법률상 근거 규정 없이 국가가 과세관청 내부 행정규칙만을 근거로 기납부세액을 공제할 수는 없다는 판결이 나왔다. 서울중앙지법 민사21부(재판장 강민성 부장판사)는 A씨와 B씨가 국가를 상대로 낸 부당이득금소송(2020가합599858)에서 최근 "국가는 A씨에게 3억4700여만원을, B씨에게 8100여만원을 지급하라"며 원고승소 판결했다. A씨는 2014년부터 무역도매업체를 운영하며 2016~2017년 귀속 종합소득세와 부가가치세로 총 3억4700여만원을 신고·납부했다. 다른 도매업체를 운영하는 B씨도 2017~2018년 총 8100여만원의 부가가치세를 신고·납부했다. 중부지방국세청은 2018년 A씨와 B씨가 운영하는 사업체를 포함한 4개 업체에 대해 통합 세무조사를 실시했는데, 그 중 C업체가 A씨와 B씨가 운영하는 업체의 사업자등록 명의를 이용해 사업하는 명의 위장 사업자로 판명났다. 이에 중부지방국세청은 같은 해 6월 A씨 등이 신고·납부한 종합소득세와 부가가치세에 관해 과세표준과 산출세액을 '0원'으로 경정하고, 이들의 납부세액을 C업체의 법인세 및 부가가치세 기납부세액으로 공제했다. 이에 A씨 등은 소송을 냈다. 조세법규에 별도 근거 없어 조세법률주의 위반 국가는 "C업체가 명의 위장 사업자로 확인돼 '국세기본법 기본통칙'에 근거해 A씨 등의 납부세액을 C업체의 기납부세액으로 공제한 것"이라며 "A씨 등에게 환급할 세액은 없다"고 반박했다. 재판부는 "중부지방국세청이 A씨 등의 납부세액에 관해 당해 과세표준과 산출세액을 0원으로 경정했으므로 국가는 이들의 납부세액을 부당이득으로 환급해야 한다"며 "국가가 A씨 등의 납부세액을 C업체의 기납부세액으로 공제하는 것은 조세법률주의상 '국세기본법 기본통칙'이라는 과세관청 내부 행정규칙에 근거가 있다는 것만으로 허용될 수 없고, 조세법규에 별도 근거가 있어야만 허용된다"고 밝혔다. 납부세액 0원으로 경정 부당이득으로 환급해야 이어 "(2019년 12월 31일 개정된) 국세기본법 제51조 11항에 '과세의 대상이 되는 소득, 수익 등의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있어 명의대여자에 대한 과세를 취소하고 실질귀속자를 납세의무자로 과세하는 경우 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 이를 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있을 경우 실질귀속자에게 환급한다'는 규정이 신설되기 전까지는 조세법상 국가의 공제처리의 근거 규정은 존재하지 않았다"고 설명했다. 그러면서 "개정법 부칙 9조는 이 신설 규정이 법 시행 이후 국세를 환급하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다"며 "개정법이 2020년 1월 1일 시행되기 전에 이미 A씨 등의 환급청구권이 발생한 이들의 납부세액에 관해서는 국가가 이를 C업체의 기납부세액으로 공제하는 것이 허용될 수 없다"고 판시했다.

방위사업청 산하의 공공기관인 국방기술품질원이 법령 근거 없이 제정한 내부 규정은 상급기관인 방사청과의 관계에서 내부적 구속력을 가지는 행정규칙 내지 재량준칙이 될 수 없다고 본 판결이 나왔다. 서울고법 행정9부(재판장 김시철 부장판사)는 A사가 방위사업청장을 상대로 낸 국방품질경영체제 인증 취소처분 취소소송(2020누51473)에서 최근 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 천막, 피복 등 군납물자 제조·판매사인 A사는 2018년 방사청으로부터 군수품의 품질을 보장하는 국방품질경영체제(DQMS) 인증을 받았다. A사는 앞서 국가에 2016년 7월 천막 2만6977세트를 납품하는 계약을 체결했는데, 2017년 2월 해당 제품 중 일부가 국방규격에 미달한다는 판정을 받았다. 경찰 수사를 거쳐 국방기술품질원은 국방품질경영체제 인증업무 규정에 따라 A사에 대한 중부적합 3건 등의 사후심사 결과를 방사청에 통보했다. 이후 A사는 방사청으로부터 DQMS 인증 취소처분을 받았고 이에 반발한 A사는 소송을 제기했다. 군수품 품질인증취소여부 결정은 방사청의 권한 재판과정에서 A사는 "방위사업청이 국방기술품질원 국방품질경영체제 인증업무 규정에 따라 인증취소처분을 했지만, 해당 규정은 방사청이 아닌 기술품질원 내부 업무처리지침에 불과하다"며 "시정에 필요한 조치를 명할 수 있는 권한은 기술품질원장이 아닌 방사청에서 행사하는 것이므로 그 기준은 방사청이 설정해야 하고, 기술품질원장에게 그 기준을 설정할 수 있는 권한이 없기 때문에 인증취소처분은 부당하다"고 주장했다. 재판부는 "A사에게 방위사업법 제29조의3 제2호에 해당하는 사유가 있는지 여부를 검토하고 국방품질경영체제 인증취소처분을 할 것인지 여부를 판단·결정하는 권한은 방사청에게 귀속된 것"이라며 "방사청 산하기관인 기술품질원장은 단지 이 같은 인증의 사후관리심사에 관해 방사청으로부터 위탁된 업무를 수행한 다음, 그 인증 취소에 관해 방사청에 의뢰할 수 있는 권한만 보유하고 있다"고 밝혔다. 산하기관인 기술품질원 내부규정으로 취소 못해 이어 "방사청이 처분의 근거로 삼은 규정은 방사청 산하의 공공기관장에 불과한 기술품질원장이 제정한 것이기 때문에, 기술품질원 내부 규칙의 성격을 가질 뿐"이라며 "기술품질원장의 상급기관에 해당하는 방사청에 대한 관계에서 내부적 구속력을 가지는 행정규칙의 성격을 가진다고 보기는 어렵다"고 설명했다. 그러면서 "이 사건 처분의 사유가 존재하는지 여부는 기술품질원의 인증취소 의뢰사유로 규정되어 있는 '중부적합이 2건 이상 발생했는지' 여부가 아니라, 방위사업법 제29조의3 제2호에서 정하고 있는 '품질경영인증기준에 적합하지 아니하게 된 경우'에 해당하는지 여부를 기준으로 판단해야 한다"며 "A사가 입게 되는 불이익이 이 사건 처분으로 달성하고자 하는 공익보다 더 큼에도 방사청이 이에 대한 비교·형량을 제대로 하지 않은 채 처분을 한 것으로 판단되므로 재량권을 일탈·남용한 것"이라고 판시했다.

검사에 대한 검찰총장의 '경고'는 검사징계법에 따른 징계 처분이 아니라 직무감독권의 행사이므로 재량권 일탈·남용에 해당하지 않는 한 법원은 이에 대한 적법성 판단 시 최대한 존중해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 박상옥 대법관)는 진혜원 검사가 검찰총장을 상대로 낸 경고처분 취소소송(2020두47564)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "검찰총장의 경고 처분은 검사징계법에 따른 징계처분이 아니라, 검찰청법에 근거해 검사에 대한 직무감독권을 행사하는 작용"이라며 "검사의 직무상 의무 위반의 정도가 중하지 않아 검사징계법에 따른 '징계사유'에는 해당하지 않더라도, 징계 처분보다 낮은 수준의 감독조치로서 '경고 처분'을 할 수 있다"고 밝혔다. 또 "검사의 사건처리가 위법하지 않더라도 상급행정기관의 행정규칙 또는 내부기준에 위배되거나 가장 적합한 조치가 아니라고 판단되는 경우 검찰총장은 직무감독권을 행사할 수 있다"고 덧붙였다. 이어 "검찰총장이 제반사정에 비춰 주의·경고 처분을 하고 평정 및 벌점 부과를 한 것이라면, 이는 직무감독권자의 가치평가 결과"라며 "법원은 그것이 직무감독권자에게 주어진 재량권을 일탈·남용한 것이라는 특별한 사정이 없는 한 이를 존중하는 것이 바람직하다"고 판시했다. 진 검사는 제주지검에 근무하던 2017년 6월 법원에 제출한 압수수색 영장 청구서를 김한수 당시 제주지검 차장검사가 회수하자, 김 전 차장과 이석환 당시 제주지검장 등에 대한 감찰을 대검찰청에 요청했다. 대검은 김 전 차장이 제주지검장으로부터 압수수색 영장 청구를 재검토하라는 지시가 있었는데도 담당 직원이 결재가 끝난 것으로 알고 영장 청구서를 법원에 내자 바로 회수한 것으로 결론 내렸다. 이후 대검 감찰본부는 2017년 통합사무감사를 실시하고, 제주지검에 근무 중이던 진 검사에게 "21건에 대한 수사사무를 부적정하게 처리해 검사로서 직무를 태만히 한 과오가 인정된다"며 2018년 1월 서면 경고했다. 이에 진 검사는 지적사항에 대한 이의신청을 했는데, 2건은 받아들여졌지만 19건은 받아들여지지 않았다. 진 검사는 "김 전 차장 등의 감찰을 요구했다는 이유로 대검 감찰본부로부터 정기감사 뿐만 아니라 추가 감사까지 받았다"며 "형평성에 어긋나는 무리한 감사로 받은 경고 처분은 부당하다"며 소송을 냈다. 앞서 1,2심은 "검사의 개별 사건처리에 중대하거나 명백한 과오가 있어 검사징계법이 정한 징계사유에 해당하는 경우에만 대검 내부규정에 근거한 검찰총장의 경고 처분이 허용될 수 있다"며 "진 검사에 대한 지적사항들은 경미한 과오에 지나지 않아 검사징계법상 징계사유에 해당하지 않는다"며 원고승소 판결했다.

경감세액을 운수종사자들에게 현금 지급하도록 한 행정규칙 내용이 노사합의 내용에 포함됐다면 택시기사들이 회사를 상대로 경감세액을 직접 청구할 수 있다는 판결이 나왔다. 서울중앙지법 민사28단독 이종엽 부장판사는 택시기사 A씨 등 47명이 소속 회사인 B사를 상대로 낸 부당이득반환청구소송(2018가단5267316)에서 최근 "B사는 경감세액 미지급 금액인 총 4000여만원을 지급하라"며 원고일부승소 판결했다. 1999년 운수종사자의 처우개선을 위해 조세특례제한법이 개정된 이후 택시운송사업자는 부가가치세 납부세액의 절반을 경감 받아왔다. 그러나 개정 취지대로 경감세액이 사용되지 않자, 조세특례제한법은 2010년 한 차례 더 개정돼 경감세액을 운수종사자들에게 현금으로 지급하도록 바뀌었고, 국토교통부 고시인 '경감세액 사용지침'도 함께 개정됐다. 이에 B사는 2010년 이후 소속 택시기사들과 노사협의를 통해 5차례에 걸쳐 경감세액 전액을 현금으로 지급하는 합의를 했다. 그러나 B사가 2010년부터 2016년까지 경감세액 중 약 65%만 기사들에게 지급하자 A씨 등 기사들은 소송을 냈다. 법규명령으로 볼 수 없어도 사법상 청구권은 가져 이 부장판사는 "조세특례제한법의 개정 취지에 따라 국토교통부 지침을 정했더라도 운송사업자에 대한 행정지도에 불과할 뿐 대외적 효력이 있는 법규명령이라고 볼 수 없어 운전기사들이 운송사업자를 상대로 경감세액에 대한 직접적인 사법상 권리를 취득할 수 없다"면서도 "이러한 내용이 일반적 구속력을 갖는 노사합의의 내용이 된 경우에는 사용자를 상대로 사법상 청구권을 갖는다"고 밝혔다. 서울중앙지법 택시기사 승소 판결 이어 "노사합의서에 '노동조합의 요구를 수용해 경감세액을 현금 지급하는 것을 원칙으로 한다'고 돼 있고 지급방법과 시기에 관한 사항만 있을 뿐 경감세액의 다른 사용방법에 관한 내용이 전혀 기재돼 있지 않다"며 "교섭권한을 위임받은 노조위원장 역시 전액 현금지급을 합의한 것이라 진술하는 점 등에 비춰 근로자들에게 사법상 청구권이 발생했다"고 설명했다. 그러면서 "이미 구체적으로 발생한 경감세액 청구권은 사적 재산영역으로 근로자의 처분에 맡겨진 것이기 때문에 노동조합이 근로자들로부터 개별적 동의나 수권을 받지 않는 이상 단체협약만으로 이에 대한 포기나 지급유예 등 처분행위를 할 수 없다"며 "A씨 등에게 경감세액 중 미지급된 부분인 각 인용금액을 지급하라"고 판시했다.