분식회계로 조작된 장부에 의해 과세기준액이 높아져 법인세를 실제보다 더 많이 냈다면 초과부분은 돌려받을 수 있다는 법원의 첫 판결이 나왔다. 서울행정법원 제13부(재판장 백춘기 부장판사)는 24일 코오롱TNS의 관리인 김모씨가 종로세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분취소 청구소송(2003구합15256)에서 "코오롱TNS에게 부과된 1백13억여원의 법인세 중 초과납부한 59억8천여만원을 취소한다"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 원고가 이미 세무서에 신고하고 납부한 법인세에 대해 스스로 장부가 조작됐다며 초과분을 돌려달라고 주장하는 부분에 대해 "분식회계 등 회계장부 조작은 주식회사의외부감사에관한법률 등에서 처벌규정을 두고 있는 점, 분식회계된 장부를 기초로 법인세를 신고, 납부한 경우 신고불성실이나 기장불성실에 따른 가산세의 제재 등 세법상 불이익 처분이 따르게 되는 점, 광범위한 실지조사권을 가지고 조세과징권을 행사하는 과세관청인 피고는 납세의무자인 원고에 비해 세법상 우월한 지위에 있다고 볼 수 있는 점 등을 종합하면 원고의 주장이 국세기본법 제15조가 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도의 심한 배신행위에 기인했다고 보기는 어렵다"고 밝혔다. 코오롱TNS는 지난 2001년 종로세무서가 1백13억여원의 법인세를 부과하자 "137억원의 가공매출을 계상하고 기업어음 이자지급 등 영업비용 2백9억원을 누락시키는 등 분식회계로 장부를 조작, 잘못된 과세기준액에 따라 법인세가 부과됐다"며 지난해 취소소송을 냈었다. 분식회계에 따라 초과납부한 법인세를 취소시킨 판결은 이번이 처음으로, 동아건설과 대우전자도 같은 취지의 소송을 제기하여 현재 서울행정법원에 계류 중이고 지난해 문제가 됐던 SK네트웍스 역시 같은 취지로 국세심판원에 심판청구를 제기해놓고 있어 이번 판결이 주목되고 있다.