셀트리온 공장의 방역을 담당한 협력업체 직원들이 제기한 근로자 지위 확인 소송에서 법원이 셀트리온에게 "직원들의 고용의사를 표시하라"고 판결했다. 인천지법 민사11부(재판장 김양희 부장판사)는 방역업체 프리죤 직원 2명이 셀트리온을 상대로 제기한 근로자 지위 확인 소송에서 원고 일부 승소 판결했다(2019가합59164). 재판부는 "원고들에게 근로자 지위가 있음을 확인하는 주위적 청구를 기각한다"면서도 "셀트리온이 원고들에게 고용 의사를 표시하도록 하는 예비적 청구는 인용한다"고 판시했다. A 씨 등은 셀트리온의 직접적인 업무 지휘와 감독을 받았으므로 불법파견에 해당한다는 취지로 2019년 7월 15일 소송을 제기했다. A 씨 등은 전화, 카카오톡 메시지, 메일 등을 통해 셀트리온으로부터 작업 지시를 수시로 받았다고 주장했다. 반면 셀트리온 측은 하청업체 직원들의 작업을 직접 지휘·감독하지 않았다고 맞섰다. A 씨 등은 또 셀트리온 공장에서 방역 업무를 담당하며 바이오의약품 설비와 용기 등을 소독·세척하는 것은 생산공정 투입에 해당돼 셀트리온이 직접고용 의무를 져야 한다고 주장했다. 파견근로자 보호 등에 관한 법률 제5조 제1항은 '근로자파견사업은 제조업의 직접생산공정업무를 제외하고 전문지식·기술·경험 또는 업무의 성질 등을 고려해 적합하다고 판단되는 업무로서 대통령령으로 정하는 업무를 대상으로 한다'고 규정한다. 프리죤은 2005년 셀트리온 자산관리회사로 설립돼 2011년 현재 사명으로 변경했다.

서정진 셀트리온 회장이 납부한 증여세 132억 원을 돌려달라며 소송을 냈으나 패소했다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 10일 서 회장이 인천 연수세무서장을 상대로 낸 증여세 경정 거부처분 취소소송(2020두52214)에서 원고패소 판결한 원심을 확정했다. 서 회장은 셀트리온과 셀트리온헬스케어 사이 거래로 발생한 이익에 2012년 귀속 증여세 116억7000여만 원, 2013년 귀속 증여세 15억4000여만 원을 납부했다. 상속세와 증여세법에 따르면 특수관계법인과 수혜법인 사이 일정 비율을 초과하는 거래가 있으면 수혜법인 지배주주 등이 세후 영업이익 중 일부를 증여받은 것으로 간주해 증여세를 부과한다. 셀트리온 매출 가운데 셀트리온헬스케어를 상대로 한 매출이 차지한 비율은 2012년 94.57%, 2013년 98.65%에 달했다. 이 규정에 따라 증여세를 낸 서 회장은 자신이 지배주주에 해당하지 않아 납부 의무가 없었다며 증여세 132억 원의 환급을 청구했다가 거부 당하자 소송을 냈다. 1,2심은 "서 회장의 주장과 같이 수혜법인이 특수관계법인에 이익과 사업기회를 일방적으로 제공하는 관계라고 보기 어려운 점 등에 비춰 볼 때 이 사건 거래는 증여세 과세요건을 충족한다"며 "특수관계법인이 수혜법인과의 거래로 손실을 입는 것은 아니어서 지배주주 등이 수혜법인과 특수관계법인의 주식을 동시에 보유한 경우라도 수혜법인의 이익과 특수관계법인의 손실이 지배주주 등에게 동시에 귀속되어 증여이익이 발생하지 않는 것은 아니기에 증여세 과세대상에서 제외되는 '자기증여'에 해당한다고 볼 수 없다"며 원고패소 판결했다. 대법원도 이같은 원심 판단을 확정했다. 대법원 관계자는 "이 사건 법률규정에서 증여자는 특수관계법인의 주주가 아닌 특수관계법인이라는 점을 명확히 설시하면서, 증여자인 특수관계법인은 그 주주와 구별되는 별개의 법적 주체이므로 수증자인 수혜법인의 지배주주 등이 동시에 특수관계법인의 주주이더라도 증여자와 수증자가 같다고 할 수 없어 증여세를 과세할 수 있다는 점을 최초로 설시한 판결"이라고 말했다.

셀트리온 제약이 2009년 한서제약을 흡수 합병하며 발생한 회계상 영업권 282억원은 과세대상이 아니라는 판결이 나왔다. 회계상 영업권으로 돼 있지만 과세 대상 요건을 갖춘 무형자산에 대한 대가로 볼 수 없다는 것이다. 영업권은 부동산 매매 시 발생하는 권리금처럼 기업 인수·합병(M&A)과정에서 발생하는 피인수기업의 유형자산이 아닌 브랜드 가치나 영업상 비밀 등 무형자산의 가치를 말한다. 통상 M&A 시 매입한 가격과 순자산가치의 차액을 영업권에 대한 대가로 본다. 예컨대 회사의 주식가치가 100억원이고 순자산가치가 70억원이면 차액인 30억원을 유형자산이 아닌 무형자산에 대한 영업권으로 보는 것이다. 서울행정법원 행정11부(재판장 박형순 부장판사)는 셀트리온(소송대리인 법무법인 태평양)이 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016구합77186)에서 최근 원고승소 판결했다. 셀트리온은 2009년 5월 한서제약을 합병하며 회계처리준칙에 따라 282억원을 회계상 영업권으로 계상했다. 셀트리온은 당시 국세청에 282억원을 세무상 익금으로 산입하지 않았다. 과세당국은 "셀트리온은 한서제약을 합병하며 영업상 비밀 등 무형의 재산적 가치로 장차 초과수익을 얻을 수 있다고 평가해 합병대가를 산정했다"면서 "셀트리온이 계상한 영업권 가액은 법인세법상 합병평가차익에 해당해 과세대상"이라며 2015년 3월 100억여원의 법인세를 부과했다. 이에 셀트리온은 "한서제약의 무형의 사업상 가치를 승계한 것이 아니라 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액의 차이를 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하다"며 소송을 냈다. 재판부는 "법인을 합병할 때 발생하는 (차액인) 영업권을 과세대상으로 보기 위해선 합병법인(셀트리온)이 피합병법인(한서제약)의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치에 대해 대가를 지급한 것으로 봐야 한다"며 "셀트리온이 한서제약을 합병할 때 발생한 영업권은 법령에서 정한 영업권의 자산인정 요건에 인정되지 않으므로 셀트리온의 회계상 영업권을 합병평가차익으로 보고 과세한 것은 위법하다"고 밝혔다. 옛 법인세법과 시행령은 '합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가해 승계한 경우 자산 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세할 수 있다. 이에 대해 과세를 하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정해 사업상 가치를 평가해 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다'고 규정했다. 재판부는 "셀트리온이 한서제약을 흡수합병한 것은 회사 규모를 확대하고 보다 안정적인 사업기반을 조성하기 위한 것으로 보인다"며 "당시 한서제약의 매출액 규모와 주가변동내역에 비춰볼 때 셀트리온이 유형적 자산을 뛰어넘는 특별한 초과수익력이 있는 무형의 가치를 기대해 합병에 이르렀을 것이라 단정할 수 없다"고 설명했다.