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    율촌

    (2) 공익법인의 세무관리업무 관련 유의점

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  • [ 2018.04.25 ] 


    Ⅰ. 들어가며

    우리나라 세법은 공익법인에 대한 과세체계와 관련하여 출연받은 재산에 대한 증여세 비과세, 지방세 감면을 기본 원칙으로 하여, 해당 재산을 공익 사업 외 사용하는 경우 사후적으로 과세(사후관리)하는 체계를 가지고 있다. 이는 비영리 법인으로서 공공의 이익에 기여하는 공익법인의 사회적 중요성을 감안하여, 증여세 비과세 등의 세제혜택을 지원하는 한편, 엄격한 사후관리를 통하여 공익법인을 이용한 조세회피행위를 차단하고, 공익법인이 지켜야 할 의무를 정하여 이를 위반하는 공익법인에 대하여는 면제된 세금을 추징하도록 규정하고 있는 것이다.


    과세당국은 공익법인에 대한 상시적 세원관리와 더불어 세무조사를 실시하는 방법으로 사후관리를 하며, 출연시 비과세 된 증여세 등의 추징 여부 등을 검토하게 된다.


    공익법인에 대하여 세무조사가 이루어지는 경우에 대해 기존의 일반적 인식은, 세무조사대상자 선정의 경우 주로 수익사업이 있는 공익법인에 대하여 일반 영리법인과 유사한 기준으로 선정되지만, 실제 세무조사가 이루어지는 경우에 있어서는 실무적으로 공익법인에 대한 세무조사가 일반 영리법인에 대한 세무조사에 비해 다소 느슨하게 진행되는 측면이 있고, 고유목적사업만 운영하는 공익법인의 경우 세무조사대상자로 선정될 가능성이 상대적으로 낮은 것으로 알려져 있다.


    그러나, 최근 언론보도에 의하면 과세당국의 공익법인에 대한 감독 강화의사가 확인되는 바, 향후에는 특히 대기업이 운영하는 공익법인에 대한 세무검증이 예년에 비해 강화(“대기업 계열 공익법인 제대로 검증한다”, 2018.1.29. 비즈니스워치 등) 될 것으로 예상된다.



    Ⅱ. 최근 국세청의 업무추진 동향

    1. 공익법인에 대한 세무검증 강화

    지난 1월 29일 국세행정의 방향을 논의하기 위해 구성된 ‘국세행정 개혁 태스크포스(이하, 개혁TF)’는 ‘제5차 전체회의’를 열고 국세청 개혁을 위한 핵심 과제 중 하나로 ‘공익법인 특성을 반영한 별도 정기 세무조사 선정기준을 마련’ 할 것을 권고하였다.


    또한, 개혁TF는 ‘대기업 계열 공익법인에 대한 엄정한 검증을 실시’할 것을 권고하였는데, 구체적으로, 특수관계 임직원을 채용했는지 여부와 계열법인 주식의 5%를 초과 보유했는지 등을 집중적으로 검증할 것을 제안한 바 있으며, 이에 대하여 국세청은 지난 1월31일 2018년 전국세무관서장회의를 통해 발표한 ‘국세행정 운영방안’에서 대기업 공익법인의 탈세 혐의를 집중적으로 살펴보겠다고 밝힌바 있다.


    이러한 과세당국의 최근 동향을 고려하면, 소규모 공익법인은 대부분 정기 세무조사 대상에서 제외되는 문제점을 개선하기 위한 방향으로 제도가 보완될 것으로 예상되며, 또한 대기업이 계열회사의 전직 임원을 특정 공익법인의 임직원으로 선임해, 공익법인을 사실상 지배하는 등의 부정행위에 대응하기 위하여, 대기업 출연 공익법인에 대하여도 보다 엄격한 사후관리가 진행될 것으로 예상된다.


    2. “전산시스템” 활용을 통한 관리강화

    현재 국세청은 공익법인의 출연재산 보고, 결산서류 공시 자료와 국세청 내부 전산자료를 통합연계 분석하는 전산시스템을 개발하여 공익법인 사후관리에 적극적으로 활용하고 있다.


    전산분석으로 불성실 신고·공시 혐의를 아래 3개 유형(69개 항목)으로 분류하여 차세대국세행정시스템(NTIS)에 전산수록하고 있으며, 심도있는 전산분석능력을 기반으로 전산사후관리를 지속적으로 정밀화하여, 공익법인 세무이슈에 대하여 보다 전문적이고 효과적인 분석 및 검증에 적극적으로 활용할 것으로 보인다.


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    Ⅲ. 공익법인 출연재산에 대한 의무 사항(사후관리 항목)

    앞서 살펴본 바와 같이 향후에는 공익법인에 대하여 이전보다 더욱 엄격한 세무검증이 진행될 것으로 보이며, 계속적으로 세무조사의 강도가 높아질 것으로 예상되는 바, 아래에서는 공익법인에 대한 사후관리 항목의 주요내용과 운영 과정상 유의점을 살펴보기로 한다.


    상속세및증여세법은 공익법인의 출연재산 운용과 관련하여 크게 6가지의 의무사항(사후관리 항목)을 규정하고 있으며, 지방세법에도 당초 감면받은 취득세 등의 사후관리 항목을 두고 있어, 관련 세금이 추징되도록 규정하고 있다.


    1. 출연재산, 매각대금, 운용소득의 공익사업 사용 의무(상증법 제48조 제2항 제1호 내지 제5호)

    (1) 개요

    아래와 같이 출연재산의 공익목적 사용의무 등을 규정하고 있다.

    ○ (재산을 출연받은 때) 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하여야 한다.

    ○ (출연재산을 매각하는 경우) 그 매각대금을 매각한 날이 속하는 사업연도의 종료일부터 1년 이내 30%, 2년 이내 60%, 3년 이내 90%에 상당하는 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여야 한다

    ○ (출연재산을 수익사업용으로 운용하는 경우) 그 운용소득의 70%(성실 80%)에 상당하는 금액 이상을 소득이 발생한 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하여야 한다


    (2) 유의점

    공익법인 사후관리대상은 증여세를 면제받은 재산에 한정하며(조심2010구3122, 11.5.17), 공익목적에 사용하는 것의 의미는 정관상 고유목적사업에 사용하거나 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인 등에게 출연하는 경우를 의미한다(재산-3782, 08.11.14).


    과세실무상 과세당국은 부동산 이용 실태, 금융상품 보유 현황, 법인카드 사용내역 자료 등에 의하여 직접 공익목적사업에 사용하였는지 여부를 판단하는 것이 일반적이다.


    기존 선례에 비추어 보면, 다음에 해당하는 경우에는 공익목적사업 외 사용한 것으로 보아 증여세가 과세될 수 있으므로 각별한 유의가 필요할 것으로 보여진다.


    ○ 부동산을 임의로 장기간 방치(나대지 상태로 보유)하고 있는 경우

    ○ 공익법인이 출연받은 재산을 특수관계자에게 저가로 양도한 경우

    (대가와 시가와의 차액)(재재산-806, 10.8.25)

    ○ 부동산을 공익법인의 임·직원이 거주할 사택으로 사용하는 경우

    (재산세과-213, 09.9.14)

    ○ 6개월 미만 금융상품에 가입하거나, 주식 등을 취득한 후 6개월 미만 보유한 경우

    (재재산-827, 11.10.4)

    ○ 공익법인 등이 이사장에게 거마비, 경조사비, 판공비 등의 경비를 지급한 경우

    (서일 46014-10258, 02.2.28)

    ○ 공익법인 등이 출연받은 재산으로 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료, 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비를 지급한 경우

    (재산-428, 09.10.09)

    ○ 사업비 중 관계사에게 경조사비를 지급한 경우 등



    2. 주식 취득 및 보유시 의무사항(상증법 제48조 제1항, 같은법 제16조 제2항, 같은법 제48조 제9항)

    (1) 개요

    공익법인을 지주회사화 하는 것을 방지하기 위하여 주식출연 등에 대하여 제한 규정을 두고 있으며, 기업집단 소속 공익법인의 과도한 계열사 출자를 규제하기 위하여 계열기업 주식 보유한도를 규정하고 있다.

    ○ (지분보유 한도) 동일한 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 5%(성실공익법인 10%,20%)를 초과하여 출연받거나, 취득할 수 없다. 특수관계자 주식 지분보유 한도조항을 신설하기 이전인 1990년 이전 취득 지분과 지분보유한도가 5%(10%)로 축소되기 이전에 5% 초과 지분을 출연받아 보유중인 공익법인은 일정기한까지 5%초과 보유 지분을 매각하여야 한다.


    ○ (계열기업의 주식보유 한도) 공익법인(성실공익법인은 제외)은 총재산가액에서 계열법인 주식가액이 30%(예외적 50%)를 초과하여 보유할 수 없다.

    ○ (5%초과 보유주식에 대한 지출의무) 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수 등의 5%를 초과하여 주식을 보유하고 있는 성실공익법인 등은 출연재산가액의 일정비율(1%,3%)을 직접 공익목적사업에 사용하여야 한다.


    (2) 유의점

    출연 또는 취득제한되는 주식은 ‘내국법인의 의결권 있는 주식’을 의미한다(재산-347,10.5.28)


    주식 취득비율 한도 계산 시, 출연자와 그 특수관계자가 출연한 다른 공익법인이 있는 경우 주식발행법인별로 다른 공익법인과 합산하여 한도초과 여부를 적용하므로, 다른 공익법인이 있는지 여부를 고려하여야 한다.


    또한, 주식발행법인 유상증자, 감자를 통해 공익법인 보유주식 비율이 5%(10%)를 초과하게 되는 경우, 초과하는 지분가액에 대하여 증여세가 과세될 수 있다는 점을 유의하여야 한다.


    한편, 상속세및증여세법은 일반공익법인과 성실공익법인을 구분하여 주식 보유한도를 달리 정하고 있어, 성실공익법인에 해당하는지 여부는 각 과세연도 별로 각각 검토하여야 한다. 예컨데, 5% 초과 10%이하 지분을 출연받아 보유중인 성실공익법인이 어떠한 사유로 非성실공익법인(일반공익법인)으로 변경 될 경우, 법정 지분보유 한도를 초과하게 되어 변경 사유가 발생한 과세연도에 증여세 등의 과세문제가 발생하게 된다.



    3. 출연자 및 특수관계자의 이사수 1/5초과 및 임직원 취임 제한(상증법 48조 8항)

    (1) 개요

    주식을 공익법인에 출연한 이후 공익법인을 지배하는 형태로 세부담 없이 경영권을 승계하는 것을 방지하기 위하여, 이사회 구성에 관하여 제한규정을 두고 있다.

    ○ 출연자 또는 출연자의 특수관계인이 공익법인 등(의료법인은 제외)의 현재 이사수(5명 미만은 5명으로 봄)의 1/5을 초과하여 이사가 되거나, 그 공익법인 등의 임·직원(이사 제외)으로 취임할 수 없다. 이사의 범위에 공익법인 이사회의 의결권을 가지지 않는 감사는 포함되지 아니한다.

    ○ 위반시 당해 이사(또는 임직원)에게 지급된 급여 등 경비 전액을 가산세로 부과한다


    (2) 유의점

    이사 현원이 5명 미만인 경우 5명으로 보아 1/5 초과여부를 계산하므로, 이 경우 1/5을 초과하지 않는 이사의 수는 1명이 된다. 이사수 1/5 요건은 성실공익법인 해당여부를 판단하는 필수적 요건이기도 하다. 따라서, 성실공익법인 특수관계자가 이사 1/5를 초과하는 경우 성실공익법인에도 해당하지 않게되어‘5% 초과 보유 주식에 대해’ 증여세 과세 및 가산세 부과되므로 이 점을 유의하여야 한다.


    이사 취임과 관련하여 과세관청이 중점적으로 조사하는 항목은, 특수관계법인의 사업보고서 등 공시자료에 임원 기재 여부, 임원에 대한 보수지급 현황, 이사들간의 특수관계여부 및 명의대여관계 여부 등 이다. 이 때 특수관계자 판단에 있어 친족의 범위에는 사실혼 관계의 배우자가 포함된다.


    특수관계 법인 임원(미등기 포함)은 퇴직 후 5년까지 특수관계에 해당한다. 따라서계열사전직임원은 계열사 퇴직이후 5년까지 특수관계자에 해당하는 바, 이사수 1/5한도 적용시, 전직 계열사 임원 취임 여부를 고려하여야 하며(재산-1119, 09.6.5), 각 출연자별로 판단하여야 한다(서면4팀-333, 07.1.24)


    한편, 출연자와 특수관계자가 공익법인의 임·직원이 되는 경우 동 임직원이 공익법인의 중요사항에 관한 의사결정 권한을 가지는지 여부에 관계없이 가산세를 부과한다는 점도 유의할 필요가 있다(국심2004구2559, 2004.11.30.)



    4. 자기내부거래 금지(상증법 48조 3항)

    (1) 개요

    특수관계자가 공익법인에 출연재산을 정당한 대가를 지급하지 않고 사용·수익하는 경우 공익법인에게 증여세가 과세된다


    (2) 유의점

    ‘자기내부거래’라 함은 특수관계인간에 내부거래를 통하여 이익을 무상으로 이전하는 것을 말하는 것이며, 공익법인에 출연된 부동산을 특수관계인에게 임대차·소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 저가 또는 무상 사용·수익하게 하는 경우, 그 제공된 이익만큼 공익사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 당해 공익법인에게 증여세가 과세되는 것이다(서일 46014-10948, 02.7.22.).


    따라서, 특수관계인간의 거래시에는 해당 거래와 유사한 상황에서 불특정다수인 간에 수수할 통상적인 수준으로 대가를 수수 하여야 할 것이며, 최근 과세당국은 공익법인이 특수관계인을 상대로 자금을 집행한 내역에 대하여 중점적으로 조사하는 경향이 있으니, 업무무관자금 집행 및 사적 사용 등에 대하여 특별히 유의 하여야 할 것으로 판단된다.


    5. 특정계층에만 공익사업의 혜택제공 금지(상증법 제48조 제2항 제8호)

    (1) 개요

    공익법인이 출연받은 재산을 불특정다수인의 이익을 위하여 사용하지 아니하고, 출생지, 직업, 학연 등에 의하여 특정계층에게만 혜택이 제공되는 경우에는 특정계층에 제공된 혜택을 증여가액으로 산정하여 증여세가 과세된다.


    (2) 유의점

    과세당국은 장학금 지급 등 공익목적상 대상이 거래처 등 특정계층에 한정되고 있는지 여부를 집중 조사하며, 장학금을 계열회사 임직원에게 지급하거나, 계열사 영업활동 지원 목적으로 특정 거래처에 지급하는 경우에는 공익목적사업에 사용한 것으로 인정하지 않고 있다.


    다만, 공익법인이 주무관청 등과 협의하여 공익사업 수혜자를 한정하는 것이 타당하다고 인정하는 경우에는 증여세 과세문제가 발생하지 않는데(재산-288, 10.5.13), 일반적으로 대부분의 장학재단의 경우 여기에 해당된다.



    6. 특정기업 광고(홍보) 행위 금지(상증법 48조 10항)

    (1) 개요

    공익법인에 출연된 재산이 특수관계자를 위해 유용되는 것을 방지하기 위해 공익법인이 특수관계 내국법인의 제품 등을 홍보하는 행위를 하는 경우, 홍보행위에 지출된 비용을 가산세로 부과한다.


    (2) 유의점

    신문, 잡지 등 인쇄물이나 영상매체, 인터넷 등 일반적으로 우리가 알고 있는 광고수단을 통하여 특수관계가 있는 내국법인의 제품 등을 홍보하는 경우에 있어, 광고에 대한 정당한 대가를 받지않는 경우 문제가 될 수 있다.


    따라서, 특수관계자가 아닌 법인의 제품을 홍보하거나(재산세과-613, 2009.02.23), 특수관계가 있는 내국법인의 명칭만 사용하는 홍보는 가능하다.


    특정기업 홍보금지 요건은 성실공익법인 해당여부를 판단하는 필수적 요건이기도 하므로 유의하여야 한다.



    7. 지방세측면에서 공익법인의 부동산 진단사항(지방세특례제한법 제41조 등)

    (1) 개요

    지방세법상 공익법인의 용어는 없으나 학교법인 등 교육단체(§41), 평생교육단체(§43),종교단체(§50), 학술연구단체 및 장학단체(§45), 사회복지단체(§22), 문화예술단체(§52) 등이 이에 해당할 것으로 보이는바, 이와 같은 공익법인이 취득하는 부동산에 대하여 취득후 유예기간(1년 또는 3년)목적사업에 직접사용하지 아니하는 경우 감면받은 취득세, 재산세 등을 추징하도록 사후관리규정을 두고 있다.


    (2) 유의점

    (취득세 등 감면 추징대응) 취득후 유예기간내에 직접 사용하여야 하며, 이때 직접 사용은 현실적으로 사용하는 것을 의미한다(대법원 2001두878, 2002.10.11. 참조). 최소한 건축공사에 착공하는지 여부를 확인하여야 하고(대법원 2014두7749, 2014.8.11.) 이와 같은 사후관리를 하지 아니한 경우에는 유예기간내에 공익법인에게 책임을 물을 수 없는 정당한 사유가 있는지 여부를 확인하여야 한다.


    (수익사업시 추징) 종교단체(§50) 등 일부 공익법인이 법인세법상 수익사업을 영위하는 경우에는 추징하도록 규정하고 있으므로, 수익사업에 공여되는 부동산 부분에 대하여 사용시점부터 30일이내 신고납부를 하여야 무신고가산세(20%)를 적용받지 아니하기 때문에 유의하여야 한다.


    (직접사용 범위) 공익법인이 직접사용하는 부동산에 대하여 감면을 하나 일부사용하는 경우 기준면적초과토지에 대하여 종합합산과세되는 등 불이익이 발생되기 때문에 유의하여야 한다.(지법§106)


    (주식취득과 변경시 간주취득세 과세) 공익법인이 비상장법인의 주식을 취득하여 특수관계자와의 주식지분이 50%초과하게 됨으로서 과점주주가 되는 경우에는 취득세가 부과되므로 주식취득 및 변동시 유의하여야 한다.(지법§7⑤ 참조) 



    Ⅳ. 맺는말

    공익법인의 운영 과정에서 소정의 법적의무를 위반한 경우, 세법상 과세문제 뿐만 아니라 관련 임직원들에게도 형사상 횡령·배임의 문제가 발생 할 수 있다. 실제로, 공익법인이 계열회사 주식을 취득하거나, 공익법인의 임직원을 그룹 관계인으로 선임한 행위를 오너일가의 계열사 지배권 확보를 위한 공익법인 재산의 오용이라고 보아, 업무상 배임 혐의로 해당 임직원이 검찰에 고발된 사례가 최근 언론에서 심심치 않게 목도된다.


    이와 같은 점들을 감안하면 공익법인의 임직원들은, 해당 업무와 관련된 문제점들을 국세 및 지방세 당국의 예규와 지침의 관점에서 뿐아니라 관련된 법령(민법, 해당 행정법규, 공정거래법, 형법) 해석에 경험이 많은 전문가들의 조언도 함께 참고할 필요가 있다고 판단된다.


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    한제왕 세무사 (jwhan@yulchon.com)

    이재리 세무사 (jryi@yulchon.com)