종전의 교통영향평가협의는 경북근로복지공단 북측 이면도로 구간의 추가 확폭을 조건으로 제시하였으나, 원고(신세계)가 위 조건을 이행하는 것이 현저히 어려워지자, 경상북도 교통영향분석·개선대책 심의위원회는 경북근로복지공단 북측 도로의 확장을 삭제하는 대신 남측 도로의 보행환경을 개선하는 것으로 교통영향분석·개선대책변경을 심의·의결하였고, 이러한 교통영향평가내용이 객관적으로 명백히 부당하다고 볼 만한 자료가 없음에도 피고(구미시장)가 교통영향분석·개선대책변경의 취지에 반하여 원고에게 명백한 근거없이 삭제된 협의조건을 요구하고 교통영향분석·개선대책 심의·의결과정에서 지적되지 않은 새로운 개선대책을 이유로 이 사건 신청을 반려한 것은 위법하다.
택시베이 연장설치와 임수교네거리 사업부지와 접한 부분의 구조개선 역시 교통영향분석·개선대책에 포함되어 있지 않은 내용으로서 이를 이유로 피고가 이 사건 신청을 반려한 것은 위법하다. 또 산업집적활성화및공장설립에관한법률(이하 ‘산집법’) 제2조 제19호는 “지원기관이란 산업단지에 입주하여 입주기업체의 사업을 지원하기 위해 필요한 금융, 보험, 의료, 교육, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 하려는 자 중 대통령령으로 정하는 자격을 가진 자로서 입주계약을 체결한 기관을 말한다”고 규정하면서 같은 법 시행령 제6조6항에서 그 밖에 대통령령이 정하는 사업의 하나로 판매업을 규정하고 있을 뿐, 달리 판매업의 규모에 대해 제한을 두고 있지는 않고 이 사건 건물이 지원기관이 아니라거나 업종이 입주제외업종이라고 볼 아무런 근거가 없으므로 피고가 이 사건 건물의 규모가 크다는 이유로 지원시설에 해당하지 아니한다고 판단하여 이 사건 처분의 사유로 삼은 것은 위법하다.
또한 피고는 이 사건 당초 처분사유에 추가하여 소상공인의 보호 등 공익상 필요를 이 사건 처분사유로 주장하고 있다.
이 사건 처분의 사유는 교통관련 문제, 비관리청 공사시행 허가신청 미비, 산집법상의 지원기관 미해당인데 피고가 이 사건 소송에서 추가한 처분사유는 기존 소상공인들이 지역내 경제활동에서 상권을 상실하고 생계에 많은 어려움을 겪게 될 수 있으므로 이 사건 신청을 반려할 중대할 공익상의 필요가 있다는 것으로 당초 처분사유와는 기본적 사실관계에 동일성이 없다 할 것이고 추가 또는 변경된 사유가 당초의 처분시 그 사유를 명기하지 않았을 뿐 처분시에 이미 존재하고 있었고 당사자도 그 사실을 알고 있었다 하더라도 당초의 처분사유와 동일성이 있는 것이라고 할 수 없으므로 피고의 처분사유추가는 허용할 수 없다.