다. 행정5부는 또 "리베이트 관행은 기본적으로 의약품 유통구조, 의료보험 체계 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 설명했다. 이에 대해 서울고법의 한 판사는 "조세법률주의 원칙에 따라 세법 규정을 엄격하게 해석한 것으로 보인다"고 평가했다. 두 재판부는 리베이트 수수행위의 형사처벌 가능성에 대해서도 다르게 판단했다. 행정8부는 "만약 국공립대 병원 의사에게 리베이트를 제공했다면 의사와 제공자는 뇌물수수와 뇌물공여죄로, 사립대 병원이라면 배임수재와 배임증재죄로 형사처벌을 받을 위험성이 크다"고 지적했다. 하지만 행정5부는 "사례금을 지급받은 상대방 중 뇌물죄 적용이 가능한 사람은 없었고, 이들이 병원이나 약국 등 몰래 개인적인 용도로 사용하기 위해 돈을 지급받은 것도 아니라면 배임죄가 성립될 여지도 없다"고 판단했다.

의약품 거래와 관련한 사례금(리베이트)을 법인세 산정시 손비금액에 포함할지를 두고 판결이 엇갈리고 있다. 손비(損費)금액이란 법인 순자산을 감소시키는 거래로 인해 발생하는 금액으로, 판매한 상품의 매입가액이나 자산의 평가차손 등을 말한다. 서울고법 행정5부(재판장 김문석 부장판사)는 지난달 22일 의약품 도매업체 T사가 "약국과 도매상 등에 지급한 리베이트는 판매 부대비용이므로 손금에 산입해야 한다"며 성동세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누17938)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "법인세 2억5200여만원 및 대표자에 대한 소득금액변동통지 14억6900여만원의 부과처분을 취소하라"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법인세법에는 위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대한 손금산입을 부인하는 특별규정을 마련해 두고 있지 않다"며 "법령이나 사회질서를 어기는 행위를 제재하기 위해 세법을 확대 적용하면 국민의 재산권 보장과 조세법률주의의 원칙에 반하는 결과를 초래할 위험이 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "의약품 거래와 관련한 사례금 수수관행은 회계처리하지 않는 비자금 조성과 연결돼 탈세 등 폐해를 낳게 되고, 건강보험 재정 부실화를 초래하는 등 사회적 해악이 작지 않은 것은 맞지만, 이러한 관행은 의약품 유통구조 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 지적했다. 재판부는 또 개정 약사법 시행규칙이 시행된 2008년 12월 14일 이전에 의약품 도매상이 의약품 판매촉진 목적으로 의료기관 등 개설자에게 지급한 사례금은 약사법령에 정한 준수사항을 위반한 것이 아니라고 설명했다. 개정 전에는 '현상품·사은품 등 경품류'만 금지하고 있었으나, 개정 후에는 '금전, 물품, 향응 그밖의 경제적 이익'으로 금지 대상이 확대됐다. 재판부는 "제약회사와 도매상, 도매상 상호 간 사례금 수수는 현재까지도 약사법에서 금지된 사항이 아니다"라며 "T사가 사례금을 지급한 S사가 병원이 우회 설립한 도매상이라고 하더라도 S사에 지급한 사례금을 의료기관에 지급한 것과 동일하게 평가할 수는 없다"고 지적했다. 서울지방국세청은 T사에 대한 2004~2008년 사업연도 법인세 통합조사를 하면서 제약회사에 대한 외상매입금 채무를 현금 변제했다고 회계처리한 18억6900여만원을 손금산입에서 제외했다. 이에 T사는 "이 금액은 약국, 제약사, 도매상 등에 사례금으로 지급됐으니 손금으로 처리해야 한다"며 법인세 5억3400여만원과 대표자에 대한 소득금액변동통지 19억9700여만원을 취소해달라며 2010년 3월 소송을 냈으나, 1심에서는 패소했다. 한편 지난달 3일 서울고법 행정8부(재판장 김인욱 부장판사)는 W제약이 수원세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2010누43466)에서 "리베이트 제공은 위법한 비용의 지출로서 손금산입 인정은 사회질서에 심히 반한다"며 원고패소 판결을 내렸다. 당시 재판부는 "리베이트 자금은 분식회계 등을 통해 조성된 비자금으로 집행될 수밖에 없고, 비자금은 횡령·분식회계·조세포탈·불공정거래행위 등을 전제로 하고 있으며, 조세법이 그러한 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 두 판결 모두 리베이트의 위법성을 인정했지만 손금산입을 인정할지에 대해서는 입장이 상반됐다. 행정8부는 리베이트를 '위법 상태'로 평가해 손금산입을 할 수 없다는 입장이지만, 행정5부는 '사회적 해악'을 인정하면서도 세법의 확대 적용은 안 된다고 판시했다. 2심에서 이처럼 엇갈린 판결이 나옴에 따라 대법원이 리베이트의 위법성과 손금산입 여부에 대해 어떤 판단을 내놓을지 관심이 집중되고 있다. 공정거래위원회 등에 따르면 지난해 제약사의 병·의원 리베이트 금액은 적발된 것만 약 969억원이며, 실제 연간 리베이트 규모는 3조원 가량으로 추정된다.