비영리법인의 양도소득에 대해 법인세를 감면해주는 법인세법상 특례규정을 적용할 때 법인의 영리성 판단 기준 시점은 사업연도가 아니라 행위 시라는 대법원 판결이 나왔다. 법인세법 제62조의2 제1항은 비영리법인에 대해 법인세 산정을 위한 사업연도 소득금액을 계산할 때 자산 양도 소득액을 포함하지 않도록 하는 특례규정을 두고 있다. 대법원 행정3부(주심 신영철 대법관)는 지난달 26일 A법인이 강서세무서를 상대로 제기한 법인세부과처분취소소송 상고심(☞2010두3763)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법 비영리법인 특례규정이 적용되지 않는 '수익사업을 영위하는 비영리내국법인'은 문언 체계상 '양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하는 비영리내국법인'이라고 풀이하는 것이 자연스럽고, 과세특례조항이 적용되면 법인세법 제62조의2 제7항에 따라 자산양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 해야 하므로, 자산양도시점을 기준으로 과세특례조항의 적용여부를 선택할 수 있어야 한다"고 밝혔다. 이어 "비영리법인의 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중하지 않도록 하려는 과세특례조항의 입법 취지를 고려하면 A법인이 수익사업을 영위하지 않던 기간에 토지양도로 인한 양도소득이 발생했으므로, 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위했다고 하더라도 토지양도로 인한 양도소득에 대해 과세특례조항을 적용할 수 있다고 봐야 한다"고 설명했다.

법인이 '제3자 배정방식'을 이용해 시가보다 낮은 가액으로 신주(新株)를 인수해 이익을 남겼더라도 이에 대해서는 법인세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 신주를 우선적으로 인수할 권한을 가진 기존 주주가 권한을 포기하지 않아도, 신기술의 도입과 재무구조의 개선 등 예외적인 이유로 제3자에게 직접 신주를 배정할 수 있도록 한 '제3자 배정방식'은 지난 2001년 7월 상법이 개정되면서 도입됐다. 하지만 재판부는 '제3자 배정방식'이 새로 도입된 세법상 개념이지만 법인세법에는 아직 규정돼 있지 않아 법인세 부과처분의 근거가 될 수 없다고 설명했다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 최근 분양대행사인 A사가 서울 성동세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분취소소송(2011누19828)에서 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "상속세 및 증여세법의 규정에 의하면 '주주의 신주인수권 포기에 의한 실권주의 배정'과 '제3자 배정'은 세법상 구별되는 개념으로 봐야한다"며 "주주배정 후 신주인수권 포기에 따라 발생하는 실권주 배정의 경우에 적용되는 규정은 제3자 배정의 경우에 관한 과세처분의 근거규정으로 삼을 수 없다"고 밝혔다. 구 법인세법은 주주가 신주인수권을 포기해서 발생한 실권주(失權株)를 제3의 법인이 배정받아 이익이 발생한 경우 이를 해당 법인의 수익으로 봐 법인세를 부과하도록 하고 있다. 법원은 주주의 신주인수권 포기 없이 곧바로 제3의 법인에게 신주가 배정되는 경우에는 구 법인세법의 해당 규정들을 적용할 수 없다고 판단한 것이다. 전문가들은 상법 개정으로 도입된 제3자 배정 방식을 하루빨리 법인세법에 반영해야 한다고 지적하고 있다.

농지보상금 일부를 줬더라도 객관적으로 정당한 사정이 있고 금액도 상당한 정도였다면 법인세법상 접대비로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정9부(재판장 박병대 부장판사)는 최근 한국유리공업(주)가 "채무자에게 준 농지보상금 20억원과 승소금 9,000만원을 전부 손금불산입해 부과한 6억7,000여만원의 법인세는 부당하다"며 종로세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분취소소송 항소심(2009누29532)에서 1심을 취소하고 "6억7,000여만원의 법인세 중 7,800여만원을 초과하는 부분을 취소하라"며 원고 일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법인세법상 접대비는 원활한 기업활동과 기업의 신장을 도모하기 위해 필요한 경비로서 기업체의 영업규모와 비례관계에 있는 만큼 엄격하게 해석해야 한다"며 "이 사건의 쟁점이 되는 채권의 포기 또는 채무자 회사에 대한 권리의 인정은 그 포기에 이른 경위와 금액 등 제반사정에 비춰 볼 때 객관적으로 정당한 사유가 있고 포기 내용이 상당하다고 인정돼 쉽게 접대비로 인정할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고 경영진은 20억원의 농지보상금 분배약정 체결 당시 이번 사건의 농지에 대해 구 농지법이 적용되고 있다고 믿고 있어 그에 대한 수용보상금 전부에 대해 원고만이 권리를 갖는 것은 힘들다고 믿고 있었다"며 "채무자인 회사가 원고에 대한 막대한 외상매출금 채무를 변제하지 못하는 등 부실징후를 보여 외상매출금채권의 조기회수의 필요성, 소송비용 등 부수적인 여러 문제들을 고려한 끝에 농지보상금 분배약정을 체결한 것으로 이해된다"고 덧붙였다. 재판부는 그러나 "대물변제로 받아 원고에게 소유권이 확정적으로 귀속돼 있던 토지와 건물에 대한 중앙토지수용위원회의 수용재결에 불복해 제기한 소송에 따라 추가로 지급받게 된 9,000만원의 승소금은 장차 법원에서 인정받는 경우 원고에게 귀속될 수 있는 권리를 사전에 임의로 포기한 것으로 볼 수 있다"며 "승소금 9,000만원을 손금불산입한 부분은 적법하다"고 설명했다.

같은 잘못이 매 사업연도에 반복되더라도 중복세무조사는 허용되지 않는다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정13부(재판장 정형식 부장판사)는 L유동화전문 유한회사가 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분취소소송(☞2007구합47152)에서 "피고는 59여억원의 법인세 부과처분을 취소하라"며 최근 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "중복세무조사금지원칙의 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자의 영업의 자유를 침해할 뿐만 아니라 과세관청의 자의적인 세무조사의 위험도 있기 때문"이라며 "국세기본법 제81조의4 등에서 규정한 예외적인 사유가 아닌 한 중복세무조사는 허용되지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "예외사유인 '2 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우'를 같은 사안에 대해 같은 잘못이 매 사업연도에 반복되는 것도 포함된다고 해석하면 중복세무조사금지원칙이 형해화될 수 있다"며 "잘못이 불가분의 일체를 이루고 있어 한 사업연도에 대한 세무조정이 다른 사업연도에 대한 세무조정에 영향을 미치는 경우로 제한적으로 해석하는 것이 타당하다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "2차 세무조사로 이자율 산정의 잘못이 발견됐어도 이자율 산정 잘못으로 인한 세무조정이 각 사업연도별로 분리될 수 있는 이상 예외사유에 해당하지 않는다"고 지적했다. 재판부는 2001년 3월과 9월, 2002년 9월 사업연도 법인세에 대해서는 중복세무조사 금지원칙위배 등을 이유로, 2003년 9월과 2004년 9월 사업연도 법인세에 대해서는 정상이자율 산정 잘못을 인정해 역삼세무서가 2005년 10월에 한 법인세 59억여원 부과처분을 모두 취소했다.