한국철도공사는 철도산업발전기본법에 따라 국토해양부장관과 사이에 계약을 체결하였다. 위 계약에 따라 한국철도공사는 2008. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 ①운임감면(노인, 장애인, 국가유공자에 대한 운임감면), ②벽지노선 운영(철도이용수요가 적어 수지 균형을 맞추기 어렵지만 공익을 위하여 적자를 감수하고 운영), ③특별동차 운영(국가의 특수목적을 위하여 운영) 서비스를 제공하고(이를 “공익서비스”라 한다), 국토해양부장관은 위 공익서비스 운영과 관련된 비용 중 2,661억 원(억 단위 이하는 버린다)을 보상금으로 지급하였다. 한국철도공사는 2008년 제2기 부가가치세를 신고하면서(부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다), 공통매입세액(사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 말한다)으로 7,165억 원을 계산한 다음, 위 공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액(이를 “매입세액 불공제액”이라 한다)의 계산방식과 관련하여, ‘공통매입세액’에서 ‘면세대상 및 과세대상 사업 공급가액’을 분모로, ‘면세대상 사업 공급가액’을 분자로 한 수를 곱한 금액으로 산정하여 이를 매출세액에서 공제하였다. 그런데, 대전지방국세청장은 한국철도공사를 세무조사하고, “한국도로공사에서 철도이용객에게 제공하는 공익서비스에 대한 비용은 국가가 지급하는 것으로 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다. 위 공익서비스와 관련된 사업의 매입세액은 공제될 수 없다. 그럼에도 불구하고, 한국철도공사는 공통매입세액을 안분계산하면서 공익사업과 관련된 보상금을 반영하지 않아 매입세액이 과다하게 공제되었다.”라는 이유로 한국철도공사에 2008년 제2기 부가가치세와 가산세를 합한 57억 원을 경정, 고지하는 처분을 하였다. 이에, 한국철도공사는 위 경정, 고지하는 처분을 다투면서, 첫째, 위 공익서비스 보상금은 재화 또는 용역의 대가로서 거래상대방으로부터 받은 것이 아니기 때문에 부가가치세법에서 정한 공급가액에 해당되지 않고, 위 공익서비스 보상액은 과세표준에서 제외되는 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당한다. 둘째, 위 공익서비스는 과세사업 및 면세사업을 수행하면서 발생한 영업손실 중 일부를 용역제공의 상대방이 아닌 국토해양부장관으로부터 받는 것일 뿐이므로 비과세사업에 해당하지 않는다고 주장하였다. 한국철도공사에서 계산한 방식에 의하면 대전지방국세청에서 계산한 방식에 비하여 공통매입세액 중 매입세액 불공제액이 더 적게 산정되어(매입세액으로 공제되는 금액이 더 많게 된다) 결국 부가가치세 금액이 더 적어진다. 한국철도공사와 대전지방국세청의 견해 차이는 위 공익서비스 보상금의 부가가치세법상의 법적 성질을 어떻게 볼 것인지 여부에 대한 견해대립이다. 이에 대하여, 1심과 2심 재판부는 위 공익서비스는 비과세사업에 해당하고, 위 공익서비스 보상금은 국고보조금 등이 보조금 수혜자를 통하지 않고 사업자에게 재화 또는 용역의 공급의 대가로 지급된 것이므로, 이를 비과세사업의 수입금액으로 보아 공통매입세액을 안분하여 계산한 위 경정, 고지 처분은 적법하다고 판단하였다. 그러나 대법원은 달리 판단하였다. 위 공익서비스 이용자는 감면된 요금을 지급하거나, 실제 비용보다 낮은 대가를 지급하고 이용하고 있으므로 위 공익서비스를 직접 제공받는 자는 국가가 아니라 철도 이용자이다. 국가는 단지 국토해양부장관과 한국철도공사 사이에 체결된 계약에 따라 위 공익서비스에 대한 보상금을 지급할 뿐이다. 위 공익서비스 보상금의 성질을 이렇게 본다면, 위 공익서비스 보상금은 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아니라 한국철도공사의 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설, 운영자금에 해당한다는 것이다. 위와 같이, 위 공익서비스의 보상금을 국고보조금으로 본다면, 종전 대법원 판결(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등, 「사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다.」)에 따라 위 공익서비스 보상금은 부가가치세를 산정할 때 고려될 수 없다고 판단하였다. 임웅찬 변호사 (법무법인 도원)

- 대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결 - 1. 사실관계 A공사는 면세사업인 도매시장관리사업과 과세사업인 부동산임대업 등을 겸영하면서 B시장의 시설현대화 사업을 3단계로 나누어 순차적으로 시행하는 계획을 입안하였다. A공사는 2011년에 1단계 사업에 착수하여 2015년경 건물 신축을 완료하였는데, 1단계 사업이 진행되는 중에는 1단계 사업부지에서 영업하던 상인들이 B시장의 2, 3단계 사업부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 함으로써 도매시장관리사업 및 부동산임대업 등을 계속 영위하였다. A공사는 2010년 제2기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세를 신고하면서 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 1단계 사업과 관련한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’)에 대하여 B시장의 사업장에서 발생한 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율(약 43~47%)로 안분하여 불공제대상인 면세사업 관련 매입세액을 계산하였다. 2. 거부처분의 경위 A공사는 이 사건 매입세액에 대하여 1단계 사업만을 기준으로 총예정사용면적 중 면세사업과 관련된 예정사용면적의 비율(약 7%)로 안분하여 불공제대상인 면세사업 관련 매입세액을 계산해야 한다는 이유로 감액경정을 청구하였다. 이에 대하여 과세관청은, 이 사건 매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산하여야 하고 A공사 주장처럼 예정사용사용면적의 비율을 적용하더라도 1~3단계 사업 전체를 기준으로 정해야 한다는 이유로 A공사의 감액경정청구를 거부하였다. 3. 소송의 경과 1심과 원심 모두 “A공사의 2010년 제2기부터 2013년 제1기까지의 매출은 종전 건물에서 발생된 것으로서 이 사건 매입세액과 관련이 없고, 이 사건 매입세액은 모두 1단계 사업에 따른 건물 신축과 관련하여 지출된 것으로서 해당 과세기준 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 이 사건 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어서 1단계 사업에 따른 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율만을 기준으로 산정함이 타당하다”고 판단하였다. 4. 대상판결의 요지 대상판결은 “① A공사가 추진한 B시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도?소매 시설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행된 점, ② A공사는 그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택하여, 위 현대화 사업이 진행되는 단계에 맞추어 단일사업장인 B시장 사업장의 부지를 3분하여, 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들이 B시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 한 점, ③ 이 사건 사업은 B시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업여건을 개선하기 위해 추진된 것인 점 등에 비추어 이 사건 과세기간 동안의 1단계 사업은 A공사가 같은 기간에 B시장 사업장 내에서 운영한 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 보기 어려우므로, 이 사건 매입세액은 B시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다”는 이유로 원심판결을 파기환송하였다. 5. 평석 가. 공통매입세액의 계산에 관한 법리 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 과세사업에 관련된 매입세액만 공제되고 면세사업에 관련된 매입세액은 공제 받을 수 없다(부가가치세법 제38조, 제39조 제1항 제7호). 이 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액 중 어느 매입세액이 과세사업에 관련되고 어느 매입세액이 면세사업에 관련되는지가 구분되면 실지 귀속에 따라 각각의 매입세액을 계산하나, 이와 달리 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대하여는 별도로 계산하여야 한다. 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여 계산하는데(부가가치세법 제40조), 원칙적으로 면세사업에 관련된 매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산한다(부가가치세법 시행령 제81조 제1항). 다만, 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공한 경우에 그 예정면적을 구분할 수 있을 때에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산한다(부가가치세법 시행령 제81조 제4항). 나.대상판결의 검토 및 의미 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 건물을 신축하거나 취득하여 과세사업 및 면세사업에 제공하는 경우에 건물 신축 등 사업과 관련하여 공급 받은 재화?용역의 가액에 대한 매입세액 계산방법을 둘러싸고 견해 대립이 있었다. 즉, 첫 번째 견해는 건물 신축 등 사업이 기존 다른 사업과 관련이 있으므로 전체를 하나의 사업으로 파악하여 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있는 경우에 해당하는 것으로 보고 부가가치세법 시행령 제81조 제1항을 적용하여 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 계산하여야 한다는 것이고, 두 번째 견해는 건물 신축 등 사업이 기존 다른 사업과 관련이 없으므로 양자를 별개의 사업으로 파악하여 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하는 것으로 보고 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 제3호를 적용하여 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하여야 한다는 것인데, 이러한 견해 대립은 건물 신축 등 사업과 기존 다른 사업 사이의 관계를 어떤 기준으로 설정해야 하는지가 명확하게 확립되지 않은 데서 비롯된 것이다. 종전 판례는 “공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에 그 부분이 사업 장소와 운영 실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면, 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다”고 판시함으로써 ‘공통매입세액이 발생한 사업 부분과 기존 다른 사업 부분 상호 간의 독립성 존재 여부’를 공통매입세액 안분계산 방법의 적용기준, 즉 부가가치세법 시행령 제81조 제1항과 같은 조 제4항 제3호의 적용기준으로 제시하였으나(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두10714 판결 참조), 두 사업 부분 상호 간의 관계로서 독립성 존재 여부에 대한 판단기준을 구체적으로 제시하지 않아 올바른 공통매입세액 안분계산 방법을 선택하여 적용하는 데에는 한계가 있었다. 이에 대하여 대상판결은 “부가가치세법 시행령 제81조 제1항에 근거하여 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성 있는 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다”고 판시함으로써 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 기존 다른 사업 부분 상호 간의 관련성에 대한 구체적인 판단기준을 명확히 제시하였다. 대상판결은 위와 같은 법리를 토대로 A공사의 B시장 시설현대화 1단계 건물 신축 사업에 대하여는 B시장의 시설현대화 사업의 추진 경위와 목적, B시장의 시설현대화 사업과 기존 사업과의 관계, 과세기간 동안의 1, 2, 3단계 사업부지의 사용현황 및 상호관계 등을 종합적으로 고려하여, “A공사의 1단계 사업은 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업이 아니므로 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하지 않고, 따라서 이 사건 매입세액은 B시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다”고 판단하였다. 대상판결은 매입세액 불공제 대상에 해당하는 면세사업에 관련된 매입세액은 해당 사업의 실질 및 기존 다른 사업과의 관련성에 중점을 두고 부가가치세법 시행령 제18조 제1항, 제4항이 규정하고 있는 공통매입세액 안분 계산방식을 적용해야 한다는 것으로서 세법의 해석 및 적용상의 공평 원칙에 부합하는 타당한 결론인데, 공통매입세액 안분 계산에 관한 부가가치세법 시행령 제81조 제1항, 제4항의 적용기준을 명확히 제시하였다는 점에서 의미가 있다.

- 서울고등법원 2015누70746 법인세등부과처분취소 - 1. 사실관계 A 법무법인은 2006년 대한민국을 상대로 하는 2건의 항공기 소음 관련 손해배상청구소송의 대리인으로 선임되었다. 위 소송은 A 법무법인의 서울 서초 분사무소를 운영하던 대표변호사 B가 수행하였는데 그 과정에서 A 법무법인은 2010년 6월경 서초 분사무소를 폐쇄하고 B를 구성원에서 제명하였다. 다만, 위 소송은 B 변호사가 복대리 형식으로 계속 수행하였으며 2010년 12월 및 2011년 1월 각 승소로 확정되자 대한민국은 2011년 3월경부터 2012년 7월경까지 A 법무법인 명의의 은행계좌로 약 177억 원을 입금하였다. A 법무법인은 위와 같이 지급받은 약 177억 원 중 약 137억 원을 소송에 참가한 피해 당사자들에게 지급하고 나머지 40억 원을 B에게 송금하였다. 과세관청은 A 법무법인이 위 수임료 등 40억 원을 수입금액에서 누락한 것으로 보아 2014. 5. 2. A 법무법인에게 2010 사업연도 법인세 및 2010년 2기 부가가치세 등 합계 약15억 원의 과세처분을 하였다. 2. 쟁점 이 사건은 별산제 법무법인에서 분사무소를 운영하던 대표변호사가 독자적으로 사건을 수행한 경우 실질과세의 원칙상 수임료는 법무법인이 아니라 대표변호사 개인에게 귀속되는 것인지 여부 및 위 수임료 등에 대하여 대표변호사 B에게 상여로 귀속된 것으로 보아 소득금액변동통지를 하였음에도 불구하고 A 법무법인의 수입금액임을 전제로 법인세 및 부가가치세 부과처분을 하는 것이 이중과세에 해당하는지가 문제된다. 3. 주사무소와 분사무소의 세금관계 법인사업자와 관련된 세금은 크게 법인세와 부가가치세를 생각해 볼 수 있다. 우선 법인세는 그 소득이 어떻게 발생하였는지에 관계없이 일정기간 동안 증가한 순자산액을 과세대상으로 파악한다. 법인세는 법률에 의하여 권리의무의 주체가 될 수 있는 자격 내지 지위를 인정받은 인격체인 법인이 납부하는 세금이므로 주사무소와 분사무소가 별산제로 움직이는 경우라고 하더라도 같은 법인 이름으로 활동하는 이상 그 법인의 구성원 변호사가 제공한 용역의 대가는 해당 법무법인의 수입으로 보아 법인세액을 계산할 수 밖에 없는 것이다. 즉, 주사무소와 분사무소가 독자적으로 사건을 수임하고 각자 직원을 고용하는 등 별산제 방식으로 운영되는 경우에도 법인세는 사무소 단위로 납부하는 세금이 아니라 법인이 납세의무의 주체이므로 각 사무소 단위로 구분하여 납부할 수가 없다. 한편, 실질과세원칙이란 과세대상 소득·수익 등의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하며, 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 행위 또는 거래 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질 내용에 따라 적용하여야 한다는 원칙을 말한다. 따라서 위 사건에 실질과세원칙이 적용될 수 있기 위해서는 위 수임료와 관련하여 A 법무법인은 명의만 빌려주었을 뿐이고 그 소득은 대표변호사 B에게 사실상 귀속되었다는 점이 입증되어야 한다. 이에 대하여 법원은 A 법무법인이 별산제 방식으로 운영되었다 하더라도 이는 구성원 변호사들이 처리한 변호사 업무로 인한 경제적 이익의 분배에 관하여 그와 같이 약정을 한 것에 불과하고 소송위임계약 등에 대한 권리가 법률상으로 구성원 변호사들에게 속하는 것이라고 볼 수 없으므로 법무법인의 구성원 변호사가 제공한 용역에 대한 대가는 법무법인의 수입으로 보는 것이 원칙이고 이 사건에서도 A 법무법인이 거래의 명의자에 불과하다고 볼 만한 사정은 찾을 수 없다고 판단하였다. 위 법원 판결에 따라 위 수임료를 A 법무법인의 수입으로 본다면 그 부분에 대한 부가가치세 부과처분도 그대로 유지될 수 밖에 없다. 변호사가 제공하는 용역은 인적 용역이며 결국 소송을 맡기는 사업자 이외의 개인당사자들의 부담이 될 것이므로 부가가치세 면세가 이루어져야 할 것으로 생각되나 1998. 12. 31. 부가가치세법 시행령이 개정된 이후 법률구조용역 등 일부를 제외한 나머지 변호사 제공 용역에 대하여는 부가가치세가 과세되고 있다. 4. 상여처분과 법인세 법인세법상의 각 사업연도 소득금액은 기업회계의 당기순이익을 기초로 산정하는데 이러한 기업회계는 공평한 조세부담과 납세자간의 소득계산의 통일을 기하는 데 목적이 있는 세무회계와 그 목적의 상이로 인한 차이가 발생한다. 따라서 법인세를 신고·납부하기 위해서는 기업회계의 당기순이익을 기초로 세법의 규정에 따라 익금과 손금을 조정하는 세무조정절차를 거쳐야 하며, 차이가 발생한 금액은 그 귀속자에 따라 상여, 배당, 기타소득처분 등 소득처분을 해야 한다. 이 사건에서 A 법무법인은 수임료 상당액을 B에게 그대로 지급하였으므로 이를 자신의 수입으로 신고하지 않았고, 과세관청은 A 법무법인이 매출을 누락하고 대표변호사 B에게 상여를 지급한 것으로 보아 상여처분을 하였다. 그 과정에서 과세관청은 A 법무법인이 수임료 상당액에 대한 법인세를 부과하는 한편 B에게 상여를 지급하면서 원천징수를 했어야 하는데 이를 하지 않았다는 이유로 원천징수분 법인세 징수처분을 한 것으로 보인다. 이에 대하여 이중과세가 아닌가 하는 논란이 있었는데 법원은 이 사건 수임료 등에 관하여 A법인의 소득 단계에서 법인세가 부과되고 다시 이 돈이 B에게 상여금으로 지급되는 단계에서 근로소득세가 부과되는 것일 뿐이므로 이를 이중과세로 볼 수 없다고 판단하였다. 5. 결 론 법령의 내용을 떠나 A 법무법인 입장에서는 조금 억울할 수 있어 보인다. 자신의 이름으로 수령한 수임료를 그대로 B에게 지급하였으므로 A 법무법인의 순자산이 증가한 것은 없기 때문이다. 그럼에도 불구하고, A 법무법인이 B에게 지급한 수임료를 손금으로 산입하지 않았었기 때문에 손금인정이 되지 않은 채 매출누락분에 대하여만 법인세가 과세되는 결과가 된 것이다. 그러나 이는 위 수임료가 A 법무법인 자신의 수입금액이 아니라 생각하였기 때문에 매출이나 비용으로 처리하지 않았을 것이라 생각된다. 손금산입(비용처리) 여부에 관하여는 또 다른 논점이 있으나 위 사건은 아직 대법원의 판단이 남아 있는 상태이므로 견해를 피력하기가 조심스럽다. 여하튼 법무법인 운영자는 반드시 조세전문가의 도움을 받아 수입금액과 비용을 처리해야 한다는 점에 유의해야 할 것이다.